LSM7 - LSM7

LSM7
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	LSM7, YNL147W, гомолог LSM7, малая ядерная РНК U6 и связанная с деградацией мРНК
Внешние идентификаторы	OMIM: 607287 MGI: 1913344 ГомолоГен: 6781 Генные карты: LSM7
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 19 (человек)
Конец	2,328,611 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 10 (мышь)
Конец	80,855,209 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• GO: 0001948 связывание с белками; • Связывание РНК; • Связывание мяРНК U6;
Сотовый компонент	• цитозоль; • каталитическая стадия 2 сплайсосомы; • сплайсосомный три-мяРНП; • U6 snRNP; • Сплайсосомальный комплекс типа U12; • нуклеоплазма; • Комплекс Лсм1-7-Пат1; • сплайсосомальный комплекс; • Пресплицеосома U2-типа; • ядро клетки; • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5; • Предкаталитическая сплайсосома типа U2; • Лсм2-8 комплекс;
Биологический процесс	• Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • Обработка РНК; • обработка мРНК; • экзонуклеолитическая транскрибируемая ядерной мРНК катаболический процесс, вовлеченный в зависимый от деаденилирования распад; • Сплайсинг РНК; • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	51690
	66094
	ENSG00000130332
	ENSMUSG00000035215
	Q9UK45
	Q9CQQ8
	NM_016199
	NM_025349; NM_001359148; NM_001359149; NM_001359150
	NP_057283
	NP_079625; NP_001346077; NP_001346078; NP_001346079
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm7 это белок что у людей кодируется LSM7 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Sm-подобные белки были идентифицированы у различных организмов на основании гомологии последовательностей с семейством белков Sm (см. SNRPD2; MIM 601061). Sm-подобные белки содержат мотив последовательности Sm, который состоит из 2 областей, разделенных линкером переменной длины, который сворачивается в виде петли. Считается, что Sm-подобные белки образуют стабильный гетеромер, присутствующий в частицах три-мяРНП, которые важны для сплайсинга пре-мРНК. [Предоставлено OMIM]^[7]

Взаимодействия

LSM7 был показан взаимодействовать с участием TACC1^[8]^[9] и LSM2.^[10]^[11]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000130332 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035215 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Ахсель Т., Брамс Х., Кастнер Б., Бачи А., Вильм М., Люрманн Р. (октябрь 1999 г.). «Гетеромер Sm-подобных белков человека в форме пончика связывается с 3'-концом мяРНК U6, тем самым облегчая образование дуплекса U4 / U6 in vitro». Журнал EMBO. 18 (20): 5789–802. Дои:10.1093 / emboj / 18.20.5789. ЧВК 1171645. PMID 10523320.
^ Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T. (декабрь 2002 г.). «Белки LSm1-7 человека совместно локализуются с ферментами, разрушающими мРНК Dcp1 / 2 и Xrnl, в отдельных цитоплазматических очагах». РНК. 8 (12): 1489–501. Дои:10.1017 / S1355838202021726 (неактивно 10.09.2020). ЧВК 1370355. PMID 12515382.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (ссылка на сайт)
^ ^а ^б "Ген Entrez: LSM7 LSM7 гомолог, связанная с малой ядерной РНК U6 (S. cerevisiae)".
^ Conte N, Delaval B, Ginestier C, Ferrand A, Isnardon D, Larroque C, Prigent C, Séraphin B, Jacquemier J, Birnbaum D (ноябрь 2003 г.). «Белковый комплекс TACC1-chTOG-Aurora A при раке груди». Онкоген. 22 (50): 8102–16. Дои:10.1038 / sj.onc.1206972. PMID 14603251.
^ Conte N, Charafe-Jauffret E, Delaval B, Adélaide J, Ginestier C, Geneix J, Isnardon D, Jacquemier J, Birnbaum D (август 2002 г.). «Канцерогенез и контроль трансляции: TACC1 подавляется при раке человека и ассоциируется с регуляторами мРНК». Онкоген. 21 (36): 5619–30. Дои:10.1038 / sj.onc.1205658. PMID 12165861.
^ Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.
^ Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.

