Археи - Archaea

"Archea" перенаправляется сюда. Для использования в других целях см. Археи (значения).

Археи
Временной диапазон: 3,5–0 млрд лет Палеоархей или возможно Эоархейский - недавний
Halobacteria.jpg
Галобактерии sp. штамм NRC-1,
в каждой ячейке около 5мкм длинный
Научная классификация е
Домен:Археи
Woese, Кандлер & Wheelis, 1990[1]
Подцарства[4] и филы[5]
Синонимы
  • Архебактерии Woese & Fox, 1977 год.
  • Mendosicutes Гиббонс и Мюррей, 1978
  • Метабактерии Хори и Осава 1979

Археи (/ɑːrˈkяə/ (Об этом звукеСлушать) или же /ɑːrˈkeɪə/ ар-KEE-ə или же ар-КЕЙ-ə ) (единственное число Археон) составляют домен из одноклеточные организмы. Эти микроорганизмы недостаток ядра клеток и поэтому прокариоты. Археи изначально были классифицированный в качестве бактерии, получив имя архебактерии (в архебактериях Королевство ), но эта классификация устарела.[6]

Клетки архей обладают уникальными свойствами, отделяющими их от других. два домена, Бактерии и Эукариоты. Археи делятся на несколько признанных тип. Классификация трудна, потому что большинство из них не было изолированные в лаборатории и были обнаружены только их генные последовательности в образцах окружающей среды.

Археи и бактерии обычно похожи по размеру и форме, хотя некоторые археи имеют очень разные формы, например плоские и квадратные клетки Haloquadratum walsbyi.[7] Несмотря на это морфологический сходство с бактериями, археи обладают гены и несколько метаболические пути которые более тесно связаны с таковыми у эукариот, особенно по ферменты участвует в транскрипция и перевод. Другие аспекты биохимии архей уникальны, например, их зависимость от эфирные липиды в их клеточные мембраны,[8] включая археолы. Археи используют больше источников энергии, чем эукариоты: они варьируются от органические соединения, например, сахара, чтобы аммиак, ионы металлов или даже водородный газ. Солеустойчивый археи ( Галоархеи ) используют солнечный свет как источник энергии, а другие виды архей исправить углерод, но в отличие от растений и цианобактерии, ни один из известных видов архей не делает и того, и другого. Археи размножаться бесполым путем к двойное деление, фрагментация, или же подающий надежды; в отличие от бактерий, ни один из известных видов архей не образует эндоспоры.Первые обнаруженные археи были экстремофилы, живущих в экстремальных условиях, таких как горячие источники и соленые озера без других организмов. Усовершенствованные инструменты молекулярного обнаружения привели к открытию архей почти во всех среда обитания, включая почву, океаны и болота. Археи особенно многочисленны в океанах, а археи - в планктон может быть одной из самых многочисленных групп организмов на планете.

Археи составляют большую часть Земная жизнь. Они являются частью микробиота всех организмов. в человеческий микробиом, они важны в кишка, во рту и на коже.[9] Их морфологическое, метаболическое и географическое разнообразие позволяет им играть несколько экологических ролей: фиксация углерода; круговорот азота; круговорот органических соединений; и поддержание микробного симбиотического и синтрофический сообщества, например.[10]

Нет четких примеров архей патогены или же паразиты известны. Вместо этого они часто мутуалисты или же комменсалы, такой как метаногены (штаммы, продуцирующие метан), которые населяют желудочно-кишечный тракт у людей и жвачные животные, где их огромное количество помогает пищеварение. Метаногены также используются в биогаз производство и очистка сточных вод, и биотехнология использует ферменты из архей-экстремофилов, которые могут выдерживать высокие температуры и органические растворители.

Классификация

Ранняя концепция

Археи были обнаружены в вулканических горячие источники. Изображенный здесь Великий призматический источник из Йеллоустонский Национальный Парк.

На протяжении большей части ХХ века прокариоты считались единой группой организмов и классифицировались на основе их биохимия, морфология и метаболизм. Микробиологи пытались классифицировать микроорганизмы на основе структуры их клеточные стенки, их формы и вещества, которые они потребляют.[11] В 1965 г. Эмиль Цукеркандль и Линус Полинг[12] вместо этого предлагается использовать последовательности гены у разных прокариот, чтобы выяснить, как они связаны друг с другом. Этот филогенетический подход - это основной метод, используемый сегодня.[13]

Археи - в то время только метаногены были известны - впервые были классифицированы отдельно от бактерий в 1977 г. Карл Вёзе и Джордж Э. Фокс на основе их рибосомная РНК (рРНК) гены.[14] Они назвали эти группы Urkingdoms архебактерий и эубактерий, хотя другие исследователи рассматривали их как королевства или поддцарства. Вёзе и Фокс представили первые доказательства наличия архебактерий как отдельной «линии происхождения»: 1. отсутствие пептидогликан в их клеточных стенках, 2. два необычных кофермента, 3. результаты 16S рибосомная РНК секвенирование генов. Чтобы подчеркнуть эту разницу, Вёзе, Отто Кандлер и Марк Уилис позже предложил реклассифицировать организмы на три естественных домены известный как трехдоменная система: the Эукария, то Бактерии и археи,[1] в том, что сейчас известно как «Woesian Revolution».[15]

Слово археи исходит из Древнегреческий ἀρχαῖα, что означает "древние вещи",[16] как первые представители области архей были метаногены и предполагалось, что их метаболизм отражает примитивную атмосферу Земли и древность организмов, но по мере изучения новых сред обитания было обнаружено больше организмов. Экстремальный галофильный[17] и гипертермофильный микробы[18] также были включены в археи. Долгое время археи считались экстремофилами, которые существуют только в экстремальных средах обитания, таких как горячие источники и соленые озера, но к концу 20 века археи были обнаружены и в неэкстремальных условиях. Сегодня они известны как большая и разнообразная группа организмов, широко распространенных в природе.[19] Это новое понимание важности и повсеместности архей произошло благодаря использованию полимеразной цепной реакции (ПЦР) для обнаружения прокариот в образцах окружающей среды (например, воды или почвы) путем умножения их рибосомных генов. Это позволяет обнаруживать и идентифицировать организмы, которые не были культурный в лаборатории.[20][21]

Классификация

Дальнейшая информация: Биологическая классификация и Систематика
В АРМАН группа архей, недавно обнаруженных в кислотный дренаж шахты.

Классификация архей и прокариот в целом - быстро развивающаяся и спорная область. Современные системы классификации стремятся организовать архей в группы организмов, которые имеют общие структурные особенности и общих предков.[22] Эти классификации в значительной степени зависят от использования последовательности рибосомная РНК гены для выявления взаимоотношений между организмами (молекулярная филогенетика ).[23] Большинство культивируемых и хорошо изученных видов архей являются членами двух основных тип, то Euryarchaeota и Crenarchaeota. Другие группы были предварительно созданы, например, своеобразные виды Nanoarchaeum equitans, который был открыт в 2003 году и получил собственный тип, Наноархей.[24] Новый тип Корархеота также был предложен. Он содержит небольшую группу необычных теплолюбивых видов, которые разделяют черты обоих основных типов, но наиболее тесно связаны с Crenarchaeota.[25][26] Другие недавно обнаруженные виды архей лишь отдаленно связаны с какой-либо из этих групп, например, Архей Ричмонд Майн ацидофильные наноорганизмы (АРМАН, в составе Micrarchaeota и Parvarchaeota), обнаруженные в 2006 г.[27] и являются одними из самых маленьких известных организмов.[28]

Супертип - TACK - который включает Таумархеота, Aigarchaeota, Crenarchaeota, и Корархеота было предложено в 2011 году связать с происхождением эукариот.[29] В 2017 году недавно открытый и недавно названный Асгард superphylum был предложен более тесно связанным с исходным эукариотом и сестринской группой TACK.[30]

Кладограмма

По словам Тома А. Уильямса и другие. (2017)[31] и Castelle & Banfield (2018)[32] (DPANN):

Неомура
DPANN
 
 

Altiarchaeales

 
 
 

Диаферотриты

 
 

Micrarchaeota

 
 
 
 
 

Aenigmarchaeota

 
 
 

Nanohaloarchaeota

 
 
 
 

Наноархей

 
 

Павархеота

 
 
 
 

Мамархеота

 
 
 

Woesarchaeota

 
 

Pacearchaeota

 
 
 
 
 
 
 
 
Euryarchaeota
 
 

Термококки

 
 

Пирококки

 
 
 
 
 

Метанококки

 
 
 

Метанобактерии

 
 

Метанопири

 
 
 
 
 
 

Археоглоби

 
 
 
 

Methanocellales

 
 

Methanosarcinales

 
 
 
 

Methanomicrobiales

 
 

Галобактерии

 
 
 
 
 
 

Thermoplasmatales

 
 
 

Methanomassiliicoccales

 
 
 

Ацидулипрофунд буней

 
 

Термоплазма вулканий

 
 
 
 
 
 
 
Протеоархеи
TACK
 

Корархеота

 
 
 

Crenarchaeota

 
 
 
 

Aigarchaeota

 
 

Геоархей

 
 
 
 

Таумархеота

 
 

Батиархей

 
 
 
 
 
Эукариоморфа
 
 
 

Odinarchaeota

 
 

Торархеота

 
 
 
 

Lokiarchaeota

 
 

Helarchaeota[33]

 
 
 
 
 

Heimdallarchaeota

 
(+α─Протеобактерии)

Эукариоты

 
 
 
 
 
 
Археи

Понятие вида

Классификация архей на виды также противоречива. Биология определяет разновидность как группа родственных организмов. Знакомый эксклюзивный критерий разведения (организмы, которые могут размножаться друг с другом но не с другими ) не помогает, поскольку археи размножаются бесполым путем.[34]

Археи показывают высокий уровень горизонтальный перенос генов между родословными. Некоторые исследователи предполагают, что люди могут быть сгруппированы в видоподобные популяции, учитывая очень похожие геномы и нечастый перенос генов в / из клеток с менее связанными геномами, как в случае рода Ферроплазма.[35] С другой стороны, учеба в Halorubrum обнаружили значительный генетический перенос в / от менее родственных популяций, что ограничивает применимость критерия.[36] Некоторые исследователи сомневаются, имеют ли такие обозначения видов практическое значение.[37]

Текущие знания о генетическом разнообразии фрагментарны, и общее количество видов архей невозможно оценить с какой-либо точностью.[23] Оценки количества типов варьируются от 18 до 23, из которых только 8 имеют представителей, выращенных и изученных напрямую. Многие из этих предполагаемых групп известны по единственной последовательности рРНК, что указывает на то, что разнообразие среди этих организмов остается неясным.[38] Бактерии также включают в себя множество некультивируемых микробов с аналогичным значением для характеристики.[39]

Происхождение и эволюция

Дальнейшая информация: Хронология эволюции

В возраст Земли составляет около 4,54 миллиарда лет.[40][41][42] Научные данные свидетельствуют о том, что жизнь началась на Земле не менее 3,5миллиард лет назад.[43][44] Самые ранние свидетельства жизнь на Земле является графит установлено, что биогенный в возрасте 3,7 миллиарда лет метаосадочные породы обнаружен в Западная Гренландия[45] и микробный коврик окаменелости найдено в 3,48-миллиардном возрасте песчаник обнаружен в Западная Австралия.[46][47] В 2015 году возможные остатки биотическое вещество были найдены в скалах возрастом 4,1 миллиарда лет в Западной Австралии.[48][49]

Хотя вероятная прокариотическая клетка окаменелости дата почти 3.5миллиард лет назад, большинство прокариот не имеют отличительной морфологии, и ископаемые формы не могут быть использованы для идентификации их как архей.[50] Вместо, химические окаменелости уникальных липиды более информативны, потому что такие соединения не встречаются в других организмах.[51] Некоторые публикации предполагают, что липидные остатки архей или эукариот присутствуют в сланцы датируется 2,7 миллиарда лет назад, [52] хотя с тех пор такие данные были подвергнуты сомнению.[53] Эти липиды также были обнаружены в даже более старых породах с запада. Гренландия. Самые старые такие следы происходят из Исуа район, который включает старейшие из известных отложений Земли, образовавшиеся 3,8 миллиарда лет назад.[54] Линия архей может быть самой древней из существующих на Земле.[55]

Вёзе утверждал, что бактерии, археи и эукариоты представляют собой отдельные линии происхождения, которые на раннем этапе отошли от наследственной колонии организмов.[56][57] Одна возможность[57][58] это произошло до эволюция клеток, когда отсутствие типичной клеточной мембраны позволяло неограниченно боковой перенос гена, и что общие предки трех доменов возникли путем фиксации определенных подмножеств генов.[57][58] Не исключено, что последним общим предком бактерий и архей был термофил, что повышает вероятность того, что более низкие температуры являются «экстремальной средой» для архей, а организмы, живущие в более прохладной среде, появились лишь позже.[59] Поскольку археи и бактерии не более связаны друг с другом, чем с эукариотами, термин прокариот может указывать на ложное сходство между ними.[60] Однако структурное и функциональное сходство между линиями часто происходит из-за общих наследственных черт или эволюционная конвергенция. Эти сходства известны как оценка, и прокариоты лучше всего рассматривать как уровень жизни, характеризующийся такими чертами, как отсутствие мембраносвязанных органелл.

