Ренессансный вычислительный институт - Renaissance Computing Institute

Ренессансный вычислительный институт (RENCI)
RENCI Europa.jpg
Главный кампус RENCI на Europa Drive, Chapel Hill, NC
Учредил2004
Поле исследований
наука о данных и киберинфраструктура; науки об окружающей среде; биомедицинские и медицинские науки
ДиректорСтэнли С. Ахальт, доктор философии
Место расположенияЧапел-Хилл, Северная Каролина
ПринадлежностиУниверситет Северной Каролины в Чапел-Хилл
Интернет сайтrenci.org

Ренессансный вычислительный институт (RENCI) был запущен в 2004 году как сотрудничество с участием Штат Северная Каролина, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл (UNC-CH), Университет Дьюка, и Университет штата Северная Каролина. RENCI организационно структурирован как исследовательский институт в UNC-CH, а его главный кампус расположен в Чапел-Хилл, Северная Каролина, в нескольких милях от кампуса UNC-CH. RENCI имеет центры взаимодействия в UNC-CH, Университете Дьюка (Дарем) и Университете штата Северная Каролина (Роли).

Директором-основателем RENCI был Дэниел А. Рид; Стэнли С. Ахальт - нынешний директор. В RENCI работает более 80 сотрудников.

Заявление о миссии

Текущая миссия RENCI: «разрабатывать и внедрять передовые технологии, чтобы сделать возможным исследовательские открытия и практические инновации».[1] RENCI выполняет свою миссию, сотрудничая с академическими исследователями, государственными политиками и лидерами отрасли, участвуя в исследованиях и разработках, направленных на решение важнейших задач в нескольких основных областях: наука о данных и киберинфраструктура; науки об окружающей среде; и биомедицинские науки и науки о здоровье.

История

RENCI была основана в январе 2004 года доктором философии Дэниелом А. Ридом при финансовой поддержке штата Северная Каролина, UNC-CH, Университета штата Северная Каролина и Университета Дьюка.[2][3] Доктор Рид ранее занимал пост директора Национальный центр суперкомпьютерных приложений (NCSA), главный архитектор Национальный фонд науки (NSF) TeraGrid инициативы, а также член консультативного комитета при президенте по информационным технологиям. В мае 2004 года Алан Блатецки присоединился к RENCI в качестве заместителя директора. Г-н Блатецки ранее занимал должность исполнительного директора Суперкомпьютерный центр Сан-Диего и руководитель инициативы NSF Middleware.

Первоначальная миссия RENCI заключалась в следующем:

служить междисциплинарным институтом, объединяющим академические круги, торговлю и общество, для обогащения и расширения человеческого потенциала, создания межведомственных партнерств, а также разработки и развертывания ведущей в мире вычислительной инфраструктуры.

В декабре 2005 года RENCI получил 5,9 млн долларов в виде финансирования от штата Северная Каролина на 2005-2006 финансовый год и 11,8 млн долларов в виде регулярных средств на «поддержку персонала, компьютерные операции и оборудование». Это финансирование было критически важным для RENCI, поскольку оно разработало инфраструктуру штата для создания виртуальной организации и использования этой инфраструктуры и опыта сотрудников RENCI для участия в проектах, финансируемых из федерального бюджета, представляющих интерес для штата. Первоначальное внимание RENCI было сосредоточено на применении кибер-технологий и расширенной аналитики для планирования, смягчения последствий и реагирования на прибрежные бедствия. С тех пор RENCI участвует в различных партнерских отношениях по всей Северной Каролине и по всей стране. Эти партнерства принесли многочисленные федеральные гранты, что обеспечило организации дополнительный поток доходов.

В 2007 году в RENCI произошла смена руководства с уходом доктора Рида и назначением г-на Блатецки временным директором. За это время RENCI реализовала свой первый процесс стратегического планирования. Процесс привел к пересмотренному заявлению о миссии:

Renaissance Computing Institute, мультиинституциональная организация, объединяющая многопрофильных экспертов и передовые технологические возможности для решения актуальных исследовательских проблем и поиска решений сложных проблем, влияющих на качество жизни в Северной Каролине, нашей стране и во всем мире.

