Исследование ассоциации по всему феномену - Phenome-wide association study

В генетике и генетическая эпидемиология, а феномен исследование ассоциации, сокращенно PheWAS, представляет собой дизайн исследования, в котором связь между однонуклеотидные полиморфизмы или другие типы вариантов ДНК тестируются на большом количестве различных фенотипы.[1] Целью исследований PheWAS (или PheWAS) является изучение причинной связи между известными различиями последовательностей и любым типом признака, включая молекулярные, биохимические, клеточные и особенно клинические диагнозы и исходы.[2][3][4] Это дополнительный подход к исследование ассоциации всего генома, или GWAS, методология.[5] Фундаментальное различие между дизайнами GWAS и PheWAS заключается в направлении вывода: в PheWAS это от воздействия (варианта ДНК) до многих возможных результатов, то есть от SNP до различий в фенотипах и риске заболевания. В GWAS полярность анализа - от одного или нескольких фенотипов до многих возможных вариантов ДНК.[6] Этот подход оказался полезным для повторного открытия ранее описанных ассоциаций генотип-фенотип,[2][7] а также в выявлении новых.[8]

Подход PheWAS был первоначально разработан в связи с широкой доступностью анонимных клинических электронная медицинская карта (EHR) данные и данные совпадающего генотипа. В то же время собирались массивные наборы данных о геноме и феномене модельных организмов, которые также оказались эффективными для PheWAS.[9] PheWAS также были проведены с использованием данных из существующих эпидемиологический исследования.[6] В 2010 г. доказательство концепции Исследование PheWAS было опубликовано на основе кодов выставления счетов EHR из одного исследовательского центра.[10] Хотя это исследование в целом было недостаточно мощным, его результаты предполагали потенциальное существование новых ассоциаций между несколькими фенотипами, возможно, из-за общей основной причины. По состоянию на 2016 год это исследование является самым старым PheWAS в связанном с EHR появляться база данных.[6] В этой статье также было введено сокращение «PheWAS».[11] По состоянию на 2019 год PheWAS в EHR проводился с использованием МКБ-9-СМ,[12] МКБ-10, и МКБ-10-СМ[13] коды диагностики.

