Модулибактерии - Modulibacteria

Модулибактерии
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Модулибактерии

Модулибактерии это бактериальный тип ранее известный как КС3Б3 или же GN06. Это кандидат phylum, то есть культурных представителей этой группы нет. Известно, что представители филума Modulibacteria вызывают фатальный разрастание (набухание) филаментов в промышленных анаэробный очистки сточных вод биореакторы.[1][2]

Тип Modulibacteria впервые был предложен в 2006 году двумя независимыми исследовательскими группами на основе анализа 16S рРНК генные последовательности. Одна группа извлекла последовательности Modulibacteria из a гиперсоленый микробный коврик из Герреро Негро (Южная Нижняя Калифорния, Мексика) и использовал временное название GN06 для романа филюм,[3] в то время как другие восстановленные последовательности из богатого серой черного шлама морские отложения (Калифорния, США) и использовал временное название KSB3.[4]

Первый геномный понимание этого типа было достигнуто в 2015 году, когда было предложено название «Modulibacteria».[5] Два генома были извлечены из метаногенный пробы шлама натурного анаэробное иловое покрытие с восходящим потоком (UASB) реактор для обработки высокопрочного органического Сточные Воды выписан с пищевой фабрики.

Благодаря сочетанию геномных метаболический реконструкция и микроскопическое наблюдение, было определено, что два изученных вида Modulibacteria (Moduliflexus flocculans и Vecturithrix granuli) образуют нитчатые структуры и Грамотрицательный, строго анаэробный ферментеры способен не-жгутиковый основанная на скользящей моторике. Оба обладают необычайно большим количеством сенсорных функций и ответов. гены-регуляторы по сравнению с другими бактериями.[5]

Представители филума Modulibacteria были обнаружены в различных средах, помимо биореакторов и гиперсоленых матов, таких как отложения водно-болотных угодий (FJ516883.1 ), дельфин рот,[6][7] и трубочистка из холодный сон (FM165273 ).

Таксономия

Следующая таксономия была предложена Секигучи и др. (2015)[5]

  • Класс Moduliflexia
    • Заказать Moduliflexales
      • Семья Moduliflexaceae
        • Род Модулифлексус
          • Разновидность Moduliflexus flocculans
  • Класс Vecturitrichia
    • Заказать Vecturatrichales
      • Семья Vecturatrichaceae
        • Род Вектуритрикс
          • Разновидность Vecturithrix granuli

Рекомендации

  1. ^ Ямада, Такеши; Ямаути, Тошихиро; Сираиси, Кодзи; Гугенгольц, Филипп; Охаши, Акиёси; Харада, Хидеки; Камагата, Йоичи; Накамура, Кадзунори; Секигучи, Юдзи (31 мая 2007 г.). «Характеристика нитчатых бактерий, принадлежащих к типу кандидатов KSB3, которые связаны с накоплением в метаногенных гранулированных илах». Журнал ISME. 1 (3): 246–255. Дои:10.1038 / ismej.2007.28. ISSN  1751-7362. PMID  18043635.
  2. ^ Ямада, Такеши; Кикучи, Каэ; Ямаути, Тошихиро; Сираиси, Кодзи; Ито, Цукаса; Окабе, Сатоши; Хираиши, Акира; Охаши, Акиёси; Харада, Хидеки; Камагата, Йоичи; Накамура, Кадзунори (21.01.2011). «Экофизиология некультивируемых нитчатых анаэробов, принадлежащих к типу KSB3, которые вызывают накопление метаногенного гранулированного ила». Прикладная и экологическая микробиология. 77 (6): 2081–2087. Дои:10.1128 / aem.02475-10. ISSN  0099-2240. ЧВК  3067334. PMID  21257808.
  3. ^ Ley, Ruth E .; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Копье, Джон Р .; Миллер, Скотт Р .; Бебаут, Брэд М .; Maresca, Julia A .; Брайант, Дональд А .; Sogin, Mitchell L .; Пейс, Норман Р. (01.05.2006). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Guerrero Negro». Прикладная и экологическая микробиология. 72 (5): 3685–3695. Дои:10.1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. ЧВК  1472358. PMID  16672518.
  4. ^ Таннер, Майкл (2006). «Сложные микробные сообщества, населяющие богатую сульфидами черную грязь из морских прибрежных сред». Биотехнологии и алия. 8: 1–16.
  5. ^ а б c Сэкигучи, Юдзи; Охаши, Акико; Парки, Донован Х .; Ямаути, Тошихиро; Тайсон, Джин У .; Гугенгольц, Филипп (27 января 2015 г.). «Первые сведения о геноме членов кандидата бактериального филума, ответственного за накопление сточных вод». PeerJ. 3: e740. Дои:10.7717 / peerj.740. ISSN  2167-8359. ЧВК  4312070. PMID  25650158.
  6. ^ Бик, Элизабет М .; Костелло, Элизабет К .; Switzer, Alexandra D .; Каллахан, Бенджамин Дж .; Холмс, Сьюзен П .; Wells, Randall S .; Карлин, Кевин П .; Дженсен, Эрик Д .; Венн-Уотсон, Стефани; Релман, Дэвид А. (03.02.2016). «Морские млекопитающие обладают уникальными микробиотами, сформированными из моря, но отличными от них». Nature Communications. 7 (1): 10516. Bibcode:2016НатКо ... 710516B. Дои:10.1038 / ncomms10516. ISSN  2041-1723. ЧВК  4742810. PMID  26839246.
  7. ^ Дудек, Наташа К .; Сан, Кристин Л .; Бурштейн, Дэвид; Кантор, Роза С .; Алиага Гольцман, Даниэла С .; Бик, Элизабет М .; Томас, Брайан Ч .; Банфилд, Джиллиан Ф .; Релман, Дэвид А. (18 декабря 2017 г.). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал в оральном микробиоме морских млекопитающих». Текущая биология. 27 (24): 3752–3762.e6. Дои:10.1016 / j.cub.2017.10.040. ISSN  1879-0445. PMID  29153320.