Ризобиалес - Википедия - Rhizobiales

Ризобиальные
	Агробактерии (Изображение SEM)
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Учебный класс:	Alphaproteobacteria
Заказ:	Ризобиальные; Куйкендалл 2006
Семьи
	См. Текст
Синонимы
	Hyphomicrobiales Дуглас 1957;

В Ризобиальные являются порядок из Грамотрицательный Alphaproteobacteria.

В ризобия, который исправить азот и есть симбиотический с корнями растений, появляются в нескольких разных семействах. Четыре семьи Bradyrhizobiaceae, Hyphomicrobiaceae, Филлобактерии, и Rhizobiaceae содержат по крайней мере шесть родов азотфиксирующих, клубенько-бобовых и микросимбиотических бактерий. Примеры - роды Брадиризобиум и Ризобий. Виды Метилоцистовые находятся метанотрофы; они используют метанол (CH₃ОН) или метан (CH₄) как их единственные источники энергии и углерода. Другими важными родами являются патогены человека. Бартонелла и Brucella, а также Агробактерии (полезно в генная инженерия ).

Таксономия

Принятые семьи

Bartonellaceae Gieszczykiewicz 1939 (Утвержденные списки 1980) исправить. Бреннер и другие. 1993
Beijerinckiaceae Гаррити и другие. 2006
Bradyrhizobiaceae Гаррити и другие. 2006
Brucellaceae Порода и другие. 1957
Cohaesibacteraceae Хван и Чо 2008 исправляют. Гальего и другие. 2010
Mabikibacteraceae Choi et al. 2017 г.^[1]
Hyphomicrobiaceae Бабудиери 1950
Метилобактерии Гаррити и другие. 2006
Метилоцистовые Боуман 2006
Филлобактерии Мергаерт и качели 2006
Rhizobiaceae Конн 1938
Rhodobiaceae Гаррити и другие. 2006
Розовые Куличевская и другие. 2014
Xanthobacteraceae Ли и другие. 2005

Временные семьи

Эти семейства были предложены, но еще не опубликованы в соответствии с правилами Бактериологический код.

"Aurantimonadaceae " Деннер и другие. 2003
«Девозиевые» Ярза и другие. 2014^[2]
"Kaistiaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
"Labriaceae" Бек и другие. 2015^[3]
"Lutibaculaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
"Methyloligellaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
"Methylopilaceae" Бек и другие. 2015^[3]
«Pleomorphomonadaceae» Ярза и другие. 2014^[2]
«Rhodomicrobiaceae» Ярза и другие. 2014^[2]
"Stappiaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
«Thermopetrobacteraceae» Ярза и другие. 2014^[2]

Рода incertae sedis

Следующие роды принадлежат к Rhizobiales, но не были отнесены к семейству.

Альсбактер Бао и другие. 2014^[4]
Аморфус Зеэви Бен Йосеф и другие. 2008^[5]
Баулдия Ага и другие. 2010^[6]
Метилобревис Порошина и другие. 2015^[7]
Метилокеанибактер Такеучи и другие. 2014^[8]
Метилолигелла Доронина и другие. 2014^[9]
Васильева Ага и другие. 2010^[6]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре^[10] и Национальный центр биотехнологической информации^[11] а филогения основана на полногеномных последовательностях.^[12]

Brucellaceae

	Brucella Мейер и Шоу 1920

	Охробактрум Холмс и другие. 1988

Bartonellaceae

Бартонелла Сильный и другие. 1915 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Бреннер и другие. 1993

Филлобактерии

	Мезоризобий Джарвис и другие. 1997

	Hoeflea Peix и другие. 2005

Челативорцы Доронина и другие. 2010

Rhizobiaceae

	Ризобий Франк 1889 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Молодой и другие. 2001

	Агробактерии Конн 1942 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Савада и другие. 1993

	Sinorhizobium Чен и другие. 1988 исправить. Де Лажуди и другие. 1994

	Ensifer Касида 1982

Candidatus Либерибактер Корриг. Jagoueix и другие. 1994

Candidatus Ходжкина McCutcheon и другие. 2009

Aurantimonadaceae

	Аурантимонас Деннер и другие. 2003 исправить. Ратсэк и другие. 2011

	Фульвимарина Чо и Джованнони 2003 исправить. Ратсэк и другие. 2011

«Девозиевые»^[а]

	Кукумибактер Хван и Чо 2008

	Мариталия Hwang и другие. 2009

Пелагибактерии Сюй и другие. 2011

«Pleomorphomonadaceae»

	Аморфус Зеэви Бен Йосеф и другие. 2008

	Плеоморфомонады Hwang и другие. 2009^[b]

"Kaistiaceae"

Kaistia Я и другие. 2005^[c]

