Listeria monocytogenes некодирующая РНК - Listeria monocytogenes non-coding RNA

Listeria мяРНК rli22
RF01457.png
Предсказанная вторичная структура Listeria snRNA rli22
Идентификаторы
Символrli22
РфамRF01457
Прочие данные
РНК типген, мяРНК
Домен (ы)Листерия
PDB структурыPDBe

Listeria monocytogenes это грамм положительный бактерия и вызывает многие пищевые инфекции, такие как листериоз. Эти бактерии распространены в окружающей среде, где они могут действовать как сапрофит при свободном проживании в окружающей среде или в качестве возбудитель при попадании в организм хозяина. Много некодирующие РНК были идентифицированы в геноме бактерий, причем некоторые из них были классифицированы как новые некодирующие РНК и могут способствовать патогенез.[1]

Массивы мозаики и мутагенез идентифицировали много некодирующих РНК в пределах L. monocytogenes геном и расположение этих некодирующих РНК в бактериальном геноме было подтверждено ГОНКА (быстрая амплификация концов кДНК) анализ. Эти исследования показали, что экспрессия многих некодирующих РНК зависит от окружающей среды и что некоторые из этих некодирующих РНК действуют как цис-регуляторные элементы. Сравнение между ранее охарактеризованными некодирующими РНК и РНК, присутствующими в L. monocyotogenes геном идентифицировал 50 новых некодирующих РНК в L. monocyotogenes. Дополнительное сравнительное исследование патогенных L. monocytogenes штамм и непатогенные L. innocua штамм идентифицировал несколько некодирующих РНК, которые присутствуют только в L. monocytogenes что предполагает, что эти нкРНК могут играть роль в патогенез.[2] В таблицах ниже показано расположение, фланкируя гены а также характеристики новых идентифицированных малых некодирующих РНК и ранее охарактеризованных некодирующих РНК, присутствующих в L. monocytogenes

Новые некодирующие РНК

МНЕ БЫНачнитеСтопРазмер5 'фланкирующий генсмысл гена в геномеа3 'фланкирующий генХарактеристикаРфам
rli223199732107110lmo0028->->->lmo0029мРНК
rli2317217117226897lmo0172<-->мРНК, антисмысловая к транспозазе lmo0172, гомолог rli25 и rli35.
rli24271029271186157lmo0256->->->lmo0257мРНК
rli25357618357516102lmo0330-><-мРНК Антисмысловая к lmo0330: транспозаза. Гомолог rli23 и rli35
rli26388707388520187lmo0360-><-<-lmo0361мРНК
rli2743483143492998lmo0411<--><-lmo0412мРНК
rli28507394507206188lmo0470-><-->lmo0471мРНК Гомолог rli50
rli29507643507450193lmo0470-><-->lmo0471мРНК Антисмысловая к 5'UTR lmo0471
rli30540785540670115lmo0506-><-мРНК Антисмысловая к lmo0506
rli31597812597926114lmo0558<-->->lmo0559Требуется для устойчивости к лизоциму и патогенеза.[3] Структура характеризуется двумя длинными шпильками. Взаимодействует с глобальным регулятором связывания РНК SpoVG.[4]
rli32600750600604147lmo0560<-<-<-lmo0561мРНК
rli33708326708860534lmo0671->->->lmo0672мРНК
rli3480303180294883lmo0777-><-->lmo0778мРНК
rli35855495855393102lmo0828-><-мРНК Антисмысловая к lmo0828: транспозаза. Гомолог rli23 и rli25
rli3685952785944483nifJ-><-<-fbpмРНК
rli37907576907832256lmo0866->->->lmo0867ORF ORF 58aa. Регион RBS: TGATACGGGAGTGTGGTGCTAGTTATG
rli3811525491152917369lmo1115<-->->lmo1116Роль мРНК в вирулентности
rli3911798071179993187lmo1149->-><-lmo1150мРНК, аннотированная как кобаламин-рибопереключатель в Rfam
rli4012758101275547264lmo1251-><-<-lmo1252ORF ORF 64 а.о. Регион RBS: AGTGAGGCGTCCTTATG
rli4112772071276713495lmo1252<-<-->lmo1253Две ORF ORF из 45 ак. Область RBS: AGAGGAGGTATTTTCTATG ORF из 35 аминокислот. Регион RBS: AAGGAGGAAAACAAATTG
rli4213996171399447171lmo1374-><-->lmo1375мРНК
rli4318616301861377253inlC<-<-<-rplSORF ORF 35aa. Регион RBS: AGAGTGAGGTGTAATATG
rli4420390872039375289lmo1964<--><-lmo1965ORF ORF 28aa. Регион RBS: GGAAAGGATAACCCATG
rli452154775215485277lmo2074->-><-lmo2075мРНК Антисмысловая к rli46
rli4621550582154765294lmo2074-><-<-lmo2075мРНК Антисмысловая к rli45
rli4722260242226532508lmo2141->-><-lmo2142мРНК
rli4823614232361274149lmo2271<-<-->lmo2272мРНК
rli4926601792660364185lmo2579->-><-lmo2580мРНК
rli5027832742783098176lmo2709-><-<-lmo2710мРНК Гомолог rli28
rli51207589207709120привет->->->mpl5'-UTR-производное увеличение просвета кишечника
rli5255242155232794lmo0517<-<-<-lmo0518Предполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli53955829956001172lmo0918->->->lmo0919Предполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli5410785841079111527lmo1051<-->->pdhAПредполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli5511981071198389282lmo1170->->->pduQПредполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli561199859119995899pduQ->->->lmo1172Предполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli57?1216658?lmo1190->->->cbiA3'-UTR-производное, аннотированное как рибопереключатель кобаламина в Rfam lmo1190-rli57, повышенный уровень транскрипта в кишечном просвете
rli58?1639974?rpsD-><-<-lmo1597
rli5917025531702373180lmo1652<-<-<-lmo16535'-UTR-производное
rli6020541242054308184lmo1982<-->->ilvDПредполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli6122753632275258106lmo2187<-<-<-lmo2188Предполагаемый рибопереключатель на основе 5'-UTR
rli6223645082364337172lmo2277<-<-<-lmo2278Предполагаемый рибопереключатель, производный от 5'-UTR.
rli632613301??atpI<-<-<-lmo2537Предполагаемый рибопереключатель на основе 5'-UTR
rliA513584513807224lmo0476<->->-lmo0477мяРНК
rliB544357544716360lmo0509->->->lmo0510мРНК
rliC11543091154671363lmo1117->-><-lmo1118мРНК
rliD13595291359202328rpsO-><-->pnpAантисмысловая мРНК
rliE15845861584808223comC<--><-следующиймРНК антисмысловая к мРНК comC
rliF21062922106073220нада-><-<-lmo2026мяРНК
rliG23869922386715278lmo2302<-<-<-lmo2303мРНК
rliH11808261181254429lmo1150<-->->lmo1151антисмысловая мРНК
rliI28422002841962239lmo2760<-<-->lmo2761мРНК
sbrA[5]1399363139943370lmo1374->->->lmo1375мРНК