Сравнение с другими доменами

В следующей таблице сравниваются некоторые основные характеристики трех доменов, чтобы проиллюстрировать их сходства и различия.[61]

СвойствоАрхеиБактерииЭукария
Клеточная мембранаЭфир -связанный липидыСложный эфир -связанные липидыЛипиды, связанные с эфиром
Клеточная стенкаПсевдопептидогликан, гликопротеин, или же S-слойПептидогликан, S-слой или отсутствие клеточной стенкиРазличные конструкции
Ген структураКруглые хромосомы, аналогичный перевод и транскрипция на EukaryaКруглые хромосомы, уникальный перевод и транскрипцияМножественные линейные хромосомы, но трансляция и транскрипция похожи на архей
Внутренний клетка структураНе связан с мембраной органеллы (?[62]) или же ядроНет мембраносвязанных органелл или ядраОрганеллы и ядро, связанные с мембраной
Метаболизм[63]Различные, в том числе диазотрофия, с метаногенез уникальный для архейРазличные, в том числе фотосинтез, аэробный и анаэробное дыхание, ферментация, диазотрофия и автотрофияФотосинтез, клеточное дыхание и ферментация; нет диазотрофии
РазмножениеБесполое размножение, горизонтальный перенос геновБесполое размножение, горизонтальный перенос геновСексуальный и бесполое размножение
Инициирование синтеза белкаМетионинФормилметионинМетионин
РНК-полимеразаМногоОдинМного
EF-2 /EF-GЧувствительны к дифтерийный токсинУстойчив к дифтерийному токсинуЧувствительность к дифтерийному токсину

Археи были отделены как третий домен из-за больших различий в их структуре рибосомных РНК. Конкретная молекула 16S рРНК является ключом к производству белков во всех организмах. Поскольку эта функция настолько важна для жизни, организмы с мутациями в их 16S рРНК вряд ли выживут, что приведет к большой (но не абсолютной) стабильности в структуре этого полинуклеотида на протяжении поколений. 16S рРНК достаточно велика, чтобы показывать специфические для организма вариации, но все же достаточно мала, чтобы ее можно было быстро сравнить. В 1977 году Карл Вёзе, микробиолог, изучающий генетические последовательности организмов, разработал новый метод сравнения, который включал расщепление РНК на фрагменты, которые можно было отсортировать и сравнить с другими фрагментами других организмов.[14] Чем больше сходства между видами, тем теснее они связаны.[64]

Вез использовал свой новый метод сравнения рРНК, чтобы классифицировать и противопоставлять различные организмы. Он сравнил множество видов и наткнулся на группу метаногенов с рРНК, сильно отличающуюся от любых известных прокариот или эукариот.[14] Эти метаногены были намного больше похожи друг на друга, чем на другие организмы, что привело Вёзе к предложению нового домена архей.[14] Его эксперименты показали, что археи были генетически больше похожи на эукариот, чем на прокариот, хотя по строению они были больше похожи на прокариот.[65] Это привело к выводу, что археи и эукарии имели общего предка более позднего, чем эукарии и бактерии.[65] Развитие ядра произошло после раскола между Бактериями и этим общим предком.[65][1]

Уникальным свойством архей является обильное использование липидов, связанных с эфиром, в их клеточных мембранах. Эфирные связи более химически стабильны, чем сложноэфирные связи, обнаруженные в бактериях и эукариях, что может быть фактором, способствующим способности многих архей выживать в экстремальных условиях, которые создают тяжелую нагрузку на клеточные мембраны, например, при сильной жаре и соленость. Сравнительный анализ геномов архей также выявил несколько молекулярных сохраненные индели подписи и сигнатурные белки, уникально присутствующие либо во всех архее, либо в различных основных группах архей.[66][67][68] Еще одна уникальная особенность архей, которой нет ни у каких других организмов, - это метаногенез (метаболическое производство метана). Метаногенные археи играют ключевую роль в экосистемах с организмами, которые получают энергию от окисления метана, многие из которых являются бактериями, поскольку они часто являются основным источником метана в таких средах и могут играть роль основных продуцентов. Метаногены также играют решающую роль в углеродном цикле, разлагая органический углерод до метана, который также является одним из основных парниковых газов.[69]

Отношение к бактериям

EuryarchaeotaНаноархейCrenarchaeotaПростейшиеВодорослиРастениеФормы для слизиЖивотноеГрибокГрамположительные бактерииХламидииХлорофлексиАктинобактерииПланктомицетыСпирохетыФузобактерииЦианобактерииТермофилыАцидобактерииПротеобактерии
Филогенетическое дерево показывая связь между археями и другими сферами жизни. Эукариоты окрашены в красный цвет, археи - в зеленый и бактерии синий. По материалам Ciccarelli et al. (2006)[70]

Отношения между три домена имеют центральное значение для понимания происхождения жизни. Большинство из метаболические пути, являющиеся объектом большинства генов организма, являются общими для архей и бактерий, тогда как большинство генов, участвующих в экспрессия генома распространены между архей и эукарией.[71] Внутри прокариот клеточная структура архей наиболее похожа на структуру клеток. грамположительный бактерии, в основном потому, что оба имеют единственный липидный бислой[72] и обычно содержат толстый саккулус (экзоскелет) различного химического состава.[73] В некоторых филогенетических деревьях, основанных на различных последовательностях генов / белков прокариотических гомологов, архейные гомологи более тесно связаны с гомологами грамположительных бактерий.[72] Археи и грамположительные бактерии также имеют инделы в ряде важных белков, таких как Hsp70 и глютамин синтетаза Я;[72][74] но филогения этих генов была интерпретирована как выявление междоменного переноса генов,[75][76] и может не отражать отношения между организмами.[77]

Было высказано предположение, что археи произошли от грамположительных бактерий в ответ на действие антибиотиков. давление отбора.[72][74][78] Об этом свидетельствует наблюдение, что археи устойчивы к широкому спектру антибиотиков, которые продуцируются в основном грамположительными бактериями,[72][74] и что эти антибиотики действуют в первую очередь на гены, которые отличают археи от бактерий. Предполагается, что селективное давление на устойчивость, вызванное грамположительными антибиотиками, в конечном итоге было достаточным, чтобы вызвать обширные изменения во многих генах-мишенях антибиотиков, и что эти штаммы представляют общих предков современных архей.[78] Эволюция архей в ответ на отбор антибиотиков или любое другое конкурентное давление отбора может также объяснить их адаптацию к экстремальным условиям (например, высокой температуре или кислотности) в результате поиска незанятых ниш, чтобы убежать от организмов, продуцирующих антибиотики;[78][79] Кавалер-Смит сделал аналогичное предложение.[80] Это предложение также подтверждается другими исследованиями структурных взаимосвязей белков.[81] и исследования, которые предполагают, что грамположительные бактерии могут составлять самые ранние ветви ветвления в прокариотах.[82]

Отношение к эукариотам

Эволюционные отношения между археями и эукариоты остается неясным. Помимо сходства в структуре и функциях клеток, которые обсуждаются ниже, многие генетические деревья группируют их.[83]

Осложняющие факторы включают утверждения о том, что отношения между эукариотами и типом архей Crenarchaeota ближе, чем отношения между Euryarchaeota и тип Crenarchaeota[84] и наличие генов, подобных архейам, у некоторых бактерий, таких как Thermotoga maritima, из горизонтальный перенос генов.[85] Стандартная гипотеза утверждает, что предок эукариот рано отошел от архей,[86][87] и что эукариоты возникли в результате слияния архей и эубактерий, которые стали ядром и цитоплазма; эта гипотеза объясняет различные генетические сходства, но сталкивается с трудностями при объяснении клеточной структуры.[84] Альтернативная гипотеза, гипотеза эоцитов, утверждает, что Эукариоты возник относительно поздно из архей.[88]

Линия архей, обнаруженная в 2015 году, Локиархей (предлагаемого нового типа "Lokiarchaeota "), названный в честь гидротермальный источник называется Замок Локи в Северном Ледовитом океане, как выяснилось, является наиболее близким родственником эукариотам, известным в то время. Его называют промежуточным организмом между прокариотами и эукариотами.[89][90]

С тех пор было обнаружено несколько сестринских типов "Lokiarchaeota" ("Торархеота ", "Odinarchaeota ", "Heimdallarchaeota "), вместе составляя новую предложенную супергруппу Асгард, который может появиться как родственный таксон для Протеоархеи.[30][5][91]

Детали взаимоотношений членов Асгарда и эукариот все еще обсуждаются,[92] хотя в январе 2020 года ученые сообщили, что Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum, тип архей Асгарда, может быть возможным связующим звеном между простыми прокариотический и сложный эукариотический микроорганизмов около двух миллиардов лет назад.[93][94]

Морфология

Индивидуальные археи колеблются от 0,1микрометры (мкм) до более 15 мкм в диаметре и встречаются в различных формах, обычно в виде сфер, стержней, спиралей или пластин.[95] Другие морфологии в Crenarchaeota включают в себя лопастные клетки неправильной формы Сульфолобус, игольчатые нити диаметром менее половины микрометра в Термопленка, и почти идеально прямоугольные стержни в Термопротеус и Pyrobaculum.[96] Археи в роду Haloquadratum Такие как Haloquadratum walsbyi представляют собой плоские квадратные экземпляры, обитающие в гиперсоленых бассейнах.[97] Эти необычные формы, вероятно, поддерживаются как их клеточными стенками, так и прокариотический цитоскелет. Белки, относящиеся к компонентам цитоскелета других организмов, существуют в архее,[98] и волокна образуются внутри их клеток,[99] но в отличие от других организмов эти клеточные структуры плохо изучены.[100] В Термоплазма и Ферроплазма отсутствие клеточная стенка означает, что клетки имеют неправильную форму и могут напоминать амебы.[101]

Некоторые виды образуют агрегаты или волокна клеток длиной до 200 мкм.[95] Эти организмы могут быть заметны в биопленки.[102] Примечательно, что совокупность Термококк коалесценция клетки сливаются в культуре, образуя отдельные гигантские клетки.[103] Археи в роду Pyrodictium создать сложную многоклеточную колонию, состоящую из множества длинных и тонких полых трубок, называемых канюли которые выступают с поверхности ячеек и соединяют их в плотную кустовидную агломерацию.[104] Функция этих канюль не определена, но они могут обеспечивать связь или обмен питательными веществами с соседями.[105] Существуют многовидовые колонии, такие как сообщество «жемчужной нити», которое было обнаружено в 2001 году на немецком болоте. Округлые беловатые колонии нового вида Euryarchaeota расположены вдоль тонких волокон, длина которых может достигать 15 сантиметров (5,9 дюйма); эти нити состоят из бактерий определенного вида.[106]

Структура, разработка состава и работа

Археи и бактерии в целом похожи клетка структура, но состав и организация клеток отличают архей. Как и у бактерий, у архей отсутствуют внутренние мембраны и органеллы.[60] Подобно бактериям, клеточные мембраны архей обычно ограничены клеточная стенка и они плавают, используя один или несколько жгутики.[107] Структурно археи больше всего похожи на грамположительные бактерии. Большинство из них имеют единую плазматическую мембрану и клеточную стенку и не имеют периплазматическое пространство; Исключением из этого общего правила является Игникокк, которые обладают особенно большой периплазмой, содержащей мембраносвязанные пузырьки и окружен внешней мембраной.[108]

Клеточная стенка и жгутики

Дальнейшая информация: Клеточная стенка § Стенки архейных клеток

Большинство архей (но не Термоплазма и Ферроплазма ) обладают клеточной стенкой.[101] У большинства архей стенка состоит из белков поверхностного слоя, которые образуют S-слой.[109] S-слой - это жесткий массив белковых молекул, который покрывает внешнюю часть клетки (например, кольчуга ).[110] Этот слой обеспечивает как химическую, так и физическую защиту и может предотвратить макромолекулы от контакта с клеточной мембраной.[111] В отличие от бактерий, у архей нет пептидогликан в их клеточных стенках.[112] Метанобактерии есть клеточные стенки, содержащие псевдопептидогликан, который напоминает эубактериальный пептидогликан по морфологии, функциям и физической структуре, но псевдопептидогликан отличается по химической структуре; не хватает D-аминокислоты и N-ацетилмурамовая кислота, заменив последнее на N-ацетилталозаминуроновая кислота.[111]

Жгутики архей известны как архаэлла, которые действуют как бактериальные жгутики - их длинные стебли приводятся в движение ротационными двигателями в основании. Эти двигатели питаются от протонный градиент поперек мембраны, но архаеллы заметно различаются по составу и развитию.[107] Два типа жгутиков произошли от разных предков. Жгутик бактерий имеет общего предка с система секреции типа III,[113][114] в то время как жгутики архей, по-видимому, произошли от бактериальных пили IV типа.[115] В отличие от бактериального жгутика, который является полым и собран из субъединиц, движущихся вверх по центральной поре к кончику жгутика, жгутики архей синтезируются путем добавления субъединиц в основании.[116]

Мембраны

Мембранные конструкции. Вершина, фосфолипид архей: 1, изопреновые цепи; 2, эфирные связи; 3, L-глицерин часть; 4, фосфатная группа. Середина, бактериальный или эукариотический фосфолипид: 5, цепи жирных кислот; 6, сложноэфирные связи; 7, D-глицерин часть; 8, фосфатная группа. Нижний: 9, липидный бислой бактерий и эукариот; 10, липидный монослой некоторых архей.

Мембраны архей состоят из молекул, которые заметно отличаются от таковых у всех других форм жизни, что показывает, что археи лишь отдаленно связаны с бактериями и эукариотами.[117] Во всех организмах клеточные мембраны состоят из молекул, известных как фосфолипиды. Эти молекулы обладают как полярный часть, которая растворяется в воде ( фосфат «голова»), и «жирная» неполярная часть, которая не имеет (липидный хвост). Эти разнородные части соединены глицерин часть. В воде фосфолипиды группируются головами к воде, а хвостами - от нее. Основная структура клеточных мембран - двойной слой этих фосфолипидов, который называется липидный бислой.[118]

Фосфолипиды архей необычны по четырем причинам:

  • У них есть мембраны, состоящие из глицерина.эфирные липиды, тогда как у бактерий и эукариот мембраны состоят в основном из глицерина.сложный эфир липиды.[119] Разница заключается в типе связи, которая соединяет липиды с фрагментом глицерина; два типа показаны желтым на рисунке справа. В сложноэфирных липидах это эфирная связь, тогда как в эфирных липидах это эфирная связь.[120]
  • В стереохимия фрагмента глицерина архей является зеркальным отражением такового у других организмов. Фрагмент глицерина может существовать в двух формах, которые являются зеркальным отображением друг друга, и называются энантиомеры. Подобно тому, как правая рука не помещается в перчатку для левой руки, энантиомеры одного типа обычно не могут быть использованы или произведены ферменты адаптирован для другого. Фосфолипиды архей построены на основе sn-глицерин-1-фосфат, который является энантиомером sn-глицерин-3-фосфат, фосфолипидный остов, обнаруженный у бактерий и эукариот. Это говорит о том, что археи используют совершенно разные ферменты для синтеза фосфолипидов по сравнению с бактериями и эукариотами. Такие ферменты возникли очень рано в истории жизни, что указывает на раннее отделение от двух других доменов.[117]
  • Липидные хвосты архей отличаются от липидных хвостов других организмов тем, что в их основе лежат длинные изопреноид цепи с множеством боковых ответвлений, иногда с циклопропан или же циклогексан кольца.[121] Напротив, жирные кислоты в мембранах других организмов есть прямые цепи без боковых ответвлений или колец. Хотя изопреноиды играют важную роль в биохимии многих организмов, только археи используют их для производства фосфолипидов. Эти разветвленные цепи могут помочь предотвратить утечку мембран архей при высоких температурах.[122]
  • У некоторых архей липидный бислой заменен монослоем. По сути, археи сливают хвосты двух молекул фосфолипидов в одну молекулу с двумя полярными головками (a Bolaamphiphile ); это слияние может сделать их мембраны более жесткими и более устойчивыми к суровым условиям окружающей среды.[123] Например, липиды в Ферроплазма относятся к этому типу, который, как считается, помогает выживанию этого организма в его высококислой среде обитания.[124]

Метаболизм

Дальнейшая информация: Микробный метаболизм

Археи протекают в самых разнообразных химических реакциях. метаболизм и использовать множество источников энергии. Эти реакции подразделяются на группы питания, в зависимости от источников энергии и углерода. Некоторые археи получают энергию от неорганические соединения Такие как сера или же аммиак (они есть хемотрофы ). К ним относятся нитрификаторы, метаногены и анаэробный метан окислители.[125] В этих реакциях одно соединение передает электроны другому (в редокс реакция), высвобождая энергию для подпитки деятельности элемента. Одно соединение действует как донор электронов и один как акцептор электронов. Выделяемая энергия используется для производства аденозинтрифосфат (ATP) через хемиосмос, тот же базовый процесс, который происходит в митохондрия эукариотических клеток.[126]

Другие группы архей используют солнечный свет в качестве источника энергии (они фототрофы ), но генерирующие кислород фотосинтез не встречается ни в одном из этих организмов.[126] Многие основные метаболические пути распространены среди всех форм жизни; например, археи используют модифицированную форму гликолиз (в Путь Энтнера – Дудорова ) и либо полное, либо частичное цикл лимонной кислоты.[127] Это сходство с другими организмами, вероятно, отражает как раннее происхождение в истории жизни, так и их высокий уровень эффективности.[128]

