Архивирование данных исследований - Research data archiving

Архивирование данных исследований это длительное хранение научных исследований данные, включая естественные науки, социальные науки и науки о жизни. Различные академические журналы имеют разную политику в отношении того, сколько своих данных и методов исследователи должны хранить в общедоступном архиве, а то, что фактически заархивировано, сильно различается в зависимости от дисциплины. Точно так же основные организации, предоставляющие гранты, по-разному относятся к публичному архивированию данных. В целом, научная традиция заключается в том, что публикации содержат достаточно информации, чтобы позволить коллегам-исследователям воспроизвести и, следовательно, проверить результаты исследования. В последние годы этот подход становится все более натянутым, поскольку исследования в некоторых областях зависят от больших наборов данных, которые нелегко воспроизвести независимо.

В одних областях архивирование данных важнее, чем в других. В некоторых полях все данные, необходимые для воспроизведения работы, уже доступны в журнальной статье. При разработке лекарств создается большой объем данных, которые необходимо архивировать, чтобы исследователи могли убедиться, что отчеты, публикуемые фармацевтическими компаниями, точно отражают эти данные.

Требование архивирования данных - недавняя разработка в история науки. Это стало возможным благодаря достижениям в информационные технологии позволяя хранить большие объемы данных и получать к ним доступ из центральных мест. Например, Американский геофизический союз (AGU) приняли свою первую политику в отношении архивирования данных в 1993 году, примерно через три года после начала WWW.[1] Эта политика требует, чтобы наборы данных, цитируемые в документах AGU, архивировались в признанном центре обработки данных; он позволяет создавать "информационные бюллетени"; и устанавливает роль AGU в поддержании архивов данных. Но он не требует от авторов статей архивировать свои данные.

Перед организованным архивированием данных исследователи, желающие оценить или воспроизвести статью, должны будут запросить данные и информацию о методах у автора. Академическое сообщество ожидает от авторов делиться дополнительными данными. Этот процесс был признан расточительным по времени и энергии и дал неоднозначные результаты. Информация может быть утеряна или повреждена с годами. В некоторых случаях авторы просто отказываются предоставить информацию.

Потребность в архивировании данных и должной осмотрительности значительно возрастает, когда исследования касаются вопросов здравоохранения или формирования государственной политики.[2][3]

Избранные политики по журналам

Биотропика

Биотропика требует в качестве условия публикации, чтобы данные, подтверждающие результаты в статье, и метаданные, описывающие их, были заархивированы в соответствующем общедоступном архиве, таком как Дриада, Фигшер, GenBank, TreeBASE, или же NCBI. Авторы могут решить сделать данные общедоступными, как только статья будет опубликована, или, если технология архива позволяет, запретить доступ к данным в течение трех лет после публикации статьи. Заявление с описанием доступности данных будет включено в рукопись, как описано в инструкциях для авторов. Исключения из обязательного архивирования данных могут быть предоставлены по усмотрению главного редактора для исследований, которые включают конфиденциальную информацию (например, местонахождение исчезающих видов). Нашу редакцию, объясняющую мотивацию этой политики, можно найти здесь. Доступен более полный список репозиториев данных. здесь.Поощрение культуры сотрудничества с исследователями, которые собирают и архивируют данные: Данные, собираемые тропическими биологами, часто являются долгосрочными, сложными и дорогостоящими для сбора. Совет редакции Биотропика настоятельно рекомендует авторам, которые повторно используют архивы данных заархивированные наборы данных, включать в качестве полностью вовлеченных сотрудников ученых, которые первоначально их собрали. Мы считаем, что это значительно повысит качество и влияние результирующего исследования, опираясь на глубокое понимание сборщика данных естественной истории системы исследования, уменьшая риск ошибок в новом анализе и стимулируя междисциплинарный и кросс-культурный подход. сотрудничество и обучение, для которых ATBC и Биотропика широко признаны.

NB: Биотропика является одним из двух журналов, которые платят гонорары авторам, размещающим данные в Dryad.

