Мотив РНК Lacto-2 - Lacto-2 RNA motif

В лакто-2 РНК-мотив является РНК структура, которая сохраняется среди бактерии в порядке Лактобациллы.[1] Мотив состоит из стебель-петля стебель которого прерывается множеством внутренних петель и выпуклостей. Нуклеотид идентичности во многих местах сохранены, и в частности, один внутренний цикл очень консервативен.

Поскольку лакто-2 РНК не всегда расположены в 5 ′ UTR, предполагается, что они соответствуют некодирующие РНК. Однако большинство (80%) РНК находятся в положении, которое может соответствовать 5'-UTR, поэтому не исключено, что РНК играет роль цис-регуляторный элемент. Многие лакто-2 РНК присутствуют в оперонах, которые кодируют тРНК и рРНК, и многие из них примыкают к гены кодирование белок подразделения рибосома, хотя они не обязательно находятся в одном оперон как эти гены, кодирующие белок. РНК Lacto-2 также слабо связаны с генами, участвующими в нуклеотид биосинтез и транспорт, включая несколько независимых генов в пределах de novo пурин пути биосинтеза и некоторые в пиримидин биосинтез.

Рекомендации

  1. ^ Вайнберг З., Баррик Дж. Э., Яо З. и др. (2007). «Идентификация 22 кандидатных структурированных РНК в бактериях с использованием системы сравнительной геномики CMfinder». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (14): 4809–4819. Дои:10.1093 / нар / гкм487. ЧВК  1950547. PMID  17621584.