Список программ для визуализации системной биологии - Википедия - List of systems biology visualization software

Эта статья нужны дополнительные цитаты для проверка. Пожалуйста помоги улучшить эту статью к добавление цитат в надежные источники. Материал, не полученный от источника, может быть оспорен и удален. Найдите источники: «Список программ визуализации системной биологии»  – Новости  · газеты  · книги  · ученый  · JSTOR (Ноябрь 2020) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

Программное обеспечение онлайн

Имя	Описание	Сайт
Верстак GESTALT	графический инструмент для анализа крупномасштабных данных геномной последовательности	[1]
N-Просмотр	интерактивный графический браузер для биологических сетей	[2]
NetPath	кураторский ресурс путей передачи сигналов человека	[3]
МЕГА	бесплатно, онлайн, с открытым исходным кодом, филогенетический анализ, рисование дендрограмм и т. д.	[4]
РЕАКТАЦИЯ	бесплатная онлайн-база данных с открытым исходным кодом и тщательно подобранными путями, охватывающая многие области биологии человека	[5]
WikiPathways	курировать биологические пути	[6]
MetaboMAPS	визуализировать данные omics об общих метаболических путях [1]	[7]

Приложения

Имя	Описание	Операционные системы	Лицензия	Сайт
БиоГобелен	интерактивный инструмент для построения, визуализации и моделирования сетей генетического регулирования	мультиплатформенный (на основе Java)	LGPL	[8]
Cytoscape	интеграция данных, визуализация сети и анализ	мультиплатформенность (на основе Java)	LGPL	[9]
GenMAPP	визуализировать и анализировать геномные данные в контексте путей	Windows	Лицензия Apache	[10]
MATLAB	инструмент для моделирования, моделирования и анализа динамических биологических систем	Windows, Linux, macOS	Проприетарный	[11]
МЕГА	бесплатно, онлайн, с открытым исходным кодом, филогенетический анализ, рисование дендрограмм и т. д.	Windows / DOS-Win / Mac / Linux	Условно-бесплатное ПО	[12]
PathVisio	инструмент для отображения и редактирования биологических путей	мультиплатформенный (на основе Java)	Лицензия Apache	[13]
InCroMAP	инструмент для интеграции данных omics и совместной визуализации экспериментальных данных в путях	мультиплатформенный (на основе Java)	LGPL	[14]
Просмотр пути	интеграция и визуализация данных на основе путей, проста в использовании и интегрируется в анализ путей	мультиплатформенный (R / Bioconductor)	GPL	[15] [16]
Systrip	анализ данных временных рядов в контексте биологических сетей	Windows, Linux	LGPL, GPL	[17]

Рекомендации

1. ^ Коблиц Дж., Шомбург Д. и Нойман-Шааль М.,«MetaboMAPS: совместное использование путей и визуализация мультиомных данных в метаболическом контексте», F1000 Исследования, 17 июля 2020 г.