Типы питания в метаболизме архей
Тип питанияИсточник энергииИсточник углеродаПримеры
 Фототрофы   Солнечный свет Органические соединения Галобактерии  
 Литотрофы Неорганические соединения Органические соединения или фиксация углерода Ферроглобус, Метанобактерии или же Пиролобус  
 Органотрофы Органические соединения Органические соединения или фиксация углерода   Пирококк, Сульфолобус или же Methanosarcinales  

Некоторые эвриархеи метаногены (археи, производящие метан в результате метаболизма), живущие в анаэробная среда, например, болота. Эта форма метаболизма возникла рано, и даже возможно, что первым свободноживущим организмом был метаноген.[129] Обычная реакция связана с использованием углекислый газ как акцептор электронов для окисления водород. Метаногенез включает в себя ряд коферменты которые уникальны для этих архей, такие как коэнзим М и метанофуран.[130] Другие органические соединения, такие как спирты, уксусная кислота или же муравьиная кислота используются как альтернатива акцепторы электронов метаногенами. Эти реакции типичны для кишка -жилые археи. Уксусная кислота также распадается на метан и углекислый газ напрямую, ацетотрофный археи. Эти ацетотрофы относятся к архее в отряде Methanosarcinales, и являются основной частью сообществ микроорганизмов, производящих биогаз.[131]

Бактериородопсин из Halobacterium salinarum. Ретинол кофактор а остатки, участвующие в переносе протона, показаны как клюшечные модели.[132]

Другое использование архей CO
2 в атмосфера в качестве источника углерода в процессе, называемом фиксация углерода (они есть автотрофы ). Этот процесс включает либо сильно модифицированную форму Цикл Кальвина[133] или другой метаболический путь, называемый циклом 3-гидроксипропионат / 4-гидроксибутират.[134] Кренархеи также используют обратный цикл Кребса в то время как Euryarchaeota также используют восстановительный путь ацетил-КоА.[135] Фиксация углерода обеспечивается за счет неорганических источников энергии. Никакие известные археи не проводят фотосинтез [136] (Галобактерии является единственным известным археоном фототрофов, но он использует процесс, альтернативный фотосинтезу). Источники энергии архей чрезвычайно разнообразны и варьируются от окисления аммиак посредством Nitrosopumilales[137][138] к окислению сероводород или элементаль сера по видам Сульфолобус, используя в качестве акцепторов электронов ионы кислорода или металлов.[126]

Фототрофный археи используют свет для производства химической энергии в форме АТФ. в Галобактерии, световые ионные насосы, такие как бактериородопсин и галородопсин генерировать ионные градиенты, откачивая ионы из и внутрь ячейки через плазматическая мембрана. Энергия, хранящаяся в этих электрохимические градиенты затем превращается в АТФ с помощью АТФ-синтаза.[95] Этот процесс представляет собой форму фотофосфорилирование. Способность этих насосов с приводом от света перемещать ионы через мембраны зависит от вызванных светом изменений в структуре ретинол кофактор закопанный в центре белок.[139]

Генетика

Дальнейшая информация: Плазмида и Геном

У архей обычно бывает один круговая хромосома,[140] с 5,751,492пар оснований в Methanosarcina acetivorans,[141] крупнейший известный геном архей. Крошечный геном из 490,885 пар оснований Nanoarchaeum equitans составляет одну десятую этого размера и является самым маленьким известным геномом архей; по оценкам, он содержит всего 537 генов, кодирующих белок.[142] Более мелкие независимые фрагменты ДНК, называемые плазмиды, также встречаются у архей. Плазмиды могут передаваться между клетками при физическом контакте в процессе, который может быть похож на бактериальная конъюгация.[143][144]

Сульфолобус заражен ДНК-вирус STSV1.[145] Бар 1микрометр.

Археи генетически отличаются от бактерий и эукариот, при этом до 15% белков, кодируемых любым геномом архей, уникальны для этого домена, хотя функции большинства этих уникальных генов неизвестны.[146] Из остальных уникальных белков, которые имеют идентифицированную функцию, большинство принадлежит Euryarchaeota и участвует в метаногенезе. Белки, которые разделяют археи, бактерии и эукариоты, образуют общее ядро ​​функции клетки, в основном связанное с транскрипция, перевод, и метаболизм нуклеотидов.[147] Другими характерными особенностями архей являются организация генов, выполняющих родственные функции, например ферментов, которые катализируют этапы одного и того же метаболический путь в роман опероны, и большие различия в тРНК гены и их аминоацил тРНК синтетазы.[147]

Транскрипция в архее больше похожа на эукариотическую, чем на бактериальную транскрипцию. РНК-полимераза очень близок к своему эквиваленту у эукариот,[140] в то время как архейный перевод показывает признаки как бактериальных, так и эукариотических эквивалентов.[148] Хотя археи имеют только один тип РНК-полимеразы, ее структура и функция при транскрипции, по-видимому, близка к таковой у эукариот. РНК-полимераза II, с похожими белковыми ансамблями ( общие факторы транскрипции ) направляя связывание РНК-полимеразы с генами промоутер,[149] но другие археи факторы транскрипции ближе к бактериям.[150] Посттранскрипционная модификация проще, чем у эукариот, поскольку у большинства генов архей отсутствуют интроны, хотя интронов в их переносить РНК и рибосомная РНК гены[151] и интроны могут встречаться в нескольких генах, кодирующих белок.[152][153]

Перенос генов и генетический обмен

Haloferax volcanii, крайняя галофильная архея, образует цитоплазматические мостики между клетками, которые, по-видимому, используются для передачи ДНК от одной клетки к другой в любом направлении.[154]

Когда гипертермофильные археи Sulfolobus solfataricus[155] и Sulfolobus acidocaldarius[156] подвергаются разрушающему ДНК УФ-облучению или агентам блеомицин или же митомицин С, индуцируется видоспецифическая клеточная агрегация. Агрегация в S. solfataricus не могут быть вызваны другими физическими факторами стресса, такими как изменение pH или температуры,[155] предполагая, что агрегация вызывается специфически Повреждение ДНК. Ajon et al.[156] показали, что УФ-индуцированная агрегация клеток опосредует обмен хромосомными маркерами с высокой частотой в S. acidocaldarius. Скорость рекомбинации превышала таковую неиндуцированных культур до трех порядков. Frols et al.[155][157] и Ajon et al.[156] предположили, что клеточная агрегация усиливает видоспецифичный перенос ДНК между Сульфолобус клетки, чтобы обеспечить усиленное восстановление поврежденной ДНК с помощью гомологичная рекомбинация. Этот ответ может быть примитивной формой полового взаимодействия, подобной более хорошо изученным системам бактериальной трансформации, которые также связаны с видоспецифическим переносом ДНК между клетками, ведущим к гомологичной рекомбинационной репарации повреждений ДНК.[158]

Вирусы архей

Археи являются целью целого ряда вирусы в разнообразной виросфере, отличной от бактериальных и эукариотических вирусов. На данный момент они разделены на 15-18 семейств, основанных на ДНК, но несколько видов остаются неизолированными и ждут классификации.[159][160][161] Эти семейства можно неформально разделить на две группы: специфичные для архей и космополитические. Вирусы, специфичные для архей, нацелены только на архейские виды и в настоящее время включают 12 семейств. В этой группе наблюдались многочисленные уникальные, ранее не идентифицированные вирусные структуры, в том числе вирусы в форме бутылки, веретена, спирали и капли.[160] Хотя репродуктивные циклы и геномные механизмы у видов, специфичных для архей, могут быть похожи на другие вирусы, они обладают уникальными характеристиками, которые были специально разработаны из-за морфологии клеток-хозяев, которые они заражают.[159] Их механизмы высвобождения вируса отличаются от других фагов. Бактериофаги обычно проходят либо литический пути лизогенный путей или (редко) их сочетание.[162] Большинство специфичных для архей вирусных штаммов поддерживают стабильные, отчасти лизогенные отношения со своими хозяевами, что проявляется как хроническая инфекция. Это включает постепенное и непрерывное производство и выпуск вирионы без убийства клетки-хозяина.[163] Прангишили (2013) отметил, что была выдвинута гипотеза, что хвостатые архейные фаги произошли от бактериофагов, способных инфицировать галоархей разновидность. Если гипотеза верна, можно сделать вывод, что другие двухцепочечные ДНК-вирусы которые составляют остальную часть специфической для архей группы, представляют собой свою собственную уникальную группу в мировом вирусном сообществе. Крупович и др. (2018) заявляет, что высокий уровень горизонтальный перенос генов, высокая скорость мутаций в вирусных геномах и отсутствие универсальных генных последовательностей заставили исследователей рассматривать эволюционный путь архейных вирусов как сеть. Отсутствие сходства между филогенетические маркеры в этой сети и в глобальной виросфере, а также внешние связи с невирусными элементами могут указывать на то, что некоторые виды специфичных для архей вирусов произошли от невирусных мобильные генетические элементы (MGE).[160]

Эти вирусы наиболее подробно изучены в термофилах, особенно в отрядах Sulfolobales и Thermoproteales.[164] Две группы одноцепочечные ДНК-вирусы эти инфицированные археи были недавно изолированы. Одна группа представлена Плеоморфный вирус Halorubrum 1 (Pleolipoviridae ) заражение галофильных архей,[165] а другой Вирус спиралевидной формы Aeropyrum (Спиравиры ) заражение гипертермофильного (оптимальный рост при 90–95 ° C) хозяина.[166] Примечательно, что последний вирус имеет самый крупный в настоящее время геном оцДНК. Защита от этих вирусов может включать: РНК-интерференция из повторяющаяся ДНК последовательности, относящиеся к генам вирусов.[167][168]

Размножение

Дальнейшая информация: Бесполое размножение

Археи размножаются бесполым путем бинарным или множественным деление, фрагментация или подающий надежды; митоз и мейоз не встречаются, поэтому, если вид архей существует в более чем одной форме, все они имеют один и тот же генетический материал.[95] Деление клеток контролируется в клеточный цикл; после камеры хромосома реплицируется, и две дочерние хромосомы разделяются, клетка делится.[169] В роду Сульфолобус, цикл имеет характеристики, схожие как с бактериальной, так и с эукариотической системами. Хромосомы реплицируются из нескольких начальных точек (истоки репликации ) с помощью ДНК-полимеразы которые напоминают эквивалентные эукариотические ферменты.[170]

У Euryarchaeota белок деления клеток FtsZ, которое образует сжимающееся кольцо вокруг клетки, а компоненты перегородка которые построены по центру клетки, похожи на их бактериальные эквиваленты.[169] В cren-[171][172] и таумархеи,[173] механизм клеточного деления Cdv выполняет аналогичную роль. Этот механизм связан с механизмом эукариотического ESCRT-III, который, хотя и наиболее известен своей ролью в сортировке клеток, также, как было замечено, выполняет роль в разделении между разделенными клетками, предполагая предковую роль в делении клеток.[174]

И бактерии, и эукариоты, но не археи, производят споры.[175] Некоторые виды Галоархеи пройти фенотипическое переключение и растут как несколько различных типов клеток, включая толстостенные структуры, устойчивые к осмотический шок и позволяют архее выжить в воде при низких концентрациях соли, но это не репродуктивные структуры, а вместо этого может помочь им достичь новых мест обитания.[176]

Экология

Среды обитания

Археи, растущие в горячей воде Утренней Славы Горячий источник в Йеллоустонский Национальный Парк производить яркий цвет

Археи существуют в широком диапазоне среда обитания, и теперь признаны в качестве основной части глобальной экосистемы,[19] и может составлять около 20% микробных клеток в океанах.[177] Однако первые обнаруженные археи были экстремофилы.[125] Действительно, некоторые археи выживают при высоких температурах, часто выше 100 ° C (212 ° F), как обнаружено в гейзеры, черные курильщики, и нефтяные скважины. Другие распространенные места обитания включают очень холодные места обитания и очень физиологический раствор, кислый, или же щелочной вода, но археи включают мезофилы которые растут в мягких условиях, в болота и болото, сточные воды, то океаны, то кишечного тракта животных, и почвы.[19]

Экстремофильные археи входят в четыре основных физиологический группы. Эти галофилы, термофилы, алкалифилы, и ацидофилы.[178] Эти группы не являются ни всеобъемлющими, ни специфичными для типа, ни взаимоисключающими, поскольку некоторые археи принадлежат к нескольким группам. Тем не менее, они являются полезной отправной точкой для классификации.[179]

Галофилы, включая род Галобактерии, живут в чрезвычайно соленых средах, таких как соленые озера и превосходят по численности их бактериальные аналоги при солености более 20–25%.[125] Термофилы лучше всего растут при температуре выше 45 ° C (113 ° F) в таких местах, как горячие источники; гипертермофильный Археи оптимально растут при температуре выше 80 ° C (176 ° F).[180] Архей Methanopyrus kandleri Штамм 116 может воспроизводиться даже при 122 ° C (252 ° F), самой высокой зарегистрированной температуре среди всех организмов.[181]

Другие археи существуют в очень кислых или щелочных условиях.[178] Например, один из самых крайних ацидофилов архей - Picrophilus torridus, который растет при pH 0, что эквивалентно росту в 1,2коренной зуб серная кислота.[182]

Эта устойчивость к экстремальным условиям окружающей среды сделала архей центром спекуляций о возможных свойствах внеземная жизнь.[183] Некоторые среды обитания экстремофилов не отличаются от Марс,[184] что привело к предположению, что жизнеспособные микробы могут передаваться между планетами в метеориты.[185]

Недавно несколько исследований показали, что археи существуют не только в мезофильных и термофильных средах, но также присутствуют, иногда в больших количествах, при низких температурах. Например, археи распространены в холодных океанических средах, таких как полярные моря.[186] Еще более значительным является большое количество архей, обнаруженных по всему миру в неэкстремальных средах обитания среди планктон сообщество (в составе пикопланктон ).[187] Хотя эти археи могут присутствовать в чрезвычайно большом количестве (до 40% микробной биомассы), почти ни один из этих видов не был изолирован и изучен в чистая культура.[188] Следовательно, наше понимание роли архей в экологии океана рудиментарно, поэтому их влияние на глобальные биогеохимический циклы остаются в значительной степени неизученными.[189] Некоторые морские Crenarchaeota способны нитрификация, предполагая, что эти организмы могут влиять на океанические азотный цикл,[137] хотя эти океанические кренархеи могут также использовать другие источники энергии.[190]

Огромное количество архей также встречается в отложения которые охватывают морское дно, причем эти организмы составляют большинство живых клеток на глубине более 1 метра ниже дна океана.[191][192] Было продемонстрировано, что во всех поверхностных отложениях океана (на глубине от 1000 до 10 000 м) влияние вирусной инфекции на археи выше, чем на бактерии, а лизис архей, вызванный вирусами, составляет до одной трети общая гибель микробной биомассы, в результате чего во всем мире выделяется от ~ 0,3 до 0,5 гигатонн углерода в год.[193]

Роль в химическом цикле

Дальнейшая информация: Биогеохимический цикл

Археи перерабатывают такие элементы, как углерод, азот, и сера через их различные среды обитания.[194] Археи делают много шагов в азотный цикл. Это включает в себя обе реакции, которые удаляют азот из экосистем (например, нитрат -основное дыхание и денитрификация ), а также процессы, которые вводят азот (такие как ассимиляция нитратов и азотфиксация ).[195][196]Исследователи недавно обнаружили участие архей в аммиак реакции окисления. Эти реакции особенно важны в океанах.[138][197] Археи также имеют решающее значение для окисления аммиака в почвах. Они производят нитрит, которые затем окисляются другими микробами до нитрат. Последние потребляют растения и другие организмы.[198]

в цикл серы, археи, которые растут за счет окисления сера соединения высвобождают этот элемент из горных пород, делая его доступным для других организмов, но археи, которые это делают, например Сульфолобус, производить серная кислота как отходы, и рост этих организмов на заброшенных шахтах может способствовать кислотный дренаж шахты и другой экологический ущерб.[199]

в цикл углерода, археи-метаногены удаляют водород и играют важную роль в разложении органического вещества популяциями микроорганизмов, которые действуют как разлагатели в анаэробных экосистемах, таких как отложения, болота и очистка сточных вод работает.[200]

Взаимодействие с другими организмами

Дальнейшая информация: Биологическое взаимодействие
Метаногенные археи образуют симбиоз с термиты.