Рекомендации

  1. ^ Pendergrass, S.A .; Браун-Джентри, К .; Dudek, S.M .; Torstenson, E.S .; Ambite, J.L .; Avery, C.L .; Буйске, С .; Cai, C .; Фесинмейер, доктор медицины (18 мая 2011 г.). «Использование исследований ассоциации в масштабе всего феномена (PheWAS) для изучения новых взаимосвязей генотип-фенотип и открытия плейотропии». Генетическая эпидемиология. 35 (5): 410–422. Дои:10.1002 / gepi.20589. ISSN  0741-0395. ЧВК  3116446. PMID  21594894.
  2. ^ а б Денни, Джошуа С.; Бастараче, Лиза; Роден, Дэн М. (31 августа 2016 г.). «Исследования ассоциаций по всему феномену как инструмент для развития точной медицины». Ежегодный обзор геномики и генетики человека. 17: 353–373. Дои:10.1146 / annurev-genom-090314-024956. ISSN  1545–293X. ЧВК  5480096. PMID  27147087.
  3. ^ Буш, Уильям С .; Oetjens, Matthew T .; Кроуфорд, Дана К. (март 2016 г.). «Распутывание отношений генома человека человека с использованием исследований ассоциации всего феномена». Обзоры природы. Генетика. 17 (3): 129–145. Дои:10.1038 / nrg.2015.36. ISSN  1471-0064. PMID  26875678.
  4. ^ Ван, X .; Панди, А.К .; Mulligan, M.K .; Уильямс, E.G .; Можуй, К .; Ли, З .; Jovaisaite, V .; Quarles, L.D .; Xiao, Z .; Huang, J .; Capra, J.A .; Chen, Z .; Taylor, W.L .; Bastarache, L .; Niu, X .; Pollard, K.S .; Чобану, округ Колумбия; Резник, А.О .; Тишков, А.В .; Жулин И.Б .; Peng, J .; Nelson, S.F .; Denny, J.C .; Auwerx, J .; Уильямс, Р.В. (2 февраля 2016 г.). «Совместная ассоциация человека и мыши для проверки функции генов и риска заболевания». Nature Communications. 7: 10464. Дои:10.1038 / ncomms10464. ЧВК  4740880. PMID  26833085.
  5. ^ Хеббринг, Скотт Дж. (Февраль 2014 г.). «Проблемы, преимущества и будущее исследований ассоциаций в масштабе всего феномена». Иммунология. 141 (2): 157–165. Дои:10.1111 / imm.12195. ISSN  1365-2567. ЧВК  3904236. PMID  24147732.
  6. ^ а б c Буш, Уильям С .; Oetjens, Matthew T .; Кроуфорд, Дана К. (15 февраля 2016 г.). «Распутывание человеческих отношений геном-фен с использованием исследований ассоциации в масштабе всего феномена». Природа Обзоры Генетика. 17 (3): 129–145. Дои:10.1038 / nrg.2015.36. ISSN  1471-0056. PMID  26875678.
  7. ^ Хеббринг, Скотт Дж. (9 января 2014 г.). «Проблемы, преимущества и будущее исследований ассоциаций в масштабе всего феномена». Иммунология. 141 (2): 157–165. Дои:10.1111 / imm.12195. ISSN  0019-2805. ЧВК  3904236. PMID  24147732.
  8. ^ Кронин, Роберт М .; Филд, Джули Р ​​.; Брэдфорд, Юки; Shaffer, Christian M .; Кэрролл, Роберт Дж .; Мосли, Джонатан Д .; Бастараче, Лиза; Эдвардс, Тодд Л .; Хеббринг, Скотт Дж. (2014). «Исследования ассоциации по всему феному, демонстрирующие плейотропию генетических вариантов в пределах FTO с поправкой на индекс массы тела и без нее». Границы генетики. 5: 250. Дои:10.3389 / fgene.2014.00250. ISSN  1664-8021. ЧВК  4134007. PMID  25177340.
  9. ^ Li, H .; Ван, X .; Рукина, Д .; Хуанг, Q .; Lin, T .; Соррентино, В .; Zhang, H .; Sleiman, M.B .; Арендс, Д .; McDaid, A .; Luan, P .; Ziari, N .; Velazeuez-Villegas, L.A .; Гариани, К .; Куталик, З .; Schoonjans, K .; Radcliffe, R.A .; Prins, P .; Morgenthaler, S .; Williams, R.W .; Ауверкс, Дж. (24 февраля 2018 г.). «Интегрированные системы генетики и омики взяли на себя исследование функции генов». Сотовые системы. 6: 90–012. Дои:10.1016 / j.cels.2017.10.016. PMID  29199021.
  10. ^ Денни, Джошуа С.; Ричи, Мэрилин Д .; Basford, Melissa A .; Шкив, Джилл М .; Бастараче, Лиза; Браун-Джентри, Кристин; Ван, Диди; Masys, Dan R .; Роден, Дэн М. (01.05.2010). «PheWAS: демонстрация возможности сканирования всего феномена для выявления ассоциаций генов и болезней». Биоинформатика. 26 (9): 1205–1210. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq126. ISSN  1367-4811. ЧВК  2859132. PMID  20335276.
  11. ^ Роден, Дэн М. (26 марта 2017 г.). «Исследования ассоциаций по всему феному: новый метод функциональной геномики у людей». Журнал физиологии. 595 (12): 4109–4115. Дои:10.1113 / jp273122. ISSN  0022-3751. ЧВК  5471509. PMID  28229460.
  12. ^ Вэй, Вэй-Ци; Bastarache, Lisa A .; Кэрролл, Роберт Дж .; Марло, Джой Э .; Остерман, Трэвис Дж .; Gamazon, Eric R .; Кокс, Нэнси Дж .; Роден, Дэн М .; Денни, Джошуа С. (2017). «Оценка фкодов, программное обеспечение для клинической классификации и коды ICD-9-CM для исследований ассоциаций в масштабе всего феномена в электронной медицинской карте». PLOS One. 12 (7): e0175508. Дои:10.1371 / journal.pone.0175508. ISSN  1932-6203. ЧВК  5501393. PMID  28686612.
  13. ^ Ву, Патрик; Гиффорд, Алия; Мэн, Сянжуй; Ли, Сюэ; Кэмпбелл, Гарри; Варлей, Тим; Чжао, Хуан; Кэрролл, Роберт; Бастараче, Лиза; Денни, Джошуа С.; Теодорату, Европа (2019-11-29). «Сопоставление кодов ICD-10 и ICD-10-CM с Phecodes: разработка рабочего процесса и первоначальная оценка». JMIR Медицинская информатика. 7 (4): e14325. Дои:10.2196/14325. ISSN  2291-9694. ЧВК  6911227. PMID  31553307.

внешняя ссылка