Американский натуралист

Американский натуралист требует от авторов депонировать данные, связанные с принятыми статьями, в публичный архив. Для данных о последовательности генов и филогенетических деревьев отложение в GenBank или же TreeBASE, соответственно, требуется. Существует множество возможных архивов, которые могут соответствовать определенному набору данных, включая Дриада хранилище данных по экологической и эволюционной биологии. Все регистрационные номера для GenBank, TreeBASE и Dryad должны быть включены в принятые рукописи, прежде чем они попадут в производство. Если данные хранятся где-то еще, укажите ссылку. Если данные взяты из опубликованной литературы, пожалуйста, поместите сопоставленные данные в Dryad для удобства ваших читателей. Любые препятствия для обмена данными должны быть доведены до сведения редакции во время подачи, чтобы можно было разработать соответствующие меры.[4]

Журнал наследственности

Первичные данные, лежащие в основе выводов статьи, имеют решающее значение для проверяемости и прозрачности научного предприятия и должны сохраняться в пригодной для использования форме на десятилетия в будущем. По этой причине, Журнал наследственности требует, чтобы новые сообщенные нуклеотидные или аминокислотные последовательности и структурные координаты были отправлены в соответствующие общедоступные базы данных (например, GenBank; База данных нуклеотидных последовательностей EMBL; База данных ДНК Японии; то Банк данных белков ; и Swiss-Prot ). Регистрационный номер должен быть включен в окончательную версию рукописи. Для других форм данных (например, микросателлитные генотипы, карты связей, изображения) Журнал поддерживает принципы Совместной политики архивирования данных (JDAP), поощряющие всех авторов архивировать первичные наборы данных в соответствующем общедоступном архиве, таком как Dryad, TreeBASE. или Сеть знаний по биокомплексности. Авторам рекомендуется сделать данные общедоступными во время публикации или, если позволяет технология архива, выбрать запрет на доступ к данным на период до года после публикации. Американская генетическая ассоциация также признает огромные инвестиции отдельных лиц. исследователи в области создания и обработки больших наборов данных. Следовательно, мы рекомендуем уважать эти инвестиции во вторичный анализ или метаанализ в духе доброжелательного сотрудничества.

— oxfordjournals.org[5]

Молекулярная экология

Молекулярная экология ожидает, что данные, подтверждающие результаты в документе, должны быть заархивированы в соответствующем публичном архиве, таком как GenBank, Омнибус экспрессии генов, TreeBASE, Dryad, Сеть знаний по биокомплексу, ваше собственное учреждение или репозиторий спонсора, или в качестве вспомогательной информации на веб-сайте Molecular Ecology. Данные являются важным продуктом научного предприятия, и их следует сохранять и использовать в течение десятилетий в будущем. Авторы могут выбрать, чтобы данные были общедоступными во время публикации, или, если технология архива позволяет, могут запретить доступ к данным на период до года после публикации. По усмотрению редактора могут быть предоставлены исключения, особенно для конфиденциальной информации, такой как данные о человеке или местонахождение исчезающих видов.

— Wiley[6]

Природа

Такие материалы должны быть размещены на аккредитованном независимом сайте (URL-адрес и номера доступа должны быть предоставлены автором) или отправлены на адрес Природа журнал при подаче, либо загруженный через онлайн-службу подачи журнала, либо, если файлы слишком большие или в неподходящем для этой цели формате, на CD / DVD (пять копий). Такой материал не может быть размещен исключительно на личном или институциональном веб-сайте автора.[7]Природа требует, чтобы рецензент определил, все ли дополнительные данные и методы были заархивированы. Политика рекомендует рецензентам рассмотреть несколько вопросов, в том числе: «Следует ли просить авторов предоставить дополнительные методы или данные для сопровождения статьи в Интернете? (Такие данные могут включать исходный код для моделирования исследований, подробные экспериментальные протоколы или математические выводы).

