GenMAPP - GenMAPP

GenMAPP
Genmapplogo.jpg
Скриншот GenMAPP
Скриншот GenMAPP
Разработчики)Александр Пико,

Кристина Хансперс, Натан Саломонис, Кам Далквист, Скотт Донигер, Джефф Лоулор, Алекс Замбон, Линн Ферранте, Карен Вранизан, Стивен С. Лоулор,

Брюс Конклин
Операционная системаWindows
ТипБиоинформатика
ЛицензияЛицензия Apache
Интернет сайтwww.genmapp.org

GenMAPP (Аннотатор карты генов и профилировщик пути) - это бесплатный, Открытый исходный код биоинформатика программный инструмент, предназначенный для визуализации и анализа геномный данные в контексте путей (метаболический, сигнализация ), связывая наборы данных на уровне генов с биологическими процессами и болезнями. GenMAPP, впервые созданный в 2000 году, разрабатывается командой разработчиков ПО с открытым исходным кодом в академической исследовательской лаборатории. GenMAPP поддерживает базы данных идентификаторов генов и коллекции карт путей в дополнение к инструментам визуализации и анализа. Вместе с другими общедоступными ресурсами GenMAPP стремится предоставить исследовательскому сообществу инструменты для понимания биологии посредством интеграции различных типов данных, от генов до белков и путей к болезням.

История

GenMAPP был впервые создан в 2000 году в качестве прототипа программного обеспечения в лаборатории Брюс Конклин на Институты Дж. Дэвида Гладстона в Сан-Франциско и продолжает развиваться в той же некоммерческой академической исследовательской среде. Первая версия GenMAPP 1.0 была доступна в 2002 г. [1] и поддерживала анализ Микрочип ДНК данные из человек, мышь, крыса и дрожжи. В 2004 году был выпущен GenMAPP 2.0, объединяющий ранее вспомогательные программы MAPPFinder [2] и MAPPBuilder и расширяющий поддержку дополнительных видов. GenMAPP 2.1 был выпущен в 2006 году с новыми функциями визуализации и поддержкой в ​​общей сложности одиннадцати видов.

использование

GenMAPP был разработан биологами и ориентирован на визуализацию путей для лабораторных биологов. В отличие от многих других вычислительных системная биология инструменты, GenMAPP не предназначен для моделирования ячеек / систем; он фокусируется на насущных потребностях лабораторных биологов, позволяя им быстро интерпретировать геномный данные с интуитивно понятным, простым в использовании интерфейсом. GenMAPP реализован в Visual Basic 6.0 и доступен как отдельное приложение для Майкрософт Виндоус операционные системы, в том числе Учебный лагерь или же Parallels Workstation на Mac. Программа находится в свободном доступе для скачать и включает в себя функцию автоматического обновления, которая позволяет быстро и надежно распространять обновления для программы и документации.

Содержание и особенности

GenMAPP создает и поддерживает базы данных генов для различных ключевых модельные организмы:


GenMAPP предоставляет инструменты для создания, редактирования и аннотирования карт биологических путей.

GenMAPP MAPP2.jpg

GenMAPP позволяет пользователям визуализировать и анализировать свои данные в контексте коллекций путей и Генная онтология.

Пути и связанные данные могут быть экспортированы в Интернет как HTML. См. Примеры:

Смотрите также

Рекомендации

  1. http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v31/n1/full/ng0502-19.html
  2. http://genomebiology.com/2003/4/1/R7

внешняя ссылка