Перетасовка ДНК - DNA shuffling

Перетасовка ДНК способ быстрого распространения полезных мутации в направленная эволюция эксперимент.[1] Применяется для быстрого увеличения Библиотека ДНК размер.[2]

Процедура

Первый, ДНКаза используется для фрагментации набора родительских гены на кусочки по 50-100 бп в длину. Затем следует полимеразной цепной реакции (ПЦР) без праймеров - фрагменты ДНК с достаточным количеством перекрывающихся гомологичных последовательностей отжигаются друг с другом и затем удлиняются ДНК-полимераза.

Допускается проведение нескольких раундов этого расширения ПЦР после некоторых из ДНК молекулы достигают размеров родительских генов. Затем эти гены можно амплифицировать с помощью другой ПЦР, на этот раз с добавлением грунтовки которые призваны дополнять концы прядей. Праймеры могут иметь дополнительные последовательности, добавленные к их 5'-концам, такие как последовательности для рестрикционный фермент сайты узнавания, необходимые для лигирования в вектор клонирования.

Возможно рекомбинировать части этих генов для создания гибридов или химерные формы с уникальными свойствами, отсюда и термин «перетасовка ДНК».[3]

Методы перемешивания

Использование рестрикционных ферментов

  1. Ограничение ферменты разрезанные в аналогичных местах используются для переваривания членов генного семейства
  2. Фрагменты ДНК соединяются вместе ДНК-лигаза
  3. Большое количество гибриды которые могут быть протестированы на уникальные свойства произведены

Использование ДНКазы 1

  1. Различные члены семейства генов фрагментируются с использованием ДНКазы 1 с последующей ПЦР.
  2. Во время ПЦР происходит кросс-прайм разных членов семейства, т.е. гомологический Фрагменты ДНК отжигаются друг с другом
  3. Сгенерированные гибриды затем используются для создания библиотека мутантов, которые проверены на уникальные свойства

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Чжао, Хуйминь; Арнольд, Фрэнсис Х. (1997). «Оптимизация перетасовки ДНК для высокоточной рекомбинации» (PDF). Исследования нуклеиновых кислот. 25 (6): 1307–1308. Дои:10.1093 / nar / 25.6.1307. ЧВК  146579. PMID  9092645.[постоянная мертвая ссылка ]
  2. ^ Коэн, Дж. (13 июля 2001 г.). «Как работает перетасовка ДНК». Наука. 293 (5528): 237. Дои:10.1126 / science.293.5528.237. PMID  11452110.
  3. ^ Бачер, Джейми М .; и другие. (2002). «Опережающая эволюция и перетасовка ДНК» (PDF). Геномная биология. 3 (8): отзывы1021.1. Дои:10.1186 / gb-2002-3-8-reviews1021. ЧВК  139397. PMID  12186650.