HNRPD - HNRPD

HNRNPD
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1HD0, 1HD1, 1IQT, 1WTB, 1X0F, 2Z5N
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPD, AUF1, AUF1A, HNRPD, P37, hnRNPD0, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D
Внешние идентификаторы	OMIM: 601324 MGI: 101947 ГомолоГен: 22410 Генные карты: HNRNPD
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 4 (человек)
Конец	82,374,503 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 5 (мышь)
Конец	99,978,938 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ; ; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание теломерной ДНК; • GO: 0001948 связывание с белками; • Связывание с ДНК AT; • связывание мРНК; • связывание гистондеацетилазы; • связывание фактора транскрипции; • связывание хроматина; • Связывание мРНК 3'-UTR AU-богатой области; • Связывание ДНК; • связывание нуклеиновой кислоты; • Связывание РНК; • последовательное связывание ДНК; • Последовательно-специфичное связывание двухцепочечной ДНК;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • цитозоль; • внеклеточная экзосома; • нуклеоплазма; • ядро клетки; • синапс; • рибонуклеопротеин;
Биологический процесс	• ответ на электрический раздражитель; • дедифференцировка гепатоцитов; • клеточный ответ на аминокислотный стимул; • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • ответ на эстрадиол; • стабилизация мРНК; • ответ на рапамицин; • клеточный ответ на путресцин; • развитие мозжечка; • отрицательная регуляция экспрессии генов; • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • положительное регулирование перевода; • Обработка РНК; • развитие печени; • транскрипция, ДНК-шаблон; • регулирование циркадного ритма; • ответ на ион кальция; • ответ на фосфат натрия; • 3'-UTR-опосредованная дестабилизация мРНК; • регуляция стабильности мРНК; • клеточный ответ на оксид азота; • ритмический процесс; • клеточный ответ на стимул эстрадиола; • развитие мозга; • Катаболический процесс РНК; • циркадная регуляция трансляции; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • положительная регуляция экспрессии генов; • ответ на наркотик; • транскрипция мРНК с промотора РНК-полимеразы II; • положительная регуляция кейпинга теломер; • положительная регуляция активности обратной транскриптазы теломеразной РНК; • регуляция поддержания теломер; • Метаболический процесс РНК;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	3184
	11991
	ENSG00000138668
	ENSMUSG00000000568
	Q14103
	Q60668
	NM_031370; NM_001003810; NM_002138; NM_031369
	NM_001077265; NM_001077266; NM_001077267; NM_007516
	NP_001003810; NP_002129; NP_112737; NP_112738
	NP_001070733; NP_001070734; NP_001070735; NP_031542
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0 (HNRNPD), также известный как AU-богатый элемент РНК-связывающий белок 1 (AUF1) - это белок что у людей кодируется HNRNPD ген.^[5]^[6] Альтернативный сплайсинг этого гена дает четыре варианта транскрипта.

Функция

Консенсусная вторичная структура и первичная последовательность для мишеней РНК-связывающего белка AUF1.

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно выраженных гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиды (hnRNPs). HnRNP являются белками, связывающими нуклеиновые кислоты, и они образуют комплекс с гетерогенная ядерная РНК (гяРНК). Сайты взаимодействия на РНК часто смещены в сторону определенных мотивов последовательности.^[7] Эти белки связаны с пре-мРНК в ядро и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазма. Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, имеет два повтора квази-RRM-доменов, которые связываются с РНК. Он локализуется как в ядре, так и в цитоплазме. Этот белок участвует в регуляции стабильности мРНК.^[6]

Взаимодействия

HNRPD была показана взаимодействовать с участием SAFB^[8] и Hsp27.^[9] Сообщалось также, что AUF1 взаимодействует с мРНК, такой как мРНК Mef2c.^[10]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000138668 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000568 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Демпси Л.А., Ли М.Дж., ДеПейс А., Брей-Уорд П., Майзелс Н. (август 1998 г.). «Локус HNRPD человека отображается на 4q21 и кодирует высококонсервативный белок». Геномика. 49 (3): 378–384. Дои:10.1006 / geno.1998.5237. PMID 9615222.
^ ^а ^б «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D HNRPD (AU-богатый элемент, связывающий РНК-белок 1, 37 кДа)».
^ Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (январь 2009 г.). «Идентификация сигнатуры в мРНК-мишени РНК-связывающего белка AUF1». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (1): 204–14. Дои:10.1093 / nar / gkn929. ЧВК 2615618. PMID 19033365.
^ Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Biochem. Биофизы. 380 (2): 228–36. Дои:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
^ Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (сентябрь 2008 г.). «Шаперон Hsp27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, участвует в распаде мРНК, опосредованном AU-богатыми элементами». Мол. Cell. Биол. 28 (17): 5223–37. Дои:10.1128 / MCB.00431-08. ЧВК 2519747. PMID 18573886.
^ Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, de Cabo R, Gorospe M (август 2014 г.). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C». Mol Cell Biol. 34 (16): 3106–19. Дои:10.1128 / MCB.00423-14. ЧВК 4135590. PMID 24891619.