В 2009 году на должность директора был назначен доктор философии Стэнли С. Ахальт. Доктор Ахальт ранее занимал должность исполнительного директора Суперкомпьютерный центр Огайо (OSC) и был профессором кафедры электротехники и вычислительной техники в Государственный университет Огайо (ОГУ). По прибытии в RENCI д-р Ахальт получил совместное назначение профессором факультета компьютерных наук UNC-CH.

Ашок Кришнамурти, доктор философии, был назначен заместителем директора в феврале 2013 года. Д-р Кришнамурти ранее был директором по исследованиям и научным разработкам OSC и доцентом кафедры компьютерной и электротехнической инженерии ОГУ.

Под руководством д-ра. Ахалт и Кришнамурти, RENCI расширила штат сотрудников, количество внешних партнеров и расширила масштабы деятельности. Было запущено несколько ключевых партнерств и инициатив. Первый - это партнерство со Школой медицины при UNC-CH по Национальные институты здоровья (NIH) Награда за Центр трансляционных и клинических наук, которая привела к созданию в 2008 году Института трансляционных и клинических наук Северной Каролины (NC TraCS). Доктора Ахалт и Кришнамурти являются директором и со-директором, соответственно, Службы биомедицинской информатики NC TraCS. Вторым ключевым мероприятием стало создание Института программного обеспечения для науки о воде (WSSI), который был основан RENCI и Национальным центром социально-экологического синтеза (SESYNC) в сентябре 2012 года. Третьим ключевым мероприятием стало создание Национального консорциума for Data Science (NCDS) в феврале 2013 года. NCDS находится в RENCI и включает в себя членов из академических кругов, промышленности и правительства. Наконец, четвертым ключевым мероприятием стало учреждение Консорциума iRODS в декабре 2014 года. Консорциум iRODS также имеет штаб-квартиру в RENCI и включает в себя различных международных членов.

Текущее руководство

  • Стэнли С. Ахальт, директор
  • Ашок Кришнамурти, заместитель директора
  • Джей Айкат, главный операционный директор
  • Илья Балдин, директор по сетевым исследованиям и инфраструктуре
  • Брайан Блэнтон, директор отдела наук о Земле
  • Джейсон Копоски, исполнительный директор консорциума iRODS
  • Роб Фаулер, директор по высокопроизводительным вычислениям
  • Рэй Идашак, директор DevOps
  • Рик Люеттич, главный научный сотрудник по прибрежным моделям
  • Ли Шенли, соисполнитель Южного центра больших данных
  • Марцин Сливовски, менеджер по ИТ киберинфраструктуры
  • Кирк С. Вильгельмсен, главный научный сотрудник в области геномики и директор инициатив в области биомедицинских исследований

