Фибробактерии - Википедия - Fibrobacteres
| Фибробактерии | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Суперфилум: | |
| Тип: | Фибробактерии Гаррити и Холт 2012 |
| Классы | |
Фибробактерии это маленький бактериальный филюм который включает в себя многие из основных рубец бактерии, способствующие разложению растительных целлюлоза в жвачный животные. Члены этого типа были отнесены к другим типам. Род Фибробактер (единственный род Fibrobacteres) был исключен из рода Бактероиды в 1988 г.[1]
Филогения и сравнительные геномные исследования
Несмотря на то что Фибробактерии, который состоит из единственного рода Фибробактер содержащий два вида, в настоящее время признан отдельным типом, филогенетические исследования, основанные на последовательностях белков RpoC и гиразы B, показывают, что Fibrobacter succinogenes тесно связан с видами из филы Bacteroidetes и Хлороби.[2] Виды из этих трех типов также разветвляются в одном и том же положении на основе консервативных инделей сигнатур в ряде важных белков.[3] И, наконец, что наиболее важно, сравнительные геномные исследования выявили две консервативные сигнатуры инделей (вставка из 5-7 аминокислот в белке RpoC и вставка из 13-16 аминокислот в серин гидроксиметилтрансфераза ) и один сигнатурный белок (PG00081), которые являются уникальными для всех видов этих трех типов.[4] Все эти результаты предоставляют убедительные доказательства того, что виды из этих трех типов имели общего предка, за исключением всех других бактерий, и было предложено, чтобы все они были признаны частью единого супертипа «FCB».[2][4]
Таксономия
В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN),[5] Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)[6] и высвобождение 123 LTP на основе 16S рРНК Проект "Все виды живого дерева".[7]
- Учебный класс "Хитиниспириллия" ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Заказ "Хитиниспириллы" Сорокин и др. 2016 г.
- Семья "Chitinispirillaceae" ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Род »Хитиниспириллы " ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Разновидность "Chitinispirillum alkaliphilum " ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Род »Хитиниспириллы " ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Семья "Chitinispirillaceae" ♠ Сорокин и др. 2016 г.
- Заказ "Хитиниспириллы" Сорокин и др. 2016 г.
- Учебный класс Хитинивибриония Сорокин и др. 2014 г.
- Заказ Chitinivibrionales Сорокин и др. 2014 г.
- Семья Chitinivibrionaceae Сорокин и др. 2014 г.
- Род Chitinivibrio Сорокин и др. 2014 г.
- Разновидность Chitinivibrio alkaliphilus Сорокин и др. 2014 г.
- Род Chitinivibrio Сорокин и др. 2014 г.
- Семья Chitinivibrionaceae Сорокин и др. 2014 г.
- Заказ Chitinivibrionales Сорокин и др. 2014 г.
- Учебный класс Фибробактерии Испания и др. 2012 г.
- Заказ "Candidatus Fibromonadales" ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Семья "Candidatus Fibromonadaceae" ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Род »Candidatus Фибромонас " ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Разновидность "Candidatus Fibromonas termitidis " ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Род »Candidatus Фибромонас " ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Семья "Candidatus Fibromonadaceae" ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
- Заказ Fibrobacterales Испания и др. 2012 г.
- Семья Fibrobacteraceae Испания и др. 2012 г.
- Род Фибробактер Montgomery et al. 1988 г.
- Разновидность F. кишечник Montgomery et al. 1988 г.
- Разновидность F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 г.
- Подвиды F. s. элонгатус Montgomery et al. 1988 г.
- Подвиды F. s. сукциногены (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 г.
- Род Фибробактер Montgomery et al. 1988 г.
- Семья Fibrobacteraceae Испания и др. 2012 г.
- Заказ "Candidatus Fibromonadales" ♠ Абдул Рахман и др. 2016 г.
Примечания: ♠ Штаммы, обнаруженные на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN)
Распределение
Считается, что тип Fibrobacteres тесно связан с CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroides].[4] Единственный род в этом типе - Фибробактер который содержит штаммы кишечников многих млекопитающих, включая крупный рогатый скот и свиней.[8] Два описанных вида в этом роде, а именно, Fibrobacter succinogenes и Фибробактер кишечника являются важными членами фибролитических сообществ в кишечнике млекопитающих и в последние десятилетия привлекли к себе большое внимание из-за давнего интереса к микробам, способным разрушать растительную клетчатку.
