Галобактерии - Halobacteriaceae

Галобактерии
Научная классификация
Домен:	Археи
Королевство:	Euryarchaeota
Тип:	Euryarchaeota
Класс:	Галобактерии Grant et al. 2002 г.
Порядок:	Галобактерии Грант и Ларсен 1989
Семья:	Галобактерии Гиббонс 1974
Роды
	Haladaptatus Savage et al. 2007 исправление. Roh et al. 2010 г.; Халалкаликокк Xue et al. 2005 г.; Халархей Minegishi et al. 2010 г.; Галоалькалофилий ♠ Lizama et al. 2000 г.; Haloarcula Torreblanca et al. 1986 исправление. Орен и др. 2009 г.; Галобактерии Элазари-Вулканы 1957 г. поправить. Орен и др. 2009 г.; Halobaculum Орен и др. 1995 г.; Halobellus Cui et al. 2011 г.; Halobiforma Hezayen et al. 2002 исправление. Орен и др. 2009 г.; Галококк Schoop 1935 исправить. Орен и др. 2009 г.; Галоферакс Torreblanca et al. 1986 исправление. Орен и др. 2009 г.; Галогеометрический Montalvo-Rodríguez et al. 1998 исправление. Cui et al. 2010 г.; Галогран Cui et al. 2010 исправление. Cui et al. 2011 г.; Галоламина Cui et al. 2011 г.; Halomarina Inoue et al. 2011 г.; Галомикробий Орен и др. 2002 г.; Халонотий Burns et al. 2010 г.; Галопелагиус Cui et al. 2010 г.; Halopiger Gutiérrez et al. 2007 г.; Haloplanus Bardavid et al. 2007 исправление. Cui et al. 2010 г.; Haloquadratum Burns et al. 2007 г.; Halorhabdus Wainø et al. 2000 исправление. Antunes et al. 2008 г.; Halorientalis Cui et al. 2011 г.; Halorubrum Макдженити и Грант 1996 исправляют. Орен и др. 2009 г.; Halorussus ♠ Cui et al. 2010 г.; Halosarcina Savage et al. 2008 исправление. Cui et al. 2010 г.; Halosimplex Vreeland et al. 2003 г.; Halostagnicola Castillo et al. 2006 г.; Haloterrigena Ventosa et al. 1999 исправление. Орен и др. 2009 г.; Halovivax Castillo et al. 2006 г.; Натриальба Камекура и Дьялл-Смит 1996 исправляют. Орен и др. 2009 г.; Натринема McGenity et al. 1998 исправление. Xin et al. 2000 г.; Натроноархей Shimane et al. 2010 г.; Натронобактерии Тиндалл и др. 1984; Натронококк Тиндалл и др. 1984; Натронолимнобиус Ито и др. 2005 г.; Натрономонады Камекура и др. 1997 исправление. Burns et al. 2010 г.; Натронорубрум Xu et al. 1999 исправление. Орен и др. 2009 г.; Салархей Shimane et al. 2011 г.;

В таксономия, то Галобактерии площадь семья из Галобактерии в домене Археи.^[1] Галобактерии представляют большую часть галофильный Археи вместе с членами двух других метаногенных семейств, Methanosarcinaceae и Methanocalculaceae.^[2] Семья состоит из множества разнообразных родов, способных выжить в экстремальных экологических нишах.^[3] Чаще всего Halobacteriaceae встречаются в гиперсоленых озерах и могут даже переносить участки, загрязненные тяжелыми металлами.^[4] Они включают нейтрофилы, ацидофилы (например, Halarchaeum acidiphilum), алкалифилы (например, Натронобактерии ), и даже были психротолерантный обнаруженные виды (напр. Hrr. Lacusprofundi ).^[3] Известно, что некоторые участники живут как аэробно, так и анаэробно, и они бывают самых разных морфологии.^[3] Эти разнообразные морфологии включают стержни в роде Галобактерии, кокки в Галококк, плоские диски или чашки в Haloferax, и другие формы, начиная от плоских треугольников в Haloarcula в квадраты Haloquadratum, и Натронорубрум.^[5]^[6] Большинство видов Halobacteriaceae наиболее известны своей высокой солеустойчивостью и красно-розовыми пигментами (из-за каротиноидов бактериуберина)^[5]), но есть и непигментированные виды, а также те, которые требуют умеренных солевых условий.^[3]^[7] Было показано, что некоторые виды Halobacteriaceae проявляют солюбилизирующий фосфор деятельность, которая способствует круговорот фосфора в гиперсоленых средах.^[8] Такие методы, как Анализ 16S рРНК и ДНК-ДНК гибридизация внесли основной вклад в таксономическую классификацию Halobacteriaceae, отчасти из-за сложности культивирования галофильных архей.^[7]^[3]^[2]