Ключевые направления исследований и разработок и технологии

Наука о данных и киберинфраструктура

RENCI имеет ряд активных исследовательских программ, направленных на разработку и развертывание передовых вычислительных и сетевых возможностей. Многие из полученных технологий имеют открытый исходный код. Например, открытый исходный код ExoGENI (Экзоглобальная среда для сетевых инноваций) разрабатывается в рамках финансируемой NSF инициативы GENI.[4][5] ExoGENI функционирует как объединенная облачная платформа «Сетевая инфраструктура как услуга» (NIaaS) для динамического предоставления сетевых ресурсов, хранилищ и вычислительных ресурсов. АДАМАНТ (Adaptive Data-Aware Multi-domain Application Network Topologies), также финансируемая NSF, основана на ExoGENI. АДАМАНТ объединяет Pegasus (управление рабочим процессом) и HT Condor система научного документооборота с платформой ExoGENI NIaaS для организации выполнения крупномасштабных научных рабочих процессов через распределенное облако или традиционные высокопроизводительные вычислительные ресурсы. iRODS (интегрированная система данных, ориентированная на правила) была разработана центрами Data Intensive Cyber ​​Environments (DICE) в UNC-CH и Калифорнийский университет в Сан-Диего и в настоящее время поддерживается RENCI. iRODS - это технология промежуточного программного обеспечения с открытым исходным кодом, предназначенная для обеспечения контроля на основе политик над доступом к данным, их перемещением, использованием и архивированием на географических сайтах, разрозненных технологиях хранения и множестве групп пользователей, каждая из которых имеет различные политики доступа к данным и их использования.[6][7][8][9] РАДИЙ (Ресурсо-ориентированная инфраструктура для совместной работы, ориентированная на данные; веб-ссылка) интегрирует ORCA (Open Resource Control Architecture) от GENI с iRODS для динамического предоставления распределенной облачной инфраструктуры для многоинституционального сотрудничества в области исследований на основе данных. RADII выполняет это с помощью программного обеспечения, разработанного для моделирования данных исследований и отображения элементов данных, вычислений и хранилищ на базовой физической инфраструктуре iRODS. DataBridge стремится предоставить многомерную социометрическую сетевую систему для обмена коллекциями длинных данных.[10][11][12] DataBridge - это инструмент для совместной работы с открытым исходным кодом, который позволяет ученым исследовать доступные наборы данных и соответствующие алгоритмы, а также определять семантические мосты для связи и доступа к различным наборам данных в социометрической сети.

Экологические науки

Многие проекты RENCI в области наук об окружающей среде сосредоточены на гидрология, прибрежные штормовые нагоны и современное моделирование для обеспечения готовности к стихийным бедствиям. ADCIRC это модель программного обеспечения с открытым исходным кодом, которая применяет расширенную аналитику к множеству источников и типов данных (например, наборов гидрологических данных, наборов атмосферных данных, данных прогноза тропических штормов, Географическая информационная система данные и т. д.), чтобы в режиме реального времени с высоким разрешением прогнозировать воздействие прибрежных штормовых нагонов и наводнений после ураганов и связанных с ними событий.[13][14] В сотрудничестве с исследователями из Центра устойчивости прибрежных районов UNC и Национальный центр ураганов, ADCIRC разрабатывается как прибрежная система прогнозирования для помощи в планировании бедствий на уровне штата и на федеральном уровне и поддержке принятия решений. EarthCube - это инициатива, финансируемая NSF, которая направлена ​​на «разработку в течение следующего десятилетия основы для помощи исследователям в понимании и предсказании земной системы от Солнца до центра Земли».[15][16] EarthCube разрабатывается как открытая динамическая киберинфраструктура, позволяющая управлять сообществом обмен данными по наукам о Земле, включая наука об океане, полярные исследования, атмосферные науки, геопространство, информатика и другие области. HydroShare поддерживается CUAHSI (Консорциум университетов по развитию гидрологической науки Inc.), финансируемым NSF, и разрабатывается как открытая киберинфраструктура для сотрудничества в области гидрологии.[17][18][19] HydroShare позволяет ученым-водникам идентифицировать и извлекать наборы данных, связанных с водой, и связанные с ними алгоритмы и модели, а затем анализировать и вычислять данные с использованием распределенной вычислительной среды, которая включает облако на основе сетки и возможности высокопроизводительных вычислений и хранения.

