Netprimer - Википедия - Netprimer

NetPrimer
Разработчики)Премьер Биософт
Стабильный выпуск
ПлатформаJava-апплет[1]
ТипБиоинформатика
Лицензиякоммерческий
Интернет сайтhttp://www.premierbiosoft.com/netprimer/

NetPrimer это бесплатный веб-инструмент, используемый для анализа грунтовки используется в ПЦР для амплификации последовательности ДНК.[2] Программа прогнозирует температуру плавления праймеров с помощью алгоритм термодинамики ближайшего соседа. Точный прогноз температуры плавления (Tm) является одним из наиболее важных факторов, определяющих успех реакции ПЦР.[3]

NetPrimer также анализирует термодинамически важные второстепенные конструкции Такие как заколки для волос, себя и крест димеры, работает и повторяется.[4] Эти структуры существенно влияют на эффективность праймера и, следовательно, на успех.[требуется разъяснение ] реакции ПЦР.

NetPrimer можно использовать для определения лучших пар праймеров для заданного набора экспериментальных условий. Программа присваивает рейтинг каждому проанализированному праймеру.[5] Рейтинг основан на близости термодинамических параметров к их идеальным значениям.

Помимо качества грунтовки, его молекулярный вес и оптическая активность (оба в нмоль /A260 & мкг / A260) также представлены для количественного определения. Праймеры анализируют на их GC% (содержание гуанин-цитозина).[6] Этот важный параметр определяет их отжиг сила.

Бизнес модель

Хотя Netprimer предоставляется бесплатно, он не бесплатно программное обеспечение. Пользователи должны зарегистрироваться для доступа[7] и тем самым получать рекламу других продуктов Premier Biosoft.

Рекомендации

  1. ^ http://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/Help/xnetprlaunch.html (хотя в нем говорится, что "требуется подключаемый модуль Java 1.4 или новее для Windows", ниже по странице также указано, что они тестировали его в Mac OS X)
  2. ^ http://www.ebd.csic.es/andy/MolEcolNotes05.pdf
  3. ^ Dieffenbach, C.W .; Двекслер, Г.С. (2003). Праймер для ПЦР: лабораторное руководство, второе издание (2003), мягкая обложка. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. п. 61. ISBN  9780879696542. Получено 2015-05-17.
  4. ^ pga.mgh.harvard.edu/primerbank/help.html
  5. ^ http://www.aphis.usda.gov/wildlife_damage/nwrc/publications/08pubs/piaggio081.pdf
  6. ^ http://jcm.asm.org/cgi/reprint/39/11/4119.pdf
  7. ^ http://www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/RegisterUser.jsp?FromPage=Register&LoginForFreeTool=true&PID=3

внешняя ссылка