аСтрелки указывают на смысл гена в геноме. Жирные стрелки указывают на ген, отсутствующий в L. innocua.

В этих исследованиях использовался штамм Listeria monocytogenes EGD-e, доступный в EMBL AL591824.1.

Характеризованные некодирующие РНК

МНЕ БЫРфам
СЭМRF00162
LhrCRF00616
ТЭСRF00059
glmSRF00234
PreQ1RF00522
Т-образная коробкаRF00230
ССрСRF00013
МНЕ БЫРфам
LhrBRF00558
FMNRF00050
ssrARF00023
SRPRF00169
ПрфАRF00038
Лидер L10RF00557
ПуринRF00167
МНЕ БЫРфам
лизинRF00168
yybP-ykoYRF00080
глицинRF00504
L21RF00559
RyrRRF00515
LhrARF00615
L13RF00555

использованная литература

  1. ^ Мандин П, Репоила Ф, Вергассола М, Гейссманн Т, Коссарт П (2007). «Идентификация новых некодирующих РНК в Listeria monocytogenes и прогнозирование мишеней мРНК». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (3): 962–974. Дои:10.1093 / нар / gkl1096. ЧВК  1807966. PMID  17259222.
  2. ^ Толедо-Арана А., Дюссургет О., Никитас Г. и др. (Июнь 2009 г.). «Транскрипционный ландшафт Listeria от сапрофитизма до вирулентности». Природа. 459 (7249): 950–956. Дои:10.1038 / природа08080. PMID  19448609.
  3. ^ Берк Т.П., Лукичева А., Земанский Дж., Уиллер Р., Бонека И.Г., Портной Д.А. (2014). «Listeria monocytogenes устойчива к лизоциму благодаря регуляции, а не приобретению ферментов, модифицирующих клеточную стенку». J. Bacteriol. 196 (21): 3756–3767. Дои:10.1128 / JB.02053-14. ЧВК  4248804. PMID  25157076.
  4. ^ Берк Т.П., Портной Д.А. (2016). «SpoVG - это консервативный РНК-связывающий белок, который регулирует резистентность к лизоциму, вирулентность и подвижность роя Listeria monocytogenes». мБио. 7 (2). Дои:10,1128 / мBio.00240-16. ЧВК  4959528. PMID  27048798.
  5. ^ Нильсен Дж. С., Олсен А. С., Бонд М., Валентин-Хансен П., Каллиполитис Б. Х. (2008). «Идентификация сигма B-зависимой малой некодирующей РНК в Listeria monocytogenes». J Бактериол. 190 (18): 6264–6270. Дои:10.1128 / JB.00740-08. ЧВК  2546787. PMID  18621897.

внешние ссылки