HNRPAB - HNRPAB

HNRNPAB
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3S7R
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPAB, ABBP1, HNRPAB, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин A / B
Внешние идентификаторы	OMIM: 602688 MGI: 1330294 ГомолоГен: 74950 Генные карты: HNRNPAB
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 5 (человек)
Конец	178,211,163 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 11 (мышь)
Конец	51,606,847 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции; • связывание нуклеиновой кислоты; • последовательное связывание ДНК; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание мРНК; • Связывание РНК; • Последовательно-специфичное связывание двухцепочечной ДНК;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • Комплекс факторов транскрипции РНК-полимеразы II; • ядро клетки; • нуклеоплазма; • рибонуклеопротеин;
Биологический процесс	• позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • эпителиально-мезенхимальный переход;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	3182
	15384
	ENSG00000197451
	ENSMUSG00000020358
	Q99729
	Q99020
	NM_031266; NM_004499
	NM_001048061; NM_010448
	NP_004490; NP_112556
	NP_001041526; NP_034578
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин A / B, также известен как HNRPAB, представляет собой белок, который у человека кодируется HNRPAB ген.^[5] Хотя этот ген называется HNRNPAB в отношении его первого клонирования в качестве связывающего РНК белка, сходного с HNRNP A и HNRNP B,^[6] не является членом подсемейства HNRNP A / B HNRNPs, но тесно группируется с HNRNPD / AUF1 и HNRNPDL.^[7]^[8]

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно выраженных гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиды (hnRNPs). ГЯРНП производятся РНК-полимераза II и являются компонентами комплексов гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Они связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядро и цитоплазма. Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Кодируемый этим геном белок, который связывается с одним из компонентов мультипротеинового комплекса эдитосом, имеет два повтора доменов квази-RRM (мотив распознавания РНК), которые связываются с РНК. Для этого гена описаны два альтернативно сплайсированных варианта транскрипта, кодирующие разные изоформы.^[5]

Взаимодействия

Было показано, что HNRPAB взаимодействовать с участием TP63.^[9]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000197451 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020358 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ ^а ^б «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин HNRPAB A / B».
^ Хан Ф.А., Джайсвал А.К., Зер В. (сентябрь 1991 г.). «Клонирование и анализ последовательности белка hnRNP типа A / B человека». Письма FEBS. 290 (1–2): 159–61. Дои:10.1016/0014-5793(91)81249-8. PMID 1717314. S2CID 11348906.
^ Акиндахунси А.А., Бандиера А., Манзини Дж. (Февраль 2005 г.). «Белки hnRNP 2xRBD позвоночных: сравнительный анализ генома, мРНК и белковых последовательностей». Вычислительная биология и химия. 29 (1): 13–23. Дои:10.1016 / j.compbiolchem.2004.11.002. PMID 15680582.
^ Чаплински К., Кехер Т., Шельдер М., Сегреф А., Вильм М., Маттай И. В. (апрель 2005 г.). «Идентификация 40LoVe, белка семейства hnRNP D Xenopus, участвующего в локализации мРНК, связанной с TGF-бета, во время оогенеза». Клетка развития. 8 (4): 505–15. Дои:10.1016 / j.devcel.2005.01.012. PMID 15809033.
^ Фоменков А., Хуанг Ю.П., Топалоглу О, Брехман А., Осада М., Фоменкова Т. и др. (Июнь 2003 г.). «Альфа-мутации P63 приводят к аберрантному сплайсингу рецептора фактора роста кератиноцитов при синдроме Хей-Уэллса». Журнал биологической химии. 278 (26): 23906–14. Дои:10.1074 / jbc.M300746200. PMID 12692135.

