Avsunviroidae - Avsunviroidae

Avsunviroidae
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:incertae sedis
Королевство:incertae sedis
Тип:incertae sedis
Учебный класс:incertae sedis
Заказ:incertae sedis
Семья:Avsunviroidae
Роды

В Avsunviroidae семья вироиды. Всего четыре вида в трех родах (Авсунвироид, Элавироид и Пеламовироид ).[1] Они состоят из геномов РНК от 246 до 375. нуклеотиды в длину. Они представляют собой одноцепочечные ковалентные круги и имеют внутримолекулярное спаривание оснований. У всех членов отсутствует центральный охраняемый регион.[2]

Репликация

Репликация происходит в хлоропласты растительных клеток. Ключевые особенности репликации включают отсутствие необходимости в вирусе-помощнике и кодировании белков. В отличие от другой семьи вироиды, Pospiviroidae, Avsunviroidae Считается, что они воспроизводятся посредством симметричного механизма качения. Считается, что положительная цепь РНК действует как матрица для образования отрицательных цепей с помощью фермента, который считается РНК-полимеразой плюс 3 II. Затем отрицательные цепи РНК расщепляются под действием рибозима и циркулируют. Второй механизм катящегося круга формирует положительную цепь, которая также расщепляется под действием рибозима, а затем лигируется, чтобы стать кольцевой. Сайт репликации неизвестен, но предполагается, что он находится в хлоропласте и в присутствии Mg2+ ионы.[2]

Структура

Согласно предсказаниям структуры, они существуют либо в виде палочкообразных молекул с областями спаривания оснований, вызывающих образование петель для волос, либо имеют разветвленную конфигурацию.[2][3]

В семействе есть четыре участка консервативных нуклеотидов, Guuuc, uc, UCAG, ac от 5 до 3 футов, плюс их пары Уотсон-Крик на другом конце петли. Это часть его рибозим-молот.[1]

Классификация

В семействе три рода, всего пять видов.[2]

Обнаружение

Отсутствие длинной центральной консервативной области затрудняет идентификацию Avsunviroidae, чем Pospiviroidae. Методом их обнаружения является использование их округлости: компьютер может собрать воедино множество перекрывающихся считываний, которые при линейном размещении образуют повторы.[4]

Рекомендации

  1. ^ а б Ди Серио, Ф; Ли, SF; Matoušek, J; Оуэнс, РА; Паллас, V; Randles, JW; Сано, Т; Верховен, JTJ; Видалакис, G; Флорес, Р. Отчет Ictv, Консорциум (май 2018 г.). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Avsunviroidae". Журнал общей вирусологии. 99 (5): 611–612. Дои:10.1099 / jgv.0.001045. PMID  29580320.
  2. ^ а б c d "Интернет-отчет ICTV Avsunviroidae".
  3. ^ Giguère, T; Адкар-Пурушотхама, ЧР; Bolduc, F; Перро, JP (октябрь 2014 г.). «Выяснение строения всех членов семейства Avsunviroidae». Молекулярная патология растений. 15 (8): 767–79. Дои:10.1111 / mpp.12130. ЧВК  6638799. PMID  25346967.
  4. ^ Ву, Q; Ван, Y; Цао, М; Панталео, V; Burgyan, J; Ли, WX; Ding, SW (6 марта 2012 г.). «Независимое от гомологии открытие репликации патогенных кольцевых РНК с помощью глубокого секвенирования и нового вычислительного алгоритма». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (10): 3938–43. Bibcode:2012PNAS..109.3938W. Дои:10.1073 / pnas.1117815109. ЧВК  3309787. PMID  22345560.

внешняя ссылка