CXorf49 - Википедия - CXorf49

CXorf49 это белок, который в люди кодируется ген открытая рамка считывания хромосомы X 49 (CXorf49).

Ген

Изображение показывает точное расположение CXorf49 на минусовой цепи Х-хромосомы.

Ген CXorf49 имеет один псевдоним CXorf49B.[1] Recname A8MYA2 также относится к белку, кодируемому CXorf49 или CXorf49B.[2]

CXorf49 находится на Х хромосома при Xq13.1. Это 3912 пар оснований длинный и последовательность гена имеет 6 экзоны.[3] CXorf49 имеет один транскрипт, кодирующий белок.[4]

Протеин

В белке 514 аминокислоты и молекулярная масса 54,4 кДа.[5] В изоэлектрическая точка составляет 9,3. По сравнению с другими белками человека CXorf49 является глицин - и пролин -богат, но белок имеет более низкий уровень аспарагин, изолейцин, тирозин и треонин (Статистический анализ белковых последовательностей, SAPS [6]).

Домены

Изображение белка с областью неизвестной функции.

В область неизвестной функции, DUF4641, представляет собой почти весь белок. Его длина составляет 433 аминокислоты, от аминокислоты 80 до аминокислоты с номером 512.[7] DUF4641 является частью pfam15483.[8] Домен богат пролином и аргинином, но DUF4641 имеет более низкие уровни изолейцина, тирозина и треонина по сравнению с другими белками человека (Анализ белковых последовательностей, SAPS [6]). DUF4641 имеет необычный интервал между лизин остатков и положительно заряженных аминокислот (Анализ белковых последовательностей, SAPS [6]).

Постпереводные модификации

Предполагается, что у CXorf49 будет несколько посттрансляционных сайтов. Сюда входят сайты для N-ацетилтрансферазы (NetAcet 1-[9]), гликирование ε-аминогрупп лизинов (NetGlycate 1.0[10]), O-гликозилирование GalNAc муцинового типа (NetOglyc 4.0[11]), фосфорилирование (NetPhos 2.0[12]), сумоилирование (программа анализа SUMOplot.[13]) и O-ß-GlcNAc (YinOYang WWW[14]).

Субклеточная локализация

Было предсказано, что белок CXorf49 находится в ядро клетки (ПСОРТ II [15]).

Выражение

Регион промоутера

В промоутер область CXorf49 расположена между парой оснований 71718051 и 71718785 на минус-цепи Х-хромосомы и имеет длину 735 п.н. (программа Genomatix ElDorado[16]). Один из самых частых фактор транскрипции Сайты связывания в промоторной области представляют собой сайты фактора связывания Y-бокса.

Выражение

Хотя экспрессия CXorf49 очень низка в клетках человека, она несколько выше в клетках человека. соединительной ткани, яичко и матка (NCBI-Unigene [17]).

Взаимодействия

Белок CXorf49 еще не продемонстрировал взаимодействия с другими белками (PSICQUIC[18]).

CXorf49 считается одним из компонентов небольшой группы HL-60 клетка протеом которые были наиболее склонны к образованию 4-гидрокси-2-ноненаль (HNE) аддукты при воздействии нетоксичных (10 мкМ) концентраций HNE вместе с белком теплового шока 60 кДа 1.[19]

Гомология

Использование BLAST[20] ортологи для CXorf49 не обнаружены у одноклеточных организмов, грибов или растений, геномы которых были секвенированы. Для многоклеточных организмов ортологи обнаружены у млекопитающих. В таблице ниже представлены некоторые ортологи млекопитающих. Они перечислены после времени расхождения с человеческим.