Хорошо описанные взаимодействия между археями и другими организмами либо взаимный или же комменсальный. Нет четких примеров известных архей патогены или же паразиты,[201][202] но было высказано предположение, что некоторые виды метаногенов участвуют в инфекции во рту,[203][204] и Nanoarchaeum equitans может быть паразитом другого вида архей, так как он выживает и воспроизводится только в клетках кренархей. Игникокк больничный,[142] и, похоже, не приносит пользы хозяин.[205]

Мутуализм

Один хорошо понятный пример мутуализм это взаимодействие между простейшие и метаногенные археи в пищеварительном тракте животных, переваривающих целлюлоза, Такие как жвачные животные и термиты.[206] В этих анаэробных средах простейшие расщепляют растительную целлюлозу для получения энергии. Этот процесс выделяет водород как побочный продукт, но высокие уровни водорода снижают производство энергии. Когда метаногены превращают водород в метан, простейшие получают больше энергии.[207]

У анаэробных простейших, таких как Plagiopyla frontata, археи проживают внутри простейших и потребляют водород, производимый в их гидрогеносомы.[208][209] Археи также связаны с более крупными организмами. Например, морской архей Кенархей симбиоз живет внутри (это эндосимбионт из губка Axinella mexicana.[210]

Комменсализм

Археи также могут быть комменсалами, извлекая пользу из ассоциации, не помогая и не причиняя вреда другому организму. Например, метаноген Метанобревибактер кузнец безусловно, самый распространенный архей в человеческая флора, составляя примерно одну из десяти всех прокариот в кишечнике человека.[211] У термитов и у людей эти метаногены могут быть мутуалистами, взаимодействуя с другими микробами в кишечнике, чтобы помочь пищеварению.[212] Сообщества архейцев также связаны с рядом других организмов, например, на поверхности кораллы,[213] и в области почвы, окружающей корни растений ( ризосфера ).[214][215]

Значение в технологиях и промышленности

Дальнейшая информация: Биотехнологии

Экстремофил археи, особенно те, которые устойчивы к высокой температуре или экстремальной кислотности и щелочности, являются источником ферменты которые функционируют в этих суровых условиях.[216][217] Эти ферменты нашли множество применений. Например, термостабильный ДНК-полимеразы, такой как ДНК-полимераза Pfu из Pyrococcus furiosus революционизировал молекулярная биология разрешив полимеразной цепной реакции для использования в исследованиях как простой и быстрый метод для клонирование ДНК. В промышленности амилазы, галактозидазы и пуллуланазы у других видов Пирококк эта функция при температуре выше 100 ° C (212 ° F) позволяет переработка пищевых продуктов при высоких температурах, таких как производство низких лактоза молоко и сыворотка.[218] Ферменты этих термофильных архей также очень стабильны в органических растворителях, что позволяет использовать их в экологически безопасных процессах в зеленая химия которые синтезируют органические соединения.[217] Эта стабильность упрощает их использование в структурная биология. Следовательно, аналоги бактериальных или эукариотических ферментов из экстремофильных архей часто используются в структурных исследованиях.[219]

В отличие от области применения ферментов архей, использование самих организмов в биотехнологии менее развито. Метаногенные археи являются важной частью очистка сточных вод, поскольку они являются частью сообщества микроорганизмов, осуществляющих анаэробное пищеварение и производить биогаз.[220] В переработка полезных ископаемых, ацидофильные археи перспективны для извлечения металлов из руды, включая золото, кобальт и медь.[221]