Биомедицинские и медицинские науки

Основным направлением работы RENCI в области биомедицины и здравоохранения является клиническая геномика. RENCI работает с NC TraCS, Комплексным онкологическим центром Линебергера в UNC-CH и Отделом информационных технологий и вычислительной техники UNC для разработки и внедрения технологий для поддержки технологий геномного секвенирования следующего поколения, таких как секвенирование всего генома (WGS) и секвенирование всего экзома. (WES). Эти технологии включают GMW (Генетический медицинский рабочий процесс) Engine, который частично финансировался NIH и обеспечивает сквозной сбор, анализ, проверку и отчетность по данным WGS и WES. GMW Engine спроектирован как архитектура с открытым исходным кодом, которая координирует рабочие процессы, вспомогательные рабочие процессы, образцы, данные и людей для поддержки всех аспектов исследования геномики и клинического применения, от первоначального посещения пациента до отчетности по результатам генома под руководством врача.[20] MapSeq (Masively Parallel Sequencing) - это сервис-ориентированная архитектура (SOA) на основе подключаемых модулей с открытым исходным кодом, которая обеспечивает безопасное управление и выполнение сложных последующих вычислительных и аналитических шагов, связанных с высокопроизводительным геномным секвенированием и другими приложениями, интенсивно использующими данные.[21] MaPSeq и его родственная технология GATE (Grid Access Triage Engine) построены на основе Апач Караф и вместе предоставляют расширяемые возможности для последующего анализа геномных данных и других больших наборов данных, включая выполнение и управление конвейером рабочих процессов, метапланирование заданий рабочего процесса, гибкое использование вычислительных ресурсов, безопасную передачу данных и доступ клиентов через Интернет. ХОЛСТ (Магазин аннотаций вариантов CAroliNa) и AnnoBot (Annotation Bot) работают вместе, чтобы предоставлять аннотации и метаданные с контролем версий для данных о геномных вариантах, чтобы поддерживать актуальную клиническую интерпретацию геномных вариантов и, таким образом, направлять принятие клинических решений.[22] CANVAS разработан как открытый, реляционный PostgreSQL реляционная база данных, в которой хранятся данные о вариантах генома с соответствующими аннотациями и метаданными. AnnoBot состоит из модулей Python и кода программного драйвера, настроенного для обеспечения автоматического мониторинга и извлечения внешних источников данных для обновлений аннотаций. ЧАТ (Convergent Haplotype Association Tagging) - это программный алгоритм, который позволяет идентифицировать умеренно пенетрантные геномные варианты с использованием кросс-популяционных генетических структур. CHAT использует алгоритм, основанный на теории графов, для определения фазы гаплотипа популяции неродственных индивидов путем: определения подмножеств индивидов, которые разделяют область генома через происхождение; а затем создание консенсусного гаплотипа для общей области.[23] В SMW (Secure Medical Workspace) обеспечивает безопасную среду для доступа к конфиденциальным данным пациента для оказания клинической или медицинской помощи. Совет по институциональному обзору –Утвержденные клинические исследования.[24][25] Архитектура SMW с открытым исходным кодом использует технологию виртуализации (т. Е. VMWare ) и технологии защиты от утечки данных (DLP) (т. е. WebSense ) для создания безопасного виртуального рабочего пространства в сочетании с возможностью предотвратить (или разрешить с помощью проверки и проверки персоналом информационных технологий) физическое удаление данных из центральной безопасной среды хранения.

Институты и консорциумы

RENCI был пионером в создании национального института, WSSI, и двух крупных консорциумов, iRODS Consortium и NCDS.

WSSI

WSSI, финансируемая NSF, была создана в сентябре 2012 года в результате сотрудничества между RENCI и SESYNC. Миссия WSSI состоит в том, чтобы «активизировать и ускорить развитие новой трансформирующей науки о воде путем одновременного преобразования как культуры программного обеспечения, так и культуры исследований сообщества специалистов по воде».[26][27] Когда он будет полностью введен в действие, WSSI будет работать в рамках модели открытого взаимодействия с сообществом, которая объединит несколько инициатив, финансируемых NSF (центры синтеза, экологические обсерватории, институты устойчивого развития программного обеспечения и т. Д.), Для извлечения данных, идей, теорий и методов. и тем самым предоставлять синтетическую информацию для решения проблем науки о воде, которые нельзя решить с помощью традиционных дисциплинарных методов. Деятельность WSSI сосредоточена на развитии открытого сообщества и продвижении гибкой разработки программного обеспечения с открытым исходным кодом для ускорения исследований в области науки о воде. В дополнение к RENCI и SESYNC в настоящее время членами являются Институт окружающей среды при UNC-CH, Университет Иллинойса Урбана-Шампейн, университет Мичигана, Университет Мэриленда, NCSA, Красная шляпа, Национальное управление океанических и атмосферных исследований, и IBM.

