Кофактор BRCA1 - Cofactor of BRCA1

NELFB
Идентификаторы
Псевдонимы	NELFB, COBRA1, NELF-B, кофактор BRCA1, член комплекса B отрицательного фактора удлинения
Внешние идентификаторы	OMIM: 611180 MGI: 1931035 ГомолоГен: 121600 Генные карты: NELFB
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 9 (человек)
Конец	137,273,542 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 2 (мышь)
Конец	25,211,489 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• GO: 0001948 связывание с белками; • Связывание РНК;
Сотовый компонент	• ядро клетки; • цитоплазма; • NELF комплекс; • нуклеоплазма;
Биологический процесс	• элонгация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II; • отрицательная регуляция элонгации транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • транскрипция, ДНК-шаблон; • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • клеточная пролиферация; • дифференцировка стволовых клеток; • отрицательная регуляция дифференцировки стволовых клеток; • положительная регуляция вирусной транскрипции;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	25920
	58202
	ENSG00000188986
	ENSMUSG00000013465
	Q8WX92
	Q8C4Y3
	NM_015456
	NM_021393; NM_001310157
	NP_056271
	NP_001297086; NP_067368
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Кофактор BRCA1, также известен как КОБРА1, это человек ген^[5] который кодирует NELF-B.

Функция

NELF-B является подразделением отрицательный коэффициент удлинения (NELF), который также включает NELF-A (WHSC2; MIM 606026), NELF-C или NELF-D (TH1L; MIM 605297) и NELF-E (RDBP; MIM 154040). NELF действует с фактором, вызывающим чувствительность DRB (DSIF ), гетеродимера SPT4 (SUPT4H1; MIM 603555) и SPT5 (SUPT5H; MIM 602102), чтобы вызвать паузу транскрипции РНК-полимераза II (см. MIM 180660).^[6] COBRA1 был первоначально идентифицирован в дрожжевом двугибридном скрининге с использованием домена BRCT1 BRCA1 в качестве приманки.^[7]

Взаимодействия

Было показано, что кофактор BRCA1 взаимодействовать с участием:

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000188986 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000013465 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ «Ген Entrez: кофактор COBRA1 BRCA1».
^ Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасегава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (2003). "Человеческий фактор элонгации транскрипции NELF: идентификация новых субъединиц и восстановление функционально активного комплекса". Молекулярная и клеточная биология. 23 (6): 1863–1873. Дои:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. ЧВК 149481. PMID 12612062.
^ Йе Кью, Ху Ю.Ф., Чжун Х., Най А.С., Бельмонт А.С., Ли Р. (2001). "BRCA1-индуцированное крупномасштабное разворачивание хроматина и аллель-специфические эффекты предрасполагающих к раку мутаций". Журнал клеточной биологии. 155 (6): 911–922. Дои:10.1083 / jcb.200108049. ЧВК 2150890. PMID 11739404.
^ Йе Кью, Ху Ю.Ф., Чжун Х., Най А.С., Бельмонт А.С., Ли Р. (декабрь 2001 г.). «BRCA1-индуцированное крупномасштабное разворачивание хроматина и аллель-специфические эффекты предрасполагающих к раку мутаций». J. Cell Biol. 155 (6): 911–921. Дои:10.1083 / jcb.200108049. ЧВК 2150890. PMID 11739404.
^ ^а ^б Чжун Х., Чжу Дж., Чжан Х., Дин Л., Сунь Й, Хуан С., Е Цюй (декабрь 2004 г.). «COBRA1 ингибирует транскрипционную активность AP-1 в трансфицированных клетках». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 325 (2): 568–573. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.10.079. PMID 15530430.
^ Aiyar SE, Sun JL, Blair AL, Moskaluk CA, Lu YZ, Ye QN, Yamaguchi Y, Mukherjee A, Ren DM, Handa H, Li R (сентябрь 2004 г.). «Ослабление транскрипции, опосредованной рецептором эстрогена альфа, посредством стимулированного эстрогеном рекрутирования отрицательного фактора удлинения». Genes Dev. 18 (17): 2134–2146. Дои:10.1101 / gad.1214104. ЧВК 515291. PMID 15342491.
^ ^а ^б Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасэгава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (март 2003 г.). «Фактор элонгации транскрипции человека NELF: идентификация новых субъединиц и воссоздание функционально активного комплекса». Мол. Cell. Биол. 23 (6): 1863–1873. Дои:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. ЧВК 149481. PMID 12612062.
^ Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–167. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
^ Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3: 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.

