Thermus aquaticus - Википедия - Thermus aquaticus

Thermus aquaticus
Thermus aquaticus.JPG
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Дейнококк – Термус
Учебный класс:
Дейнококки
Заказ:
Thermales
Семья:
Thermaceae
Род:
Thermus
Разновидность:
T. aquaticus
Биномиальное имя
Thermus aquaticus
Брок и Фриз, 1969

Thermus aquaticus это разновидность бактерии которые могут переносить высокие температуры, один из нескольких теплолюбивый бактерии, принадлежащие к Дейнококк – Термус группа. Это источник термостойкого фермента. Taq ДНК-полимераза, один из важнейших ферментов в молекулярная биология из-за его использования в полимеразной цепной реакции (ПЦР) метод амплификации ДНК.

История

Горячие источники с водорослями и бактериями в Йеллоустонском национальном парке

Когда в 1960-х годах начались исследования биологических организмов в горячих источниках, ученые думали, что жизнь термофильных бактерий не может поддерживаться при температурах выше 55 ° C (131 ° F).[1] Однако вскоре было обнаружено, что многие бактерии в разных источниках не только выживают, но и процветают при более высоких температурах. В 1969 г. Томас Д. Брок и Hudson Freeze из Университет Индианы сообщил о новом разновидность из теплолюбивый бактерии, которые они назвали Thermus aquaticus.[2] Бактерия была впервые выделена из грибного источника в г. Нижний бассейн Гейзера из Йеллоустонский Национальный Парк, который находится рядом с главным Большой фонтан Гейзер и Белый купол Гейзер,[3] и с тех пор был обнаружен в аналогичных термальных средах по всему миру.

Биология

T. aquaticus лучше всего растет при температуре от 65 до 70 ° C (от 149 до 158 ° F), но может выжить при температуре от 50 до 80 ° C (от 122 до 176 ° F). Он в первую очередь поглощает белок из окружающей среды, о чем свидетельствует большое количество внеклеточных и внутриклеточных протеазы и пептидазы, а также транспортные белки для аминокислоты и олигопептиды через клеточную мембрану. Эта бактерия - хемотроф - он выполняет хемосинтез для получения еды. Однако, поскольку его диапазон температур несколько перекрывается с диапазоном фотосинтетических цианобактерии которые разделяют его идеальную среду, иногда обнаруживают, что живут вместе со своими соседями, получая энергию для роста от их фотосинтез. T. aquaticus обычно дышит аэробно, но одно из его напряжений, Thermus aquaticus Y51MC23 можно выращивать в анаэробных условиях.[4]

Генетический материал T. aquaticus состоит из одной хромосомы и четырех плазмиды, и его полное секвенирование генома выявило гены CRISPR во многих локусах.[5]

Морфология

Thermus aquaticus обычно имеет цилиндрическую форму диаметром от 0,5 мкм до 0,8 мкм. Форма более короткого стержня имеет длину от 5 мкм до 10 мкм. Форма более длинной нити может сильно варьироваться и в некоторых случаях превышает 200 мкм. T. aquaticus показал несколько возможных морфологий в разных культурах. Палочковидные бактерии имеют тенденцию к агрегации. Объединения нескольких особей могут привести к образованию сферических тел диаметром от 10 до 20 мкм, также называемых округлыми телами.[2][6] Эти тела не состоят из компонентов клеточной оболочки или внешней мембраны, как считалось ранее, а вместо этого состоят из перестроенной клеточной стенки пептидогликана. Их точная функция в выживании T. aquaticus остается неизвестным, но предполагалось, что они включают временное хранение пищи и нуклеотидов, или они могут играть роль в прикреплении и организации колоний.[5]

Ферменты из T. aquaticus

T. aquaticus стал известен как источник термостабильных ферментов, особенно Taq ДНК-полимераза, как описано ниже.

Альдолаза

Исследования этой чрезвычайно термофильной бактерии, которая может расти в культура клеток изначально был сосредоточен на попытках понять, как белок ферменты (которые обычно неактивны при высокой температуре) могут работать при высокой температуре в термофилы. В 1970 году Фриз и Брок опубликовали статью с описанием термостабильного альдолаза фермент из T. aquaticus.[7]

РНК-полимераза

Первый полимераза фермент, выделенный из T. aquaticus в 1974 г. был ДНК-зависимым РНК-полимераза,[8] используется в процессе транскрипция.

