NUDT21 - NUDT21

NUDT21
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2CL3, 2J8Q, 3BAP, 3BHO, 3MDG, 3MDI, 3Н9У, 3П5Т, 3P6Y, 3Q2S, 3 квартал 2 года
Идентификаторы
Псевдонимы	NUDT21, CFIM25, CPSF5, нудикс гидролаза 21
Внешние идентификаторы	OMIM: 604978 MGI: 1915469 ГомолоГен: 5090 Генные карты: NUDT21
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 16 (человек)
Конец	56,452,199 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• активность гомодимеризации белков; • связывание гистондеацетилазы; • Привязка элементов AU-rich; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание мРНК; • гидролазная активность; • Связывание РНК; • идентичное связывание с белками; • связывание хроматина; • Связывание мРНК 3'-UTR AU-богатой области;
Сотовый компонент	• парашюты; • центросома; • нуклеоплазма; • центр организации микротрубочек; • комплекс факторов расщепления мРНК; • ядро клетки; • ядерное тело; • цитоплазма; • Комплекс факторов специфичности расщепления мРНК и полиаденилирования;
Биологический процесс	• Сплайсинг мРНК через сплайсосомы; • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II; • тетрамеризация белков; • Обработка 3'-конца мРНК; • полиаденилирование мРНК; • обработка мРНК; • посттранскрипционная регуляция экспрессии генов; • дифференциация клеток; • положительная регуляция расщепления мРНК; • гетеротетрамеризация белков; • расщепление пре-мРНК, необходимое для полиаденилирования; • альтернативное полиаденилирование мРНК; • положительная регуляция полиаденилирования мРНК; • сборка комплекса рибонуклеопротеидов-мессенджеров; • положительная регуляция дифференцировки стволовых клеток; • положительная регуляция дифференцировки про-В-клеток;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	11051
	68219
	ENSG00000167005
	ENSMUSG00000031754
	O43809
	Q9CQF3
	NM_007006
	NM_026623
	NP_008937
	NP_080899
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Субъединица 5 фактора специфичности расщепления и полиаденилирования (CPSF5) является фермент что у людей кодируется NUDT21 ген.^[4]^[5] Он принадлежит к Семья Нудикс гидролаз.

Белок, кодируемый этим геном, является одной из субъединиц фактор расщепления Im комплекс, необходимый для процессинга расщепления 3 'РНК и полиаденилирования.^[6] Взаимодействие белка с РНК является одним из самых ранних этапов сборки комплекса обработки концов 3 'и облегчает набор других факторов обработки. Этот ген кодирует субъединицу 25 кДа белкового комплекса, который состоит из четырех полипептидов.^[5]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000167005 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Ruegsegger U, Blank D, Keller W (июль 1998 г.). «Фактор расщепления пре-мРНК человека Im связан со сплайсосомными белками SR и может быть восстановлен in vitro из рекомбинантных субъединиц». Mol Cell. 1 (2): 243–53. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80025-8. PMID 9659921.
^ ^а ^б «Ген Entrez: NUDT21 nudix (фрагмент X, связанный с нуклеозиддифосфатом), мотив 21».
^ Харди, Дж. Г .; Норбери, К. Дж. (15 августа 2016 г.). «Фактор расщепления Im (CFIm) как регулятор альтернативного полиаденилирования». Сделки Биохимического Общества. 44 (4): 1051–1057. Дои:10.1042 / BST20160078. PMID 27528751.

дальнейшее чтение

Rüegsegger U, Beyer K, Keller W (1996). «Очистка и характеристика человеческого фактора расщепления Im, участвующего в процессинге 3'-конца предшественников матричной РНК». J. Biol. Chem. 271 (11): 6107–13. Дои:10.1074 / jbc.271.11.6107. PMID 8626397.
de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W. и др. (2000). «Фактор расщепления пре-мРНК человека IIm содержит гомологи дрожжевых белков и связывает два других фактора расщепления». EMBO J. 19 (21): 5895–904. Дои:10.1093 / emboj / 19.21.5895. ЧВК 305781. PMID 11060040.
Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК 310948. PMID 11076863.
Виманн С., Вейль Б., Велленройтер Р. и др. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.
Симпсон Дж. К., Велленройтер Р., Поустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК 1083732. PMID 11256614.
Ким Х, Ли Й (2002). «Взаимодействие поли (A) полимеразы с субъединицей 25 кДа фактора расщепления I». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 289 (2): 513–8. Дои:10.1006 / bbrc.2001.5992. PMID 11716503.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Авасти С., Алвин Дж. К. (2003). «Ассоциация фактора расщепления I полиаденилирования с U1 snRNP». РНК. 9 (11): 1400–9. Дои:10.1261 / rna.5104603. ЧВК 1287061. PMID 14561889.
Браун KM, Гилмартин GM (2004). «Механизм регуляции процессинга пре-мРНК 3 'фактором расщепления человека Im». Мол. Ячейка. 12 (6): 1467–76. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00453-2. PMID 14690600.
Бауместер Т., Баух А., Раффнер Х. и др. (2004). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Nat. Cell Biol. 6 (2): 97–105. Дои:10.1038 / ncb1086. PMID 14743216. S2CID 11683986.
Деттвайлер С., Арингири С., Кардинале С. и др. (2005). «Отчетливые мотивы последовательности в субъединице 68 кДа фактора расщепления Im опосредуют связывание РНК, межбелковые взаимодействия и субклеточную локализацию» (PDF). J. Biol. Chem. 279 (34): 35788–97. Дои:10.1074 / jbc.M403927200. PMID 15169763. S2CID 39752996.
Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК 528928. PMID 15489334.
Виманн С., Арльт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК 528930. PMID 15489336.
Раш Дж., Мориц А., Ли К.А. и др. (2005). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Nat. Биотехнология. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID 15592455. S2CID 7200157.
Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК 1347501. PMID 16381901.

Эта статья о ген на хромосома человека 16 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000167005 - Ансамбль, Май 2017

[2] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[3] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid9659921-4] Ruegsegger U, Blank D, Keller W (июль 1998 г.). «Фактор расщепления пре-мРНК человека Im связан со сплайсосомными белками SR и может быть восстановлен in vitro из рекомбинантных субъединиц». Mol Cell. 1 (2): 243–53. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80025-8. PMID 9659921.

[entrez-5] а ^б «Ген Entrez: NUDT21 nudix (фрагмент X, связанный с нуклеозиддифосфатом), мотив 21».

[Hardy-6] Харди, Дж. Г .; Норбери, К. Дж. (15 августа 2016 г.). «Фактор расщепления Im (CFIm) как регулятор альтернативного полиаденилирования». Сделки Биохимического Общества. 44 (4): 1051–1057. Дои:10.1042 / BST20160078. PMID 27528751.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]