WikiPathways - WikiPathways

WikiPathways: открытый ресурс для биологических путей.
Логотип WikiPathways
Содержание
ОписаниеВики-ресурс для сбора, поддержания и распространения биологических путей
Связаться с нами
Основное цитированиеPMID  18651794
Доступ
Формат данныхGPML
BioPAX
Интернет сайтhttp://www.wikipathways.org
Скачать URLПути
веб-сервис URLОСТАЛЬНЫЕ
Sparql конечная точкаhttp://sparql.wikipathways.org/sparql
Разное
ЛицензияЛицензия Creative Commons 0
Выпуск данных
частота		ежемесячно

WikiPathways[1][2] это ресурс сообщества для добавления и поддержки контента, посвященного биологические пути. Любой зарегистрированный пользователь WikiPathways может внести свой вклад, и любой может стать зарегистрированным пользователем.[3] Взносы контролируются группой администраторов, но большая часть экспертная оценка, редакционное курирование и обслуживание - это ответственность сообщества пользователей. WikiPathways построен с использованием MediaWiki программное обеспечение, пользовательский графический инструмент редактирования пути (PathVisio[4]) и интегрированный BridgeDb[5] базы данных по основным ген, белок, и метаболит системы.

Содержание пути

Каждая статья на WikiPathways посвящена определенному пути. Охватываются многие типы молекулярных путей, в том числе метаболический,[6] сигнализация, регулирующий и т. д. и поддерживаемые[7] виды включают человек, мышь, данио, плодовая муха, C. elegans, дрожжи, рис и арабидопсис,[8] а также бактерии и завод виды. Используя функцию поиска, можно найти конкретный путь по имени, по содержащимся в нем генам и белкам или по тексту, отображаемому в его описании. Коллекцию путей также можно просматривать с комбинациями названий видов и категорий на основе онтологии.

Помимо схемы пути, каждая страница пути также включает описание, библиографию, историю версий пути и список компонентных генов и белков со ссылками на общедоступные ресурсы. Для отдельных узлов пути пользователи могут получить доступ к списку других путей с этим узлом. Изменения пути можно отслеживать, отображая предыдущие версии или просматривая различия между конкретными версиями. Используя историю пути, можно также вернуться к предыдущей версии пути. Пути также могут быть помечены терминами онтологии из трех основных Биопортал онтологии (путь, болезнь и тип клетки).

Материалы пути на WikiPathways доступны для бесплатного скачивания в нескольких форматах данных и изображений. WikiPathways полностью открытый доступ и Открытый исходный код. Весь контент доступен под Лицензия Creative Commons 0. Весь исходный код для WikiPathways и PathVisio редактор доступен под Лицензия Apache, версия 2.0.

Доступ и интеграция

Помимо различных первичных форматы данных (например, GPML, BioPAX, Reactome,[9] КЕГГ, и RDF[10]), WikiPathways поддерживает множество способов интеграции и взаимодействия с контентом пути. К ним относятся прямые ссылки, карты изображений, RSS-каналы и глубоко веб-сервисы.[11]

Контент WikiPathways используется для аннотирования и перекрестных ссылок на статьи Википедии, касающиеся различных генов, белков, метаболитов и метаболических путей. Вот несколько примеров:

Смотрите также

использованная литература

По состоянию на это редактирование, в этой статье используется контент из "WikiPathWays: О нас", который лицензирован таким образом, чтобы разрешить повторное использование в соответствии с Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Непортированная лицензия, но не под GFDL. Все соответствующие условия должны быть соблюдены.

