Pyrobaculum - Pyrobaculum

Pyrobaculum
Научная классификация
Домен:	Археи
Королевство:	Crenarchaeota
Тип:	Crenarchaeota
Учебный класс:	Термопротеи
Заказ:	Thermoproteales
Семья:	Thermoproteaceae
Род:	Pyrobaculum; Хубер, Кристьянссон и Стеттер, 1988 г.
Разновидность
	P. aerophilum; P. arsenaticum; P. calidifontis; P. islandicum; "P. нейтрофильный "; P. oguniense; P. organotrophum; P. yellowstonensis WP30;

Pyrobaculum это род из Thermoproteaceae.

Описание и значение

Как его латинское название Pyrobaculum («огненная палка») предполагает, что археон имеет форму стержня и изолирован от мест с высокими температурами. это Грамотрицательный и его клетки окружены S-слой белковых субъединиц.

P. aerophilum - гипертермофильный и метаболически разносторонний организм. В отличие от других гипертермофилов, он может жить в присутствии кислорода и эффективно расти в микроаэробный условия.

Pyrobaculum yellowstonensis штамм WP30 был получен из осадка элементарной серы (Joseph's Coat Hot Spring [JCHS], 80 ° C, pH 6,1, 135 мкМ As) в Йеллоустонском национальном парке (YNP), США, он является хемоорганогетеротрофом и требует элементарной серы и / или арсената. как акцептор электронов. Рост в присутствии элементарной серы и арсената приводил к образованию тиоарсенатов и полисульфидов. Полный геном этого организма был секвенирован (1,99 МБ, 58% содержание G + C), что позволило выявить многочисленные метаболические пути разложения углеводов, аминокислот и липидов. Были идентифицированы множественные гены оксидоредуктазы диметилсульфоксид-молибдоптерин (DMSO-MPT), которые участвуют в восстановлении серы и мышьяка. Пути для de novo синтез практически всех необходимых кофакторов и метаболитов. Сравнительная геномика P. yellowstonensis и собранная последовательность метагенома из JCHS показала, что этот организм имеет высокую степень родства (примерно 95% идентичности средней нуклеотидной последовательности) с на месте населения. Физиологические свойства и метаболические возможности P. yellowstonensis обеспечивают важную основу для развития понимания распределения и функций этих популяций в YNP.

Структура генома

Первый Pyrobaculum вид, подлежащий секвенированию, был P. aerophilum. Его кольцевая последовательность генома имеет длину 2222430 п.н. и содержит 2605 кодирующих белок последовательностей (CDS).

Структура клетки и метаболизм

В анаэробных условиях археи восстанавливают нитраты до молекулярного азота через путь денитрификации. Большинство видов растут либо хемолитоавтотрофно за счет восстановления серы, либо органотрофно за счет дыхания серы или ферментации. Клетки имеют палочковидную форму с почти прямоугольными концами и имеют размер 1,5–8 * 0,5–0,6 мкм. Pyrobaculum подвижен из-за перитрихоподобного или биполярного политрихоподобного жгутика, его колонии круглые, от серых до зеленовато-черных. Эти виды либо факультативно аэробны, либо строго анаэробны. Рост наблюдался на дрожжевом экстракте, пептон, экстракт мяса, но не на галактоза, глюкоза, мальтоза, крахмальный гликоген, этиловый спирт, метанол, формамид, форматировать, малат, пропионат, лактат, ацетат, и казаминовые кислоты.

Первый из Pyrobaculum виды, подлежащие генетическому секвенированию, P. aerophilum (палочковидный, 3–8 * 0,6 мкм), имеет редкую характеристику для архей, потому что он способен к аэробному дыханию (aerophilum = «воздухолюбивый»). Об этом свидетельствует тот факт, что археи росли только в присутствии кислорода, когда нитрат отсутствовал. Он дает круглые серовато-желтые колонии. Он использует как органические (максимальная плотность клеток наблюдалась при использовании сложных органических веществ, таких как дрожжевой экстракт, мясной экстракт, триптон и пептон в качестве субстратов), так и неорганические соединения во время аэробного и анаэробного дыхания. Также наблюдалось использование элементарной серы для роста. Дальше, P. aerophilum растет между 75 и 104 ° C с оптимальной температурой роста 100 ° C.

Экология

На сегодняшний день штаммы Pyrobaculum были изолированы от нейтральных до слабощелочных кипящих солфатарных вод и мелководных морских гидротермальных систем. P. aerophilum был изолирован из кипящей морской воды на пляже Маронти, Искья, Италия. Дальнейшие исследования показывают, что P. aerophilum растет в строго анаэробных условиях с нитратом в качестве акцептора электронов.^[1]

Смотрите также

Pyrobaculum asR3 малая РНК

дальнейшее чтение

Научные журналы

Jay, Z.J .; J.P. Beam; А. Дохналкова; Р. Ломайер; Б. Бодле; Б. Планер-Фридрих; М. Ромайн; В. П. Инскип (2015). «Штамм WP30 Pyrobaculum yellowstonensis дышит элементарной серой и / или арсенатом в циркумнейтральных сульфидных геотермальных отложениях Йеллоустонского национального парка». Appl. Environ. Микробиол. 81 (17): 5907–5916. Дои:10.1128 / AEM.01095-15. PMID 26092468.
Джей ZJ и Inskeep WP. (2015). «Распределение, разнообразие и важность интронов гена 16S рРНК в порядке Thermoproteales». Биология Директ. 10 (35): 35. Дои:10.1186 / s13062-015-0065-6. ЧВК 4496867. PMID 26156036.
Burggraf S; Huber H; Стеттер К.О. (1997). «Реклассификация порядков и семейств кренархов в соответствии с данными о последовательности 16S рРНК». Int. J. Syst. Бактериол. 47 (3): 657–660. Дои:10.1099/00207713-47-3-657. PMID 9226896.
Huber R; Кристьянссон JK; Стеттер К.О. (1987). «Pyrobaculum gen. Nov., Новый род нейтрофильных палочковидных архебактерий из континентальных сольфатар, оптимально растущих при 100 ° C». Arch. Микробиол. 149 (2): 95–101. Дои:10.1007 / BF00425072.
Zillig W; Stetter KO; Schafer W; Janekovic D; и другие. (1981). «Thermoproteales: новый тип чрезвычайно термоацидофильных анаэробных архебактерий, выделенных из исландских сольфатар». Zentralbl. Микробиол. Parasitenkd. Инфектионскр. Hyg. Abt. 1 Ориг. C2: 205–227.
Lai, Lien B .; Чан, Патрисия П .; Cozen, Aaron E .; Берник, Дэвид Л .; и другие. (28 декабря 2010 г.). «Открытие минимальной формы РНКазы P в Pyrobaculum». Труды Национальной академии наук. 107 (52): 22493–22498. Bibcode:2010PNAS..10722493L. Дои:10.1073 / pnas.1013969107. ЧВК 3012483. PMID 21135215.
Уэллс, Стивен А .; Креннелл, Сьюзен Дж .; Дэнсон, Майкл Дж. (Октябрь 2014 г.). «Структуры мезофильных и экстремофильных цитратсинтаз демонстрируют жесткость и гибкость для функционирования» (PDF). Белки: структура, функции и биоинформатика. 82 (10): 2657–70. Дои:10.1002 / prot.24630. PMID 24948467.

Научные книги

Научные базы данных

внешняя ссылка

Этот археи -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[1] Увидеть NCBI веб-страница о Pyrobaculum. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2007-03-19.

[1]