Археи содержат новый класс потенциально полезных антибиотики. Некоторые из них археоцины были охарактеризованы, но считается, что существуют еще сотни, особенно в Галоархеи и Сульфолобус. Эти соединения отличаются по структуре от бактериальных антибиотиков, поэтому они могут иметь новые механизмы действия. Кроме того, они могут позволить создание новых выбираемые маркеры для использования в молекулярной биологии архей.[222]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (июнь 1990 г.). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 Вт. Дои:10.1073 / pnas.87.12.4576. ЧВК  54159. PMID  2112744.
  2. ^ а б «Таксоны выше ранга класса». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре. Получено 8 августа 2017.
  3. ^ Кавальер-Смит Т (2014). «Неомуранская революция и фаготрофное происхождение эукариот и ресничек в свете внутриклеточной коэволюции и пересмотренного древа жизни». Холодная весна Харб. Перспектива. Биол. 6 (9): a016006. Дои:10.1101 / cshperspect.a016006. ЧВК  4142966. PMID  25183828.
  4. ^ Петижан С., Дешам П., Лопес-Гарсия П., Морейра Д. (декабрь 2014 г.). «Укоренение домена архей с помощью филогеномного анализа поддерживает фундамент нового царства Proteoarchaeota». Геномная биология и эволюция. 7 (1): 191–204. Дои:10.1093 / gbe / evu274. ЧВК  4316627. PMID  25527841.
  5. ^ а б "Страница таксономии NCBI по архее".
  6. ^ Pace NR (май 2006 г.). "Время перемен". Природа. 441 (7091): 289. Bibcode:2006Натура.441..289П. Дои:10.1038 / 441289a. PMID  16710401. S2CID  4431143.
  7. ^ Stoeckenius W (октябрь 1981 г.). «Квадратная бактерия Уолсби: тонкая структура ортогонального прокариота». Журнал бактериологии. 148 (1): 352–60. Дои:10.1128 / JB.148.1.352-360.1981. ЧВК  216199. PMID  7287626.
  8. ^ "Основы биологии архей". Март 2018.
  9. ^ Банг С., Шмитц Р.А. (сентябрь 2015 г.). «Археи, связанные с человеческими поверхностями: нельзя недооценивать». Обзор микробиологии FEMS. 39 (5): 631–48. Дои:10.1093 / femsre / fuv010. PMID  25907112.
  10. ^ Moissl-Eichinger C, Pausan M, Taffner J, Berg G, Bang C, Schmitz RA (январь 2018). «Археи - интерактивные компоненты сложных микробиомов». Тенденции в микробиологии. 26 (1): 70–85. Дои:10.1016 / j.tim.2017.07.004. PMID  28826642.
  11. ^ Стейли Дж. Т. (ноябрь 2006 г.). «Дилемма бактериального вида и концепция геномно-филогенетического вида». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 361 (1475): 1899–909. Дои:10.1098 / rstb.2006.1914. ЧВК  1857736. PMID  17062409.
  12. ^ Цукеркандл Э, Полинг Л. (март 1965 г.). «Молекулы как документы эволюционной истории». Журнал теоретической биологии. 8 (2): 357–66. Дои:10.1016/0022-5193(65)90083-4. PMID  5876245.
  13. ^ Parks DH, Chuvochina M, Waite DW, Rinke C, Skarshewski A, Chaumeil PA, Hugenholtz P (ноябрь 2018 г.). «Стандартизированная бактериальная таксономия, основанная на филогении генома, существенно меняет древо жизни». Природа Биотехнологии. 36 (10): 996–1004. Дои:10.1038 / nbt.4229. PMID  30148503. S2CID  52093100.
  14. ^ а б c d Woese CR, Fox GE (ноябрь 1977 г.). «Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 74 (11): 5088–90. Bibcode:1977PNAS ... 74.5088W. Дои:10.1073 / пнас.74.11.5088. ЧВК  432104. PMID  270744.
  15. ^ Сапп Дж. (2009). Новые основы эволюции: на древе жизни. Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета. ISBN  978-0-19-973438-2.
  16. ^ Археи. (2008). В Онлайн-словарь Merriam-Webster. Проверено 1 июля 2008 г.
  17. ^ Magrum LJ, Luehrsen KR, Woese CR (май 1978 г.). «Неужели экстремальные галофилы на самом деле« бактерии »?». Журнал молекулярной эволюции. 11 (1): 1–8. Bibcode:1978JMolE..11 .... 1M. Дои:10.1007 / bf01768019. PMID  660662. S2CID  1291732.
  18. ^ Стеттер К.О. (1996). «Гипертермофилы в истории жизни». Симпозиум Фонда Ciba. 202: 1–10, обсуждение 11–8. PMID  9243007.
  19. ^ а б c Делонг Э.Ф. (декабрь 1998 г.). "Все в меру: археи как неэкстремофилы'". Текущее мнение в области генетики и развития. 8 (6): 649–54. Дои:10.1016 / S0959-437X (98) 80032-4. PMID  9914204.
  20. ^ Терон Дж., Клоэте TE (2000). «Молекулярные методы определения микробного разнообразия и структуры сообществ в естественной среде». Критические обзоры в микробиологии. 26 (1): 37–57. Дои:10.1080/10408410091154174. PMID  10782339. S2CID  5829573.
  21. ^ Шмидт TM (сентябрь 2006 г.). «Созревание микробной экологии» (PDF). Международная микробиология. 9 (3): 217–23. PMID  17061212. Архивировано из оригинал (PDF) 11 сентября 2008 г.
  22. ^ Геверс Д., Давиндт П., Вандамм П., Виллемс А., Ванканнейт М., Свингс Дж. И др. (Ноябрь 2006 г.). «Шаги к новой таксономии прокариот». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 361 (1475): 1911–16. Дои:10.1098 / rstb.2006.1915. ЧВК  1764938. PMID  17062410.
  23. ^ а б Робертсон CE, Харрис Дж. К., Спир-младший, Пейс Н. Р. (декабрь 2005 г.). «Филогенетическое разнообразие и экология экологических архей». Текущее мнение в микробиологии. 8 (6): 638–42. Дои:10.1016 / j.mib.2005.10.003. PMID  16236543.
  24. ^ Хубер Х., Хон М.Дж., Рэйчел Р., Фукс Т., Виммер В.К., Стеттер К.О. (май 2002 г.). «Новый тип архей, представленный наноразмерным гипертермофильным симбионтом». Природа. 417 (6884): 63–67. Bibcode:2002Натура 417 ... 63H. Дои:10.1038 / 417063a. PMID  11986665. S2CID  4395094.
  25. ^ Barns SM, Delwiche CF, Палмер JD, Pace NR (август 1996). «Перспективы разнообразия архей, термофилии и монофилии на основе экологических последовательностей рРНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 93 (17): 9188–93. Bibcode:1996PNAS ... 93.9188B. Дои:10.1073 / пнас.93.17.9188. ЧВК  38617. PMID  8799176.
  26. ^ Элкинс Дж. Г., Подар М., Грэм Д. Е., Макарова К. С., Вольф Ю., Рандау Л. и др. (Июнь 2008 г.). «Геном корархей раскрывает понимание эволюции архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (23): 8102–07. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. Дои:10.1073 / pnas.0801980105. ЧВК  2430366. PMID  18535141.
  27. ^ Бейкер Б.Дж., Тайсон Г.В., Уэбб Р.И., Фланаган Дж., Хугенгольц П., Аллен Э., Банфилд Дж. Ф. (декабрь 2006 г.). «Линии ацидофильных архей, выявленные геномным анализом сообщества». Наука. 314 (5807): 1933–35. Bibcode:2006Научный ... 314.1933B. Дои:10.1126 / наука.1132690. PMID  17185602. S2CID  26033384.
  28. ^ Бейкер Б.Дж., Комолли Л.Р., Дик Г.Дж., Хаузер Л.Дж., Хаятт Д., Дилл Б.Д. и др. (Май 2010 г.). «Загадочные, сверхмалые, невозделанные археи». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (19): 8806–11. Bibcode:2010PNAS..107.8806B. Дои:10.1073 / pnas.0914470107. ЧВК  2889320. PMID  20421484.
  29. ^ Гай Л., Эттема Т.Дж. (декабрь 2011 г.). «Суперфилум архей TACK и происхождение эукариот». Тенденции в микробиологии. 19 (12): 580–87. Дои:10.1016 / j.tim.2011.09.002. PMID  22018741.
  30. ^ а б Zaremba-Niedzwiedzka K, Caceres EF, Saw JH, Bäckström D, Juzokaite L, Vancaester E, et al. (Январь 2017 г.). «Археи Асгарда проливают свет на происхождение эукариотической клеточной сложности» (PDF). Природа. 541 (7637): 353–58. Bibcode:2017Натура.541..353Z. Дои:10.1038 / природа21031. OSTI  1580084. PMID  28077874. S2CID  4458094.
  31. ^ Уильямс Т.А., Сёллоши Г.Дж., Спанг А., Фостер П.Г., Хипс С.Е., Буссо Б. и др. (Июнь 2017 г.). «Интегративное моделирование генов и эволюции генома укореняет древо жизни архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 114 (23): E4602 – E4611. Дои:10.1073 / pnas.1618463114. ЧВК  5468678. PMID  28533395.
  32. ^ Кастель CJ, Банфилд JF (2018). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа жизни». Клетка. 172 (6): 1181–1197. Дои:10.1016 / j.cell.2018.02.016. PMID  29522741.
  33. ^ Зейтц К.В., Домбровски Н., Эме Л., Спанг А., Ломбард Дж., Зибер Дж. Р. и др. (Апрель 2019). «Археи Асгарда, способные к анаэробному круговороту углеводородов». Nature Communications. 10 (1): 1822. Bibcode:2019НатКо..10.1822С. Дои:10.1038 / с41467-019-09364-х. ЧВК  6478937. PMID  31015394.
  34. ^ de Queiroz K (май 2005 г.). «Эрнст Майр и современная концепция вида». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 102 (Приложение 1): 6600–07. Bibcode:2005PNAS..102.6600D. Дои:10.1073 / pnas.0502030102. ЧВК  1131873. PMID  15851674.
  35. ^ Эппли Дж. М., Тайсон Г. В., Гетц В. М., Банфилд Дж. Ф. (сентябрь 2007 г.). «Генетический обмен через границу между видами в архейном роду ферроплазма». Генетика. 177 (1): 407–16. Дои:10.1534 / genetics.107.072892. ЧВК  2013692. PMID  17603112.
  36. ^ Папке Р.Т., Жакыбаева О., Фейл Э.Дж., Зоммерфельд К., Муизе Д., Дулиттл В.Ф. (август 2007 г.). «Поиск видов в галоархее». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (35): 14092–97. Bibcode:2007ПНАС..10414092П. Дои:10.1073 / pnas.0706358104. ЧВК  1955782. PMID  17715057.
  37. ^ Кунин В., Голдовский Л., Дарзентас Н., Узунис К.А. (июль 2005 г.). «Сеть жизни: реконструкция филогенетической сети микробов». Геномные исследования. 15 (7): 954–59. Дои:10.1101 / гр.3666505. ЧВК  1172039. PMID  15965028.
  38. ^ Гугенгольц П. (2002). «Изучение прокариотического разнообразия в эпоху генома». Геномная биология. 3 (2): ОБЗОРЫ0003. Дои:10.1186 / gb-2002-3-2-reviews0003. ЧВК  139013. PMID  11864374.
  39. ^ Раппе MS, Джованнони SJ (2003). «Культурное микробное большинство» (PDF). Ежегодный обзор микробиологии. 57: 369–94. Дои:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284. S2CID  10781051.
  40. ^ «Возраст Земли». Геологическая служба США. 1997 г. В архиве с оригинала 23 декабря 2005 г.. Получено 10 января 2006.
  41. ^ Далримпл ГБ (2001). «Возраст Земли в двадцатом веке: проблема (в основном) решена». Специальные публикации, Геологическое общество Лондона. 190 (1): 205–21. Bibcode:2001ГСЛСП.190..205Д. Дои:10.1144 / GSL.SP.2001.190.01.14. S2CID  130092094.
  42. ^ Манхеса Г., Аллегр С.Дж., Дюпреа Б., Амлен Б. (1980). «Свинцовые изотопные исследования базовых-ультраосновных слоистых комплексов: предположения о возрасте Земли и характеристиках примитивной мантии». Письма по науке о Земле и планетах. 47 (3): 370–82. Bibcode:1980E и PSL..47..370M. Дои:10.1016 / 0012-821X (80) 90024-2.
  43. ^ de Duve C (Октябрь 1995 г.). «Начало жизни на Земле». Американский ученый. Получено 15 января 2014.
  44. ^ Тиммер Дж. (4 сентября 2012 г.). «Органические отложения возрастом 3,5 миллиарда лет демонстрируют признаки жизни». Ars Technica. Получено 15 января 2014.
  45. ^ Охтомо Ю., Какегава Т., Исида А., Нагасе Т., Розингм М.Т. (8 декабря 2013 г.). «Доказательства биогенного графита в метаосадочных породах Исуа раннего архея». Природа Геонауки. 7 (1): 25. Bibcode:2014НатГе ... 7 ... 25О. Дои:10.1038 / ngeo2025.
  46. ^ Боренштейн С (13 ноября 2013 г.). «Самая старая найденная окаменелость: познакомьтесь со своей мамой-микробом». Ассошиэйтед Пресс. Получено 15 ноября 2013.
  47. ^ Ноффке Н., Кристиан Д., Уэйси Д., Хазен Р. М. (декабрь 2013 г.). «Осадочные структуры, вызванные микробами, фиксирующие древнюю экосистему в формации Дрессер, возраст которой составляет около 3,48 миллиарда лет, Пилбара, Западная Австралия». Астробиология. 13 (12): 1103–24. Bibcode:2013AsBio..13.1103N. Дои:10.1089 / аст.2013.1030. ЧВК  3870916. PMID  24205812.
  48. ^ Боренштейн С (19 октября 2015 г.). «Намеки жизни на том, что считалось пустынной на ранней Земле». Возбудить. Йонкерс, штат Нью-Йорк: Интерактивная сеть Mindspark. Ассошиэйтед Пресс. Получено 20 октября 2015.
  49. ^ Белл EA, Boehnke P, Harrison TM, Mao WL (ноябрь 2015 г.). «Потенциально биогенный углерод, сохранившийся в цирконе возрастом 4,1 миллиарда лет» (PDF). Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. Национальная академия наук. 112 (47): 14518–21. Bibcode:2015ПНАС..11214518Б. Дои:10.1073 / pnas.1517557112. ЧВК  4664351. PMID  26483481.
  50. ^ Schopf JW (июнь 2006 г.). «Ископаемые свидетельства архейской жизни». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 361 (1470): 869–85. Дои:10.1098 / rstb.2006.1834. ЧВК  1578735. PMID  16754604.
  51. ^ Глава B, Альбрехт П., Михаэлис В. (июль 1982 г.). «Полярные липиды архебактерий в отложениях и нефтях». Наука. 217 (4554): 65–66. Bibcode:1982Наука ... 217 ... 65C. Дои:10.1126 / science.217.4554.65. PMID  17739984. S2CID  42758483.
  52. ^ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (август 1999 г.). «Архейские молекулярные окаменелости и ранний рост эукариот». Наука. 285 (5430): 1033–36. CiteSeerX  10.1.1.516.9123. Дои:10.1126 / science.285.5430.1033. PMID  10446042.
  53. ^ Расмуссен Б., Флетчер И. Р., Брокс Дж. Дж., Килберн М. Р. (октябрь 2008 г.). «Переоценка первого появления эукариот и цианобактерий». Природа. 455 (7216): 1101–4. Bibcode:2008 Натур.455.1101R. Дои:10.1038 / природа07381. PMID  18948954. S2CID  4372071.
  54. ^ Хан Дж, Хауг П. (1986). «Следы архебактерий в древних отложениях». Системная прикладная микробиология. 7 (Труды Archaebacteria '85): 178–83. Дои:10.1016 / S0723-2020 (86) 80002-9.
  55. ^ Ван М., Яфремава Л.С., Каэтано-Аноллес Д., Миттенталь Дж. Э., Каэтано-Аноллес Г. (ноябрь 2007 г.). «Редуктивная эволюция архитектурных репертуаров в протеомах и рождение трехчастного мира». Геномные исследования. 17 (11): 1572–85. Дои:10.1101 / гр.6454307. ЧВК  2045140. PMID  17908824.
  56. ^ Woese CR, Gupta R (январь 1981 г.). «Архебактерии - просто производные от прокариотов?». Природа. 289 (5793): 95–96. Bibcode:1981Натура 289 ... 95Вт. Дои:10.1038 / 289095a0. PMID  6161309. S2CID  4343245.
  57. ^ а б c Woese C (июнь 1998 г.). «Вселенский предок». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (12): 6854–59. Bibcode:1998PNAS ... 95,6854 Вт. Дои:10.1073 / пнас.95.12.6854. ЧВК  22660. PMID  9618502.
  58. ^ а б Кандлер О. Раннее разнообразие жизни и происхождение трех областей: Предложение. В: Wiegel J, Adams WW, редакторы. Термофилы: ключи к молекулярной эволюции и происхождению жизни? Афины: Тейлор и Фрэнсис, 1998: 19–31.
  59. ^ Gribaldo S, Brochier-Armanet C (июнь 2006 г.). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 361 (1470): 1007–22. Дои:10.1098 / rstb.2006.1841. ЧВК  1578729. PMID  16754611.
  60. ^ а б Woese CR (март 1994). «Где-то должен быть прокариот: микробиология ищет себя». Микробиологические обзоры. 58 (1): 1–9. Дои:10.1128 / MMBR.58.1.1-9.1994. ЧВК  372949. PMID  8177167.
  61. ^ Информация предоставлена ​​Willey JM, Sherwood LM, Woolverton CJ. Микробиология 7-е изд. (2008), гл. 19 стр. 474–475, если не указано иное.
  62. ^ Heimerl T, Flechsler J, Pickl C, Heinz V, Salecker B, Zweck J, Wanner G, Geimer S, Samson RY, Bell SD, Huber H, Wirth R, Wurch L, Podar M, Rachel R (13 июня 2017 г.). "Nanoarchaeum equitans". Границы микробиологии. 8: 1072. Дои:10.3389 / fmicb.2017.01072. ЧВК  5468417. PMID  28659892.
  63. ^ Юрчук П. (1996). «Бактериальный метаболизм». Медицинская микробиология (4-е изд.). Галвестон (Техас): Медицинский филиал Техасского университета в Галвестоне. ISBN  9780963117212. Получено 5 ноября 2014.
  64. ^ Хауленд Дж. Л. (2000). Удивительные археи: открытие еще одной области жизни. Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. С. 25–30. ISBN  978-0-19-511183-5.
  65. ^ а б c Cavicchioli R (январь 2011 г.). «Архея - хронология третьего домена». Обзоры природы. Микробиология. 9 (1): 51–61. Дои:10.1038 / nrmicro2482. PMID  21132019. S2CID  21008512.
  66. ^ Гупта Р.С., Шами А. (февраль 2011 г.). «Молекулярные подписи для Crenarchaeota и Thaumarchaeota». Антони ван Левенгук. 99 (2): 133–57. Дои:10.1007 / s10482-010-9488-3. PMID  20711675. S2CID  12874800.
  67. ^ Гао Б., Гупта Р.С. (март 2007 г.). «Филогеномный анализ белков, характерных для архей и ее основных подгрупп, и происхождение метаногенеза». BMC Genomics. 8: 86. Дои:10.1186/1471-2164-8-86. ЧВК  1852104. PMID  17394648.
  68. ^ Гупта Р.С., Наушад С., Бейкер С. (март 2015 г.). "Филогеномный анализ и молекулярные сигнатуры для класса Halobacteria и двух его основных кладов: предложение о разделении класса Halobacteria на измененный порядок Halobacteriales и два новых отряда, Haloferacales ord. Nov. И Natrialbales ord. Nov., Содержащих новые семейства. Haloferacaceae fam. Nov. И Natrialbaceae fam. Nov ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 65 (Pt 3): 1050–69. Дои:10.1099 / ijs.0.070136-0. PMID  25428416.
  69. ^ Деппенмайер У (2002). Уникальная биохимия метаногенеза. Прогресс в исследованиях нуклеиновых кислот и молекулярной биологии. 71. С. 223–83. Дои:10.1016 / с0079-6603 (02) 71045-3. ISBN  978-0-12-540071-8. PMID  12102556.
  70. ^ Ciccarelli FD, Doerks T., von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P (март 2006 г.). «К автоматической реконструкции дерева жизни с высоким разрешением». Наука. 311 (5765): 1283–87. Bibcode:2006Научный ... 311.1283C. CiteSeerX  10.1.1.381.9514. Дои:10.1126 / science.1123061. PMID  16513982. S2CID  1615592.
  71. ^ Кунин Э.В., Мушегян А.Р., Гальперин М.Ю., Уокер Д.Р. (август 1997). «Сравнение геномов архей и бактерий: компьютерный анализ белковых последовательностей предсказывает новые функции и предполагает химерное происхождение архей». Молекулярная микробиология. 25 (4): 619–37. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1997.4821861.x. PMID  9379893. S2CID  36270763.
  72. ^ а б c d е Гупта Р.С. (декабрь 1998 г.). «Филогения белков и сигнатурные последовательности: переоценка эволюционных отношений между архебактериями, эубактериями и эукариотами». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 62 (4): 1435–91. Дои:10.1128 / MMBR.62.4.1435-1491.1998. ЧВК  98952. PMID  9841678.
  73. ^ Кох А.Л. (апрель 2003 г.). «Были ли грамположительные палочки первыми бактериями?». Тенденции в микробиологии. 11 (4): 166–70. Дои:10.1016 / S0966-842X (03) 00063-5. PMID  12706994.
  74. ^ а б c Гупта Р.С. (август 1998 г.). «Что такое архебактерии: третий домен жизни или монодермальные прокариоты, связанные с грамположительными бактериями? Новое предложение по классификации прокариотических организмов». Молекулярная микробиология. 29 (3): 695–707. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1998.00978.x. PMID  9723910. S2CID  41206658.
  75. ^ Гогартен JP (ноябрь 1994 г.). «Какая группа белков наиболее консервативна? Гомология-ортология, паралогия, ксенология и слияние независимых ветвей». Журнал молекулярной эволюции. 39 (5): 541–43. Bibcode:1994JMolE..39..541G. Дои:10.1007 / bf00173425. PMID  7807544. S2CID  44922755.
  76. ^ Браун Дж. Р., Масучи Ю., Робб Ф. Т., Дулитл В. Ф. (июнь 1994 г.). «Эволюционные взаимоотношения бактериальных и архейных генов глутаминсинтетазы». Журнал молекулярной эволюции. 38 (6): 566–76. Bibcode:1994JMolE..38..566B. Дои:10.1007 / BF00175876. PMID  7916055. S2CID  21493521.
  77. ^ Кац Л.А. (сентябрь 2015 г.). «Недавние события доминируют в междоменном латеральном переносе генов между прокариотами и эукариотами, и, за исключением эндосимбиотических переносов генов, сохраняется несколько событий древнего переноса». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 370 (1678): 20140324. Дои:10.1098 / rstb.2014.0324. ЧВК  4571564. PMID  26323756.