дальнейшее чтение

Стивенс М., Де Клерк Э., Бальзарини Дж. (2007). «Регуляция транскрипции ВИЧ-1: молекулярные мишени для химиотерапевтического вмешательства». Med Res Rev. 26 (5): 595–625. Дои:10.1002 / med.20081. ЧВК 7168390. PMID 16838299.
Ямагути Ю., Такаги Т., Вада Т., Яно К., Фуруя А., Сугимото С., Хасегава Дж., Ханда Х (1999). «NELF, мультисубъединичный комплекс, содержащий RD, взаимодействует с DSIF для подавления элонгации РНК-полимеразы II». Ячейка. 97 (1): 41–51. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80713-8. PMID 10199401. S2CID 16855257.
Хиросава М., Нагасе Т., Исикава К., Кикуно Р., Номура Н., Охара О. (2000). «Характеристика клонов кДНК, выбранных с помощью анализа GeneMark из фракционированных по размеру библиотек кДНК головного мозга человека». ДНК Res. 6 (5): 329–336. Дои:10.1093 / днарес / 6.5.329. PMID 10574461.
Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–1795. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК 310948. PMID 11076863.
Пинг YH, Рана TM (2001). «DSIF и NELF взаимодействуют с комплексом элонгации РНК-полимеразы II, а Tat ВИЧ-1 стимулирует P-TEFb-опосредованное фосфорилирование РНК-полимеразы II и DSIF во время элонгации транскрипции». J. Biol. Chem. 276 (16): 12951–12958. Дои:10.1074 / jbc.M006130200. PMID 11112772.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Обермайер Б., Тампе Дж., Хойбнер Д., Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Поустка А. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–435. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.
Симпсон Дж. С., Велленройтер Р., Поустка А., Пепперкок Р., Виманн С. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–292. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК 1083732. PMID 11256614.
Йе Кью, Ху Ю.Ф., Чжун Х., Най А.С., Бельмонт А.С., Ли Р. (2002). «BRCA1-индуцированное крупномасштабное разворачивание хроматина и аллель-специфические эффекты предрасполагающих к раку мутаций». J. Cell Biol. 155 (6): 911–921. Дои:10.1083 / jcb.200108049. ЧВК 2150890. PMID 11739404.
Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасегава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (2003). «Человеческий фактор элонгации транскрипции NELF: идентификация новых субъединиц и восстановление функционально активного комплекса». Мол. Cell. Биол. 23 (6): 1863–1873. Дои:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. ЧВК 149481. PMID 12612062.
Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон С.М. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–167. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Чжу Дж., Сон С., Цзян З., Ян Дж., Лю Цюй, Хуан Ц., Е Цюй (2005). «Характеристика COBRA1 в клеточных линиях рака груди человека с использованием нового поликлонального антитела против COBRA1». IUBMB Life. 56 (3): 161–166. Дои:10.1080/15216540410001699826. PMID 15185750. S2CID 31137609.
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М. А., Кантли Л. К., Гиги С. П. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–12135. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК 514446. PMID 15302935.
Айяр С.Е., Сун Дж.Л., Блэр А.Л., Москалук К.А., Лу Й.З., Йе К.Н., Ямагути Ю., Мукерджи А., Рен Д.М., Ханда Х., Ли Р. (2004). «Ослабление транскрипции, опосредованной рецептором эстрогена, посредством стимулированного эстрогеном рекрутирования отрицательного фактора удлинения». Genes Dev. 18 (17): 2134–2146. Дои:10.1101 / gad.1214104. ЧВК 515291. PMID 15342491.
Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–2144. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК 528930. PMID 15489336.
Чжун Х, Чжу Дж, Чжан Х, Дин Л., Сунь И, Хуан Ц, Е Цюй (2005). «COBRA1 ингибирует транскрипционную активность AP-1 в трансфицированных клетках». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 325 (2): 568–573. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.10.079. PMID 15530430.
Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бектель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К. Х., Хубер В., Пепперкок Р., Поустка А., Виманн С. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК 1347501. PMID 16381901.
Макчесни П.А., Айяр С.Е., Ли О.Дж., Заика А., Москалук С., Ли Р., Эль-Рифай В. (2006). «Кофактор BRCA1: новый регулятор фактора транскрипции при аденокарциномах верхних отделов желудочно-кишечного тракта». Рак Res. 66 (3): 1346–1353. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-05-3593. PMID 16452188.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000188986 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000013465 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[entrez-5] «Ген Entrez: кофактор COBRA1 BRCA1».

