Popgenie - Popgenie
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Ресурс сообщества для Populus геном. |
| Организмы | Populus |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Научный центр растений Умео |
| Основное цитирование | Sjödin & al. (2009)[1] |
| Дата выхода | 2008 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://popgenie.org |
| Скачать URL | ftp://popgenie.org/popgenie/ |
| веб-сервис URL | http://api.popgenie.org |
| Инструменты | |
| Интернет | GBrowse, JBrowse, DigitalNintage, efp, ePlant, BLAST, BLAT, Insilico PCR, ExPlot, GOgraph |
| Разное | |
| Лицензия | Лицензия MIT |
| Управление версиями | Populus trichocarpa v1.0 / v2.0 / v3.0 |
| Версия | Populus trichocarpa v3.0 |
PopGenIE (Populus Genome Integrative Explorer) - это интегрированный набор инструментов для изучения геном и транскриптом модельной системы завода Populus.
PopGenie - это модельный организм база данных (MOD), которая объединяет все более обширную коллекцию генетики и геномика данные, созданные научным сообществом на центральном ресурсе. Такие MOD предлагают единую точку входа в коллекцию ресурсов, доступных в модельной системе, обычно включая инструменты для исследования и запроса этих ресурсов. PopGenIE содержит интегрированный набор инструментов, включая геном, синтения и локус количественного признака (QTL) браузеры для исследования генетических данных. Инструменты выражения включают браузер электронных флуоресцентных пиктограмм (eFP), графики профилей экспрессии, совместную регулировку в сопоставленных транскриптомика наборы данных и определение избыточно представленных функциональных категорий и местоположений горячих точек генома. В браузере eFP доступен ряд сопоставленных наборов данных транскриптомики для облегчения функционального исследования функции генов. Предоставляются дополнительные инструменты гомологии и извлечения данных. PopGenIE значительно увеличивает доступность Populus ресурсы по геномике и позволяет исследовать данные транскриптомики без необходимости изучать или понимать сложные методы статистического анализа.
В PopGenIE доступны различные инструменты (ePlant.eXplot, PopNet ...) для анализа биологических данных. PopGenIE также заархивировал свои старые версии. Все инструменты под Лицензия MIT.
Рекомендации
- ^ Sjödin, A; Street, NR; Сандберг, G; Gustafsson, P; Янссон, С. (июнь 2009 г.). "Интегративный исследователь генома Populus (PopGenIE): новый ресурс для изучения генома Populus". Новый Фитолог. 182 (4): 1013–25. Дои:10.1111 / j.1469-8137.2009.02807.x. PMID 19383103.