Аллопротеин - Википедия - Alloprotein

Смотрите также: Непротеиногенные аминокислоты
Смотрите также: Расширенный генетический код

Аллопротеин - это роман синтетический белок содержащие один или несколько «неприродных» аминокислоты. Неприродный в контексте означает аминокислоту либо не встречающийся в природе (новые и синтезированные аминокислоты),[1] или же встречаются в природе, но не встречаются в белках (естественно, но не протеиногенный аминокислоты).[2]

Возможность для новых аминокислот и белков возникает потому, что в природе генетический код отвечает за структуру белка, имеет 64 возможных кодоны доступны для кодирования всех аминокислот, используемых в белках (4 нуклеотиды в каждой из 3 базы; 4 x 4 x 4 дает 64 возможных комбинации[3]) но в люди и другие эукариоты они кодируют всего 20 стандартных аминокислот.[4] Этот уровень информационная избыточность в пределах таблица кодонов известен в биохимия в качестве вырождение. Это открывает возможность для кодирования новых аминокислот.[4]

Один подход использует преимущество избыточности 3 кодонов, которые кодируют сигнал «стоп». Если один из них может быть заменен другим стоп-кодоном, то этот кодон, в принципе, может быть «переназначен» (вместе с необходимыми тРНК, фактор выпуска и фермент модификации) для кодирования новой аминокислоты, не затрагивая другие существующие кодировки.[5][6] Используя этот подход, аллопротеины и новые аминокислоты могут быть созданы методами, которые «расширить» генетический код включить дополнительные новые кодировки, используя недавно разработанные кодоны и родственная тРНК (переносить РНК ) и тРНК синтетаза ферменты (аминоацил тРНК синтетаза ). Обычные механизмы, которые производят аминокислоты и объединяют их в белки, затем производят новые или непротеиногенные аминокислоты и включают их, чтобы таким же образом создавать новые белки. В 2010 году этот метод был использован для переназначения кодона в генетическом коде бактерия Кишечная палочка, модифицируя его для получения и включения новой аминокислоты, без неблагоприятного воздействия на существующие кодировки или сам организм.[5][6]

Использование аллопротеинов включает включение необычных или тяжелых атомы за анализ дифракционной структуры, фотореактивные линкеры (фотосшивающие агенты ), флуоресцентный группы (используемые как меченые зонды), и молекулярные переключатели для сигнальных путей.[1][7]

Определение и история

Современные методы аллопротеинов были впервые разработаны в конце 1980-х годов Миядзавой и Ёкоямой в Токийский университет для устранения ограничений существующих методов: генетические манипуляции были ограничены 20 стандартными аминокислотами, химический синтез был ограничен малым масштабом и низким выходом.[2]

Ранее этот термин использовался в статье Койде, Йокояма и Миядзава «Биосинтез аллопротеина» 1990 года.[8]

Рабочее описание предоставлено Будиса и др.:[9]

«Генетическая инженерия кода - это новая область исследований, цель которой - перепрограммировать синтез белка путем переназначения определенных кодонов на неканонические (в основном синтетические) аминокислоты. Полученные в результате белки представляют собой аллопротеины со специально подобранными свойствами, которые представляют исключительный интерес для обеих сторон. , научные круги и промышленная биотехнология ".

Рекомендации

  1. ^ а б Расширенная группа исследования системы генетического кода, Йокогамский институт, Япония
  2. ^ а б Способ получения белка, содержащего небелковые аминокислоты - 1988, Миядзава и Йокояма и др. В описании говорится: Настоящее изобретение относится к способу получения белков, содержащих небелковые аминокислоты (далее называемые неприродными белками), с использованием организмов-продуцентов белка. Термин «небелковые аминокислоты», как он использован здесь, подразумевает все аминокислоты, за исключением упомянутых выше 20 природных аминокислот. Таким образом, все аминокислоты, кроме вышеупомянутых 20 аминокислот, считаются небелковыми аминокислотами. даже если они естественно присутствуют.
  3. ^ Крик, Фрэнсис (1988). «Глава 8: Генетический код». Что за безумное стремление: личный взгляд на научное открытие. Нью-Йорк: Основные книги. стр.89–101. ISBN  0-465-09138-5.
  4. ^ а б Хан, Ульрих (2004). «Старые кодоны, новые аминокислоты». Angewandte Chemie International Edition. 43: 1190–1193. Дои:10.1002 / anie.200301720.
  5. ^ а б Первый генетический код организма, исправленный в исследовательской лаборатории - РИКЕН
  6. ^ а б Переназначение кодонов в генетическом коде Escherichia coli - 2010
  7. ^ Центр системной и структурной биологии Райкен: синтез белка и функциональные исследования
  8. ^ Koide, H; Ёкояма, S; Миядзава, Т. "[Биосинтез аллопротеина]". Нихон Риншо. 48: 208–13. PMID  2406480.
  9. ^ Целостный подход к инженерии генного кода - Вильчи, Меркель и Будиса, Институт биохимии Макса Планка