PDCD2 - PDCD2
Белок запрограммированной гибели клеток 2 это белок что у людей кодируется PDCD2 ген.[5][6]
Функция
Этот ген кодирует ядерный белок, экспрессируемый во множестве тканей. Гомолог крысы, Rp8, временно экспрессируется в незрелых тимоцитах и, как полагают, участвует в запрограммированной гибели клеток. Было показано, что экспрессия гена человека подавляется BCL6, репрессором транскрипции, необходимым для развития зародышевого центра лимфатических узлов, что позволяет предположить, что BCL6 регулирует апоптоз за счет своего воздействия на PDCD2. Этот ген тесно связан на хромосоме 6 с геном ТВР, связывающего ТАТА белка. Идентифицировано шесть транскриптов, кодирующих разные белки.[6]
Взаимодействия
PDCD2 показал себя взаимодействовать с Фактор клетки-хозяина C1[7] и Паркин (лигаза).[8]
Модельные организмы
Модельные организмы были использованы при изучении функции PDCD2. Условный нокаутирующая мышь линия называется Pdcd2tm1b (EUCOMM) Wtsi был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.[9] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг[10] для определения последствий удаления.[11][12][13][14] Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование[15]
| Характеристика | Фенотип |
|---|---|
| Все данные доступны на сайте.[10][15] | |
| Инсулин | Нормальный |
| Гомозиготная жизнеспособность на P14 | Аномальный |
| Рецессивный смертельное исследование | Аномальный |
| Масса тела | Нормальный |
| Неврологический осмотр | Нормальный |
| Сила захвата | Нормальный |
| Дисморфология | Нормальный |
| Косвенная калориметрия | Нормальный |
| Тест толерантности к глюкозе | Нормальный |
| Слуховой ответ ствола мозга | Нормальный |
| DEXA | Нормальный |
| Рентгенография | Нормальный |
| Морфология глаза | Нормальный |
| Клиническая химия | Нормальный |
| Гематология 16 недель | Нормальный |
| Лейкоциты периферической крови 16 недель | Нормальный |
| Вес сердца | Нормальный |
| Функция цитотоксических Т-клеток | Нормальный |
| Иммунофенотипирование селезенки | Нормальный |
| Иммунофенотипирование мезентериальных лимфатических узлов | Нормальный |
| Иммунофенотипирование костного мозга | Нормальный |
| Состав эпидермального иммунитета | Нормальный |
| Проблема гриппа | Нормальный |
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000071994 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000014771 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Каваками Т., Фурукава Ю., Судо К., Сайто Х., Таками С., Такахаши Е., Накамура И. (август 1995 г.). «Выделение и картирование гена человека (PDCD2), который высоко гомологичен Rp8, гену крысы, связанному с запрограммированной гибелью клеток». Цитогенетика и клеточная генетика. 71 (1): 41–3. Дои:10.1159/000134058. PMID 7606924.
- ^ а б «Ген Энтреза: PDCD2 запрограммированная гибель клеток 2».
- ^ Scarr RB, Sharp PA (август 2002 г.). «PDCD2 - негативный регулятор HCF-1 (C1)». Онкоген. 21 (34): 5245–54. Дои:10.1038 / sj.onc.1205647. PMID 12149646.
- ^ Fukae J, Sato S, Shiba K, Sato K, Mori H, Sharp PA, Mizuno Y, Hattori N (февраль 2009 г.). «Изоформа 1 запрограммированной клеточной смерти-2 убиквитинируется паркином и увеличивается в черной субстанции пациентов с аутосомно-рецессивной болезнью Паркинсона». Письма FEBS. 583 (3): 521–5. Дои:10.1016 / j.febslet.2008.12.055. HDL:1721.1/96274. PMID 19146857. S2CID 7121769.
- ^ Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- ^ а б «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
- ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК 3572410. PMID 21677750.
- ^ Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс, Северная Каролина, Таннахилл Д. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК 3717207. PMID 23870131.
- ^ а б «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».
дальнейшее чтение
- Барон Б.В., Анастаси Дж., Тирман М.Дж., Фурукава Ю., Страхи С., Ким Д.К., Симона Ф., Биркенбах М., Монтэг А., Садху А., Зелезник-Ле-Н, МакКейтан Т.В. (март 2002 г.). «Ген человеческой запрограммированной клеточной смерти-2 (PDCD2) является мишенью для репрессии BCL6: последствия для роли BCL6 в подавлении апоптоза». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (5): 2860–5. Bibcode:2002PNAS ... 99.2860B. Дои:10.1073 / pnas.042702599. ЧВК 122438. PMID 11854457.
- Scarr RB, Sharp PA (август 2002 г.). «PDCD2 - негативный регулятор HCF-1 (C1)». Онкоген. 21 (34): 5245–54. Дои:10.1038 / sj.onc.1205647. PMID 12149646.
- Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H, Angrand PO, Bergamini G, Croughton K, Cruciat C, Eberhard D, Gagneur J, Ghidelli S, Hopf C, Huhse B, Mangano R, Michon AM, Schirle M, Schlegl J, Schwab M , Stein MA, Bauer A, Casari G, Drewes G, Gavin AC, Jackson DB, Joberty G, Neubauer G, Rick J, Kuster B, Superti-Furga G (февраль 2004 г.). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Природа клеточной биологии. 6 (2): 97–105. Дои:10.1038 / ncb1086. PMID 14743216. S2CID 11683986.
- Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.
- Chen Q, Qian K, Yan C (декабрь 2005 г.). «Клонирование кДНК с доменом PDCD2 (C) и их экспрессия во время апоптоза клеток HEK293T». Молекулярная и клеточная биохимия. 280 (1–2): 185–91. Дои:10.1007 / s11010-005-8910-z. PMID 16311922. S2CID 6208880.
- Барон Б.В., Зелезник-Ле Н, барон М.Дж., Тайслер К., Хо Д., Красовски М.Д., Тирман М.Дж., барон Р.М., барон Дж.М. (май 2007 г.). «Репрессия гена PDCD2 с помощью BCL6 и последствия для патогенеза В- и Т-клеточных лимфом человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (18): 7449–54. Bibcode:2007PNAS..104.7449B. Дои:10.1073 / pnas.0701770104. ЧВК 1863460. PMID 17468402.