НИЗ

NCDS была создана RENCI в феврале 2013 года как государственно-частное партнерство ведущих университетов, государственных и некоммерческих агентств и предприятий, посвященное развитию науки о данных, которую NCDS определяет как «систематическое исследование организации и использования цифровых технологий». данные, чтобы ускорить обнаружение, улучшить процессы принятия важных решений и обеспечить экономику, основанную на данных ".[28] Миссия NCDS - «обеспечить основу, необходимую для продвижения исследований в области науки о данных, образования и экономических возможностей». NCDS работает над достижением этой миссии, обеспечивая интеллектуальное лидерство и проводя многочисленные семинары, стипендии академических и отраслевых преподавателей, серию летних коротких курсов Data Matters, карьерные мероприятия студентов, приглашенные доклады и встречи на высшем уровне. Кроме того, NCDS спонсирует обсерваторию данных, которая обеспечивает общую объединенную инфраструктуру для обмена данными и вычислений. NCDS также сотрудничает с многочисленными региональными проектами в области науки о данных, включая Datapalooza, Triangle Open Data Day, Pearl Hacks, Data4Decisions, Analytics Forward UnConference и другие. По состоянию на июнь 2015 года в состав NCDS входят 15 организаций-членов, 8 из которых расположены в Северной Каролине, а 4 транснациональные компании имеют сильное присутствие в Парк Исследований Треугольника, NC область.

Консорциум iRODS

Консорциум iRODS был основан RENCI в декабре 2014 года, его штаб-квартира находится в RENCI, как и основная команда разработчиков iRODS. Миссия консорциума - «обеспечить устойчивость интегрированной системы данных, ориентированных на правила (iRODS), и способствовать ее внедрению и дальнейшему развитию».[29] Для достижения своей миссии консорциум работает над разработкой стандартов для технологии iRODS с открытым исходным кодом и ее будущим развитием, продвигает достижения этой технологии и расширяет базу пользователей. Консорциум также поддерживает разработку критически важной производственной версии iRODS (в настоящее время v4.1). В консорциум iRODS входят различные члены организаций пользователей iRODS со всего мира. В настоящее время членами консорциума являются RENCI, центры DICE в UNC-CH и Калифорнийский университет в Сан-Диего, Сети DataDirect, Seagate Technology, Wellcome Trust Sanger Institute, Cleversafe, Корпорация EMC (EMC2), IBM и Центр данных по атмосферным наукам НАСА.

