TreeBASE - TreeBASE

TreeBASE[1] это хранилище филогенетический данные опубликованы в научные журналы. В филогенетических исследованиях собираются или генерируются данные исследований, например, сравнительные наблюдения (например, матрицы состояний символов или же множественное выравнивание последовательностей ) сделано на множестве таксоны, метаданные об этих таксонах и филогенетические деревья которые, как предполагается, лучше всего описывают эволюционные отношения между таксонами.

Миссия

Цель проекта TreeBASE - предоставить стабильные записи и идентификаторы для этих данных, чтобы другие работники могли ссылаться на свои депонированные данные в своей публикации, а другие ученые могли найти данные и использовать их для проверки оригинального исследования или для включения или расширить их в дальнейшем анализе.

История и финансирование

Проект стартовал в 1994 г.[2][3] при финансировании из США Национальный фонд науки. После этого прототипа был инициирован редизайн в рамках CIPRES.[4] проект. Эта новая версия была выпущена в марте 2010 г. и поддерживалась, среди прочего, проектом pPOD,[5] который профинансировал добавление RESTful интерфейс веб-сервиса с CQL средства поиска,[6] и Национальный центр эволюционного синтеза (NESCent), на котором размещены база данных и веб-сервер.

Зимой 2010 года TreeBASE была реорганизована и стала ассоциироваться с Фонд исследований в области филоинформатики[7]

Рекомендации

  1. ^ "TreeBASE". Получено 5 апреля 2011.
  2. ^ Сандерсон, М. Дж .; М. Дж. Донохью; В. Пиль; Т. Эрикссон (1994). «TreeBASE: прототип базы данных филогенетического анализа и интерактивный инструмент для просмотра филогенеза жизни». Американский журнал ботаники. 81 (6): 183. Дои:10.2307/2445447. JSTOR  2445447.
  3. ^ Piel, W. H .; М. Дж. Донохью; М. Дж. Сандерсон (2002). «TreeBASE: база данных филогенетических знаний». К интероперабельному «Каталогу жизни» с партнерами по видам 2000 Asia Oceanea. Отчет об исследовании Национального института экологических исследований (171): 41–47.
  4. ^ «Киберинфраструктура для филогенетических исследований». Получено 5 апреля 2011.
  5. ^ "обработка PhylOData". Получено 5 апреля 2011.
  6. ^ Вос, Рутгер А .; Хильмар Лапп; Уильям Х. Пил; Вал Таннен (2010). «TreeBASE2: Восстание машин». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2010.4600.
  7. ^ «Фонд исследований в области филоинформатики». Получено 5 апреля 2011.