HM13 - HM13

HM13
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1INQ, 1JUF
Идентификаторы
Псевдонимы	HM13, H13, IMP1, IMPAS, IMPAS-1, MSTP086, PSENL3, PSL3, SPP, SPPL1, dJ324O17.1, гистосовместимость (незначительная) 13, гистосовместимость незначительная 13
Внешние идентификаторы	OMIM: 607106 MGI: 95886 ГомолоГен: 7749 Генные карты: HM13
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 20 (человек)
Конец	31,577,923 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 2 (мышь)
Конец	152,708,670 бп
Генная онтология
Молекулярная функция	• активность гомодимеризации белков; • активность эндопептидазы аспарагинового типа; • активность аспарагиновой эндопептидазы, внутримембранное расщепление; • пептидазная активность; • GO: 0001948 связывание с белками; • гидролазная активность; • связывание убиквитин-протеин-лигазы;
Сотовый компонент	• неотъемлемый компонент мембраны; • шероховатой эндоплазматической сети; • мембрана эндоплазматического ретикулума; • мембрана; • неотъемлемый компонент цитоплазматической стороны мембраны эндоплазматического ретикулума; • клеточная мембрана; • Ретротранслокационный комплекс Дерлин-1; • неотъемлемый компонент просветной стороны мембраны эндоплазматического ретикулума; • Гольджи-ассоциированная везикулярная мембрана; • лизосомальная мембрана; • эндоплазматический ретикулум; • поверхность клетки;
Биологический процесс	• протеолиз мембранного белка; • протеолиз; • протеолиз мембранных белков, участвующих в ретроградном транспорте белка, ER в цитозоль; • протеолиз внутриклеточного домена мембранного белка; • протеолиз эктодомена мембранного белка; • гомотетрамеризация белков; • сигнальный пептидный процессинг;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	81502
	14950
	ENSG00000101294
	ENSMUSG00000019188
	Q8TCT9
	Q9D8V0
	NM_030789; NM_178580; NM_178581; NM_178582
	NM_001159551; NM_001159552; NM_001159553; NM_010376
	NP_110416; NP_848695; NP_848696; NP_848697
	NP_001153023; NP_001153024; NP_001153025; NP_034506
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Незначительный антиген гистосовместимости H13 это белок что у людей кодируется HM13 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Минорный антиген гистосовместимости 13 представляет собой неамерный пептид, который происходит из белка, кодируемого H13 ген.^[8]^[9] Пептид образуется цитозоль посредством протеасома, входит в эндоплазматический ретикулум (ER) люмен транспортер, связанный с процессингом антигена (TAP) и представлен на поверхности клетки на H2-D^б главный антиген гистосовместимости I (MHC I ) молекул. Аллореактивность, приводящая к отторжение трансплантата у мышей, присвоено Val / Ile полиморфизм в пептиде «SSV (V / I) GVWYL».^[10] Ген ортолога у человека называется HM13. Если родственный полиморфизм существует, и если HM13 служит Незначительный антиген гистосовместимости Однако это еще предстоит решить.

