JUMPstart РНК-мотив - JUMPstart RNA motif

JUMPstart РНК
JUMPstart-RNA.svg
Консенсусная вторичная структура JUMPstart РНК
Идентификаторы
СимволJUMPstart РНК
РфамRF01707
Прочие данные
РНК типСНГ-регулирующий элемент
Домен (ы)Бактерии
PDB структурыPDBe

В JUMPstart РНК-мотив описывает сохраненный РНК -на основании вторичная структура связанные с элементами JUMPstart.[1] Последовательность JUMPstart из 39 пар оснований описывает консервативный элемент перед гены которые участвуют в полисахарид синтез.[2] Было показано, что элемент JUMPstart функционирует как РНК и присутствует в 5 'непереведенные регионы генов, которые он регулирует.[3]

Последовательности JUMPstart включают в себя элемент ops, который является аббревиатурой от слова «супрессор полярности оперона» и имеет нуклеотид консенсус GGCGGUAG.[4] Элемент ops действует согласованно с RfaH белок улучшить транскрипция генов ниже элемента ops, особенно генов, находящихся далеко от опероны.[3][4][5][6]

использованная литература

  1. ^ Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Хоббс М., Ривз PR (июнь 1994 г.). «Последовательность JUMPstart: элемент из 39 п.н., общий для нескольких кластеров полисахаридных генов». Мол. Микробиол. 12 (5): 855–856. Дои:10.1111 / j.1365-2958.1994.tb01071.x. PMID  8052136.
  3. ^ а б Марольда С.Л., Вальвано М.А. (июнь 1998 г.). «Промоторная область кластера генов липополисахаридов, специфичных для Escherichia coli O7: структурная и функциональная характеристика нетранслируемой последовательности мРНК, расположенной выше». J. Bacteriol. 180 (12): 3070–3079. ЧВК  107806. PMID  9620955.
  4. ^ а б Ньето Дж. М., Бейли М. Дж., Хьюз С., Коронакис В. (февраль 1996 г.). «Подавление полярности транскрипции в опероне гемолизина Escherichia coli коротким вышестоящим элементом, общим для полисахаридов и детерминант переноса ДНК». Мол. Микробиол. 19 (4): 705–713. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1996.446951.x. PMID  8820641.
  5. ^ Лидс Дж. А., Уэлч Р. А. (июнь 1997 г.). «Усиление транскрипции через оперон гемолизина Escherichia coli, hlyCABD: RfaH и вышестоящие последовательности ДНК JUMPStart функционируют вместе посредством механизма постинициирования». J. Bacteriol. 179 (11): 3519–3527. Дои:10.1128 / jb.179.11.3519-3527.1997. ЧВК  179143. PMID  9171395.
  6. ^ Ван Л., Дженсен С., Холлман Р., Ривз Р. Р. (август 1998 г.). «Экспрессия кластера генов O-антигена регулируется RfaH через последовательность JUMPstart». FEMS Microbiol. Латыш. 165 (1): 201–206. Дои:10.1111 / j.1574-6968.1998.tb13147.x. PMID  9711858.

внешние ссылки