Обзор

Halobacteriaceae находятся в воде, насыщенной или почти насыщенной солью. Их еще называют галофилы, хотя это название также используется для других организмов, которые живут в несколько менее концентрированной соленой воде. Они распространены в большинстве сред, где доступно большое количество соли, влаги и органических материалов. Крупные соцветия выглядят красноватыми из-за пигмента. бактериородопсин. Этот пигмент используется для поглощения света, который дает энергию для создания АТФ. Галобактерии также обладают вторым пигментом, галородопсин, который закачивает ионы хлора в ответ на фотоны, создавая градиент напряжения и способствуя производству энергии из света. Этот процесс не связан с другими формами фотосинтез с участием электронного транспорта; однако галобактерии не способны фиксация углерода от углекислый газ.

Галобактерии могут существовать в соленой среде, потому что, хотя они аэробы, у них есть отдельный и другой способ создания энергии с помощью световой энергии. Части мембраны галобактерий имеют пурпурный цвет и содержат сетчатку пигмент. Это позволяет им создавать протонный градиент через мембрану клетки, которая может быть использована для создания АТФ для собственного использования.

У них есть определенные приспособления к жизни в соленой среде. Например, их клеточный аппарат приспособлен к высоким концентрациям соли за счет наличия заряженных аминокислот на своей поверхности, что позволяет клетке удерживать молекулы воды вокруг этих компонентов. Осмотическое давление и эти аминокислоты помогают контролировать количество соли в клетке. Однако из-за этих адаптаций, если клетку поместить во влажную, менее соленую среду, она, вероятно, сразу же взорвется от осмотического давления.

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)^[9] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)^[10]а филогения основана на высвобождении LTP на основе 16S рРНК 106 посредством Проект "Все виды живого дерева".^[11]

?Haloalcalophilium atacamensis ♠ Lizama et al. 2000 г.

?Halobaculum gomorrense Орен и др. 1995 г.

?Halobellus clavatus Cui et al. 2011 г.

?Halolamina pelagica Cui et al. 2011 г.

?Halorientalis regularis Cui et al. 2011 г.

?Halorussus rarus ♠ Cui et al. 2010 г.

?Salarchaeum japonicum Shimane et al. 2011 г.

Halomarina oriensis Inoue et al. 2011 г.

Натрономонады Камекура и др. 1997 исправление. Burns et al. 2010 г.

?Halomicrobium zhouii ♣ Ян и Цуй 2011

	Halomicrobium mukohataei [тип sp.] (Ихара и др., 1997 г.) Орен и др. 2002 г.

	Halorhabdus Wainø et al. 2000 исправление. Antunes et al. 2008 г.

	Halarchaeum acidiphilum Minegishi et al. 2010 г.

	Галобактерии Элазари-Вулканы 1957 г. поправить. Орен и др. 2009 г.

Halosimplex carlsbadense Vreeland et al. 2003 г.

	Halomicrobium katesii Харроуб и др. 2008 г.

	Haloarcula Torreblanca et al. 1986 исправление. Орен и др. 2009 г.

Haladaptatus Savage et al. 2007 исправление. Roh et al. 2010 г.

Haloquadratum walsbyi Burns et al. 2007 г.

Halopelagius inordinatus Cui et al. 2010 г.

Halosarcina limi Cui et al. 2010 г.

	Halosarcina pallida Savage et al. 2008 г. [тип sp.]

	Галогеометрический Montalvo-Rodríguez et al. 1998 исправление. Cui et al. 2010 г.

Галоферакс Torreblanca et al. 1986 исправление. Орен и др. 2009 г.

Галогран Cui et al. 2010 исправление. Cui et al. 2011 г.

	Halonotius pteroides Burns et al. 2010 г.

	Haloplanus Bardavid et al. 2007 исправление. Cui et al. 2010 г.

Halorubrum Макдженити и Грант 1996 исправляют. Орен и др. 2009 г.

