MatrixDB - Википедия - MatrixDB

MatrixDB
Database.png
Содержание
Описаниевнеклеточный матричная база данных взаимодействий.
Типы данных
захвачен		База данных взаимодействий, биохимия, Biacore, SPR
ОрганизмыВсе (возможно только для людей)
Контакт
ЛабораторияIBCP - UMR5086 CNRS / Univ Lyon1 - ФРАНЦИЯ
АвторыЭмили Шотар, Гийом Лоне, Николя Тьерри-Миег, Ромен Сальса, Франк Пейсселон, Мари Фату-Ардоре, Софиан Бадауи, Сильвен Валле, Лионель Баллют, Дориан Мульто, Сильви Рикар-Блюм.
Основное цитированиеPMID  20852260
Доступ
СтандартыPSI-MI
Интернет сайтhttp://matrixdb.univ-lyon1.fr

MatrixDB это биологическая база данных сосредоточены на молекулярных взаимодействиях между внеклеточный белки и полисахариды.[1] MatrixDB принимает во внимание мультимерную природу внеклеточных белков (например, мультимеры, коллагены, ламинины и тромбоспондины). База данных была первоначально выпущена в 2009 году.[2] и поддерживается исследовательской группой Сильви Рикар-Блюм по адресу UMR5246, Университет Клода Бернара Лион 1.

MatrixDB связан с UniGene и Атлас белков человека. Это также позволяет пользователям создавать индивидуальные сети взаимодействия с конкретными тканями и заболеваниями, которые можно анализировать и визуализировать с помощью Cytoscape или Медуза.[1]

MatrixDB является активным членом Международный молекулярный обмен Консорциум (IMEx),[3] группа основных публичных поставщиков данных о взаимодействии. Другие участвующие базы данных включают базу данных сети биомолекулярного взаимодействия (BIND),[4] Нетронутый,[5] База данных молекулярных взаимодействий (MINT),[6] MIPS,[7] MPact и BioGRID.[3] Базы данных IMEx работают вместе, чтобы предотвратить дублирование усилий, собирая данные из неперекрывающихся источников и обмениваясь тщательно подобранными данными взаимодействия. Консорциум IMEx также работал над разработкой HUPO -PSI -MI XML стандартный формат для аннотирования и обмена данными взаимодействия.[3][8] MatrixDB включает данные о взаимодействии, извлеченные из литературы путем ручного подбора, и предлагает доступ к релевантным данным с участием внеклеточных белков, предоставленным партнерскими базами данных IMEx через веб-сервис PSICQUIC, а также к данным из Справочная база данных белков человека.

Рекомендации

  1. ^ а б Chautard, E .; Fatoux-Ardore, M .; Ballut, L .; Thierry-Mieg, N .; Рикар-Блюм, С. (17 сентября 2010 г.). «MatrixDB, база данных взаимодействия внеклеточного матрикса». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (База данных): D235 – D240. Дои:10.1093 / нар / gkq830. ЧВК  3013758. PMID  20852260.
  2. ^ Chautard, E .; Ballut, L .; Thierry-Mieg, N .; Рикар-Блюм, С. (15 января 2009 г.). «MatrixDB, база данных, посвященная внеклеточным взаимодействиям белок-белок и белок-углевод». Биоинформатика. 25 (5): 690–691. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp025. ЧВК  2647840. PMID  19147664.
  3. ^ а б c Orchard, S .; Kerrien, S .; Abbani, S .; Aranda, B .; Bhate, J .; Bidwell, S .; Мост, А .; Briganti, L .; Бринкман, Ф .; Cesareni, G .; Chatr-Aryamontri, A .; Chautard, E .; Chen, C .; Dumousseau, M .; Goll, J .; Hancock, R .; Hannick, L.I .; Jurisica, I .; Khadake, J .; Линн, Д. Дж .; Mahadevan, U .; Perfetto, L .; Рагхунатх, А .; Ricard-Blum, S .; Roechert, B .; Salwinski, L .; Stümpflen, V .; Tyers, M .; Uetz, P .; Ксенариос, И. (2012). «Курирование данных о взаимодействии белков: консорциум Международного молекулярного обмена (IMEx)». Методы природы. 9 (4): 345–350. Дои:10.1038 / nmeth.1931. ЧВК  3703241. PMID  22453911.
  4. ^ Альфарано, К. (17 декабря 2004 г.). "Обновление базы данных сети биомолекулярного взаимодействия и связанных инструментов 2005". Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Проблема с базой данных): D418 – D424. Дои:10.1093 / nar / gki051. ЧВК  540005. PMID  15608229.
  5. ^ Kerrien, S .; Aranda, B .; Breuza, L .; Мост, А .; Broackes-Carter, F .; Chen, C .; Duesbury, M .; Dumousseau, M .; Feuermann, M .; Hinz, U .; Jandrasits, C .; Jimenez, R.C .; Khadake, J .; Mahadevan, U .; Masson, P .; Педруцци, I .; Pfeiffenberger, E .; Porras, P .; Рагхунатх, А .; Roechert, B .; Orchard, S .; Хермякоб, Х. (24 ноября 2011 г.). «База данных по молекулярным взаимодействиям IntAct в 2012 году». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (D1): D841 – D846. Дои:10.1093 / нар / gkr1088. ЧВК  3245075. PMID  22121220.
  6. ^ Занзони, А; Монтекки-Палацци, L; Куондам, М; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Чезарени, Дж. (20 февраля 2002 г.). «MINT: база данных Molecular INTeraction». Письма FEBS. 513 (1): 135–40. Дои:10.1016 / s0014-5793 (01) 03293-8. ЧВК  1751541. PMID  11911893.
  7. ^ Гульденер, У. (1 января 2006 г.). «MPact: ресурс взаимодействия белка MIPS на дрожжах». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D436 – D441. Дои:10.1093 / nar / gkj003. ЧВК  1347366. PMID  16381906.
  8. ^ Hermjakob, Henning; Монтекки-Палацци, Луиза; Бадер, Гэри; Войчик, Жером; Салвински, Лукаш; Сеол, Арно; Мур, Сьюзен; Орчард, Сандра; Саркан, Угис; фон Меринг, Кристиан; Рохерт, Бернд; Муха, Сильвен; Юнг, Ева; Мерш, Хеннинг; Керси, Пол; Лаппе, Майкл; Ли, Исюэ; Цзэн, Ронг; Рана, Дебашис; Никольский, Маха; Хуси, Хольгер; Брун, Кристина; Шанкер, К; Грант, Сет Г. Н.; Сандер, Крис; Борк, Пер; Чжу, Вэйминь; Пандей, Ахилеш; Бразма, Алвис; Жак, Бернар; Видаль, Марк; Шерман, Дэвид; Легрен, Пьер; Чезарени, Джанни; Ксенариос, Иоаннис; Айзенберг, Дэвид; Штейпе, Борис; Хог, Крис; Апвайлер, Рольф (2004). «Формат молекулярного взаимодействия HUPO PSI - стандарт сообщества для представления данных о взаимодействии белков». Природа Биотехнологии. 22 (2): 177–183. Дои:10.1038 / nbt926. PMID  14755292. S2CID  17557764.

внешняя ссылка