Белок, кодируемый геном M13 / HM13, представляет собой сигнальная пептидная пептидаза (SPP), ER-резидент внутримембранная протеаза.^[5]SPP локализуется на эндоплазматический ретикулум, катализирует внутримембранный протеолиз некоторых сигнальных пептидов после того, как они были отщеплены от препротеина. Эта активность требуется для генерации эпитопов антигена-Е лимфоцитов человека, полученных из сигнальной последовательности, которые распознаются иммунной системой, и для обработки корового белка вируса гепатита С. Кодируемый белок представляет собой интегральный мембранный белок с последовательностями, характерными для аспарагиновых протеаз пресенилинового типа. Для этого гена было обнаружено множество вариантов транскриптов, кодирующих несколько различных изоформ.^[7]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000101294 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019188 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ ^а ^б Вайхофен А., Биннс К., Лемберг М.К., Эшман К., Мартольо Б. (июнь 2002 г.). «Идентификация сигнальной пептидной пептидазы, аспарагиновой протеазы пресенилинового типа». Наука. 296 (5576): 2215–8. Дои:10.1126 / science.1070925. PMID 12077416. S2CID 45633906.
^ Нюборг А.С., Корнилова А.Ю., Янсен К., Лэдд ТБ, Вулф М.С., Голде Т.Е. (апрель 2004 г.). «Сигнальная пептидная пептидаза образует гомодимер, который мечен активным сайт-направленным ингибитором гамма-секретазы». J Biol Chem. 279 (15): 15153–60. Дои:10.1074 / jbc.M309305200. PMID 14704149.
^ ^а ^б "Ген Энтреса: гистосовместимость HM13 (незначительная) 13".
^ «Ген Энтреса: гистосовместимость H13 (незначительная) 13».
^ Snell GD, Cudkowicz G, Bunker HP (июнь 1967 г.). «Гены гистосовместимости мышей. VII. H-13, новый локус гистосовместимости в пятой группе сцепления». Трансплантация. 5 (3): 492–503. Дои:10.1097/00007890-196705000-00011. PMID 5340356. S2CID 31345625.
^ Мендоса Л.М., Паз П., Зубери А., Кристиансон Г., Рупениан Д., Шастри Н. (октябрь 1997 г.). «Несовершеннолетние, принадлежащие мажорам: второстепенный локус гистосовместимости H13, определенный как комплекс пептид / MHC класса I». Иммунитет. 7 (4): 461–72. Дои:10.1016 / S1074-7613 (00) 80368-4. PMID 9354467.

дальнейшее чтение

Лемберг М.К., Бланд Ф.А., Вайхофен А. и др. (2002). «Интрамембранный протеолиз сигнальных пептидов: важный этап в создании эпитопов HLA-E». J. Immunol. 167 (11): 6441–6. Дои:10.4049 / jimmunol.167.11.6441. PMID 11714810.
Делукас П., Мэтьюз Л.Х., Ашерст Дж. И др. (2002). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 20 человека». Природа. 414 (6866): 865–71. Дои:10.1038 / 414865a. PMID 11780052.
Григоренко А.П., Моляка Ю.К., Коровайцева Г.И., Рогаев Е.И. (2002). «Новый класс политопных белков с доменами, ассоциированными с предполагаемой протеазной активностью». Биохимия Моск. 67 (7): 826–35. Дои:10.1023 / А: 1016365227942. PMID 12139484. S2CID 11785597.
Маклаучлан Дж, Лемберг МК, Надежда Дж, Мартольо Б. (2002). «Интрамембранный протеолиз способствует переносу корового белка вируса гепатита С в липидные капли». EMBO J. 21 (15): 3980–8. Дои:10.1093 / emboj / cdf414. ЧВК 126158. PMID 12145199.
Лемберг МК, Мартольо Б (2002). «Требования к внутримембранному протеолизу, катализируемому сигнальной пептидной пептидазой». Мол. Ячейка. 10 (4): 735–44. Дои:10.1016 / S1097-2765 (02) 00655-X. PMID 12419218.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Урни Дж, Херманс-Боргмейер I, Геркен Дж, Шаллер ХК (2004). «Экспрессия пресенилин-подобной сигнальной пептидазы (SPP) в мозге взрослых мышей и во время развития». Gene Expr. Узоры. 3 (5): 685–91. Дои:10.1016 / S1567-133X (03) 00094-2. PMID 12972007.
Ленер Б., Семпл Дж. И., Браун С. Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
Моляка Ю.К., Григоренко А., Мадера Д., Рогаев Е.И. (2004). «Impas 1 обладает эндопротеолитической активностью в отношении многопроходного мембранного белкового субстрата, расщепляющего голопротеин пресенилина 1». FEBS Lett. 557 (1–3): 185–92. Дои:10.1016 / S0014-5793 (03) 01489-3. PMID 14741365. S2CID 21770115.
Soares MR, Bisch PM, Campos de Carvalho AC, et al. (2004). «Корреляция между конформацией и связыванием антител: структура ЯМР перекрестно-реактивных пептидов из T. cruzi, человека и L. braziliensis». FEBS Lett. 560 (1–3): 134–40. Дои:10.1016 / S0014-5793 (04) 00088-2. PMID 14988012. S2CID 21812894.
Friedmann E, Lemberg MK, Weihofen A, et al. (2005). «Консенсус-анализ сигнальной пептидной пептидазы и гомологичных аспарагиновых протеаз человека показывает противоположную топологию каталитических доменов по сравнению с пресенилинами». J. Biol. Chem. 279 (49): 50790–8. Дои:10.1074 / jbc.M407898200. PMID 15385547.
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
Оцуки Т., Ота Т., Нисикава Т. и др. (2007). «Сигнальная последовательность и ловушка ключевого слова in silico для отбора полноразмерных человеческих кДНК, кодирующих секрецию или мембранные белки из библиотек олигокапированных кДНК». ДНК Res. 12 (2): 117–26. Дои:10.1093 / dnares / 12.2.117. PMID 16303743.
Урни Дж, Херманс-Боргмейер I, Шаллер ХК (2006). «Экспрессия на клеточной поверхности нового варианта сплайсинга сигнальной пептидазы мыши». Биохим. Биофиз. Acta. 1759 (3–4): 159–65. Дои:10.1016 / j.bbaexp.2006.02.007. PMID 16730383.
Лоурейро Дж., Лилли Б.Н., Спунер Э. и др. (2006). «Сигнальная пептидная пептидаза необходима для смещения эндоплазматического ретикулума». Природа. 441 (7095): 894–7. Дои:10.1038 / природа04830. PMID 16738546. S2CID 4346807.
Сато Т., Нюборг А.С., Ивата Н. и др. (2006). «Сигнальная пептидная пептидаза: биохимические свойства и модуляция нестероидными противовоспалительными препаратами». Биохимия. 45 (28): 8649–56. Дои:10.1021 / bi060597g. PMID 16834339.