Bradyrhizobiaceae

	Брадиризобиум Иордания 1982

	Нитробактер Виноградский 1892

Rhodopseudomonas Чурда и Мареш 1937

	Олиготрофа Мейер и другие. 1994

	Афипия Бреннер и другие. 1992

Xanthobacteraceae

	Анцилобактер Радж 1983

	Старкея Келли и другие. 2000

	Ксантобактер Вигель и другие. 1978

	Азорхизобиум Дрейфус и другие. 1988

Метилобактерии

	Метилобактерии Метилобактерии Патт и другие. 1976 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Грин и Боусфилд 1983

	Микровирга Кансо и Патель 2003

Beijerinckiaceae

	Метилокапса Дедыш и другие. 2002

	Метилоцелла Дедыш и другие. 2000 исправить. Dunfield и другие. 2003

Beijerinckia Derx 1950

Метилоферула Воробьев и другие. 2011

Метилоцистовые

	Метилозин (бывший Whittenbury и другие. 1970) Боуман и другие. 1993

	Метилоцистис (бывший Whittenbury и другие. 1970) Боуман и другие. 1993 исправить. Дедыш и другие. 2007

Hyphomicrobiaceae pro parte	Гифомикробий Штутцер и Хартлеб 1899

«Rhodomicrobiaceae»^[d]	Родомикробий Духоу и Дуглас 1949 (Утвержденные списки 1980) исправить. Имхофф и другие. 1984

Rhodobiaceae

Parvibaculum Schleheck и другие. 2004

Меганема Томсен и другие. 2006^[e]

	Сфингомонады Ябуучи и другие. 1990 исправить. Ябуучи и другие. 1999 (аутгруппа )

	Магнитоспириллы Schleifer et al. 1992 г. (внешняя группа)

Естественная генетическая трансформация

Естественная генетическая трансформация был зарегистрирован как минимум у трех видов Rhizobiales: Agrobacterium tumefaciens,^[13] Methylobacterium organophilum,^[14] и Bradyrhizobium japonicum.^[15] Естественная генетическая трансформация - это половой процесс, включающий передачу ДНК от одной бактериальной клетки к другой через промежуточную среду и интеграцию донорной последовательности в геном реципиента посредством гомологичная рекомбинация.

Смотрите также

Lar1

Примечания

^ Кукумибактер, Мариталия, и Пелагибактерии в настоящее время включены в Hyphomicrobiaceae.
^ Плеоморфомонады в настоящее время входит в Метилоцистовые.
^ Kaistia в настоящее время входит в Rhizobiaceae.
^ Родомикробий в настоящее время входит в Hyphomicrobiaceae.
^ Меганема в настоящее время входит в Метилобактерии.

дальнейшее чтение

Kuykendall, L.D., Dazzo, F.B. 2005 г. Аллоризобий. В Бреннер, Криг, Стейли и Гэррити (редакторы), Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-й. Ред., Т. 2, Springer, New York, NY, pp. 345–346.
Куйкендалл, Л. Д. Род 2005 г. Азорхизобиум. В Бреннер, Криг, Стейли и Гэррити (редакторы), Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-й. Ред., Т. 2, Springer, New York, NY, стр. 505–506.
Куйкендалл, Л. 2005. Род Брадиризобиум, семейство Bradyrhizobiaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Springer – Verlag, New York, NY, стр. 438–443.
Chen, W. X., E.T. Ван, Л.Д. Куйкендалл. 2005. Род Мезоризобий, Семейство Photobacteriaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Springer – Verlag, New York, NY, стр. 403–408.,
Kuykendall, L.D., J.M. Young, E. Martínez-Romero, A. Kerr и H. Sawada. 2005. Род Ризобий, сильно расходящийся род в пересмотренном семействе Rhizobiaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Спрингер-Верлаг, Нью-Йорк, Нью-Йорк, стр. 324–340.

[13] Кукумибактер, Мариталия, и Пелагибактерии в настоящее время включены в Hyphomicrobiaceae.

[14] Плеоморфомонады в настоящее время входит в Метилоцистовые.

[15] Kaistia в настоящее время входит в Rhizobiaceae.

[16] Родомикробий в настоящее время входит в Hyphomicrobiaceae.

[17] Меганема в настоящее время входит в Метилобактерии.

[1] Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (1 января 2003 г.). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (ред.). «Таксономический конспект для семей». Рефераты NamesforLife. Дои:10.1601 / tx.30673.

