Спиравиры - Spiraviridae

Вирус спиралевидной формы Aeropyrum
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:incertae sedis
Королевство:incertae sedis
Тип:incertae sedis
Учебный класс:incertae sedis
Заказ:incertae sedis
Семья:Спиравиры
Род:Альфаспиравирус
Разновидность:
Вирус спиралевидной формы Aeropyrum

Спиравиры это семья вирусы которые воспроизводятся в гипертермофильный археи рода Aeropyrum, конкретно Аэропирум перникс. В семье один род, Альфаспиравирус, который содержит один вид, Вирус спиралевидной формы Aeropyrum (ACV). В вирионы ACV являются без оболочки и в форме полых цилиндров, образованных спиральным волокном, состоящим из двух переплетающихся половин кольцевой цепи ДНК внутри капсид. На каждом конце цилиндрического вириона выступает отросток. Вирусный геном является положительно-смысловая, одноцепочечная ДНК ((+) оцДНК) и кодирует значительно больше гены чем другие известные вирусы ssDNA. Яблочный уксус также уникален тем, что, по-видимому, ему не хватает собственных ферментов, способствующих репликации, вместо этого, вероятно, используются клетки-хозяева. реплисомы. ACV не имеет известного отношения к каким-либо другим вирусам, инфицирующим археи, но имеет похожую на спираль морфологию с некоторыми другими вирусами архей, что позволяет предположить, что такие вирусы могут быть древней линией, которая инфицирует только археи.[1][2][3]

Таксономия

Семья: Спиравиры

Род: Альфаспиравирус
Разновидность: Вирус спиралевидной формы Aeropyrum (ACV), типовой вид

Характеристики

Структура

Вирионы ACV не имеют оболочки и имеют форму полых цилиндров размером примерно 230 ± 10 на 19 ± 1 нанометров (нм). Цилиндрическая форма образуется путем наматывания нити нуклеопротеина в виде винтовой пружины. Эта спиралевидная структура образована двумя переплетающимися половинками кольцевой молекулы оцДНК в другой спиральной форме, покрытой капсидными белками. Каждый конец цилиндрического вириона имеет отросток длиной около 20 ± 2 нм, выступающий из вириона под углом 45 ° к оси вириона.[2] Приблизительно у 80% вирионов придатки выступают из одной поверхности вириона.[1] Вирион гибкий, способен сокращаться и затвердевать при обезвоживании. Вирионы имеют два основных белка с молекулярной массой около 23 и 18,5 килодальтон (кДа) и несколько второстепенных белков с молекулярной массой 5-13 кДа.[2] Примерно 40 дисков или витков спирали различимы по длине вириона.[1] Спиралевидная морфология ACV характерна для некоторых вирусов архей и не встречается среди бактериальных и эукариотических вирусов.[2]

Геном

ACV содержит одну молекулу кольцевой одноцепочечной ДНК с положительным смыслом ((+) оцДНК) длиной 24 893 нуклеотида. В GC-контент генома составляет 46,7%. Прогнозируется, что в геноме будет 57 открытые рамки для чтения (ORF) более 40 кодоны, такие ORF составляют 93,5% генома. Все ORF, кроме одной, имеют одинаковые направленность как нить ДНК, указывая на то, что геном положительный смысл. Количество предсказанных генов намного больше, чем у других известных вирусов оцДНК. К ним относятся гены, которые кодируют предполагаемый трипсин -подобно сериновая протеаза, а тирозин рекомбиназа, два тиоредоксин -подобные белки, белки, участвующие в углеводный обмен, и ДНК-связывающие белки.[2]

Репликация

ACV не кодирует идентифицируемую ДНК или РНК. полимеразы он также не кодирует какие-либо белки, гомологичные известным белкам Rep, используемым большинством известных вирусов оцДНК при репликации. Таким образом, ACV, вероятно, будет реплицироваться способом, который зависит от реплисомы хозяина. После репликации вирионы покидают клетку-хозяина, не подвергаясь воздействию клетки-хозяина. лизис, или гибель клеток.[2]

Эволюция

ACV не имеет известного отношения ни к каким другим вирусам. Однако некоторые другие вирусы архей также имеют спиралевидные вирионы, такие как ACV, что может указывать на то, что такая морфология является древней формой, которая не представлена ​​среди вирусов, заражающих эукариот и других прокариот.[2]

История

ACV был впервые выделен из образца Аэропирум перникс (А. перникс) взяты из прибрежных горячих источников Ямагава, где температура может достигать 109 ° C, в Японии в 2010 году. А. перникс был единственным организмом, присутствующим в культуре, он был признан хозяином ACV. ACV не может быть воспроизведен в других штаммах А. перникс или в Aeropyrum camini так что оригинал А. перникс культура была использована для исследования.[1] Семейство, род и вид были признаны Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) в 2013 году.[3]

Рекомендации

  1. ^ а б c d Мочизуки Т., Крупович М., Пехау-Арнаудет Г., Сако Ю., Фортерре П., Прангишвили Д. (2012). «Вирус архей с исключительной архитектурой вириона и крупнейшим геномом одноцепочечной ДНК». Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (33): 13386–91. Дои:10.1073 / pnas.1203668109. ЧВК  3421227. PMID  22826255.
  2. ^ а б c d е ж грамм Прангишвили Д, Мочизуки Т, Крупович М (2020). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Spiraviridae". Дж. Ген Вирол. Дои:10.1099 / jgv.0.001385. PMID  31961791. Получено 23 марта 2020.
  3. ^ а б «Таксономия». Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 23 марта 2020.