Рекомендации

  1. ^ Веб-сайт RENCI, renci.org.
  2. ^ Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. (2004-2010). Годовые финансовые отчеты. Чапел-Хилл, Северная Каролина: Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Доступны на: http://research.unc.edu/offices/vice-chancellor/about/annual-reports.
  3. ^ Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. (2011-2014). Комплексные годовые финансовые отчеты. Чапел-Хилл, Северная Каролина: Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Доступны на: http://finance.unc.edu/reports-and-data/financial-statements-archive.
  4. ^ Балдин, И., Рут, П., Синь, Ю., Мандал, А., Чейз, Дж., Тилсон, Дж., И Прасад. С. (2013). Видения будущего Интернета: пример ExoGENI. RENCI / NCDS, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл, Чапел-Хилл, Северная Каролина, США. Дои:10.7921 / G0CC0XM1.
  5. ^ Балдин, И., Синь, Ю., Мандал, А., Рут, П., Хеерман, К., и Чейз, Дж. (2012). ExoGENI: стенд для тестирования многодоменной инфраструктуры как услуги. Материалы 8-й Международной конференции ИККТ по ​​испытательным полигонам и исследовательским инфраструктурам для развития сетей и сообществ (TridentCom). Доступны на: https://www.cs.duke.edu/~chase/exogeni.pdf.
  6. ^ Rajasekar, A .; Moore, R .; Hou, C .; Lee, C.A .; Marciano, R .; де Торси, А .; Ван, М .; Schroeder, W .; Chen, S .; Gilbert, L .; Tooby, P .; Чжу, Б. (2010a). «iRODS Primer: интегрированная система данных, ориентированная на правила». Сводные лекции по информационным концепциям, поиску и услугам. 2 (1): 1–143. Дои:10.2200 / s00233ed1v01y200912icr012.
  7. ^ Раджасекар А., Мур Р., Ван М., Шредер В. и Хасан А. (2010b). Применение правил как политик для обмена крупномасштабными данными. Интеллектуальные системы, моделирование и имитация (СМИБ), Международная конференция по интеллектуальным системам, моделированию и симуляции, 2010 г. Доступны на: http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=5416072.
  8. ^ Шмитт, К., Вильгельмсен, К., Кришнамурти, А., Ахальт, С., Фечо, К. (2013b). Безопасность и конфиденциальность в эпоху больших данных: iRODS, технологическое решение проблемы внедрения политик и процедур безопасности и конфиденциальности. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Доступны на: http://www.renci.org/wp-content/uploads/2014/02/0313WhitePaper-iRODS.pdf.
  9. ^ Фортнер, Б., Ахальт, С., Копоски, Дж., Фечо, К., Кришнамурти, А., Мур, Р., Раджасекар, А., Шмитт, К., и Шредер, В. (2014). Управляйте своими данными: iRODS, интегрированная система данных, ориентированная на правила. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Доступны на: http://renci.org/wp-content/uploads/2014/07/0214WhitePaper-iRODS-2-FINAL-v6.pdf.
  10. ^ Раджасекар, А., Кум, Х., Кросас, М., Крэбтри, Дж., Шанкаран, С., Ландер, Х., Карси, Т., Кинг, Г., и Жан, Дж. (2013a). DataBridge. Научный журнал, ASE. Доступны на: http://databridge.web.unc.edu/files/2013/01/DataBridge_Journal_Final.pdf.
  11. ^ Раджасекар, А., Шанкаран, С., Ландер, Х., Карси, Т., Крэбтри, Дж., Кум, Х., Кросас, М., Кинг, Г., и Жан, Дж. (2013b). Социометрические методы анализа релевантности научных данных "длинного хвоста". Международная конференция ASE / IEEE по большим данным. Доступны на: http://databridge.web.unc.edu/files/2013/01/Databridge-ConferenceVersion-final.pdf.
  12. ^ Крэбтри, Дж. (2013). DataBridge: создание инструмента для совместной работы в электронной науке для объединения различных наборов данных в социометрическую сеть. IASSIST 2013. Доступно по адресу: http://databridge.web.unc.edu/files/2013/07/IASSIST2013DataBridgeFinal.ppt.