дальнейшее чтение

Friesen WJ, Dreyfuss G (август 2000 г.). «Конкретные последовательности Sm и Sm-подобных (Lsm) белков опосредуют их взаимодействие с продуктом гена мышечной атрофии позвоночника (SMN)». Журнал биологической химии. 275 (34): 26370–5. Дои:10.1074 / jbc.M003299200. PMID 10851237.
Сузуки Х, Фукуниси Й, Кагава И., Сайто Р., Ода Х, Эндо Т, Кондо С., Боно Х, Окадзаки Й, Хаяшизаки Й (октябрь 2001 г.). «Панель белок-белкового взаимодействия с использованием полноразмерных кДНК мыши». Геномные исследования. 11 (10): 1758–65. Дои:10.1101 / гр.180101. ЧВК 311163. PMID 11591653.
Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC, Vaughn JH, Chan EK (март 2002 г.). «Аутоантитела к hLSm4 и гептамерному комплексу LSm в сыворотке против Sm». Артрит и ревматизм. 46 (3): 726–34. Дои:10.1002 / арт.10220. PMID 11920408.
Conte N, Charafe-Jauffret E, Delaval B, Adélaide J, Ginestier C, Geneix J, Isnardon D, Jacquemier J, Birnbaum D (август 2002 г.). «Канцерогенез и контроль трансляции: TACC1 подавляется при раке человека и ассоциируется с регуляторами мРНК». Онкоген. 21 (36): 5619–30. Дои:10.1038 / sj.onc.1205658. PMID 12165861.
Conte N, Delaval B, Ginestier C, Ferrand A, Isnardon D, Larroque C, Prigent C, Séraphin B, Jacquemier J, Birnbaum D (ноябрь 2003 г.). «Белковый комплекс TACC1-chTOG-Aurora A при раке груди». Онкоген. 22 (50): 8102–16. Дои:10.1038 / sj.onc.1206972. PMID 14603251.
Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.
Станук Д., Нойгебауэр К.М. (сентябрь 2004 г.). «Обнаружение промежуточных продуктов сборки snRNP в тельцах Кахаля путем флуоресцентного резонансного переноса энергии». Журнал клеточной биологии. 166 (7): 1015–25. Дои:10.1083 / jcb.200405160. ЧВК 2172029. PMID 15452143.

Эта статья о ген на хромосома человека 19 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000130332 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035215 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid10523320-5] Ахсель Т., Брамс Х., Кастнер Б., Бачи А., Вильм М., Люрманн Р. (октябрь 1999 г.). «Гетеромер Sm-подобных белков человека в форме пончика связывается с 3'-концом мяРНК U6, тем самым облегчая образование дуплекса U4 / U6 in vitro». Журнал EMBO. 18 (20): 5789–802. Дои:10.1093 / emboj / 18.20.5789. ЧВК 1171645. PMID 10523320.

[pmid12515382-6] Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T. (декабрь 2002 г.). «Белки LSm1-7 человека совместно локализуются с ферментами, разрушающими мРНК Dcp1 / 2 и Xrnl, в отдельных цитоплазматических очагах». РНК. 8 (12): 1489–501. Дои:10.1017 / S1355838202021726 (неактивно 10.09.2020). ЧВК 1370355. PMID 12515382.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (ссылка на сайт)

[entrez-7] а ^б "Ген Entrez: LSM7 LSM7 гомолог, связанная с малой ядерной РНК U6 (S. cerevisiae)".

[pmid14603251-8] Conte N, Delaval B, Ginestier C, Ferrand A, Isnardon D, Larroque C, Prigent C, Séraphin B, Jacquemier J, Birnbaum D (ноябрь 2003 г.). «Белковый комплекс TACC1-chTOG-Aurora A при раке груди». Онкоген. 22 (50): 8102–16. Дои:10.1038 / sj.onc.1206972. PMID 14603251.

[pmid12165861-9] Conte N, Charafe-Jauffret E, Delaval B, Adélaide J, Ginestier C, Geneix J, Isnardon D, Jacquemier J, Birnbaum D (август 2002 г.). «Канцерогенез и контроль трансляции: TACC1 подавляется при раке человека и ассоциируется с регуляторами мРНК». Онкоген. 21 (36): 5619–30. Дои:10.1038 / sj.onc.1205658. PMID 12165861.

[pmid15231747-10] Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.

[pmid14667819-11] Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]