База данных EzTaxon - Википедия - EzTaxon Database

В биоинформатика, то База данных EzTaxon это веб-инструмент для идентификации прокариоты на основе 16S рибосомная РНК генные последовательности.[1] EzTaxon - это открытый доступ база данных, созданная и поддерживаемая ChunLab, Inc.

База данных EzTaxon содержит последовательности типовых штаммов прокариотических видов с достоверно опубликованными названиями. Хотя EzTaxon в основном используется для стандартной идентификации прокариотических изолятов, последовательности из некультивируемых таксонов не были включены. Таким образом, в 2012 году EzTaxon был расширен за счет включения некультивируемых прокариот, а название базы данных было изменено на EzTaxon-e.[2]

Соглашение об именовании

Таксоны имена, включенные в EzTaxon-e, представляют группы некультивируемых последовательностей, обнаруженных в всеобщее достояние базы данных. Имена, включенные в EzTaxon-e, не имеют статуса в формальной номенклатуре, но они были созданы, чтобы помочь в сравнении микробных сообществ и разнообразия в природе.

  • Новые имена в EzTaxon-e формируются путем добавления специальных суффиксов к Генбанк регистрационные номера последовательностей (например, AB177171_s -> виды, для которых запись в последовательности AB177171 служит типу; AB177171_g -> род; AB177171_f -> семейство; AB177171_o -> порядок; AB177171_c -> класс; AB177171_p -> тип).
  • Известные имена сохранились по историческим причинам. SAR11, известный морской обитатель, отмечен как SAR11 (порядок) и далее разделены на 4 семейства (от SAR11-1_f до SAR11-4_f).
  • На основе последовательности 16S рРНК филогения, некоторые явно неправильно классифицированные виды были переименованы с использованием специальных суффиксов. Например, Bacteroides pectinophilus не является подлинным членом род Bacteroides. Однако он может представлять новый род в семействе Lachnospiraceae. Следовательно, в базе данных EzTaxon-e Bacteroides pectinophilus помещен в условно названный новый род Bacteroides_g1.
  • Последовательности и предполагаемые таксоны, начинающиеся с «4P», являются продуктами системы Roche 454 GS FLX Titanium.

Рекомендации

  1. ^ Чун, Чонгсик; Ли, Джэ-Хак; Юнг, Юнён; Ким, Мёнджин; Ким, Сейл; Квон Ким, Бён; Лим, Янг-Вун (2007). «EzTaxon: веб-инструмент для идентификации прокариот на основе последовательностей гена 16S рибосомной РНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 57 (10): 2259–2261. Дои:10.1099 / ijs.0.64915-0. PMID  17911292.
  2. ^ Ким, О.С.; Чо, YJ; Лук-порей; Юн, SH; Ким, М; Неа; Парк, ТЦ; Jeon, YS; Ли, JH; Yi, H; Выиграл, S; Чун, Дж (2012). «Представляем EzTaxon-e: базу данных последовательностей генов прокариотической 16S рРНК с филотипами, которые представляют некультивируемые виды». Int J Syst Evol Microbiol. 62 (3): 716–21. Дои:10.1099 / ijs.0.038075-0. PMID  22140171.