Молекулярные доказательства, основанные на амплификации генов 16рРНК из различных сред, предполагают, что этот тип гораздо более распространен, чем считалось ранее.[9][10] Большинство клонов из окружающей среды млекопитающих группируются вместе с известными изолятами в так называемую Fibrobacteres subphylum 1.[10] Однако представители Fibrobacteres subphylum 2 до сих пор обнаружены только в кишечнике термитов.[10][11] и у некоторых тараканов, питающихся подстилкой.[12] Преобладание Fibrobacteres subphylum 2 в бактериальных сообществах, ассоциированных с целлюлозолитическим волокном, в задних пищеварительных трактах, питающихся древесиной Nasutitermes Corniger предполагает, что они играют важную роль в расщеплении растительного материала у высших термитов.[13]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Монтгомери Л., Флешер Б., Шталь Д. (1988). "Передача Bacteroides succinogenes (Hungate) до Фибробактер ген. ноя в качестве Fibrobacter succinogenes гребень. ноя и описание Фибробактер кишечника sp. ноя ". Int. J. Syst. Бактериол. 38 (4): 430–435. Дои:10.1099/00207713-38-4-430.
- ^ а б Гупта, Р. С. (2004). «Характеристики филогении и сигнатурных последовательностей Fibrobacteres, Chlorobi и Bacteroidetes». Критические обзоры в микробиологии. 30 (2): 123–140. Дои:10.1080/10408410490435133. PMID 15239383.
- ^ Гриффитс, Э; Гупта, RS (2001). «Использование сигнатурных последовательностей в различных белках для определения относительного порядка ветвления бактериальных делений: свидетельство того, что Fibrobacter разошлись в одно и то же время с Chlamydia и Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides». Микробиология. 147 (9): 2611–22. Дои:10.1099/00221287-147-9-2611. PMID 11535801.
- ^ а б c Gupta, R. S .; Лоренцини, Э. (2007). «Филогения и молекулярные сигнатуры (консервативные белки и инделки), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi». BMC Эволюционная биология. 7: 71. Дои:10.1186/1471-2148-7-71. ЧВК 1887533. PMID 17488508.
- ^ J.P. Euzéby. «Фибробактерии». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2016-06-05.
- ^ Сэйерс; и другие. «Фибробактерии». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2016-06-05.
- ^ Проект "Все виды живого дерева".«Релиз 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2016-06-05.
- ^ Ци М. и Нельсон К. и Догерти, С.С. и Нельсон, В.С. и Hance, I.R. и Моррисон, М. и Форсберг, К.В. (2005). «Новые молекулярные особенности фибролитической кишечной бактерии Fibrobacter Кишечник, не разделяемые с сукциногенами Fibrobacter, как было определено с помощью супрессивной субтрактивной гибридизации». Журнал бактериологии. 187 (11): 3739–3751. Дои:10.1128 / jb.187.11.3739-3751.2005. ЧВК 1112041. PMID 15901698.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
- ^ Макдональд, Дж. Э .; Локхарт, Р.Дж.; Кокс, MJ; Эллисон, HE; Маккарти, AJ (2008). «Обнаружение новых популяций Fibrobacter на свалках и определение их относительной численности с помощью количественной ПЦР». Экологическая микробиология. 10 (5): 1310–1319. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2007.01544.x. PMID 18266756.
- ^ а б c Хонго, Ю., Дивонг, П., Хаттори, С., Иноуэ, Т., Нода, С., Нопаратнарапорн, Н., Кудо, Т. и Окума, М. (2006). «Филогенетическое разнообразие, локализация и морфология клеток членов кандидата филума TG3 и подтипа в филуме Fibrobacteres, недавно обнаруженных бактериальных групп, доминирующих в кишечнике термитов». Прикладная и экологическая микробиология. 72 (10): 6780–6788. Дои:10.1128 / aem.00891-06. ЧВК 1610327. PMID 17021231.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
- ^ Микаелян, А .; Дитрих, С .; Köhler, T .; Poulsen, M .; Силлам-Дюссес, Д .; Брюн, А. (2015). «Диета является основным фактором, определяющим структуру бактериального сообщества в кишечнике высших термитов». Молекулярная экология. 24 (20): 5824–5895. Дои:10.1111 / mec.13376. PMID 26348261.
- ^ Микаелян, А .; Köhler, T .; Lampert, N .; Rohland, J .; Boga, H .; Meuser, K .; Брюн, А. (2015). «Классификация бактериальной микробиоты кишечника термитов и тараканов: тщательно подобранная филогенетическая справочная база данных (DictDb)». Систематическая и прикладная микробиология. 38 (7): 472–482. Дои:10.1016 / j.syapm.2015.07.004. PMID 26283320.
- ^ Микаелян, А .; Strassert, J .; Токуда, Г .; Брюн, А. (2014). «Связанное с волокнами целлюлолитическое бактериальное сообщество в задней части кишечника высших термитов, питающихся древесиной (Nasutitermes spp.)». Экологическая микробиология. 16 (9): 2711–2722. Дои:10.1111/1462-2920.12425.
- Холт Дж. Г. (редактор) (1994). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (9-е изд.). Уильямс и Уилкинс. ISBN 978-0-683-00603-2.CS1 maint: дополнительный текст: список авторов (связь)
внешняя ссылка
- Список прокариотических имен, стоящих в номенклатуре - Род Фибробактер
- Systema Naturae 2000 Классификация: Тип Фибробактерии