  1. ^ Pico, A.R .; Kelder, T .; Van Iersel, M. P .; Hanspers, K .; Conklin, B.R .; Эвело, К. (2008). "WikiPathways: Редактирование пути для людей". PLOS Биология. 6 (7): e184. Дои:10.1371 / journal.pbio.0060184. ЧВК  2475545. PMID  18651794.
  2. ^ Кутмон, М .; Riutta, A .; Nunes, N .; Haspers, K .; Willighagen, E.L .; Bohler, A .; Mélius, J .; Waagmeester, A .; Sinha, S.R .; Miller, R .; Coort, S.L .; Чирилло, М .; Смец, Б .; Evelo, C.T .; Пико, А. (2015). «WikiPathways: охват всего разнообразия знаний о путях». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D488 – D494. Дои:10.1093 / нар / gkv1024. ЧВК  4702772. PMID  26481357.
  3. ^ Марвин Мартенс; Аммар Аммар; Андерс Рютта; и другие. (19 ноября 2020 г.), «WikiPathways: соединяем сообщества», Исследования нуклеиновых кислот, Дои:10.1093 / NAR / GKAA1024, ISSN  0305-1048, PMID  33211851 Проверьте | pmid = ценность (Помогите), Викиданные  Q102205677
  4. ^ Van Iersel, M. P .; Kelder, T .; Pico, A.R .; Hanspers, K .; Coort, S .; Conklin, B.R .; Эвело, К. (2008). «Представление и изучение биологических путей с помощью PathVisio». BMC Bioinformatics. 9: 399. Дои:10.1186/1471-2105-9-399. ЧВК  2569944. PMID  18817533.
  5. ^ Van Iersel, M. P .; Pico, A.R .; Kelder, T .; Gao, J .; Хо, я .; Hanspers, K .; Conklin, B.R .; Эвело, К. Т. (2010). «Платформа BridgeDb: стандартизированный доступ к службам картирования идентификаторов генов, белков и метаболитов». BMC Bioinformatics. 11: 5. Дои:10.1186/1471-2105-11-5. ЧВК  2824678. PMID  20047655.
  6. ^ Слентер, Дениз Н .; Кутмон, Мартина; Хансперс, Кристина; Рютта, Андерс; Виндзор, Джейкоб; Нуньес, Нуно; Мелиус, Ионафан; Чирилло, Элиза; Coort, Susan L .; Диглс, Даниэла; Эрхарт, Фридерике; Гисберц, Питер; Калафати, Марианти; Мартенс, Марвин; Миллер, Райан; Нисида, Кодзо; Рисвейк, Линда; Ваагмеестер, Андра; Eijssen, Lars M.T .; Эвело, Крис Т .; Пико, Александр Р .; Виллигхаген, Эгон Л. (10 ноября 2017 г.). «WikiPathways: многогранная база данных, связывающая метаболомику с другими исследованиями омики». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D661 – D667. Дои:10.1093 / NAR / GKX1064. ЧВК  5753270. PMID  29136241.
  7. ^ "Обзор путей - WikiPathways".
  8. ^ Ханумапа, Маматха; Прис, Джастин; Эльзер, Джастин; Немет, Дениз; Боно, Джина; Ву, Кенни; Джайсвал, Панкадж (2013). «WikiPathways для растений: портал для сообщества и тематическое исследование сетей по развитию семян риса и арабидопсиса». Рис. 6 (1): 14. Дои:10.1186/1939-8433-6-14. ЧВК  4883732. PMID  24280312.
  9. ^ Болер, Анвеша; У, Гуаньминь; Кутмон, Мартина; Прадхана, Леонтий Адхика; Coort, Susan L .; Хансперс, Кристина; Хау, Робин; Пико, Александр Р .; Эвело, Крис Т. (20 мая 2016 г.). "Reactome с точки зрения WikiPathways". PLOS вычислительная биология. 12 (5): e1004941. Bibcode:2016PLSCB..12E4941B. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1004941. ЧВК  4874630. PMID  27203685.
  10. ^ Ваагмеестер, Андра; Кутмон, Мартина; Рютта, Андерс; Миллер, Райан; Willighagen, Egon L .; Evelo, Chris T .; Пико, Александр Р. (23 июня 2016 г.). «Использование семантической сети для быстрой интеграции WikiPathways с другими биологическими ресурсами в Интернете». PLOS вычислительная биология. 12 (6): e1004989. Bibcode:2016PLSCB..12E4989W. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1004989. ЧВК  4918977. PMID  27336457.
  11. ^ Kelder, T .; Pico, A.R .; Hanspers, K .; Van Iersel, M. P .; Evelo, C .; Conklin, B.R .; Hide, W. (2009). Hide, Уинстон (ред.). «Разработка биологических путей с использованием веб-сервисов WikiPathways». PLOS ONE. 4 (7): e6447. Bibcode:2009PLoSO ... 4.6447K. Дои:10.1371 / journal.pone.0006447. ЧВК  2714472. PMID  19649250.

внешние ссылки