Род и название видаРаспространенное имяРегистрационный номерДлина последовательностиИдентичность человеческому белку
Пан троглодитыШимпанзеXP_001137982514 а.98 %
Каллитрикс ЯхусОбыкновенная мартышкаXP_008987719487 аа65 %
Galeopterus variegatusМалайский летающий лемурXP_008574823525 лет назад54 %
Тупая китайскаяКитайская землеройкаXP_006168003527 лет назад35 %
Шиншилла ланигераДлиннохвостая шиншиллаXP_013358263307 лет назад49 %
Mus musculusДомовая мышьNP_081944513 лет назад36 %
Обыкновенная волчанкаСобакаXP_850392526 лет назад54 %
Odobenus rosmarus divergensТихоокеанский моржXP_012422579530 лет назад51 %
Mustela putorius furoХорекXP_004777306544 лет назад50 %
Липоты вексиллиферКитайский речной дельфинXP_007452050529 лет назад45 %
Ovis areisОвцаXP_004022229536 лет назад45 %
Capra hircusКозелXP_005700711538 лет назад44 %
Myotis lucifugusМаленькая коричневая летучая мышьXP_006083036500 аа42 %
Myotis davidiiМиотис ДавидаXP_006759573495 лет назад42 %
Bos taurusКрупный рогатый скотNP_001092664534 аа42 %
Equus asinusAsinusXP_014707878723 лет назад42 %
Trichechus manatus latirostrisФлоридский ламантинXP_012415455505 лет назад44 %
Dasypus novemcinctusДевятиполосный броненосецXP_004475873497 лет назад44 %
Orycteropus afer послеТрубкозубXP_007957133477 лет назад38 %

Филогения

CXorf49 разработан на основе трубкозуб, к человеческому белку более 105,0 миллионов лет.

Это филогенетическое дерево, созданное с помощью CRUSTALW на SDSC Biology Workbench[6] показывает, как CXorf49 у человека (Hsa), шимпанзе (Ptro), малайского летающего лемура (Gava), овцы (Ovari), тихоокеанского моржа (Ord), трубкозуба (Oafaf), китайской землеройки (Tuchi) и домовой мыши (Mmus) имеет со временем расходились.

Рекомендации

  1. ^ «Открытая рамка считывания 49 (CXorf49) хромосомы X человека (Homo sapiens), мРНК - нуклеотид - NCBI». Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Получено 2016-04-28.
  2. ^ «RecName: Full = не охарактеризованный белок CXorf49 - белок - NCBI». Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Получено 2016-04-28.
  3. ^ "CXorf49 хромосома X открытая рамка считывания 49 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-28.
  4. ^ "Резюме генов и белков: cxorf49". Ebi.ac.uk. Получено 2016-04-28.
  5. ^ "Открытая рамка считывания 49 хромосомы X гена CXorf49 (кодирование белка)". Генные Карты. Получено 2016-04-28.
  6. ^ а б c d "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Архивировано из оригинал на 2003-08-11. Получено 2016-05-06.
  7. ^ «неохарактеризованный белок CXorf49 [Homo sapiens] - белок - NCBI». Ncbi.nlm.nih.gov. 2015-09-28. Получено 2016-04-28.
  8. ^ "NCBI CDD консервативный домен белка DUF4641". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-06.
  9. ^ «Сервер NetAcet 1.0». Cbs.dtu.dk. Получено 2016-04-28.
  10. ^ "Сервер NetGlycate 1.0". Cbs.dtu.dk. Получено 2016-04-28.
  11. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». Cbs.dtu.dk. 2013-05-15. Получено 2016-04-28.
  12. ^ "Сервер NetPhos 2.0". Cbs.dtu.dk. Получено 2016-04-28.
  13. ^ «Программа анализа SUMOplot». Abgent. Получено 2016-04-28.
  14. ^ "Сервер YinOYang 1.2". Cbs.dtu.dk. Получено 2016-04-28.
  15. ^ http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl[постоянная мертвая ссылка ]
  16. ^ Genomatix's ElDorado
  17. ^ "Профиль EST - Hs.632817". Ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-28.
  18. ^ "PSIQUIC". В архиве из оригинала 17.12.2014.
  19. ^ Аркаро, Алессия; Дага, Мартина; Четранголо, Джованни Паоло; Чампорсеро, Эрик Стефано; Лепор, Алессио; Пиццименти, Стефания; Петрелла, Клаудиа; Граф, Мария; Учида, Кодзи; Мамоне, Джанфранко; Ферранти, Паскуале; Эймс, Пол Р. Дж .; Паламбо, Джузеппе; Баррера, Джузеппина; Джентиле, Фабрицио (2015). «Получение аддуктов 4-гидрокси-2-ноненаля с белком 1 теплового шока 60 кДа в клеточных линиях промиелоцитов HL-60 человека и моноцитарных THP-1». Окислительная медицина и клеточное долголетие. 2015: 296146. Дои:10.1155/2015/296146. ЧВК  4452872. PMID  26078803.
  20. ^ Протеин BLAST