дальнейшее чтение

Тай Н, Чан Ш., Рен ЕС (1992). «Идентификация и клонирование нового гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина C-подобного белка, который функционирует как активатор транскрипции энхансера вируса гепатита B II». Дж. Вирол. 66 (12): 6841–8. Дои:10.1128 / JVI.66.12.6841-6848.1992. ЧВК 240284. PMID 1433497.
Лахири Д.К., Томас Дж.О. (1986). «Клон кДНК белков hnRNP C и его гомология с одноцепочечным ДНК-связывающим белком UP2». Нуклеиновые кислоты Res. 14 (10): 4077–4094. Дои:10.1093 / nar / 14.10.4077. ЧВК 339847. PMID 3754960.
Кадзита Ю., Накаяма Дж., Аидзава М., Исикава Ф. (1995). «UUAG-специфический связывающий РНК белок, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0. Общая модульная структура и связывающие свойства семейства 2xRBD-Gly». J. Biol. Chem. 270 (38): 22167–75. Дои:10.1074 / jbc.270.38.22167. PMID 7673195.
Zhang W, Wagner BJ, Ehrenman K, Schaefer AW, DeMaria CT, Crater D, DeHaven K, Long L, Brewer G (декабрь 1993 г.). «Очистка, характеристика и клонирование кДНК РНК-связывающего белка с высоким содержанием AU, AUF1». Мол. Cell. Биол. 13 (12): 7652–65. Дои:10.1128 / MCB.13.12.7652. ЧВК 364837. PMID 8246982.
Вагнер Б.Дж., Лонг Л., Рао П.Н., Петтенати М.Дж., Брюэр Г. (июнь 1996 г.). «Локализация и физическое картирование генов, кодирующих A + U-богатый элемент РНК-связывающий белок AUF1 в человеческих хромосомах 4 и X». Геномика. 34 (2): 219–22. Дои:10.1006 / geno.1996.0269. PMID 8661052.
Киледжиан М., ДеМария СТ, Брюер Г., Новик К. (1997). «Идентификация AUF1 (гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D) как компонента комплекса стабильности мРНК альфа-глобина». Мол. Cell. Биол. 17 (8): 4870–6. Дои:10.1128 / MCB.17.8.4870. ЧВК 232339. PMID 9234743.
Вагнер Б.Дж., ДеМария С.Т., Сан Y, Уилсон Г.М., Брюер Г. (март 1998 г.). «Структура и геномная организация гена AUF1 человека: альтернативный сплайсинг пре-мРНК генерирует четыре изоформы белка». Геномика. 48 (2): 195–202. Дои:10.1006 / geno.1997.5142. PMID 9521873.
Сиоми М.С., Фромонт М., Рейн Дж.С., Ван Л., Ван Ф., Легрейн П., Дрейфус Г. (июль 1998 г.). «Функциональное сохранение транспорта в пути ядерного импорта в дивергентных организмах». Мол. Cell. Биол. 18 (7): 4141–8. Дои:10.1128 / MCB.18.7.4141. ЧВК 108998. PMID 9632798.
Толнай М, Верещагина Л.А., Цокос ГК (1999). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0B представляет собой ДНК-связывающий белок, специфичный для последовательности». Biochem. J. 338 (2): 417–25. Дои:10.1042/0264-6021:3380417. ЧВК 1220068. PMID 10024518.
Нагата Т., Курихара Ю., Мацуда Г., Саеки Дж., Коно Т., Янагида Ю., Исикава Ф., Уэсуги С., Катахира М. (март 1999 г.). «Структура и взаимодействия с РНК N-концевого UUAG-специфичного РНК-связывающего домена hnRNP D0». J. Mol. Биол. 287 (2): 221–37. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2616. PMID 10080887.
Лароя Дж., Куэста Р., Брюер Дж., Шнайдер Р. Дж. (1999). «Контроль распада мРНК путем теплового шока-убиквитин-протеасома». Наука. 284 (5413): 499–502. Дои:10.1126 / science.284.5413.499. PMID 10205060.
Blaxall BC, Dwyer-Nield LD, Bauer AK, Bohlmeyer TJ, Malkinson AM, Port JD (июнь 2000 г.). «Дифференциальная экспрессия и локализация мРНК-связывающих белков, мРНК-связывающего белка AU-богатого элемента (AUF1) и антигена Hu R (HuR) в опухолевой ткани легкого». Мол. Канцероген. 28 (2): 76–83. Дои:10.1002 / 1098-2744 (200006) 28: 2 <76 :: AID-MC3> 3.0.CO; 2-0. PMID 10900464.
Мораес К.С., Куарежма А.Дж., Маенсс К., Кобарг Дж. (Январь 2003 г.). «Идентификация и характеристика белков, которые избирательно взаимодействуют с изоформами мРНК-связывающего белка AUF1 (hnRNP D)». Биол. Chem. 384 (1): 25–37. Дои:10.1515 / BC.2003.004. PMID 12674497. S2CID 30993043.
Арао Й, Курияма Р., Каяма Ф, Като С. (2000). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Biochem. Биофизы. 380 (2): 228–236. Дои:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.
Гроссет С., Чен С.Й., Сюй Н., Соненберг Н., Жакмен-Саблон Х., Шю А.Б. (сентябрь 2000 г.). «Механизм трансляционного обмена мРНК: взаимодействие между поли (А) хвостом и детерминантой, кодирующей РНК c-fos через белковый комплекс». Ячейка. 103 (1): 29–40. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00102-1. PMID 11051545. S2CID 18135412.
Катахира М., Миянури Ю., Энокизоно Ю., Мацуда Г., Нагата Т., Исикава Ф., Уэсуги С. (август 2001 г.). «Структура C-концевого РНК-связывающего домена hnRNP D0 (AUF1), его взаимодействия с РНК и ДНК, а также изменение динамики остова при образовании комплекса с ДНК». J. Mol. Биол. 311 (5): 973–88. Дои:10.1006 / jmbi.2001.4862. PMID 11531333.
Lapucci A, Donnini M, Papucci L, Witort E, Tempestini A, Bevilacqua A, Nicolin A, Brewer G, Schiavone N, Capaccioli S (май 2002 г.). «AUF1 представляет собой bcl-2 A + U-богатый связывающий элемент белок, участвующий в дестабилизации мРНК bcl-2 во время апоптоза». J. Biol. Chem. 277 (18): 16139–46. Дои:10.1074 / jbc.M201377200. PMID 11856759.
Толнай М., Хуанг Ю.Т., Цокос Г.К. (2002). «Протеинкиназа А усиливает, в то время как киназа-3 бета гликогенсинтазы ингибирует, активность трансактиваторного домена, кодируемого экзоном 2, гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D иерархическим образом». Biochem. J. 363 (Пт 1): 127–36. Дои:10.1042/0264-6021:3630127. ЧВК 1222459. PMID 11903055.
Пиоли П.А., Гамильтон Б.Дж., Коннолли Д.Э., Брюер Г., Ригби В.Ф. (сентябрь 2002 г.). «Лактатдегидрогеназа - это белок, связывающий AU-элементы, который напрямую взаимодействует с AUF1». J. Biol. Chem. 277 (38): 35738–45. Дои:10.1074 / jbc.M204002200. PMID 12107167.
Щорс К., Ехиели Ф., Кулар Р.К., Котло К.Ю., Брюер Г., Дейсс Л.П. (декабрь 2002 г.). «РНК, ингибирующая гибель клеток (CDIR), полученная из 3'-нетранслируемой области, связывает AUF1 и белок теплового шока 27». J. Biol. Chem. 277 (49): 47061–72. Дои:10.1074 / jbc.M202272200. PMID 12356764.