Taq Рестрикционный фермент

Дальнейшая информация: TaqI

Большинство молекулярных биологов, вероятно, знали о T. aquaticus в конце 1970-х или начале 1980-х из-за изоляции полезных эндонуклеазы рестрикции от этого организма.[9] Использование термина Taq ссылаясь на ТHermus водныйuaticus возник в это время из-за традиции давать короткие названия рестрикционным ферментам, такие как Sal и Hin, производные от рода и вида исходных организмов.

ДНК-полимераза («Taq pol»)

Дальнейшая информация: Полимераза Taq

ДНК-полимераза был впервые изолирован от T. aquaticus в 1976 г.[10] Первым преимуществом, обнаруженным для этой термостабильной (оптимальная температура 72 ° C, не денатурирует даже при 95 ° C) ДНК-полимеразы, было то, что ее можно было выделить в более чистой форме (без других ферментных примесей), чем ДНК-полимераза из других источников. . Потом, Кэри Маллис и другие следователи в Cetus Corporation обнаружили, что этот фермент можно использовать в полимеразной цепной реакции (ПЦР) процесс амплификации коротких сегментов ДНК,[11] устранение необходимости добавлять ферменты полимеразы E. coli после каждого цикла термической денатурации ДНК. Фермент также был клонированный, последовательный, модифицированный (для производства более короткого «фрагмента Стоффеля») и произведенный в больших количествах для коммерческой продажи.[12] В 1989 г. Наука журнал назвал полимеразу Taq своей первой молекулой года.[13] В 1993 г. Кэри Маллис[14] был награжден Нобелевская премия за работу с ПЦР.

Другие ферменты

Высокая оптимальная температура для T. aquaticus позволяет исследователям изучать реакции в условиях, при которых другие ферменты теряют активность. Другие ферменты, выделенные из этого организма, включают: ДНК-лигаза, щелочная фосфатаза, НАДН оксидаза, изоцитратдегидрогеназа, амиломальтаза, и фруктозо-1,6-дисфосфат-зависимая L-лактатдегидрогеназа.

