PRR29 - Википедия - PRR29

PRR29
Идентификаторы
ПсевдонимыPRR29, C17orf72, богатый пролином 29
Внешние идентификаторыMGI: 1922823 ГомолоГен: 130357 Генные карты: PRR29
Расположение гена (человек)
Хромосома 17 (человек)
Chr.Хромосома 17 (человек)[1]
Хромосома 17 (человек)
Геномное расположение PRR29
Геномное расположение PRR29
Группа17q23.3Начинать63,998,351 бп[1]
Конец64,004,304 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

92340

75573

Ансамбль

ENSG00000224383

ENSMUSG00000009210

UniProt

P0C7W0

B1ARI9

RefSeq (мРНК)

NM_001164257
NM_001191029
NM_001191030
NM_001191031

NM_029345

RefSeq (белок)

NP_001157729
NP_001177958
NP_001177959
NP_001177960

NP_083621

Расположение (UCSC)Chr 17: 64 - 64 МбChr 11: 106,37 - 106,38 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

PRR29 это белок расположен на человеке хромосома 17 что у людей кодируется PRR29 ген.[5][6]

Он также широко известен как C17orf72. Ген имеет размер 5961 пар оснований и содержит пять экзоны.[5]

Ген

PRR29 расположен на длинном плече хромосомы 17 (17q23.3), начиная с 63998344 и заканчивая 64004305.[5] Ген охватывает 5961 пару оснований и ориентирован на положительную цепь. Гены SNHG25 и LOC105371858 сосед PRR29 на хромосоме 17. ICAM2 расположен на отрицательной цепи, прямо напротив PRR29.

мРНК

У гена 12 распространенных вариантов сплайсинга и одна не сплайсированная форма.[7] Самая длинная транскрибируемая мРНК состоит из 3048 пар оснований, а последовательность транскрибируемого белка для этой мРНК составляет 189 аминокислоты.[5]

Локус PRR29[8]
Геномный взгляд на PRR29

Протеин

Общие свойства

PRR29 человека имеет несколько изоформ белка, самая длинная из которых составляет 236 аминокислот.[5] PRR29 имеет прогнозируемый Изоэлектрическая точка 5,23 и прогнозируемый Молекулярный вес 26,1 килодальтон. PRR29 характеризуется большей, чем в среднем, долей пролины (19,1%) и меньшее, чем среднее количество аспарагины (0.4%)[9]

Домены

PRR29 содержит богатую пролином область в своей последовательности от аминокислот 73 до 166. Домен с неизвестной функцией, DUF 4587, также присутствует от аминокислот с 39 до 113.[10] DUF 4587 обычно имеет длину от 64 до 79 аминокислот и содержит два мотива последовательности QNAQ и HHH. Предполагается, что PRR29 будет содержать несколько областей формирования альфа-спирали и бета-листов. В частности, предполагается, что область DUF 4587 образует альфа-спираль.[11]

Субклеточная локализация

Используя PSORTII, предсказывается, что PRR29 локализуется в ядре клетки.[12] PSORTII не предсказывает никаких нацеливающих последовательностей или сигнальных пептидов.

Модификация

Предполагается, что PRR29 подвергается сумоилированию, ацетилированию и фосфорилированию серина, треонина и тирозина.[13]

Взаимодействия

Интерактом PRR29 еще недостаточно охарактеризован. Одно экспериментальное исследование показало, что Sus scrofa PRR29-подобный белок взаимодействует с N-концевой протеазой вируса классической чумы свиней (CSFV).[14]

Прогнозирование трехмерной структуры от I-TASSER [15]

Выражение

PRR29 экспрессируется повсеместно по всему телу. Однако особенно высокая экспрессия наблюдается в яичниках, мышцах, сердце, яичках и тимусе.[16] Согласно PaxDb, количество PRR29 составляет нижние 5% по сравнению с другими белками.[17]

Гомология

PRR29 имеет единственный известный паралог, C21orf58.[18] PRR29 хорошо консервативен среди хордовых, и PRR29-подобные белки, содержащие DUF 4587, были предсказаны в протостомах, таких как Mollusca и Annelida.[19] DUF 4587 высоко консервативен во всех ортологах PRR29, а также присутствует в его паралоге C21orf58.[20] Этот домен был обнаружен у видов столь же дальних родственников, как Capitella teleta, который отделился от человека 847 миллионов лет назад.[21]

PRR29 Выражение[16]
Род и видРаспространенное имяДата отклонения от человеческой (MYA)[22]Образец белка # [23]Длина последовательности (аа)Идентичность человеческой последовательностиСходство с человеческой последовательностью
Homo sapiensЧеловек0NP_001177958.123611
Nannospalax galiliСлепой землекоп90.9XP_008844796.11810.620.68
Bubalus bubalisБуйвол97.5XP_006041674.12360.560.65
Monodelphis domesticaопоссум163.7XP_007482631.1 |1950.510.62
Aquila chrysaetos canadensisЗолотой орел320XP_011593496.11700.360.48
Анолис каролинскийАноле Ящерица320.5XP_008111611.11860.390.52
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушка355.7NP_001079741.13090.340.49
Эсокс ЛюциусСеверная щука429XP_010873077.11970.480.74
Branchiostoma floridaeланцетник733XP_002603029.113410.370.71
Циона кишечникаЦиона кишечника733XP_009857401.12270.430.67
Capitella teletaCapitella teleta847ELU017495580.370.51
Lottia giganteaСова847XP_009046359.12990.330.54
PRR29 Филогенетическое дерево без корней[24]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000224383 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009210 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d е «PRR29, богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-28.
  6. ^ "PRR29_HUMAN". Uniprot. Получено 28 апреля 2016.
  7. ^ "NCBI Aceview".
  8. ^ «PRR29, богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  9. ^ «Вычислить pI / Mw». SIB Швейцарский институт биоинформатики.
  10. ^ «PRR29 - белок, богатый пролином 29 - Homo sapiens (человек) - ген и белок PRR29». www.uniprot.org. Получено 2016-05-09.
  11. ^ "SDSC Biology Workbench-PELE".
  12. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2016-05-09.
  13. ^ «Серверы прогнозирования CBS». www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-05-09.
  14. ^ Ли Д., Ли С., Сунь И, Дун Х, Ли И, Чжао Б., Го Д., Вэн С., Цю Х. Дж. (Февраль 2013 г.). «Поли (С) -связывающий белок 1, новый N (про) -взаимодействующий белок, участвующий в росте вируса классической чумы свиней». Журнал вирусологии. 87 (4): 2072–80. Дои:10.1128 / JVI.02807-12. ЧВК  3571455. PMID  23221550.
  15. ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2016-04-28.
  16. ^ а б «На главную - GEO Profiles - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  17. ^ "H.sapiens - Целый организм (интегрированный) в PaxDb". pax-db.org. Получено 2016-05-09.
  18. ^ «C21orf58 хромосома 21 открытая рамка считывания 58 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-28.
  19. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-28.
  20. ^ EMBL-EBI, ИнтерПро. «Домен неизвестной функции DUF4587 (IPR027904) . www.ebi.ac.uk. Получено 2016-05-09.
  21. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2016-05-09.
  22. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2016-05-09.
  23. ^ «Национальный центр биотехнологической информации». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  24. ^ "SDSC Biology Workbench-ClustalW".[постоянная мертвая ссылка ]

внешняя ссылка