  78. ^ а б c Гупта Р.С. (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Критические обзоры в микробиологии. 26 (2): 111–31. CiteSeerX  10.1.1.496.1356. Дои:10.1080/10408410091154219. PMID  10890353. S2CID  30541897.
  79. ^ Гупта Р.С. (2005). «Молекулярные последовательности и ранняя история жизни». В Sapp J (ред.). Филогения и эволюция микробов: концепции и противоречия. Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета. С. 160–183.
  80. ^ Кавалер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 52 (Чт 1): 7–76. Дои:10.1099/00207713-52-1-7. PMID  11837318.
  81. ^ Valas RE, Bourne PE (февраль 2011 г.). «Происхождение производного суперсарства: как грамположительная бактерия пересекла пустыню, чтобы стать археоном». Биология Директ. 6: 16. Дои:10.1186/1745-6150-6-16. ЧВК  3056875. PMID  21356104.
  82. ^ Skophammer RG, Herbold CW, Rivera MC, Servin JA, Lake JA (сентябрь 2006 г.). «Доказательство того, что корень древа жизни не находится в архее». Молекулярная биология и эволюция. 23 (9): 1648–51. Дои:10.1093 / molbev / msl046. PMID  16801395.
  83. ^ Eme L, Spang A, Lombard J, Stairs CW, Ettema TJG (ноябрь 2017 г.). «Археи и происхождение эукариот». Обзоры природы. Микробиология. 15 (12): 711–723. Дои:10.1038 / nrmicro.2017.133. PMID  29123225. S2CID  8666687.
  84. ^ а б Озеро JA (январь 1988 г.). «Происхождение эукариотического ядра определено скоростным анализом последовательностей рРНК». Природа. 331 (6152): 184–86. Bibcode:1988Натура.331..184л. Дои:10.1038 / 331184a0. PMID  3340165. S2CID  4368082.
  85. ^ Нельсон К.Е., Клейтон Р.А., Гилл С.Р., Гвинн М.Л., Додсон Р.Дж., Хафт Д.Х. и др. (Май 1999 г.). «Доказательства латерального переноса генов между археями и бактериями из последовательности генома Thermotoga maritima». Природа. 399 (6734): 323–29. Bibcode:1999Натура.399..323Н. Дои:10.1038/20601. PMID  10360571. S2CID  4420157.
  86. ^ Гуи М., Ли У.Х. (май 1989 г.). «Филогенетический анализ, основанный на последовательностях рРНК, поддерживает архебактериальное дерево, а не дерево эоцитов». Природа. 339 (6220): 145–47. Bibcode:1989Натура.339..145Г. Дои:10.1038 / 339145a0. PMID  2497353. S2CID  4315004.
  87. ^ Ютин Н., Макарова К.С., Мехедов С.Л., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (август 2008 г.). «Глубокие архейные корни эукариот». Молекулярная биология и эволюция. 25 (8): 1619–30. Дои:10.1093 / молбев / msn108. ЧВК  2464739. PMID  18463089. Архивировано из оригинал 3 мая 2009 г.. Получено 24 июн 2008.
  88. ^ Уильямс Т.А., Фостер П.Г., Кокс С.Дж., Эмбли TM (декабрь 2013 г.). «Архейское происхождение эукариот поддерживает только две основные области жизни». Природа. 504 (7479): 231–36. Bibcode:2013Натура.504..231W. Дои:10.1038 / природа12779. PMID  24336283. S2CID  4461775.
  89. ^ Циммер С (6 мая 2015 г.). «Под водой - недостающее звено в эволюции сложных клеток». Нью-Йорк Таймс. Получено 6 мая 2015.
  90. ^ Спанг А., Пила Дж. Х., Йоргенсен С. Л., Заремба-Недзведзка К., Мартейн Дж., Линд А. Е., ван Эйк Р., Шлепер К., Гай Л., Эттема Т. Дж. (Май 2015 г.). «Сложные археи, которые преодолевают разрыв между прокариотами и эукариотами». Природа. 521 (7551): 173–179. Bibcode:2015Натура.521..173S. Дои:10.1038 / природа14447. ЧВК  4444528. PMID  25945739.
  91. ^ Зейтц К.В., Лазар С.С., Хинрихс К.Ю., Теске А.П., Бейкер Б.Дж. (июль 2016 г.). «Геномная реконструкция нового, глубоко разветвленного осадочного архейного типа с путями для ацетогенеза и восстановления серы». Журнал ISME. 10 (7): 1696–705. Дои:10.1038 / ismej.2015.233. ЧВК  4918440. PMID  26824177.
  92. ^ Маклеод Ф., Киндлер Г.С., Вонг Х.Л., Чен Р., Бернс Б.П. (2019). «Археи Асгарда: разнообразие, функции и эволюционные последствия для ряда микробиомов». AIMS Microbiology. 5 (1): 48–61. Дои:10.3934 / microbiol.2019.1.48. ЧВК  6646929. PMID  31384702.
  93. ^ Zimmer C (15 января 2020 г.). «Этот странный микроб может означать один из больших скачков жизни - организм, живущий в океанской иле, дает ключ к разгадке происхождения сложных клеток всех животных и растений». Нью-Йорк Таймс. Получено 16 января 2020.
  94. ^ Имачи Х., Нобу М.К., Накахара Н., Мороно Й., Огавара М., Такаки Й. и др. (Январь 2020 г.). «Изоляция архея на границе прокариот-эукариот». Природа. 577 (7791): 519–525. Bibcode:2020Натура.577..519I. Дои:10.1038 / s41586-019-1916-6. ЧВК  7015854. PMID  31942073.
  95. ^ а б c d Криг Н (2005). Руководство Берджи по систематической бактериологии. США: Springer. С. 21–26. ISBN  978-0-387-24143-2.
  96. ^ Барнс С., Бургграф С. (1997). "Crenarchaeota". Веб-проект "Древо жизни". Версия от 1 января 1997 г.
  97. ^ Уолсби А.Е. (1980). «Квадратная бактерия». Природа. 283 (5742): 69–71. Bibcode:1980Натура 283 ... 69Вт. Дои:10.1038 / 283069a0. S2CID  4341717.
  98. ^ Hara F, Yamashiro K, Nemoto N, Ohta Y, Yokobori S, Yasunaga T. и др. (Март 2007 г.). «Гомолог актина архея Thermoplasma acidophilum, который сохраняет древние характеристики эукариотического актина». Журнал бактериологии. 189 (5): 2039–45. Дои:10.1128 / JB.01454-06. ЧВК  1855749. PMID  17189356.
  99. ^ Трент Дж. Д., Кагава Х. К., Яой Т., Олле Э., Залузец, штат Нью-Джерси (май 1997 г.). "Шаперониновые нити: цитоскелет архей?". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (10): 5383–88. Bibcode:1997PNAS ... 94.5383T. Дои:10.1073 / пнас.94.10.5383. ЧВК  24687. PMID  9144246.
  100. ^ Hixon WG, Searcy DG (1993). «Цитоскелет в архебактерии Thermoplasma acidophilum? Повышение вязкости растворимых экстрактов». Биосистемы. 29 (2–3): 151–60. Дои:10.1016 / 0303-2647 (93) 90091-П. PMID  8374067.
  101. ^ а б Голышина О.В., Пивоварова Т.А., Каравайко Г.И., Кондратева Т.Ф., Мур Э.Р., Абрахам В.Р. и др. (Май 2000 г.). «Ferroplasma acidiphilum gen. Nov., Sp. Nov., Ацидофильный, автотрофный, окисляющий железо и железо мезофильный член семейства Ferroplasmaceae, не имеющий клеточной стенки, включающий отчетливую линию архей».. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 50 (3): 997–1006. Дои:10.1099/00207713-50-3-997. PMID  10843038.
  102. ^ Холл-Стодли Л., Костертон Дж. В., Стодли П. (февраль 2004 г.). «Бактериальные биопленки: от окружающей среды до инфекционных заболеваний». Обзоры природы. Микробиология. 2 (2): 95–108. Дои:10.1038 / nrmicro821. PMID  15040259. S2CID  9107205.
  103. ^ Кувабара Т., Минаба М., Иваяма Ю., Иноуэ И., Накашима М., Марумо К. и др. (Ноябрь 2005 г.). "Thermococcus coalescens sp. Nov., Гибридный гипертермофильный археон с горы Суйо". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 55 (Pt 6): 2507–14. Дои:10.1099 / ijs.0.63432-0. PMID  16280518.
  104. ^ Никелл С., Хегерл Р., Баумейстер В., Рэйчел Р. (январь 2003 г.). «Канюли Pyrodictium проникают в периплазматическое пространство, но не проникают в цитоплазму, как показывает криоэлектронная томография». Журнал структурной биологии. 141 (1): 34–42. Дои:10.1016 / S1047-8477 (02) 00581-6. PMID  12576018.
  105. ^ Хорн С., Паульманн Б., Керлен Г., Юнкер Н., Хубер Н. (август 1999 г.). «Наблюдение in vivo деления клеток анаэробных гипертермофилов с помощью высокоинтенсивного темнопольного микроскопа». Журнал бактериологии. 181 (16): 5114–18. Дои:10.1128 / JB.181.16.5114-5118.1999. ЧВК  94007. PMID  10438790.
  106. ^ Рудольф С., Ваннер Г., Хубер Р. (май 2001 г.). «Природные сообщества новых архей и бактерий, растущие в холодных сернистых источниках с морфологией, напоминающей жемчужину». Прикладная и экологическая микробиология. 67 (5): 2336–44. Дои:10.1128 / AEM.67.5.2336-2344.2001. ЧВК  92875. PMID  11319120.
  107. ^ а б Томас Н.А., Барди С.Л., Джаррелл К.Ф. (апрель 2001 г.). «Жгутик архей: другой вид структуры подвижности прокариот». Обзор микробиологии FEMS. 25 (2): 147–74. Дои:10.1111 / j.1574-6976.2001.tb00575.x. PMID  11250034.
  108. ^ Рэйчел Р., Вышкони И., Риль С., Хубер Х (март 2002 г.). «Ультраструктура Ignicoccus: свидетельство новой внешней мембраны и отрастания внутриклеточных пузырьков в архее». Археи. 1 (1): 9–18. Дои:10.1155/2002/307480. ЧВК  2685547. PMID  15803654.
  109. ^ Сара М., Слейтр УБ (февраль 2000 г.). «Белки S-слоя». Журнал бактериологии. 182 (4): 859–68. Дои:10.1128 / JB.182.4.859-868.2000. ЧВК  94357. PMID  10648507.
  110. ^ Энгельгардт Х., Петерс Дж. (Декабрь 1998 г.). «Структурные исследования поверхностных слоев: основное внимание уделяется стабильности, доменам гомологии поверхностного слоя и взаимодействиям поверхностного слоя и клеточной стенки». Журнал структурной биологии. 124 (2–3): 276–302. Дои:10.1006 / jsbi.1998.4070. PMID  10049812.
  111. ^ а б Kandler O, König H (апрель 1998 г.). «Полимеры клеточной стенки архей (архебактерии)». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 54 (4): 305–08. Дои:10.1007 / с000180050156. PMID  9614965. S2CID  13527169.
  112. ^ Хауленд Дж. Л. (2000). Удивительные археи: открытие еще одной области жизни. Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 32. ISBN  978-0-19-511183-5.
  113. ^ Гофна Ю., Рон Э.З., Граур Д. (июль 2003 г.). «Системы секреции бактерий типа III являются древними и развивались в результате множественных событий горизонтального переноса». Ген. 312: 151–63. Дои:10.1016 / S0378-1119 (03) 00612-7. PMID  12909351.
  114. ^ Нгуен Л., Полсен И.Т., Чьеу Дж., Хьюк С.Дж., Сайер М.Х. (апрель 2000 г.). «Филогенетический анализ составляющих систем секреции белка III типа». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии. 2 (2): 125–44. PMID  10939240.
  115. ^ Нг С.Ю., Чабан Б., Джаррелл К.Ф. (2006). «Жгутики архей, бактериальные жгутики и пили типа IV: сравнение генов и посттрансляционных модификаций». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии. 11 (3–5): 167–91. Дои:10.1159/000094053. PMID  16983194. S2CID  30386932.
  116. ^ Барди С.Л., Нью-Йорк С.Ю., Джаррелл К.Ф. (февраль 2003 г.). «Прокариотические двигательные структуры» (PDF). Микробиология. 149 (Чт 2): 295–304. Дои:10.1099 / мик.0.25948-0. PMID  12624192. S2CID  20751743.
  117. ^ а б Кога Й., Морий Х. (март 2007 г.). «Биосинтез полярных липидов эфирного типа у архей и эволюционные соображения». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 71 (1): 97–120. Дои:10.1128 / MMBR.00033-06. ЧВК  1847378. PMID  17347520.
  118. ^ Юссефиан С., Рахбар Н., Ван Дессель С. (май 2018 г.). «Теплопроводность и ректификация в асимметричных липидных мембранах архей». Журнал химической физики. 148 (17): 174901. Bibcode:2018JChPh.148q4901Y. Дои:10.1063/1.5018589. PMID  29739208.
  119. ^ Де Роса М., Гамбакорта А., Глиоцци А. (март 1986 г.). «Структура, биосинтез и физико-химические свойства липидов архебактерий». Микробиологические обзоры. 50 (1): 70–80. Дои:10.1128 / MMBR.50.1.70-80.1986. ЧВК  373054. PMID  3083222.
  120. ^ Бальеза Д., Гарсия-Аррибас А.Б., Сот Дж., Руис-Мирасо К., Гоньи FM (сентябрь 2014 г.). «Слои фосфолипидов, связанные простым эфиром или сложным эфиром, содержащие либо линейные, либо разветвленные аполярные цепи». Биофизический журнал. 107 (6): 1364–74. Bibcode:2014BpJ ... 107.1364B. Дои:10.1016 / j.bpj.2014.07.036. ЧВК  4167531. PMID  25229144.
  121. ^ Damsté JS, Schouten S, Hopmans EC, van Duin AC, Geenevasen JA (октябрь 2002 г.). «Кренархеол: характерный основной мембранный липид глицерин-дибифитанилглицерин-тетраэфира космополитической пелагической кренархеи». Журнал липидных исследований. 43 (10): 1641–51. Дои:10.1194 / мл. M200148-JLR200. PMID  12364548.
  122. ^ Кога Й, Морий Х (ноябрь 2005 г.). «Последние достижения в структурных исследованиях эфирных липидов из архей, включая сравнительные и физиологические аспекты». Биология, биотехнология и биохимия. 69 (11): 2019–34. Дои:10.1271 / bbb.69.2019. PMID  16306681. S2CID  42237252.
  123. ^ Хэнфорд MJ, Peeples TL (январь 2002 г.). «Липиды тетраэфиров архей: уникальные структуры и области применения». Прикладная биохимия и биотехнология. 97 (1): 45–62. Дои:10.1385 / ABAB: 97: 1: 45. PMID  11900115. S2CID  22334666.
  124. ^ Macalady JL, Vestling MM, Baumler D, Boekelheide N, Kaspar CW, Banfield JF (октябрь 2004 г.). «Тетраэфирные монослои мембран в Ferroplasma spp: ключ к выживанию в кислоте». Экстремофилов. 8 (5): 411–19. Дои:10.1007 / s00792-004-0404-5. PMID  15258835. S2CID  15702103.
  125. ^ а б c Валентина DL (апрель 2007 г.). «Адаптация к энергетическому стрессу определяет экологию и эволюцию архей». Обзоры природы. Микробиология. 5 (4): 316–23. Дои:10.1038 / nrmicro1619. PMID  17334387. S2CID  12384143.
  126. ^ а б c Шефер Г., Энгельхард М., Мюллер В. (сентябрь 1999 г.). «Биоэнергетика архей». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 63 (3): 570–620. Дои:10.1128 / MMBR.63.3.570-620.1999. ЧВК  103747. PMID  10477309.
  127. ^ Zillig W (декабрь 1991 г.). «Сравнительная биохимия архей и бактерий». Текущее мнение в области генетики и развития. 1 (4): 544–51. Дои:10.1016 / S0959-437X (05) 80206-0. PMID  1822288.
  128. ^ Романо А.Х., Конвей Т. (1996). «Эволюция метаболических путей углеводов». Исследования в области микробиологии. 147 (6–7): 448–55. Дои:10.1016/0923-2508(96)83998-2. PMID  9084754.
  129. ^ Кох А.Л. (1998). Как появились бактерии?. Успехи микробной физиологии. 40. С. 353–99. Дои:10.1016 / S0065-2911 (08) 60135-6. ISBN  978-0-12-027740-7. PMID  9889982.
  130. ^ ДиМарко А.А., Бобик Т.А., Вулф Р.С. (1990). «Необычные коферменты метаногенеза». Ежегодный обзор биохимии. 59: 355–94. Дои:10.1146 / annurev.bi.59.070190.002035. PMID  2115763.
  131. ^ Клоке М., Неттманн Э., Бергманн И., Мундт К., Суиди К., Мумме Дж. И др. (Август 2008 г.). «Характеристика метаногенных архей в двухфазных биогазовых реакторных системах, работающих на растительной биомассе». Систематическая и прикладная микробиология. 31 (3): 190–205. Дои:10.1016 / j.syapm.2008.02.003. PMID  18501543.
  132. ^ На основе PDB 1FBB. Данные опубликованы в Субраманиам С., Хендерсон Р. (август 2000 г.). «Молекулярный механизм векторной транслокации протонов бактериородопсином». Природа. 406 (6796): 653–57. Bibcode:2000Натурал.406..653С. Дои:10.1038/35020614. PMID  10949309. S2CID  4395278.
  133. ^ Мюллер-Кахар О., Барсук М.Р. (август 2007 г.). «Новые дороги ведут в Рубиско в архебактериях». BioEssays. 29 (8): 722–24. Дои:10.1002 / bies.20616. PMID  17621634.
  134. ^ Берг И.А., Кокелькорн Д., Бакель В., Фукс Г. (декабрь 2007 г.). «Путь автотрофной ассимиляции диоксида углерода 3-гидроксипропионат / 4-гидроксибутират у архей» (PDF). Наука. 318 (5857): 1782–86. Bibcode:2007Научный ... 318.1782B. Дои:10.1126 / science.1149976. PMID  18079405. S2CID  13218676.
  135. ^ Тауер РК (декабрь 2007 г.). «Микробиология. Пятый путь фиксации углерода». Наука. 318 (5857): 1732–33. Дои:10.1126 / science.1152209. PMID  18079388. S2CID  83805878.
  136. ^ Bryant DA, Frigaard NU (ноябрь 2006 г.). «Прокариотический фотосинтез и фототрофия в свете». Тенденции в микробиологии. 14 (11): 488–96. Дои:10.1016 / j.tim.2006.09.001. PMID  16997562.
  137. ^ а б Коннеке М., Бернхард А.Е., де ла Торре-младший, Уокер С.Б., Уотербери Д.Б., Шталь Д.А. (сентябрь 2005 г.). «Выделение автотрофного морского архея, окисляющего аммиак». Природа. 437 (7058): 543–46. Bibcode:2005Натура 437..543K. Дои:10.1038 / природа03911. PMID  16177789. S2CID  4340386.
  138. ^ а б Фрэнсис CA, Беман Дж. М., Кайперс М. М. (май 2007 г.). «Новые процессы и игроки в круговороте азота: микробная экология анаэробного и архейного окисления аммиака». Журнал ISME. 1 (1): 19–27. Дои:10.1038 / ismej.2007.8. PMID  18043610.
  139. ^ Ланьи Дж. К. (2004). "Бактериородопсин". Ежегодный обзор физиологии. 66: 665–88. Дои:10.1146 / annurev.physiol.66.032102.150049. PMID  14977418.
  140. ^ а б Аллерс Т., Мевареч М. (январь 2005 г.). «Архейская генетика - третий путь» (PDF). Природа Обзоры Генетика. 6 (1): 58–73. Дои:10.1038 / nrg1504. PMID  15630422. S2CID  20229552.
  141. ^ Галаган Дж. Э., Нусбаум С., Рой А., Эндриззи М. Г., Макдональд П., ФицХью В. и др. (Апрель 2002 г.). «Геном M. acetivorans демонстрирует большое метаболическое и физиологическое разнообразие». Геномные исследования. 12 (4): 532–42. Дои:10.1101 / гр 223902. ЧВК  187521. PMID  11932238.
  142. ^ а б Waters E, Hohn MJ, Ahel I., Graham DE, Adams MD, Barnstead M, et al. (Октябрь 2003 г.). «Геном Nanoarchaeum equitans: понимание ранней эволюции архей и производного паразитизма». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 (22): 12984–88. Bibcode:2003PNAS..10012984W. Дои:10.1073 / pnas.1735403100. ЧВК  240731. PMID  14566062.
  143. ^ Шлепер С., Хольц И., Янекович Д., Мерфи Дж., Зиллиг В. (август 1995 г.). «Многокопийная плазмида чрезвычайно термофильного архея Sulfolobus осуществляет ее передачу реципиентам путем спаривания». Журнал бактериологии. 177 (15): 4417–26. Дои:10.1128 / jb.177.15.4417-4426.1995. ЧВК  177192. PMID  7635827.
  144. ^ Сота М, Топ ЭМ (2008). «Горизонтальный перенос генов, опосредованный плазмидами». Плазмиды: текущие исследования и будущие тенденции. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-35-6.
  145. ^ Сян X, Чен Л., Хуан X, Ло И, Ше Ц., Хуан Л. (июль 2005 г.). «Веретенообразный вирус Sulfolobus tengchongensis STSV1: взаимодействие вируса с хозяином и особенности генома». Журнал вирусологии. 79 (14): 8677–86. Дои:10.1128 / JVI.79.14.8677-8686.2005. ЧВК  1168784. PMID  15994761.
  146. ^ Graham DE, Overbeek R, Olsen GJ, Woese CR (март 2000 г.). «Геномная подпись архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (7): 3304–08. Bibcode:2000PNAS ... 97.3304G. Дои:10.1073 / pnas.050564797. ЧВК  16234. PMID  10716711.
  147. ^ а б Gaasterland T (октябрь 1999 г.). «Архейская геномика». Текущее мнение в микробиологии. 2 (5): 542–47. Дои:10.1016 / S1369-5274 (99) 00014-4. PMID  10508726.
  148. ^ Деннис П.П. (июнь 1997 г.). «Древние шифры: перевод на архее». Клетка. 89 (7): 1007–10. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80288-3. PMID  9215623. S2CID  18862794.
  149. ^ Вернер Ф (сентябрь 2007 г.). «Строение и функции РНК-полимераз архей». Молекулярная микробиология. 65 (6): 1395–404. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2007.05876.x. PMID  17697097. S2CID  28078184.
  150. ^ Аравинд Л., Кунин Е.В. (декабрь 1999 г.). «ДНК-связывающие белки и эволюция регуляции транскрипции в архее». Исследования нуклеиновых кислот. 27 (23): 4658–70. Дои:10.1093 / nar / 27.23.4658. ЧВК  148756. PMID  10556324.
  151. ^ Lykke-Andersen J, Aagaard C, Semionenkov M, Garrett RA (сентябрь 1997 г.). «Интроны архей: сплайсинг, межклеточная подвижность и эволюция». Тенденции в биохимических науках. 22 (9): 326–31. Дои:10.1016 / S0968-0004 (97) 01113-4. PMID  9301331.
