Индекс классификации пероксиредоксина (PREX ) - это база данных пероксиредоксины (Prxs) классифицируется в одно из шести отдельных подсемейств.[1] Классификация основана на подходе Deacon Active Site Profiling (DASP), который использует оценочную матрицу, зависящую от позиции (PSSM), созданную из выровненных сигнатур (построенных из фрагментов последовательностей, окружающих активные сайты структурно охарактеризованных членов группы Prx) для поиска в базах данных последовательностей.[2] Поиск в PREX интересующих Prx может быть проведен с использованием аннотации белка, номера доступа, идентификатора PDB, названия организма или последовательности белка (с использованием BLAST) для белков Prx, извлеченных из версий GenBank января 2008 г., ноября 2010 г. или октября 2011 г. (более 8000 представлены проверенные последовательности Prx). Выходные данные включают подсемейство, к которому принадлежит каждый классифицированный Prx, номера доступа и GI, род и вид, а также сигнатуру активного сайта, используемую для классификации. Последовательность запросов также представлена выровненной с выбранной группой Prxs для ручной оценки и интерпретации пользователем. Этот ресурс находится в свободном доступе для исследовательского сообщества.
Смотрите также
Рекомендации
внешняя ссылка
