Проект "Живое дерево всех видов" - Википедия - The All-Species Living Tree Project
 | Эта статья должна быть обновлено. (Октябрь 2019) |
'Проект "Живое дерево всех видов" это сотрудничество между различными академическими группами / институтами, такими как ARB, Проект базы данных рРНК SILVA, и LPSN, с целью создания базы данных 16S рРНК последовательности всех официально опубликованных видов Бактерии и Археи.[1] На одном этапе 23S также были собраны последовательности,[2] но с тех пор это прекратилось.[3]
В настоящее время в согласованном наборе данных содержится более 10 950 видов, и еще несколько добавляются либо по мере обнаружения новых видов, либо по мере определения последовательности видов, не представленных в базе данных. Первоначально последняя группа насчитывала 7% видов.
Подобные (и более свежие) проекты включают Геномная энциклопедия бактерий и архей (GEBA), который сосредоточился на секвенировании всего генома бактерий и архей.[4][5]
Дерево
Дерево было создано максимальная вероятность анализ без начальной загрузки: следовательно, точность сводится к размеру, и многие клады уровня филума не решаются правильно (например, Firmicutes). (Эукариоты в анализе отсутствуют). Это основанное на 16S рРНК филогенетическое дерево основано на выпуске LTP 121 ARB-SILVA (июнь 2015 г.) и содержит все типовые виды с официально опубликованными названиями до декабря 2014 г.[6][7]
| ДоменАрхеи |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ДоменБактерии |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Рекомендации
- ^ Ярза, П .; Richter, M .; Peplies, J. R .; Euzeby, J .; Amann, R .; Schleifer, K. H .; Ludwig, W .; Glöckner, F. O .; Росселло-Мора Р. (2008). «Проект« Живое дерево всех видов »: филогенетическое дерево на основе 16S рРНК всех штаммов секвенированного типа». Систематическая и прикладная микробиология. 31 (4): 241–250. Дои:10.1016 / j.syapm.2008.07.001. HDL:10261/103580. PMID 18692976.
- ^ Ярза, Пабло; Людвиг, Вольфганг; Евзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Шлейфер, Карл-Хайнц; Глёкнер, Фрэнк Оливер; Росселло-Мора, Рамон (2010). «Обновление проекта« Живое дерево всех видов »на основе анализа последовательностей 16S и 23S рРНК». Систематическая и прикладная микробиология. 33 (6): 291–299. Дои:10.1016 / j.syapm.2010.08.001. PMID 20817437.
- ^ Munoz, R.L .; Ярза, П .; Ludwig, W .; Euzéby, J .; Amann, R .; Schleifer, K. H .; Оливер Глёкнер, Ф .; Росселло-Мора Р. (2011). «Выпуск LTPs104 из живого дерева всех видов». Систематическая и прикладная микробиология. 34 (3): 169–170. Дои:10.1016 / j.syapm.2011.03.001. PMID 21497273.
- ^ У, Дунъин; Гугенгольц, Филипп; Мавроматис, Константинос; Пукалл, Рюдигер; Далин, Эйлин; Иванова Наталья Н .; Кунин Виктор; Гудвин, Линн; Ву, Мартин; Тиндалл, Брайан Дж .; Хупер, Шон Д. (декабрь 2009 г.). «Филогенетическая геномная энциклопедия бактерий и архей». Природа. 462 (7276): 1056–1060. Bibcode:2009 Натур.462.1056W. Дои:10.1038 / природа08656. ISSN 0028-0836. ЧВК 3073058. PMID 20033048.
- ^ Kyrpides, Nikos C .; Гугенгольц, Филипп; Эйзен, Джонатан А .; Войке, Таня; Гёкер, Маркус; Паркер, Чарльз Т .; Аманн, Рудольф; Бек, Брайан Дж .; Цепь, Патрик С.Г .; Чун, Чонгсик; Колвелл, Рита Р. (5 августа 2014 г.). "Геномная энциклопедия бактерий и архей: секвенирование множества типовых штаммов". PLOS Биология. 12 (8): e1001920. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001920. ISSN 1545-7885. ЧВК 4122341. PMID 25093819.
- ^ ARB-SILVA release LTPs 121: обзор (PDF) (Отчет). Архивировано из оригинал (PDF) 23 сентября 2015 г.
- ^ ARB-SILVA release LTPs 121: полное дерево (PDF) (Отчет). Архивировано из оригинал (PDF) 23 сентября 2015 г.
внешняя ссылка
| Медицинское микробиология | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Биохимия и экология |
| ||||||
| Форма | |||||||
| Структура |
| ||||||
| Таксономия и эволюция | |||||||
Категория