  152. ^ Ватанабе Ю., Йокобори С., Инаба Т., Ямагиши А., Осима Т., Каварабаяси Ю. и др. (Январь 2002 г.). «Интроны в генах, кодирующих белок у архей». Письма FEBS. 510 (1–2): 27–30. Дои:10.1016 / S0014-5793 (01) 03219-7. PMID  11755525. S2CID  27294545.
  153. ^ Йошинари С., Ито Т., Халлам С.Дж., Делонг Е.Ф., Йокобори С., Ямагиши А. и др. (Август 2006 г.). «Сплайсинг пре-мРНК архей: связь с гетеро-олигомерными эндонуклеазами сплайсинга». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 346 (3): 1024–32. Дои:10.1016 / j.bbrc.2006.06.011. PMID  16781672.
  154. ^ Rosenshine I, Tchelet R, Mevarech M (сентябрь 1989 г.). «Механизм передачи ДНК в системе спаривания архебактерии». Наука. 245 (4924): 1387–89. Bibcode:1989Научный ... 245.1387R. Дои:10.1126 / science.2818746. PMID  2818746.
  155. ^ а б c Фрёльс С., Аджон М., Вагнер М., Тейхманн Д., Золгадр Б., Фолеа М. и др. (Ноябрь 2008 г.). «Индуцируемая УФ-излучением клеточная агрегация гипертермофильной археи Sulfolobus solfataricus опосредована образованием пилей». Молекулярная микробиология. 70 (4): 938–52. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2008.06459.x. PMID  18990182. S2CID  12797510.
  156. ^ а б c Ajon M, Fröls S, van Wolferen M, Stoecker K, Teichmann D, Driessen AJ и др. (Ноябрь 2011 г.). «УФ-индуцируемый обмен ДНК в гипертермофильных архее, опосредованный пилями IV типа» (PDF). Молекулярная микробиология. 82 (4): 807–17. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2011.07861.x. PMID  21999488. S2CID  42880145.
  157. ^ Fröls S, White MF, Schleper C (февраль 2009 г.). «Реакции на УФ-повреждение у модельного архея Sulfolobus solfataricus». Сделки Биохимического Общества. 37 (Pt 1): 36–41. Дои:10.1042 / BST0370036. PMID  19143598.
  158. ^ Бернштейн Х, Бернштейн С (2017). «Сексуальная коммуникация в архее, предшественник эукариотического мейоза». В Witzany G (ред.). Биокоммуникация архей. Springer Nature. С. 301–117. Дои:10.1007/978-3-319-65536-9_7. ISBN  978-3-319-65535-2.
  159. ^ а б Blohs M, Moissl-Eichinger C, Mahnert A, Spang A, Dombrowski N, Krupovic M, Klingl A (1 января 2019 г.). «Археи - Введение». В Schmidt TM (ред.). Энциклопедия микробиологии (Четвертое изд.). Академическая пресса. С. 243–252. Дои:10.1016 / B978-0-12-809633-8.20884-4. ISBN  978-0-12-811737-8. Получено 16 марта 2020.
  160. ^ а б c Крупович М., Цвиркайте-Крупович В., Иранзо Дж., Прангишвили Д., Кунин Е.В. (январь 2018 г.). «Вирусы архей: структурная, функциональная, экологическая и эволюционная геномика». Вирусные исследования. 244: 181–193. Дои:10.1016 / j.virusres.2017.11.025. ЧВК  5801132. PMID  29175107.
  161. ^ Пиетиля М.К., Демина Т.А., Атанасова Н.С., Оксанен Х.М., Бамфорд Д.Х. (июнь 2014 г.). «Вирусы архей и бактериофаги: сравнения и противопоставления». Тенденции в микробиологии. 22 (6): 334–44. Дои:10.1016 / j.tim.2014.02.007. PMID  24647075.
  162. ^ Принципи Н, Сильвестри Э, Эспозито С (2019). «Преимущества и ограничения бактериофагов для лечения бактериальных инфекций». Границы фармакологии. 10: 513. Дои:10.3389 / fphar.2019.00513. ЧВК  6517696. PMID  31139086.
  163. ^ Прангишвили Д. (1 января 2013 г.). «Вирусы архей». В Малой С., Хьюз К. (ред.). Энциклопедия генетики Бреннера. Энциклопедия генетики Бреннера (второе издание). Академическая пресса. С. 295–298. Дои:10.1016 / B978-0-12-374984-0.01627-2. ISBN  978-0-08-096156-9. Получено 16 марта 2020.
  164. ^ Прангишвили Д., Гаррет Р.А. (апрель 2004 г.). «Исключительно разнообразные морфотипы и геномы гипертермофильных вирусов кренархей» (PDF). Сделки Биохимического Общества. 32 (Pt 2): 204–08. Дои:10.1042 / BST0320204. PMID  15046572.
  165. ^ Пиетила М.К., Ройне Э., Паулин Л., Калккинен Н., Бэмфорд Д.Х. (апрель 2009 г.). «Вирус оцДНК, инфицирующий археи: новая линия вирусов с мембранной оболочкой». Молекулярная микробиология. 72 (2): 307–19. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2009.06642.x. PMID  19298373. S2CID  24894269.
  166. ^ Мочизуки Т., Крупович М., Пехау-Арнаудет Дж., Сако Ю., Фортерре П., Прангишвили Д. (август 2012 г.). «Вирус архей с исключительной архитектурой вириона и крупнейшим геномом одноцепочечной ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (33): 13386–91. Bibcode:2012ПНАС..10913386М. Дои:10.1073 / pnas.1203668109. ЧВК  3421227. PMID  22826255.
  167. ^ Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Soria E (февраль 2005 г.). «Промежуточные последовательности регулярно расположенных прокариотических повторов происходят из чужеродных генетических элементов». Журнал молекулярной эволюции. 60 (2): 174–82. Bibcode:2005JMolE..60..174M. Дои:10.1007 / s00239-004-0046-3. PMID  15791728. S2CID  27481111.
  168. ^ Макарова К.С., Гришин Н.В., Шабалина С.А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (март 2006 г.). «Предполагаемая иммунная система прокариот, основанная на РНК-интерференции: компьютерный анализ предсказанного ферментативного механизма, функциональные аналогии с эукариотической РНКи и гипотетические механизмы действия». Биология Директ. 1: 7. Дои:10.1186/1745-6150-1-7. ЧВК  1462988. PMID  16545108.
  169. ^ а б Бернандер Р. (август 1998 г.). «Археи и клеточный цикл». Молекулярная микробиология. 29 (4): 955–61. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1998.00956.x. PMID  9767564. S2CID  34816545.
  170. ^ Кельман Л.М., Кельман З. (сентябрь 2004 г.). «Множественные источники репликации в архее». Тенденции в микробиологии. 12 (9): 399–401. Дои:10.1016 / j.tim.2004.07.001. PMID  15337158.
  171. ^ Lindås AC, Karlsson EA, Lindgren MT, Ettema TJ, Bernander R (декабрь 2008 г.). «Уникальный механизм деления клеток в архее». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (48): 18942–46. Bibcode:2008PNAS..10518942L. Дои:10.1073 / pnas.0809467105. ЧВК  2596248. PMID  18987308.
  172. ^ Самсон Р. Я., Обита Т., Фройнд С. М., Уильямс Р. Л., Белл С. Д. (декабрь 2008 г.). «Роль системы ESCRT в делении клеток архей». Наука. 322 (5908): 1710–13. Bibcode:2008Sci ... 322.1710S. Дои:10.1126 / science.1165322. ЧВК  4121953. PMID  19008417.
  173. ^ Пельвен Э.А., Линдос А.С., Мартенс-Хаббена В., де ла Торре Дж. Р., Шталь Д. А., Бернандер Р. (ноябрь 2011 г.). «Основанное на Cdv деление клеток и организация клеточного цикла в таумархее Nitrosopumilus maritimus». Молекулярная микробиология. 82 (3): 555–66. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2011.07834.x. PMID  21923770. S2CID  1202516.
  174. ^ Каспи Ю., Деккер С. (2018). "Разделение архей: древняя машина для разделения клеток CDV". Границы микробиологии. 9: 174. Дои:10.3389 / fmicb.2018.00174. ЧВК  5840170. PMID  29551994.
  175. ^ Onyenwoke RU, Brill JA, Farahi K, Wiegel J (октябрь 2004 г.). «Гены споруляции у членов филогенетической ветви с низким G + C грамположительным типом (Firmicutes)». Архив микробиологии. 182 (2–3): 182–92. Дои:10.1007 / s00203-004-0696-y. PMID  15340788. S2CID  34339306.
  176. ^ Кострикина Н.А., Звягинцева И.С., Дуда В.И. (1991). «Цитологические особенности некоторых чрезвычайно галофильных почвенных археобактерий». Arch. Микробиол. 156 (5): 344–49. Дои:10.1007 / BF00248708. S2CID  13316631.
  177. ^ Делонг Е.Ф., Пейс Н.Р. (август 2001 г.). «Экологическое разнообразие бактерий и архей». Систематическая биология. 50 (4): 470–78. CiteSeerX  10.1.1.321.8828. Дои:10.1080/106351501750435040. PMID  12116647.
  178. ^ а б Пикута Е.В., Гувер Р.Б., Тан Дж. (2007). «Микробные экстремофилы на пороге жизни». Критические обзоры в микробиологии. 33 (3): 183–209. Дои:10.1080/10408410701451948. PMID  17653987. S2CID  20225471.
  179. ^ Adam PS, Borrel G, Brochier-Armanet C, Gribaldo S (ноябрь 2017 г.). «Растущее дерево архей: новые взгляды на их разнообразие, эволюцию и экологию». Журнал ISME. 11 (11): 2407–2425. Дои:10.1038 / ismej.2017.122. ЧВК  5649171. PMID  28777382.
  180. ^ Мэдиган MT, Мартино JM (2006). Биология микроорганизмов Брока (11-е изд.). Пирсон. п. 136. ISBN  978-0-13-196893-6.
  181. ^ Такай К., Накамура К., Токи Т., Цуногай У, Миядзаки М., Миядзаки Дж., Хираяма Х., Накагава С., Нуноура Т., Хорикоши К. (август 2008 г.). «Клеточная пролиферация при 122 ° C и продукция изотопно тяжелого CH4 гипертермофильным метаногеном при культивировании под высоким давлением». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (31): 10949–54. Bibcode:2008ПНАС..10510949Т. Дои:10.1073 / pnas.0712334105. ЧВК  2490668. PMID  18664583.
  182. ^ Ciaramella M, Napoli A, Rossi M (февраль 2005 г.). «Еще один крайний геном: как жить при pH 0». Тенденции в микробиологии. 13 (2): 49–51. Дои:10.1016 / j.tim.2004.12.001. PMID  15680761.
  183. ^ Javaux EJ (2006). «Экстремальная жизнь на Земле - прошлое, настоящее и, возможно, за ее пределами». Исследования в области микробиологии. 157 (1): 37–48. Дои:10.1016 / j.resmic.2005.07.008. PMID  16376523.
  184. ^ Нилсон К.Х. (январь 1999 г.). «Поствикингская микробиология: новые подходы, новые данные, новые идеи» (PDF). Истоки жизни и эволюция биосферы. 29 (1): 73–93. Bibcode:1999 ОЛЕБ ... 29 ... 73Н. Дои:10.1023 / А: 1006515817767. PMID  11536899. S2CID  12289639.
  185. ^ Дэвис ПК (1996). «Перенос жизнеспособных микроорганизмов между планетами». Симпозиум Фонда Ciba. Симпозиумы Фонда Новартис. 202: 304–14, обсуждение 314–17. Дои:10.1002 / 9780470514986.ch16. ISBN  9780470514986. PMID  9243022.
  186. ^ Лопес-Гарсия П., Лопес-Лопес А., Морейра Д., Родригес-Валера Ф. (июль 2001 г.). «Разнообразие свободноживущих прокариот из глубоководного участка Антарктического полярного фронта». FEMS Microbiology Ecology. 36 (2–3): 193–202. Дои:10.1016 / s0168-6496 (01) 00133-7. PMID  11451524.
  187. ^ Карнер МБ, Делонг Е.Ф., Карл Д.М. (январь 2001 г.). «Доминирование архей в мезопелагиали Тихого океана». Природа. 409 (6819): 507–10. Bibcode:2001Натура.409..507K. Дои:10.1038/35054051. PMID  11206545. S2CID  6789859.
  188. ^ Джованнони С.Дж., Стингл У. (сентябрь 2005 г.). «Молекулярное разнообразие и экология микробного планктона». Природа. 437 (7057): 343–48. Bibcode:2005Натура 437..343Г. Дои:10.1038 / природа04158. PMID  16163344. S2CID  4349881.
  189. ^ Делонг Э.Ф., Карл Д.М. (сентябрь 2005 г.). «Геномные перспективы в микробной океанографии». Природа. 437 (7057): 336–42. Bibcode:2005Натура.437..336D. Дои:10.1038 / природа04157. PMID  16163343. S2CID  4400950.
  190. ^ Agogué H, Brink M, Dinasquet J, Herndl GJ (декабрь 2008 г.). «Основные градиенты предположительно нитрифицирующих и не нитрифицирующих архей в глубинах Северной Атлантики» (PDF). Природа. 456 (7223): 788–91. Bibcode:2008Натура.456..788A. Дои:10.1038 / природа07535. PMID  19037244. S2CID  54566989.
  191. ^ Теске А., Соренсен КБ (январь 2008 г.). «Невыводимые археи в глубоководных морских отложениях: мы их всех поймали?». Журнал ISME. 2 (1): 3–18. Дои:10.1038 / ismej.2007.90. HDL:10379/14139. PMID  18180743.
  192. ^ Липп Дж. С., Мороно Ю., Инагаки Ф., Хинрихс К. У. (август 2008 г.). «Значительный вклад архей в сохранившуюся биомассу морских подземных отложений». Природа. 454 (7207): 991–94. Bibcode:2008Натура.454..991л. Дои:10.1038 / природа07174. PMID  18641632. S2CID  4316347.
  193. ^ Дановаро Р., Делль'Анно А., Коринальдези С., Растелли Э, Кавиччиоли Р., Крупович М., Нобл Р. Т., Нуноура Т., Прангишвили Д. (октябрь 2016 г.). «Вирус-опосредованная архейная гекатомба на морском дне». Достижения науки. 2 (10): e1600492. Bibcode:2016SciA .... 2E0492D. Дои:10.1126 / sciadv.1600492. ЧВК  5061471. PMID  27757416.
  194. ^ Лю Х, Пан Дж, Лю И, Ли М, Гу ДжиДи (октябрь 2018 г.). «Разнообразие и распространение архей в глобальных эстуарных экосистемах». Наука об окружающей среде в целом. 637–638: 349–358. Bibcode:2018ScTEn.637..349L. Дои:10.1016 / j.scitotenv.2018.05.016. PMID  29753224.
  195. ^ Кабельо П., Рольдан, доктор медицины, Морено-Вивиан С. (ноябрь 2004 г.). «Восстановление нитратов и азотный цикл у архей». Микробиология. 150 (Pt 11): 3527–46. Дои:10.1099 / мик. 0.27303-0. PMID  15528644.
  196. ^ Депутат Мехты, Дж.А. Барос (декабрь 2006 г.). «Фиксация азота при 92 ° C археоном гидротермального источника». Наука. 314 (5806): 1783–86. Bibcode:2006Научный ... 314.1783M. Дои:10.1126 / science.1134772. PMID  17170307. S2CID  84362603.
  197. ^ Кулен М.Дж., Аббас Б., ван Блейсвейк Дж., Хопманс Э.С., Кайперс М.М., Уэйкхем С.Г. и др. (Апрель 2007 г.). «Предполагаемые аммиачно-окисляющие Crenarchaeota в субкислых водах Черного моря: экологическое исследование в масштабах всего бассейна с использованием 16S рибосомных и функциональных генов и мембранных липидов». Экологическая микробиология. 9 (4): 1001–16. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2006.01227.x. HDL:1912/2034. PMID  17359272.
  198. ^ Лейнингер С., Урих Т., Шлотер М., Шварк Л., Ци Дж., Николь Г.В., Проссер Джи, Schuster SC, Schleper C (август 2006 г.). «Среди прокариот, окисляющих аммиак, преобладают археи». Природа. 442 (7104): 806–09. Bibcode:2006 Натур.442..806L. Дои:10.1038 / природа04983. PMID  16915287. S2CID  4380804.
  199. ^ Бейкер Б.Дж., Банфилд Дж.Ф. (май 2003 г.). «Микробные сообщества в кислых шахтных дренажах». FEMS Microbiology Ecology. 44 (2): 139–52. Дои:10.1016 / S0168-6496 (03) 00028-X. PMID  19719632.
  200. ^ Шимель Дж (август 2004 г.). «Игра на весах в метановом цикле: от микробной экологии до земного шара». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (34): 12400–01. Bibcode:2004ПНАС..10112400С. Дои:10.1073 / pnas.0405075101. ЧВК  515073. PMID  15314221.
  201. ^ Экбург ПБ, Лепп П.В., Релман Д.А. (февраль 2003 г.). «Археи и их потенциальная роль в развитии болезней человека». Инфекция и иммунитет. 71 (2): 591–96. Дои:10.1128 / IAI.71.2.591-596.2003. ЧВК  145348. PMID  12540534.
  202. ^ Кавиккиоли Р., Курми П.М., Сондерс Н., Томас Т. (ноябрь 2003 г.). «Патогенные археи: существуют ли они?». BioEssays. 25 (11): 1119–28. Дои:10.1002 / bies.10354. PMID  14579252.
  203. ^ Лепп П.В., Бриниг М.М., Оуверни С.К., Палм К., Армитаж Г.К., Релман Д.А. (апрель 2004 г.) «Метаногенные археи и пародонтоз человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (16): 6176–81. Bibcode:2004ПНАС..101.6176Л. Дои:10.1073 / pnas.0308766101. ЧВК  395942. PMID  15067114.
  204. ^ Вианна М.Э., Конрадс Дж., Гомес Б.П., Хорз Х.П. (апрель 2006 г.). «Идентификация и количественная оценка архей, вовлеченных в первичные эндодонтические инфекции». Журнал клинической микробиологии. 44 (4): 1274–82. Дои:10.1128 / JCM.44.4.1274-1282.2006. ЧВК  1448633. PMID  16597851.
  205. ^ Ян У, Галленбергер М., Пейпер У, Юнглас Б, Эйзенрайх У, Стеттер К.О. и др. (Март 2008 г.). «Nanoarchaeum equitans и Ignicoccus hospitalis: новый взгляд на уникальную интимную ассоциацию двух архей». Журнал бактериологии. 190 (5): 1743–50. Дои:10.1128 / JB.01731-07. ЧВК  2258681. PMID  18165302.
  206. ^ Чабан Б., Нг С.Ю., Джаррелл К.Ф. (февраль 2006 г.). «Места обитания архей - от крайних к обычным». Канадский журнал микробиологии. 52 (2): 73–116. Дои:10.1139 / w05-147. PMID  16541146.
  207. ^ Шинк Б. (июнь 1997 г.). «Энергетика синтрофической кооперации при метаногенной деградации». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 61 (2): 262–80. Дои:10.1128/.61.2.262-280.1997. ЧВК  232610. PMID  9184013.
  208. ^ Ланге М., Вестерманн П., Аринг Б.К. (февраль 2005 г.). «Археи в простейших и многоклеточных». Прикладная микробиология и биотехнология. 66 (5): 465–74. Дои:10.1007 / s00253-004-1790-4. PMID  15630514. S2CID  22582800.
  209. ^ ван Хук А.Х., ван Ален Т.А., Спракель В.С., Леуниссен Дж.А., Бригге Т., Фогельс Г.Д. и др. (Февраль 2000 г.). «Многократное приобретение метаногенных симбионтов архей анаэробными инфузориями». Молекулярная биология и эволюция. 17 (2): 251–58. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026304. PMID  10677847.
  210. ^ Престон С.М., Ву К.Ю., Молински Т.Ф., Делонг Е.Ф. (июнь 1996 г.). «Психрофильный кренархеон населяет морскую губку: Cenarchaeum symbiosum gen. Nov., Sp. Nov». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 93 (13): 6241–46. Bibcode:1996PNAS ... 93.6241P. Дои:10.1073 / пнас.93.13.6241. ЧВК  39006. PMID  8692799.
  211. ^ Экбург П.Б., Бик Е.М., Бернштейн К.Н., Пурдом Э., Детлефсен Л., Сарджент М. и др. (Июнь 2005 г.). «Разнообразие микробной флоры кишечника человека». Наука. 308 (5728): 1635–38. Bibcode:2005Наука ... 308.1635E. Дои:10.1126 / наука.1110591. ЧВК  1395357. PMID  15831718.
  212. ^ Самуэль Б.С., Гордон Дж. И. (июнь 2006 г.). "Гуманизированная модель мышиных гнотобиотиков мутуализма хозяин-архей-бактерий". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (26): 10011–16. Bibcode:2006ПНАС..10310011С. Дои:10.1073 / pnas.0602187103. ЧВК  1479766. PMID  16782812.
  213. ^ Wegley L, Yu Y, Breitbart M, Casas V, Kline DI, Rohwer F (2004). "Коралловые археи" (PDF). Серия "Прогресс морской экологии". 273: 89–96. Bibcode:2004MEPS..273 ... 89 Вт. Дои:10.3354 / meps273089. Архивировано из оригинал (PDF) 11 сентября 2008 г.
  214. ^ Chelius MK, Triplett EW (апрель 2001 г.). «Разнообразие архей и бактерий в связи с корнями Zea mays L». Микробная экология. 41 (3): 252–263. Дои:10.1007 / s002480000087. JSTOR  4251818. PMID  11391463. S2CID  20069511.
  215. ^ Саймон Х. М., Додсворт Дж. А., Гудман Р. М. (октябрь 2000 г.). «Кренархеи колонизируют корни наземных растений». Экологическая микробиология. 2 (5): 495–505. Дои:10.1046 / j.1462-2920.2000.00131.x. PMID  11233158.
  216. ^ Breithaupt H (ноябрь 2001 г.). «Охота за живым золотом. Поиск организмов в экстремальных условиях дает полезные ферменты для промышленности». Отчеты EMBO. 2 (11): 968–71. Дои:10.1093 / embo-reports / kve238. ЧВК  1084137. PMID  11713183.
  217. ^ а б Егорова К., Антраникян Г. (декабрь 2005 г.). «Промышленное значение теплолюбивых архей». Текущее мнение в микробиологии. 8 (6): 649–55. Дои:10.1016 / j.mib.2005.10.015. PMID  16257257.
  218. ^ Synowiecki J, Grzybowska B, Zdziebło A (2006). «Источники, свойства и пригодность новых термостабильных ферментов в пищевой промышленности». Критические обзоры в области пищевой науки и питания. 46 (3): 197–205. Дои:10.1080/10408690590957296. PMID  16527752. S2CID  7208835.
  219. ^ Дженни Ф. Э., Адамс М. В. (январь 2008 г.). «Влияние экстремофилов на структурную геномику (и наоборот)». Экстремофилов. 12 (1): 39–50. Дои:10.1007 / s00792-007-0087-9. PMID  17563834. S2CID  22178563.
  220. ^ Ширальди К., Джулиано М., Де Роса М. (сентябрь 2002 г.). «Перспективы биотехнологического применения архей». Археи. 1 (2): 75–86. Дои:10.1155/2002/436561. ЧВК  2685559. PMID  15803645.
  221. ^ Норрис П.Р., Бертон Н.П., Фулис Н.А. (апрель 2000 г.). «Ацидофилы в биореакторной переработке полезных ископаемых». Экстремофилов. 4 (2): 71–76. Дои:10.1007 / s007920050139. PMID  10805560. S2CID  19985179.
  222. ^ Шанд РФ, Лейва К.Дж. (2008). «Антибактериальные препараты из архей: неизведанная страна». В Blum P (ред.). Археи: новые модели для биологии прокариот. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-27-1.

