Праймер ходьба - Primer walking

Праймер ходьба (или направленное секвенирование) - это последовательность действий метод выбора для секвенирования ДНК фрагменты от 1,3 до 7 килобазы. Такие фрагменты слишком длинные, чтобы их можно было секвенировать в одной последовательности, считанной с использованием метод прерывания цепи. Этот метод работает путем разделения длинной последовательности на несколько последовательных коротких. Интересующая ДНК может быть плазмида вставить, а ПЦР продукт или фрагмент, представляющий разрыв при секвенировании генома. Термин «прогулка праймера» используется там, где основной целью является секвенирование генома. Период, термин "хромосомная ходьбавместо этого используется, когда последовательность известна, но отсутствует клон гена. Например, ген заболевания может быть расположен рядом с определенным маркером, таким как RFLP по последовательности.^[1]

Фрагмент сначала секвенируется, как если бы это был более короткий фрагмент. Секвенирование выполняется с каждого конца с помощью универсального грунтовки или специально разработанные. Это должно идентифицировать первые 1000 или около того баз. Чтобы полностью секвенировать интересующую область, дизайн и синтез новых праймеров (дополнительных к последним 20 основаниям известной последовательности) необходимо для получения информации о непрерывных последовательностях.^[2]

Процесс

Общий процесс выглядит следующим образом:

А грунтовка который соответствует началу ДНК последовательности, используется для синтеза короткой цепи ДНК, смежной с неизвестной последовательностью, начиная с праймера (см. ПЦР ).
Новая короткая цепь ДНК секвенируется с использованием метода терминации цепи.
Конец секвенированной цепи используется в качестве праймера для следующей части длинной последовательности ДНК, отсюда и термин «ходьба».

Этот метод можно использовать для секвенирования целых хромосом (отсюда «ходьба по хромосомам»).^[3] Базовая ходьба также послужила основой для развития секвенирование дробовика, который использует случайные праймеры вместо специально выбранных.

Смотрите также

Хромосомный скачок
Посадка хромосомы
Секвенирование дробовика - альтернативный метод, использующий случайные, а не последовательные субцепи.

Рекомендации

^ Канн, Алан (1999). ДНК-вирусы: практический подход. Издательство Оксфордского университета. ISBN 978-0-19-963718-8.
^ Стерки, Фредрик; Лундеберг, Йоаким (2000). «Последовательный анализ генов и геномов» (PDF). Журнал биотехнологии. 76 (1): 1–31. Дои:10.1016 / s0168-1656 (99) 00176-5. PMID 10784293.
^ Чинаолт, А. Крейг; Джон Карбон (февраль 1979 г.). «Скрининг перекрывающейся гибридизации: выделение и характеристика перекрывающихся фрагментов ДНК, окружающих leu2 ген на хромосоме III дрожжей ». Ген. 5 (2): 111–126. Дои:10.1016/0378-1119(79)90097-0. PMID 376402.

Этот молекулярная биология статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[1] Канн, Алан (1999). ДНК-вирусы: практический подход. Издательство Оксфордского университета. ISBN 978-0-19-963718-8.

[2] Стерки, Фредрик; Лундеберг, Йоаким (2000). «Последовательный анализ генов и геномов» (PDF). Журнал биотехнологии. 76 (1): 1–31. Дои:10.1016 / s0168-1656 (99) 00176-5. PMID 10784293.

[3] Чинаолт, А. Крейг; Джон Карбон (февраль 1979 г.). «Скрининг перекрывающейся гибридизации: выделение и характеристика перекрывающихся фрагментов ДНК, окружающих leu2 ген на хромосоме III дрожжей ». Ген. 5 (2): 111–126. Дои:10.1016/0378-1119(79)90097-0. PMID 376402.

[1]

[2]

[3]