  13. ^ Luettich, R.A., Westerink, J. J., & Scheffner, N. W. (1992). ADCIRC: Расширенная трехмерная модель циркуляции для шельфовых побережий и эстуариев, Отчет 1: Теория и методология ADCIRC-2DDI и ADCIRC-3DL. Технический отчет Программы исследований дноуглубительных работ DRP-92-6. Экспериментальная станция водных путей армии США, Виксбург, штат Массачусетс. Доступны на: http://www.dtic.mil/dtic/tr/fulltext/u2/a261608.pdf.
  14. ^ Westerink, J .; Luettich, R .; Feyen, J .; Аткинсон, Дж .; Dawson, C .; Робертс, H .; Powell, M .; Dunion, J .; Кубатко, Э .; Пуртахери, Х. (2008). «Модель неструктурированной сети в масштабе от бассейна до канала и штормовых нагонов, применяемая в Южной Луизиане». Ежемесячный обзор погоды. 136 (3): 833–864. Bibcode:2008MWRv..136..833W. Дои:10.1175 / 2007MWR1946.1.
  15. ^ Карон, Б. (2011). Технический документ по управлению EarthCube: получение ожидаемой отдачи от инвестиций EarthCube в строительство сообществ и демократическое управление. Институт исследований новых медиа, Санта-Барбара, Калифорния. Доступны на: http://semanticommunity.info/@api/deki/files/13792/=004_Caron.pdf.
  16. ^ Гиль, Ю., Чан, М., Гомес, Б., и Карон, Б. (2014). EarthCube: прошлое, настоящее и будущее. Отчет по проекту EarthCube. EC, 3. Доступно по адресу: http://earthcube.org/file/3616/download?token=bVernkf4.
  17. ^ Tarboton, DG, Idaszak, R., Horsburgh, JS, Heard, J., Ames, D., Goodall, JL, Band, LE, Merwade, V., Couch, A., Arrigo, J., Hooper, R. , Валентин, Д., и Мэйдмент, Д. (2014a). Ресурсоцентрический подход к развитию сотрудничества посредством обмена гидрологическими данными и моделями. 11-я Международная конференция по гидроинформатике, HIC 2014, Нью-Йорк, США. Доступны на: http://www.hic2014.org/proceedings/bitstream/handle/123456789/1539/1566.pdf?sequence=1&isAllowed=y.
  18. ^ Тарботон, Д.Г., Идашак, Р., Хорсбург, Дж. С., Херд, Дж., Эймс, Д., Гудол, Дж. Л., Бэнд, Л. Е., Мервэйд, В., Коуч, А., Арриго, Дж., Хупер, Р. , Валентин Д. и Мейдмент Д. (2014b). HydroShare: развитие сотрудничества посредством обмена гидрологическими данными и моделями. В Д. П. Эймсе, Н. В. Т. Куинне и А. Э. Риццоли (редакторы), Труды 7-го Международного конгресса по экологическому моделированию и программному обеспечению. Сан-Диего, Калифорния: Международное общество экологического моделирования и программного обеспечения (iEMS). ISBN  978-88-9035-744-2. http://www.iemss.org/sites/iemss2014/papers/iemss2014_submission_243.pdf.
  19. ^ Херд, Дж., Тарботон, Д., Идашак, Р., Хорсбург, Дж., Эймс, Д., Бедиг, А., Кастронова, А.М., Коуч, А., Дэш, П., Фрисби, К., Ган , Т., Гудолл, Дж., Джексон, С., Ливингстон, С., Мейдмент, Д., Мартин, Н., Майлз, Б., Миллс, С., Сэдлер, Дж., Валентайн, Д., & Чжао, Л. (2014). Обзор архитектуры Hydroshare, гидрологической информационной системы нового поколения. 11-я Международная конференция по гидроинформатике, HIC 2014, Нью-Йорк, США. Доступны на: http://www.hic2014.org/proceedings/bitstream/handle/123456789/1536/1562.pdf?sequence=1&isAllowed=y.
  20. ^ Оуэн, П., Ахальт, С., Берг, Дж., Койл, Дж., Эванс, Дж., Фечо, К., Гиллис, Д., Шмитт, К., Янг, Д., Вильгельмсен, К. ( 2014): Технологии для геномной медицины: GMW, механизм генетического медицинского обслуживания. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Дои:10.7921.G0KW5CXC. Доступны на: http://renci.org/technical-reports/tr-14-02-the-gmw-a-genetic-medical-workflow-engine.