дальнейшее чтение

Хан Ф.А., Джайсвал А.К., Зер В. (сентябрь 1991 г.). «Клонирование и анализ последовательности белка hnRNP типа A / B человека». Письма FEBS. 290 (1–2): 159–61. Дои:10.1016/0014-5793(91)81249-8. PMID 1717314. S2CID 11348906.
Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Gress TM, Müller-Pillasch F, Geng M, Zimmerhackl F, Zehetner G, Friess H и др. (Октябрь 1996 г.). «Профиль экспрессии, специфичный для рака поджелудочной железы». Онкоген. 13 (8): 1819–30. PMID 8895530.
Лау П.П., Чжу Х.Дж., Накамута М., Чан Л. (январь 1997 г.). «Клонирование белка, связывающего Apobec-1, который также взаимодействует с мРНК аполипопротеина B, и доказательства его участия в редактировании РНК». Журнал биологической химии. 272 (3): 1452–5. Дои:10.1074 / jbc.272.3.1452. PMID 8999813.
Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Hay DC, Kemp GD, Dargemont C, Hay RT (май 2001 г.). «Взаимодействие между hnRNPA1 и IkappaBalpha необходимо для максимальной активации NF-kappaB-зависимой транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 21 (10): 3482–90. Дои:10.1128 / MCB.21.10.3482-3490.2001. ЧВК 100270. PMID 11313474.
Лау П.П., Чанг Б.Х., Чан Л. (апрель 2001 г.). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, GRY-RBP, как компонент эдитосомы апобек-1». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 282 (4): 977–83. Дои:10.1006 / bbrc.2001.4679. PMID 11352648.
Андерсен Дж. С., Лион К. Э., Фокс А. Х, Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х и др. (Январь 2002 г.). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Текущая биология. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Percipalle P, Jonsson A, Nashchekin D, Karlsson C, Bergman T, Guialis A, Daneholt B (апрель 2002 г.). «Ядерный актин связан со специфической субпопуляцией белков hnRNP A / B-типа». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (8): 1725–34. Дои:10.1093 / nar / 30.8.1725. ЧВК 113215. PMID 11937625.
Angenstein F, Evans AM, Settlage RE, Moran ST, Ling SC, Клинцова А.Ю. и др. (Октябрь 2002 г.). «Рецептор активированной С-киназы является частью комплексов мессенджеров рибонуклеопротеидов, связанных с полиА-мРНК в нейронах». Журнал неврологии. 22 (20): 8827–37. Дои:10.1523 / jneurosci.22-20-08827.2002. ЧВК 6757688. PMID 12388589.
Фоменков А., Хуанг Ю.П., Топалоглу О, Брехман А., Осада М., Фоменкова Т. и др. (Июнь 2003 г.). «Альфа-мутации P63 приводят к аберрантному сплайсингу рецептора фактора роста кератиноцитов при синдроме Хей-Уэллса». Журнал биологической химии. 278 (26): 23906–14. Дои:10.1074 / jbc.M300746200. PMID 12692135.
Zhang S, Schlott B, Görlach M, Grosse F (2004). «ДНК-зависимая протеинкиназа (ДНК-PK) фосфорилирует ядерную ДНК-геликазу II / РНК-геликазу А и белки hnRNP РНК-зависимым образом». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (1): 1–10. Дои:10.1093 / нар / gkg933. ЧВК 373260. PMID 14704337.
Гао С, Го Х, Вэй Дж, Ми З, Вай П, Куо ПК (март 2004 г.). «S-нитрозилирование гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина A / B регулирует транскрипцию остеопонтина в макрофагах мышей, стимулированных эндотоксином». Журнал биологической химии. 279 (12): 11236–43. Дои:10.1074 / jbc.M313385200. PMID 14722087.
Онг С.Е., Миттлер Г., Манн М. (ноябрь 2004 г.). «Идентификация и количественная оценка сайтов метилирования in vivo с помощью тяжелого метилового SILAC». Природные методы. 1 (2): 119–26. Дои:10.1038 / nmeth715. PMID 15782174. S2CID 6654604.
Босолей С.А., Виллен Дж., Гербер С.А., Раш Дж., Гиги С.П. (октябрь 2006 г.). «Вероятностный подход к высокопроизводительному анализу фосфорилирования белков и локализации сайтов». Природа Биотехнологии. 24 (10): 1285–92. Дои:10.1038 / nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.

Эта статья о ген на хромосома человека 5 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000197451 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020358 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[entrez-5] а ^б «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин HNRPAB A / B».

[pmid1717314-6] Хан Ф.А., Джайсвал А.К., Зер В. (сентябрь 1991 г.). «Клонирование и анализ последовательности белка hnRNP типа A / B человека». Письма FEBS. 290 (1–2): 159–61. Дои:10.1016/0014-5793(91)81249-8. PMID 1717314. S2CID 11348906.

[pmid15680582-7] Акиндахунси А.А., Бандиера А., Манзини Дж. (Февраль 2005 г.). «Белки hnRNP 2xRBD позвоночных: сравнительный анализ генома, мРНК и белковых последовательностей». Вычислительная биология и химия. 29 (1): 13–23. Дои:10.1016 / j.compbiolchem.2004.11.002. PMID 15680582.

[pmid15809033-8] Чаплински К., Кехер Т., Шельдер М., Сегреф А., Вильм М., Маттай И. В. (апрель 2005 г.). «Идентификация 40LoVe, белка семейства hnRNP D Xenopus, участвующего в локализации мРНК, связанной с TGF-бета, во время оогенеза». Клетка развития. 8 (4): 505–15. Дои:10.1016 / j.devcel.2005.01.012. PMID 15809033.

[pmid12692135-9] Фоменков А., Хуанг Ю.П., Топалоглу О, Брехман А., Осада М., Фоменкова Т. и др. (Июнь 2003 г.). «Альфа-мутации P63 приводят к аберрантному сплайсингу рецептора фактора роста кератиноцитов при синдроме Хей-Уэллса». Журнал биологической химии. 278 (26): 23906–14. Дои:10.1074 / jbc.M300746200. PMID 12692135.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]