GeneCalling - GeneCalling

В области геномика, GeneCalling это открытая платформа мРНК техника транскрипционного профилирования.[1] Протокол GeneCalling измеряет уровни кДНК, которые коррелируют с экспрессия гена уровни конкретных стенограммы. С помощью этой технологии исследуются и сравниваются различия между экспрессией генов в здоровых тканях и тканях, чувствительных к заболеваниям или лекарствам.[2] Методика применена для исследования тканей человека.[3] и растительные ткани.[4]

Метод

Процесс GeneCalling

В протоколе GeneCalling мРНК сначала выделяются из заданного образца и преобразуются в фрагменты для анализа. Обычно это включает синтез и разделение двухцепочечных кДНК из полиА РНК. Отличные наборы рестрикционные ферменты затем могут быть использованы для переваривания наборов разделенных кДНК и полученных фрагментов, лигированных с мечеными адаптерами для амплификации с помощью ПЦР. Затем продукты ПЦР очищают и подвергают гель-обработке. электрофорез на навесной платформе со стационарным лазерным возбуждением и многоцветным устройство с зарядовой связью система визуализации.[5] Флуоресцентная метка на 5'-конце одного из праймеров для ПЦР позволяет визуализировать фрагменты ПЦР, а кДНК подвергаются нескольким изолированным и идентичным рестрикционным перевариваниям для создания объединенного профиля на основе высоты пика и вариации.[6] Затем объединенные профили переваривания из препаратов кДНК сравнивают для определения местоположения дифференциально экспрессируемых фрагментов (например, между нормальной тканью и больной или чувствительной к лекарству тканью); эти профили сравниваются с помощью различных готовых к работе в Интернете баз данных, таких как GeneScape.[7]

Рекомендации

  1. ^ Кирст, М. Э. (1 мая 2005 г.). «Идентификация и характеристика белков деградации, связанных с эндоплазматической сеткой, на которые по-разному влияет стресс эндоплазматической сети». Физиология растений. 138 (1): 218–231. Дои:10.1104 / стр.105.060087. ЧВК  1104177. PMID  15849299.
  2. ^ Грин, Синтия Д .; Саймонс, Ян Фредрик; Тайон, Брюс Э .; Левин, Дэвид А. (апрель 2001 г.). «Открытые системы: панорамные виды экспрессии генов». Журнал иммунологических методов. 250 (1–2): 67–79. Дои:10.1016 / S0022-1759 (01) 00306-4. PMID  11251222.
  3. ^ Анализ экспрессии генов с помощью профилирования транскриптов в сочетании с запросом к базе данных генов. Природа Биотехнологии 17, 798-803: 1999
  4. ^ Профилирование экспрессии генов пути флавоноидов кукурузы, контролируемых эстрадиол-индуцируемыми факторами транскрипции CRC и P. Растительная клетка 12, 65-79: 2000
  5. ^ Кляйн, S; де Фужероль, штат Арканзас; Blaikie, P; Хан, L; Пепе, А; Зеленый, компакт-диск; Котелянский, В; Джанкотти, Ф.Г. (август 2002 г.). «Интегрин альфа 5 бета 1 активирует NF-каппа B-зависимую программу экспрессии генов, важных для ангиогенеза и воспаления». Молекулярная и клеточная биология. 22 (16): 5912–22. Дои:10.1128 / mcb.22.16.5912-5922.2002. ЧВК  133962. PMID  12138201.
  6. ^ Шимкетс, Р.А.; и другие. (1999). «Анализ экспрессии генов с помощью профилирования транскриптов в сочетании с запросом к базе данных генов». Nat. Биотехнология. 17 (8): 798–803. Дои:10.1038/11743. PMID  10429247. S2CID  25463457.
  7. ^ Гротевольд, Эрих (2003). Функциональная геномика растений. Springer Science & Business Media. п. 386. ISBN  9781592594139. Получено 17 октября 2016.