дальнейшее чтение

  • Хауленд Дж. Л. (2000). Удивительные археи: открытие еще одной области жизни. Оксфордский университет. ISBN  978-0-19-511183-5.
  • Мартинко Дж. М., Мэдиган М. Т. (2005). Биология микроорганизмов Брока (11-е изд.). Энглвуд Клиффс, Нью-Джерси: Prentice Hall. ISBN  978-0-13-144329-7.
  • Гарретт Р.А., Кленк Х. (2005). Археи: эволюция, физиология и молекулярная биология. WileyBlackwell. ISBN  978-1-4051-4404-9.
  • Кавиккиоли Р. (2007). Археи: молекулярная и клеточная биология. Американское общество микробиологии. ISBN  978-1-55581-391-8.
  • Блюм П., изд. (2008). Археи: новые модели для биологии прокариот. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-27-1.
  • Липпс Г (2008). «Архейские плазмиды». Плазмиды: текущие исследования и будущие тенденции. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-35-6.
  • Сапп Дж. (2009). Новые основы эволюции: на древе жизни. Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета. ISBN  978-0-19-538850-3.
  • Шехтер М (2009). Археи (обзор) в The Desk Encyclopedia of Microbiology (2-е изд.). Сан-Диего и Лондон: Elsevier Academic Press. ISBN  978-0-12-374980-2.

внешняя ссылка

Общий

Классификация

Геномика