	Халалкаликокк Xue et al. 2005 г.

	Галококк Schoop 1935 исправить. Орен и др. 2009 г.

Натроноархей маннанилитикум Shimane et al. 2010 г.

Halovivax Castillo et al. 2006 г.

Halopiger Gutiérrez et al. 2007 г.

Halobiforma Hezayen et al. 2002 исправление. Орен и др. 2009 г.

	Натронобактерии Тиндалл и др. 1984

	Натронококк Тиндалл и др. 1984

Haloterrigena видовая группа 1 [вкл. Halorubrum trapanicum, Натринема & Natronorubrum sediminis ]

Haloterrigena видовая группа 2

Натронолимнобиус Itoh et al. 2005 г.

	Натронорубрум Xu et al. 1999 исправление. Орен и др. 2009 г.

	Натриальба [вкл. Halostagnicola ]

Заметки:
♠ Штаммы, обнаруженные на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)
♣ Международный журнал систематической бактериологии или Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии (IJSB / IJSEM) опубликованные виды, которые находятся в печати.

использованная литература

^ Увидеть NCBI веб-страница о Halobacteriaceae. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2007-03-19.
^ ^а ^б Орен, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Таксономия галофильных архей: текущее состояние и будущие задачи». Экстремофилов. 18 (5): 825–834. Дои:10.1007 / s00792-014-0654-9. PMID 25102811.
^ ^а ^б ^c ^d ^е Орен, Аарон (1 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма для изменения концепций в систематике прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 62 (2): 263–271. Дои:10.1099 / ijs.0.038653-0. PMID 22155757.
^ Наик, Саника; Фуртадо, Ирэн (2017). Загрязнение морской среды и устранение микробов. Сингапур: Springer Nature. С. 143–152. ISBN 978-981-10-1044-6.
^ ^а ^б Орен, Аарон; Арахал, Давид; Вентоза, Антонио (2009). «Исправленные описания родов семейства Halobacteriaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 59 (3): 637–642. Дои:10.1099 / ijs.0.008904-0. PMID 19244452.
^ Талли, Бенджамин; Эмерсон, Джоанн; Андраде, Карен; Брокс, Йохен; Аллен, Эрик; Банфилд, Джиллиан; Гейдельберг, Карла (16 сентября 2014 г.). «Последовательности De novo Haloquadratum walsbyi из озера Тиррелл, Австралия, обнаруживают изменчивый геномный ландшафт». Археи. 2015: 875784. Дои:10.1155/2015/875784. ЧВК 4330952. PMID 25709557.
^ ^а ^б Ventosa, A .; Marquez, M .; Sanchez-Porro, C .; Хаба, Р. (2012). Успехи в понимании биологии галофильных микроорганизмов ([Обновл. Ред.]. Ред.). Дордрехт: Спрингер, Дордрехт. Дои:10.1007/978-94-007-5539-0_3. ISBN 978-94-007-5538-3.
^ Ядав, Аджар Натх; Шарма, Дивья; Гулати, Снеха; Сингх, Сурендер; Дей, Ринку; Пал, Камал Кришна; Кошик, Раджив; Саксена, Анил Кумар (28 июля 2015 г.). «Галоархеи, обладающие атрибутом солюбилизации фосфора, участвующим в цикле фосфора». Научные отчеты. 5 (1): 12293. Bibcode:2015НатСР ... 512293л. Дои:10.1038 / srep12293. ЧВК 4516986. PMID 26216440.
^ J.P. Euzéby. «Галобактерии». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛПСН). Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2011-11-17.
^ Сэйерс; и другие. «Галобактерии». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2011-06-05.
^ Проект "Все виды живого дерева".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2011-11-17.