Полемика

Коммерческое использование ферментов из T. aquaticus не обошлось без споров. После исследований доктора Брока образцы организма были помещены в Коллекция американских типовых культур, публичный репозиторий. Другие ученые, в том числе из Цетуса, получили его оттуда. Поскольку коммерческий потенциал Taq полимераза стала очевидной в 1990-х годах,[15] то Служба национальных парков назвал его использование "Великим Taq Надувательство".[16] Исследователи, работающие в национальных парках, теперь должны подписывать соглашения о «распределении выгод», которые отправляли бы часть прибыли обратно в Службу парков.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Эссе Томаса Брока "Жизнь при высоких температурах"
  2. ^ а б Брок ТД; Фриз H (1969). "Thermus aquaticus, неспорообразующий крайний термофил ". J. Bacteriol. 98 (1): 289–97. Дои:10.1128 / jb.98.1.289-297.1969. ЧВК  249935. PMID  5781580.
  3. ^ Брайан, Т. Скотт (2008). Гейзеры Йеллоустона, (4-е изд.). Университетское издательство Колорадо. ISBN  978-0-87081-924-7.
  4. ^ Пирсон, Беверли К .; Баулд, Джон; Кастенхольц, Ричард В .; Д'Амелио, Элиза; Марэ, Дэвид Дж. Дес; Фермер, Джек Д .; Гротцингер, Джон П .; Йоргенсен, Бо Баркер; Нельсон, Дуглас К. (1992-06-26), Шопф, Дж. Уильям; Кляйн, Корнелис (ред.), "Современные микробные сообщества, создающие циновку: ключ к интерпретации протерозойских строматолитовых сообществ", Протерозойская биосфера (1-е изд.), Cambridge University Press, стр. 245–342, Дои:10.1017 / cbo9780511601064.008, ISBN  978-0-521-36615-1
  5. ^ а б Brumm, Phillip J .; Монсма, Скотт; Кео, Брендан; Ясиновица Светлана; Фергюсон, Эрин; Шенфельд, Томас; Лодс, Майкл; Мид, Дэвид А. (2015). «Полная последовательность генома Thermus aquaticus Y51MC23». PLOS One. 10 (10): e0138674. Дои:10.1371 / journal.pone.0138674. ISSN  1932-6203. ЧВК  4605624. PMID  26465632.
  6. ^ Брок ТД; Эдвардс MR (1970). «Тонкая структура Thermus aquaticus, экстремальный термофил ". J. Bacteriol. 104 (1): 509–517. Дои:10.1128 / jb.104.1.509-517.1970. ЧВК  248237. PMID  5473907.
  7. ^ Freeze H; Брок Т.Д. (1970). «Термостабильная альдолаза от Thermus aquaticus». J. Bacteriol. 101 (2): 541–50. Дои:10.1128 / jb.101.2.541-550.1970. ЧВК  284939. PMID  4984076.
  8. ^ Air GM; Харрис Джи (1974). «ДНК-зависимая РНК-полимераза термофильных бактерий. Thermus aquaticus". Письма FEBS. 38 (3): 277–281. Дои:10.1016/0014-5793(74)80072-4. PMID  4604362.
  9. ^ Сато, S (февраль 1978 г.). "Однократное расщепление ДНК обезьяньего вируса 40 (SV40) сайт-специфической эндонуклеазой из Thermus aquaticus, Taq Я". J. Biochem. 83 (2): 633–5. Дои:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a131952. PMID  204628.
  10. ^ Чиен, А; Эдгар ДБ; Trela ​​JM (1 сентября 1976 г.). «Полимераза дезоксирибонуклеиновой кислоты из экстремального термофила Thermus aquaticus». J. Bacteriol. 127 (3): 1550–7. Дои:10.1128 / jb.127.3.1550-1557.1976. ЧВК  232952. PMID  8432.
  11. ^ Сайки, РК; и другие. (1988). «Праймер-направленная ферментативная амплификация ДНК с помощью термостабильной ДНК-полимеразы». Наука. 239 (4839): 487–91. Bibcode:1988Научный ... 239..487С. Дои:10.1126 / science.239.4839.487. PMID  2448875.
  12. ^ Юрист ФК; и другие. (1993). «Высокий уровень экспрессии, очистки и ферментативной характеристики полноразмерной ДНК-полимеразы Thermus aquaticus». Методы ПЦР Приложение. 2 (4): 275–87. Дои:10.1101 / gr.2.4.275. PMID  8324500.
  13. ^ Guyer RL; Кошланд Д.Е. (декабрь 1989 г.). «Молекула года». Наука. 246 (4937): 1543–6. Дои:10.1126 / science.2688087. PMID  2688087.
  14. ^ https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1993/mullis-lecture.html
  15. ^ Fore J; Wiechers IR; Кук-Диган Р. (2006). «Влияние деловой практики, лицензирования и интеллектуальной собственности на развитие и распространение полимеразной цепной реакции: тематическое исследование». J Biomed Discov Collab. 1: 7. Дои:10.1186/1747-5333-1-7. ЧВК  1523369. PMID  16817955. - Подробная история Cetus и коммерческие аспекты PCR.
  16. ^ Роббинс Дж. (28 ноября 2006 г.). "Поиск частной прибыли в национальных парках". Нью-Йорк Таймс.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка