Cpf1 - Cpf1
 | Эта статья может быть слишком техническим для большинства читателей, чтобы понять. Пожалуйста помогите улучшить это к сделать понятным для неспециалистов, не снимая технических деталей. (Декабрь 2016 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
В молекулярная биология, CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза у Prevotella и Francisella 1[а] или же Cpf1 один РНК -управляемый эндонуклеаза без небольшой транскодированной РНК (a tracrRNA ). Вместо этого Cpf1 использует Т-богатый мотив, примыкающий к протоспейсеру (также известный как PAM)[4] состоящий из 2-6 базовая пара Последовательность ДНК, следующая сразу за последовательностью ДНК, на которую нацелен Cas9 нуклеаза в CRISPR бактериальный адаптивная иммунная система[5].[6] Он распознает T-rich PAM, TTTN, но на стороне 5 футов направляющей. Cpf1 раскалывает ДНК через шахматный двухцепочечный разрыв ДНК.[7]
Редактирование генома
Из 16 Cpf1-семейства белки, ученые определили два фермента-кандидата из Ацидаминококк и Lachnospiraceae, с эффективным редактирование генома деятельность в человеческие клетки.[8] Cpf1 был представлен с функциями, которые SpCas9 отсутствует. Cpf1 требуется всего 42 нт. CRISPR РНК (crRNA), чтобы найти свою мишень, вместо ~ 100-нуклеотидной направляющей РНК для SpCas9, и она распознает мотив, примыкающий к протоспейсеру (PAM), который находится на 5 'вместо 3' от целевого сайта.[9]
Cas9 против Cpf1
| Особенность | Cas9 | Cpf1 |
|---|---|---|
| Структура | Требуются две РНК (или 1 гибридный транскрипт (crRNA + tracrRNA = gRNA) | Требуется одна РНК |
| Режущий механизм | Тупые концевые надрезы | Ступенчатые концевые разрезы |
| Место раскроя | Близко к сайту распознавания | Дистально от места распознавания |
| Целевые сайты | G-rich PAM | Т-богатый ПАМ |
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Поллард, Т. Д. (2007). Клеточная биология. Филадельфия: Сондерс. С. 200–203. ISBN 978-1-4160-2255-8.
- ^ Latchman DS (декабрь 1997 г.). «Факторы транскрипции: обзор». Международный журнал биохимии и клеточной биологии. 29 (12): 1305–12. Дои:10.1016 / S1357-2725 (97) 00085-X. ЧВК 2002184. PMID 9570129.
- ^ Карин М (февраль 1990 г.). «Слишком много факторов транскрипции: положительные и отрицательные взаимодействия». Новый биолог. 2 (2): 126–31. PMID 2128034.
- ^ http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(15)01200-3 Cpf1 - это одиночная РНК-управляемая эндонуклеаза системы CRISPR-Cas класса 2
- ^ Шах С.А., Эрдманн С., Мохика Ф.Дж., Гаррет Р.А. (2013). «Мотивы распознавания Protospacer: смешанная идентичность и функциональное разнообразие». РНК Биология. 10 (5): 891–899. Дои:10.4161 / rna.23764. ЧВК 3737346. PMID 23403393.
- ^ Цетше Б., Гутенберг Дж. С., Абудайе О. О., Slaymaker И. М., Макарова К. С., Эсслецбихлер П., Фольц С. Е., Джунг Дж., Ван дер Ост Дж, Регев А., Кунин Е. В., Чжан Ф. (2015) "Cpf1 - это эндонуклеаза, управляемая одиночной РНК, в системе CRISPR-Cas класса 2". Клетка. 163 (3): 759–771. Дои:10.1016 / j.cell.2015.09.038. ЧВК 4638220. PMID 26422227.
- ^ Использование Cpf1 для CRISPR опубликовано "Бенчлинг" (2015)
- ^ Полногеномная специфичность нуклеаз CRISPR-Cas Cpf1 в клетках человека Бенджамин П. Кляйнстивер, Шенгдар К Цай, Мишель С. Прев, Нху Т Нгуен, Мойра М. Уэлч, Хосе М. Лопес, Закари Р. Маккоу, Мартин Дж. Арье и Дж. Кейт Джунг в «Nature Biotechnology» 34 869–874 (2016) doi: 10.1038 / nbt.3620 Опубликовано в сети 27 июня 2016 г.
- ^ Разборки между Cas9 и Cpf1 от Nature Methods 13, 714 - (2016) doi: 10.1038 / nmeth.3979 Опубликовано в Интернете 30 августа 2016 г.
- ^
- В центромера является частью хромосома это ссылки сестринские хроматиды или диада. В течение митоз, волокна веретена прикрепить к центромере через кинетохора.[1]
- А фактор транскрипции или же фактор промотора это белок который контролирует скорость транскрипция из генетический информация из ДНК к информационная РНК, путем привязки к конкретному Последовательность ДНК.[2][3]