[Narita2003-6] Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасегава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (2003). "Человеческий фактор элонгации транскрипции NELF: идентификация новых субъединиц и восстановление функционально активного комплекса". Молекулярная и клеточная биология. 23 (6): 1863–1873. Дои:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. ЧВК 149481. PMID 12612062.

[Ye2001-7] Йе Кью, Ху Ю.Ф., Чжун Х., Най А.С., Бельмонт А.С., Ли Р. (2001). "BRCA1-индуцированное крупномасштабное разворачивание хроматина и аллель-специфические эффекты предрасполагающих к раку мутаций". Журнал клеточной биологии. 155 (6): 911–922. Дои:10.1083 / jcb.200108049. ЧВК 2150890. PMID 11739404.

[pmid11739404-8] Йе Кью, Ху Ю.Ф., Чжун Х., Най А.С., Бельмонт А.С., Ли Р. (декабрь 2001 г.). «BRCA1-индуцированное крупномасштабное разворачивание хроматина и аллель-специфические эффекты предрасполагающих к раку мутаций». J. Cell Biol. 155 (6): 911–921. Дои:10.1083 / jcb.200108049. ЧВК 2150890. PMID 11739404.

[pmid15530430-9] а ^б Чжун Х., Чжу Дж., Чжан Х., Дин Л., Сунь Й, Хуан С., Е Цюй (декабрь 2004 г.). «COBRA1 ингибирует транскрипционную активность AP-1 в трансфицированных клетках». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 325 (2): 568–573. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.10.079. PMID 15530430.

[pmid15342491-10] Aiyar SE, Sun JL, Blair AL, Moskaluk CA, Lu YZ, Ye QN, Yamaguchi Y, Mukherjee A, Ren DM, Handa H, Li R (сентябрь 2004 г.). «Ослабление транскрипции, опосредованной рецептором эстрогена альфа, посредством стимулированного эстрогеном рекрутирования отрицательного фактора удлинения». Genes Dev. 18 (17): 2134–2146. Дои:10.1101 / gad.1214104. ЧВК 515291. PMID 15342491.

[pmid12612062-11] а ^б Нарита Т., Ямагути Ю., Яно К., Сугимото С., Чанарат С., Вада Т., Ким Д. К., Хасэгава Дж., Омори М., Инукай Н., Эндох М., Ямада Т., Ханда Х (март 2003 г.). «Фактор элонгации транскрипции человека NELF: идентификация новых субъединиц и воссоздание функционально активного комплекса». Мол. Cell. Биол. 23 (6): 1863–1873. Дои:10.1128 / MCB.23.6.1863-1873.2003. ЧВК 149481. PMID 12612062.

[pmid14667819-12] Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–167. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.

[pmid17353931-13] Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3: 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]