— Природа[8]

Наука

Наука поддерживает усилия баз данных, которые объединяют опубликованные данные для использования научным сообществом. Поэтому перед публикацией большие наборы данных (включая данные микрочипов, последовательности белков или ДНК, координаты атомов или карты электронной микроскопии для макромолекулярных структур) должны быть депонированы в утвержденной базе данных, а номер доступа должен быть предоставлен для включения в опубликованный документ.[9]"Материалы и методы" - Наука теперь просит, чтобы авторы, как правило, размещали большую часть своих описаний материалов и методов в Интернете в качестве вспомогательного материала, предоставляя в печатной рукописи только столько описания методов, сколько необходимо для следования логике текста. (Очевидно, это ограничение не будет применяться, если статья в основном представляет собой исследование нового метода или техники.)

— Наука[10]

Королевское общество

Чтобы позволить другим проверять и развивать работу, опубликованную в Королевское общество журналы, это условие публикации, что авторы предоставляют данные, код и исследовательские материалы, подтверждающие результаты в статье.

Наборы данных и код должны храниться в соответствующем признанном и общедоступном репозитории. Если репозиторий для конкретных данных не существует, авторы должны размещать свои наборы данных в общем репозитории, таком как Дриада (хранилище) или же Фигшер.

— Королевское общество[11]

Журнал археологической науки

В Журнал археологической науки имел политика раскрытия данных по крайней мере с 2013 года. Их политика гласит, что «все данные, относящиеся к статье, должны быть доступны в дополнительных файлах или размещены во внешних репозиториях и связаны с ними внутри статьи. Политика рекомендует размещать данные в репозитории, таком как Служба археологических данных, Цифровая археологическая летопись, или же ПАНГЕЯ. Исследование 2018 года показало, что уровень доступности данных составляет 53%, что свидетельствует либо о слабом соблюдении этой политики, либо о неполном понимании редакторами, рецензентами и авторами того, как интерпретировать и применять эту политику.[12]

Политика финансирующих агентств

В Соединенных Штатах Национальный фонд науки (NSF) ужесточил требования к архивированию данных. Исследователи, ищущие финансирование от NSF, теперь должны подать план управления данными в виде двухстраничного приложения к заявке на грант.[13]

NSF Datanet инициатива привела к финансированию Сеть наблюдения за данными для Земли (DataONE ), который обеспечит архивирование научных данных для экологических и экологических данных, созданных учеными всего мира. Заявленная цель DataONE - сохранить и предоставить доступ к разномасштабным, многопрофильным и многонациональным данным. Сообщество пользователей DataONE включает ученых, менеджеров экосистемы, политиков, студентов, преподавателей и общественность.

Немец DFG требует, чтобы данные исследования хранились в собственном учреждении исследователя или в соответствующей общенациональной инфраструктуре не менее 10 лет.[14]

Британский Цифровой центр курирования ведет обзор политик в отношении данных спонсора.[15]

Архивы данных

Данные исследований хранятся в библиотеки данных или архивы данных.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Политика ссылок на данные и архивирования данных для публикаций AGU» [1]
  2. ^ Брюс Маккаллоу и Росс МакКитрик «Аргументы в пользу должной осмотрительности при использовании эмпирических исследований при формировании политики». [2]
  3. ^ Веб-сайт «Обмен и репликация данных» Гэри Кинга В архиве 2007-03-28 на Wayback Machine
  4. ^ Подтверждающие данные и материалы
  5. ^ Политика архивирования данных
  6. ^ Политика архивирования данных
  7. ^ «Доступность данных и материалов: журнал« Политика природы »
  8. ^ "Руководство по политике публикации журналов о природе" (PDF). 14 марта 2007 г.
  9. ^ Журнал «Общая политика науки»
  10. ^ «Подготовка вспомогательных онлайн-материалов»
  11. ^ «Обмен данными и интеллектуальный анализ»
  12. ^ Марвик, Бен; Берч, Сюзанна Э. Пилаар (5 апреля 2018 г.). «Стандарт научного цитирования археологических данных как стимул к обмену данными». Успехи археологической практики. 6 (2): 125–143. Дои:10.1017 / апр.2018.3.
  13. ^ «NSF будет запрашивать у каждого соискателя гранта план управления данными»
  14. ^ «Рекомендации DFG по обработке данных исследований»
  15. ^ «Обзор политик в отношении данных спонсоров | Центр цифрового курирования»

Примечания