внешние ссылки

PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческого гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D0 (HNRPD)

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000138668 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000568 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid9615222-5] Демпси Л.А., Ли М.Дж., ДеПейс А., Брей-Уорд П., Майзелс Н. (август 1998 г.). «Локус HNRPD человека отображается на 4q21 и кодирует высококонсервативный белок». Геномика. 49 (3): 378–384. Дои:10.1006 / geno.1998.5237. PMID 9615222.

[entrez-6] а ^б «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D HNRPD (AU-богатый элемент, связывающий РНК-белок 1, 37 кДа)».

[7] Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (январь 2009 г.). «Идентификация сигнатуры в мРНК-мишени РНК-связывающего белка AUF1». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (1): 204–14. Дои:10.1093 / nar / gkn929. ЧВК 2615618. PMID 19033365.

[pmid10933876-8] Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Arch. Biochem. Биофизы. 380 (2): 228–36. Дои:10.1006 / abbi.2000.1938. PMID 10933876.

[pmid18573886-9] Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (сентябрь 2008 г.). «Шаперон Hsp27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, участвует в распаде мРНК, опосредованном AU-богатыми элементами». Мол. Cell. Биол. 28 (17): 5223–37. Дои:10.1128 / MCB.00431-08. ЧВК 2519747. PMID 18573886.

[10] Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, de Cabo R, Gorospe M (август 2014 г.). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C». Mol Cell Biol. 34 (16): 3106–19. Дои:10.1128 / MCB.00423-14. ЧВК 4135590. PMID 24891619.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]