Эта статья о ген на хромосома человека 20 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000101294 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019188 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid12077416-5] а ^б Вайхофен А., Биннс К., Лемберг М.К., Эшман К., Мартольо Б. (июнь 2002 г.). «Идентификация сигнальной пептидной пептидазы, аспарагиновой протеазы пресенилинового типа». Наука. 296 (5576): 2215–8. Дои:10.1126 / science.1070925. PMID 12077416. S2CID 45633906.

[pmid14704149-6] Нюборг А.С., Корнилова А.Ю., Янсен К., Лэдд ТБ, Вулф М.С., Голде Т.Е. (апрель 2004 г.). «Сигнальная пептидная пептидаза образует гомодимер, который мечен активным сайт-направленным ингибитором гамма-секретазы». J Biol Chem. 279 (15): 15153–60. Дои:10.1074 / jbc.M309305200. PMID 14704149.

[entrez-7] а ^б "Ген Энтреса: гистосовместимость HM13 (незначительная) 13".

[entrez2-8] «Ген Энтреса: гистосовместимость H13 (незначительная) 13».

[pmid5340356-9] Snell GD, Cudkowicz G, Bunker HP (июнь 1967 г.). «Гены гистосовместимости мышей. VII. H-13, новый локус гистосовместимости в пятой группе сцепления». Трансплантация. 5 (3): 492–503. Дои:10.1097/00007890-196705000-00011. PMID 5340356. S2CID 31345625.

[pmid9354467-10] Мендоса Л.М., Паз П., Зубери А., Кристиансон Г., Рупениан Д., Шастри Н. (октябрь 1997 г.). «Несовершеннолетние, принадлежащие мажорам: второстепенный локус гистосовместимости H13, определенный как комплекс пептид / MHC класса I». Иммунитет. 7 (4): 461–72. Дои:10.1016 / S1074-7613 (00) 80368-4. PMID 9354467.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]