  21. ^ Рейли, Дж., Ахальт, С., Фечо, К., Джонс, К., Макги, Дж., Роуч, Дж., Шмитт, К., и Вильгельмсен, К. (2014). Технологии геномной медицины: MaPSeq, менеджер вычислительных и аналитических рабочих процессов для нисходящего геномного секвенирования. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Дои:10.7921.G0VD6WCF. Доступны на: http://renci.org/technical-reports/mapseq-computational-and-analytical-workflow-manager.
  22. ^ Бизон, К., Ахальт, С., Фечо, К., Нассар, Н., Шмитт, К., Скотт, Е., и Вильгельмсен, К. (2014). Технологии для геномной медицины: CANVAS и AnnoBot, решения для аннотации геномных вариантов. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Дои:10.7921.G0QN64N3. Доступны на: http://renci.org/technical-reports/tr-14-04-canvas-and-annobot-solutions-for-genomic-variant-annotation.
  23. ^ Уэбб, А. Э. (2011). Анализ сцепления, ассоциации и гаплотипов: спектр подходов к выяснению генетических влияний сложных человеческих черт (докторская диссертация). Получено из электронного сборника диссертаций и диссертаций UNC. (cdm 3992)
  24. ^ Шмитт, К., Шоффнер, М., Оуэн П., Ван, X., Ламм, Б., Мостафа, Дж., Баркер, М., Кришнамурти, А., Вильгельмсен, К., Ахальт, С., и Фечо, К. (2013a). Безопасность и конфиденциальность в эпоху больших данных: SMW, технологическое решение проблемы утечки данных. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл. Доступны на: http://www.renci.org/wp-content/uploads/2014/02/0213WhitePaper-SMW.pdf.
  25. ^ Шоффнер, М .; Owens, P .; Mostafa, J .; Lamm, B .; Ван, X .; Schmitt, C.P .; Ахалт, С. П. (2014). «Безопасное рабочее пространство для медицинских исследований: ИТ-инфраструктура для безопасного исследования клинических данных». Клиническая и трансляционная наука. 6 (3): 222–225. Дои:10.1111 / cts.12060. ЧВК  3682797. PMID  23751029.
  26. ^ Ахальт, С., Минскер, Б., Тиман, М., Бэнд, Л., Палмер, М., Идашак, Р., Ленхард, К., и Уиттон, М. (2013). Институт программного обеспечения для науки о воде: процесс взаимодействия с открытым исходным кодом. Труды 5-го Международного семинара по программной инженерии для вычислительной науки и техники, 40-47. Доступны на: http://waters2i2.org/documents/2013/05/water-science-software-institute-an-open-source-engagement-approach.pdf.
  27. ^ Ленхардт, В.К., Ахальт, С., Джонс, М., Аукема, Дж., Хэмптон, С., Идашак, Р., Ребих-Хеспан, С., и Шилдхауэр, М. (2014). ISEES-WSSI Уроки программного обеспечения для устойчивой науки от Института раннего профессионального обучения по синтезу открытой науки. фигшер. Доступны на: http://files.figshare.com/1796332/ISEES_WSSI_TrainingInst_REV_20141115.pdf.
  28. ^ Ахальт, К.С., Бизон, К., Эванс, Дж., Эрлих, Ю., и Гинсбург, Г.С., Кришнамурти, А., Ланге, Л., Мальтби, Д., Масис, Д., Шмитт, К., Вильгельмсен , К. (2014). Данные к открытию: геномы к здоровью. Белая книга Национального консорциума по науке о данных. RENCI, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл, Чапел-Хилл, Северная Каролина, США. Доступно по адресу: doi: 10.7921.G03X84K4. Доступны на: http://data2discovery.org/dev/wp-content/uploads/2014/02/NCDS-Summit-2013.pdf.
  29. ^ Консорциум iRODS. По законам. 1 декабря 2014 г. Доступно по адресу: http://irods.org/wp-content/uploads/2014/12/iRODS_ByLaws_V1120114.pdf.

внешняя ссылка

Координаты: 35 ° 56′22 ″ с.ш. 79 ° 01′08 ″ з.д. / 35.939561 ° с.ш. 79.018753 ° з.д. / 35.939561; -79.018753