Филоскан - Phyloscan

Филоскан
Разработчики)Центр Wadsworth, Департамент здравоохранения штата Нью-Йорк
изначальный выпуск14 марта 2005 г. (2005-03-14)
Стабильный выпуск
2.2 / 28 января 2010 г. (2010-01-28)
Платформавеб-сервис
Доступно ванглийский
ТипБиоинформатика инструмент
Интернет сайтhttp://ccmbweb.ccv.brown.edu/cgi-bin/phyloscanV2.pl

Филоскан[1][2] это веб-сервис для ДНК анализ последовательности это бесплатно и открыто для всех пользователей (без входа в систему). Для поиска совпадений с указанным пользователем мотив последовательности для нормативного сайт привязки, Phyloscan обеспечивает статистически чувствительный сканирование предоставленных пользователем смешанных выровнен и данные невыровненных последовательностей ДНК. Сила Phyloscan в том, что он объединяет

  • метод Штадена[3] для вычислений Статистическая значимость,
  • функция сканирования «филогенетической модели мотива» программного обеспечения MONKEY[4] который моделирует эволюционные отношения между выровненными последовательностями,
  • использование метода Бейли и Грибскова[5] для комбинирования статистики по данным невыровненной последовательности, и
  • техника Neuwald & Green[6] для объединения статистики по множеству сайтов связывания, обнаруженных в промоторной области одного гена.

Рекомендации

  1. ^ Паламбо, MJ; Ньюберг, Лос-Анджелес (1 июля 2010 г.). «Phyloscan: определение местоположения регулирующих транскрипцию сайтов связывания в смешанных выровненных и невыровненных данных последовательностей». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с веб-сервером): W268 – W274. Дои:10.1093 / nar / gkq330. ЧВК  2896078. PMID  20435683.
  2. ^ Кармак, CS; МакКью, Луизиана; Ньюберг, Луизиана; Лоуренс, CE (23 января 2007 г.). «PhyloScan: идентификация сайтов связывания факторов транскрипции с использованием межвидовых доказательств». Алгоритмы молекулярной биологии. 2 (1): статья 1. Дои:10.1186/1748-7188-2-1. ЧВК  1794230. PMID  17244358.
  3. ^ Staden, R (апрель 1989 г.). «Методы расчета вероятностей нахождения закономерностей в последовательностях». Компьютерные приложения в биологических науках. 5 (2): 89–96. Дои:10.1093 / биоинформатика / 5.2.89. PMID  2720468.
  4. ^ Моисей, AM; Чан, Д.Ю .; Поллард, DA; Айер, В.Н.; Эйзен, МБ (30 ноября 2004 г.). «ОБЕЗЬЯНА: идентификация консервативных сайтов связывания факторов транскрипции в нескольких выравниваниях с использованием эволюционной модели, специфичной для сайта связывания». Геномная биология. 5 (12): R98. Дои:10.1186 / gb-2004-5-12-r98. ЧВК  545801. PMID  15575972.
  5. ^ Бейли, TL; Грибсков, М (лето 1998). «Методы и статистика для объединения оценок совпадения мотивов». Журнал вычислительной биологии. 5 (2): 211–221. Дои:10.1089 / cmb.1998.5.211. PMID  9672829.
  6. ^ Neuwald, AF; Грин, П. (24 июня 1994 г.). «Выявление закономерностей в белковых последовательностях». Журнал молекулярной биологии. 239 (5): 698–712. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1407. PMID  8014990.

внешняя ссылка