дальнейшее чтение

Научные журналы

Райт, A-DG (2006). «Филогенетические взаимоотношения внутри порядка Halobacteriales, выведенные из последовательностей гена 16S рРНК». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 56 (Pt 6): 1223–1227. Дои:10.1099 / ijs.0.63776-0. PMID 16738095.
Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (2005 г.). «В номенклатурные типы заказов Acholeplasmatales, Halanaerobiales, Halobacteriales, Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomicrobiales, Planctomycetales, Prochlorales, Sulfolobales, Thermococcales, Thermoproteales и Verrucomicrobiales являются роды Acholeplasma, Halanaerobium, Halobacterium, Methanobacterium, Methanococcus, Methanomicrobium, Planctomyces, Prochloron, Sulfolobus , Thermococcus, Thermoproteus и Verrucomicrobium, соответственно. Мнение 79 ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 55 (Pt 1): 517–518. Дои:10.1099 / ijs.0.63548-0. PMID 15653928.
Euzeby JP, Tindall BJ (2001). «Номенклатурный тип приказов: исправления, необходимые в соответствии с Правилами 15 и 21а Бактериологического кодекса (редакция 1990 г.), и обозначение соответствующих номенклатурных типов классов и подклассов. Запрос заключения». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 51 (Pt 2): 725–727. Дои:10.1099/00207713-51-2-725. PMID 11321122.
Орен А., Вентоза А. (2000). "Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 50: 1405–1407. Дои:10.1099/00207713-50-3-1405. PMID 10843089.

Научные книги

Грант В.Д., Ларсен Х (1989). «Группа III. Чрезвычайно галофильные археобактерии. Отряд Halobacteriales ord. Nov.». В JT Staley, MP Bryant, N Pfennig, JG Holt (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том 3 (1-е изд.). Балтимор: Williams & Wilkins Co., стр. 169.
Гиббонс, NE (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae fam. Nov.». В RE Бьюкенен и NE Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (8-е изд.). Балтимор: The Williams & Wilkins Co.
Блюм П., изд. (2008). Археи: новые модели для биологии прокариот. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-27-1. [1].

Научные базы данных

внешние ссылки

[NCBI-1] Увидеть NCBI веб-страница о Halobacteriaceae. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2007-03-19.

[oren2-2] а ^б Орен, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Таксономия галофильных архей: текущее состояние и будущие задачи». Экстремофилов. 18 (5): 825–834. Дои:10.1007 / s00792-014-0654-9. PMID 25102811.

[oren1-3] а ^б ^c ^d ^е Орен, Аарон (1 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма для изменения концепций в систематике прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 62 (2): 263–271. Дои:10.1099 / ijs.0.038653-0. PMID 22155757.

[Interactions_of_Haloarchaea_with_Metals-4] Наик, Саника; Фуртадо, Ирэн (2017). Загрязнение морской среды и устранение микробов. Сингапур: Springer Nature. С. 143–152. ISBN 978-981-10-1044-6.

[Oren_emended_descriptions_of_genera_Halobacteriaceae-5] а ^б Орен, Аарон; Арахал, Давид; Вентоза, Антонио (2009). «Исправленные описания родов семейства Halobacteriaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 59 (3): 637–642. Дои:10.1099 / ijs.0.008904-0. PMID 19244452.

[Tully_De_Novo_sequences_Haloquadratum_walsbyi-6] Талли, Бенджамин; Эмерсон, Джоанн; Андраде, Карен; Брокс, Йохен; Аллен, Эрик; Банфилд, Джиллиан; Гейдельберг, Карла (16 сентября 2014 г.). «Последовательности De novo Haloquadratum walsbyi из озера Тиррелл, Австралия, обнаруживают изменчивый геномный ландшафт». Археи. 2015: 875784. Дои:10.1155/2015/875784. ЧВК 4330952. PMID 25709557.

[taxonomybook-7] а ^б Ventosa, A .; Marquez, M .; Sanchez-Porro, C .; Хаба, Р. (2012). Успехи в понимании биологии галофильных микроорганизмов ([Обновл. Ред.]. Ред.). Дордрехт: Спрингер, Дордрехт. Дои:10.1007/978-94-007-5539-0_3. ISBN 978-94-007-5538-3.

[PhosphorusCycle-8] Ядав, Аджар Натх; Шарма, Дивья; Гулати, Снеха; Сингх, Сурендер; Дей, Ринку; Пал, Камал Кришна; Кошик, Раджив; Саксена, Анил Кумар (28 июля 2015 г.). «Галоархеи, обладающие атрибутом солюбилизации фосфора, участвующим в цикле фосфора». Научные отчеты. 5 (1): 12293. Bibcode:2015НатСР ... 512293л. Дои:10.1038 / srep12293. ЧВК 4516986. PMID 26216440.

[9] J.P. Euzéby. «Галобактерии». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛПСН). Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2011-11-17.

[10] Сэйерс; и другие. «Галобактерии». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2011-06-05.

[11] Проект "Все виды живого дерева".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2011-11-17.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]