[SILVA-2] а ^б ^c ^d ^е ^ж ^грамм ^час База данных SILVA, выпуск 132. Дата обращения 18.05.2018. Видеть
Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO. (2013). «Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты». Нуклеиновые кислоты Res. 41 (База данных): D590 – D596. Дои:10.1093 / нар / gks1219. ЧВК 3531112. PMID 23193283.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
Ярза П., Йилмаз П., Прюсс Э, Глёкнер Ф.О., Людвиг В., Шлейфер К. Х., Уитман В. Б., Эузеби Дж., Аманн Р., Росселло-Мора Р. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Нат Рев Микробиол. 12 (9): 635–45. Дои:10.1038 / nrmicro3330. HDL:10261/123763. PMID 25118885.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[8] Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO. (2013). «Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты». Нуклеиновые кислоты Res. 41 (База данных): D590 – D596. Дои:10.1093 / нар / gks1219. ЧВК 3531112. PMID 23193283.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[9] Ярза П., Йилмаз П., Прюсс Э, Глёкнер Ф.О., Людвиг В., Шлейфер К. Х., Уитман В. Б., Эузеби Дж., Аманн Р., Росселло-Мора Р. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Нат Рев Микробиол. 12 (9): 635–45. Дои:10.1038 / nrmicro3330. HDL:10261/123763. PMID 25118885.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[Beck-3] а ^б Бек, Д. А. С .; McTaggart, T. L .; Setboonsarng, U .; Воробьев, А .; Goodwin, L .; Шапиро, Н .; Woyke, T .; Калюжная, М.Г .; Lidstrom, M.E .; Чистосердова, Л. (2015). "Мультифилетическое происхождение метилотрофии в Alphaproteobacteria, на примере сравнительной геномики изолятов озера Вашингтон ". Экологическая микробиология. 17 (3): 547–54. Дои:10.1111/1462-2920.12736. PMID 25683159.

[4] Бао З, Сато Й, Фудзимура Р., Охта Х. (2014). "Алсбактер металлидуранс ген. nov., sp. nov., устойчивые к таллию почвенные бактерии из отряда Rhizobiales ». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 64 (Pt 3): 775–780. Дои:10.1099 / ijs.0.054783-0. PMID 24221990.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[5] Зеэви бен Йосеф Д., Бен-Дов Э., Кушмаро А. (2008). "Коралловый аморф ген. nov., sp. nov., морская бактерия, выделенная из слизи кораллов, относящаяся к отряду Rhizobiales ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 58 (12): 2704–2709. Дои:10.1099 / ijs.0.65462-0. PMID 19060044.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[Yee-6] а ^б Йи Б., Эртли Дж. Э., Фуэрст Дж. А., Стейли Дж. Т.. (2010). "Реклассификация полифилетического рода Простекомикробий образовать два новых рода, Васильева ген. ноя и Баулдия ген. ноя с четырьмя новыми комбинациями: Васильева энгидра гребень. ноя., Васильева мишустиния гребень. ноя., Bauldia consociata гребень. ноя и Bauldia litoralis гребень. ноя ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 60 (Pt 12): 2960–2966. Дои:10.1099 / ijs.0.018234-0. ЧВК 3052453. PMID 20118292.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[7] Порошина М.Н., Троценко Ю.А., Доронина Н.В. (2015). "Methylobrevis pamukkalensis ген. nov., sp. nov., галотолерантный ограниченный факультативный метилотроф, выделенный из соленой воды ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 65 (4): 1321–1327. Дои:10.1099 / ijs.0.000105. PMID 25667389.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[8] Такеучи М., Катаяма Т., Ямагиши Т., Ханада С., Тамаки Х., Камагата Ю., Осима К., Хаттори М., Марумо К., Недачи М., Маэда Х, Сува Й, Саката С. (2014). "Methyloceanibacter caenitepidi ген. nov., sp. nov., факультативно метилотрофная бактерия, выделенная из морских отложений вблизи гидротермального источника ». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 64 (Pt 2): 462–468. Дои:10.1099 / ijs.0.053397-0. PMID 24096357.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[9] Доронина Н.В., Порошина М.Н., Капаруллина Е.Н., Ежов В.А., Троценко Ю.А. (2013). "Метилолигелла halotolerans ген. nov., sp. ноя и Метилолигелла соликамскенсис sp. nov., две непигментированные галотолерантные облигатно-метилотрофные бактерии, выделенные из солевых сред Урала ». Syst. Appl. Микробиол. 36 (3): 148–154. Дои:10.1016 / j.syapm.2012.12.001. PMID 23351489.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)

[LPSN-10] J.P. Euzéby. «Proteobacteria (прокрутите вниз для Rhizobiales)». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре. Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2012-05-02.

[11] "Ризобиалес". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2012-05-02.

[12] Рухнул с дерева, построенного ПАТРИК В архиве 2016-03-15 в Wayback Machine. Дата доступа: 02.05.2012.

[pmid11375171-18] Деманеш С., Кей Э, Гурбьер Ф, Симоне П. (2001). "Естественное преобразование Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве ». Appl. Environ. Микробиол. 67 (6): 2617–21. Дои:10.1128 / AEM.67.6.2617-2621.2001. ЧВК 92915. PMID 11375171.

[pmid401866-19] О'Коннор М, Вопат А, Хэнсон Р.С. (1977). "Генетическая трансформация в Methylobacterium organophilum". J. Gen. Microbiol. 98 (1): 265–72. Дои:10.1099/00221287-98-1-265. PMID 401866.

[pmid4538250-20] Райна Дж. Л., Моди В. В. (1972). «Связывание и превращение дезоксирибонуклеата в Rhizobium japonicum". J. Bacteriol. 111 (2): 356–60. Дои:10.1128 / JB.111.2.356-360.1972. ЧВК 251290. PMID 4538250.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[а]

[b]

[c]

[d]

[e]

[13]

[14]

[15]