Ретровирусный матричный белок - Retroviral matrix protein
Белки ретровирусного матрикса компоненты конверт -ассоциированный капсиды из ретровирусы. Эти белки выстилают внутреннюю поверхность вирусных оболочек и связаны с вирусными мембранами.[1]
Матрица белки производятся как N-концевые домены кляпа предшественник полипротеины. В Полипротеин Gag управляет сборкой и высвобождением вирусных частиц из инфицированных клеток. Полипротеин Gag имеет три домена, необходимых для активности: N-концевой мембранно-связывающий (M) домен (который соответствует матричному белку), который направляет Gag к плазматическая мембрана, домен взаимодействия (I), участвующий в агрегации Gag, и домен поздней сборки (L), который опосредует подающий надежды процесс .[2] Во время созревания вируса полипротеин Gag расщепляется ретровирусная протеаза на несколько соответствующих структурных белков, давая матрица (Массачусетс), капсид (CA), и нуклеокапсид (NC) белки и некоторые более мелкие пептиды. Белки, происходящие из Gag, управляют всей сборкой и высвобождением вирусных частиц, при этом матричные белки играют ключевую роль в стабильности Gag, сборке капсида, транспорте и почковании.
Семейства белков ретровирусного матрикса
| Gag_MA | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 структура матричного белка вируса мышиного лейкоза Молони | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Gag_MA | ||||||||
| Pfam | PF01140 | ||||||||
| Pfam клан | CL0074 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000840 | ||||||||
| SCOP2 | 1мн8 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| OPM суперсемейство | 42 | ||||||||
| Белок OPM | 1мн8 | ||||||||
| |||||||||
Хотя матричные белки разных вирусов, по-видимому, выполняют сходные функции и могут иметь сходные структурные складки, их первичные последовательности может быть очень разным. Типичные матричные белки ретровирусов образуют альфа спиральный пучок структура .[3]
Одно семейство этих белков представляет собой матричные белки из гаммаретровирусы, Такие как Молони вирус лейкемии мышей (MoMLV), вирус лейкемии кошек (FLV) и вирус саркомы кошек (ФЭСВ).[4][5] Это семейство также включает матричные белки из нескольких эукариотический эндогенные ретровирусы, которые возникают, когда одна или несколько копий ретровируса геном интегрируется в геном хозяина.[6]
| Retro_M | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 m-домен из полипротеина gag вируса саркомы Рауса, ЯМР, 20 структур | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Retro_M | ||||||||
| Pfam | PF02813 | ||||||||
| Pfam клан | CL0074 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR004028 | ||||||||
| SCOP2 | 1a6s / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| OPM суперсемейство | 42 | ||||||||
| Белок OPM | 1a6s | ||||||||
| |||||||||
Другое семейство представляет собой M-домен полипротеина Gag, обнаруженного в ретровирусах птиц. Он включает полипротеины Gag из нескольких эндогенных ретровирусов птиц.[7]
| Gag_p10 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 структура раствора матричного белка дикого типа m-pmv (p10) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Gag_p10 | ||||||||
| Pfam | PF02337 | ||||||||
| Pfam клан | CL0074 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR003322 | ||||||||
| OPM суперсемейство | 44 | ||||||||
| Белок OPM | 2lpy | ||||||||
| |||||||||
Белки матрицы также являются компонентами бета-ретровирусы Такие как Вирус обезьяны Mason-Pfizer (MPMV) и вирус опухоли молочной железы мыши (ММТВ).[8][9] Эта запись также идентифицирует матричные белки из нескольких эукариотических эндогенных ретровирусов.[6]
| Gag_p15 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 кристаллическая структура матричного антигена вируса инфекционной анемии лошадей (eiav ma) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Gag_p15 | ||||||||
| Pfam | PF08723 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR014834 | ||||||||
| SCOP2 | 1hek / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| OPM суперсемейство | 44 | ||||||||
| Белок OPM | 1hek | ||||||||
| |||||||||
Рекомендации
- ^ Conte MR, Matthews S (июль 1998 г.). «Ретровирусные матричные белки: структурная перспектива». Вирусология. 246 (2): 191–8. Дои:10.1006 / viro.1998.9206. PMID 9657938.
- ^ Родитель Л. Дж., Кэрнс TM, Альберт Дж. А., Уилсон С. Б., Уиллс Дж. В., Крейвен Р. К. (январь 2000 г.). «Дефект димеризации РНК в матриксе мутанта вируса саркомы Рауса». Дж. Вирол. 74 (1): 164–72. Дои:10.1128 / jvi.74.1.164-172.2000. ЧВК 111525. PMID 10590103.
- ^ Макдоннелл Дж. М., Фашман Д., Кэхилл С. М., Чжоу В., Вулвен А., Уилсон С. Б., Нелле Т. Д., Реш М. Д., Уиллс Дж., Кауберн Д. (июнь 1998 г.). «Структура и динамика раствора биоактивного ретровирусного М-домена вируса саркомы Рауса». J. Mol. Биол. 279 (4): 921–8. Дои:10.1006 / jmbi.1998.1788. PMID 9642071.
- ^ Риффель Н., Харлос К., Юрин О, Рао З., Кингсман А., Стюарт Д., Фрай Э. (декабрь 2002 г.). «Структура атомного разрешения матричного белка вируса мышиного лейкоза Молони и его связь с другими ретровирусными матричными белками». Структура. 10 (12): 1627–36. Дои:10.1016 / S0969-2126 (02) 00896-1. PMID 12467570.
- ^ Бейкер SJ, Cosenza SC, Reddy EP (сентябрь 1998 г.). «Роль миристоилирования v-Fgr и домена Gag в связывании мембраны и клеточной трансформации». Вирусология. 249 (1): 1–11. Дои:10.1006 / viro.1998.9323. PMID 9740771.
- ^ а б Гиффорд Р., Тристем М. (май 2003 г.). «Эволюция, распространение и разнообразие эндогенных ретровирусов». Гены вирусов. 26 (3): 291–315. Дои:10.1023 / А: 1024455415443. PMID 12876457. S2CID 34639116.
- ^ Борисенко Л (2003). «Эндогенные ретровирусы птиц». Folia Biol. (Прага). 49 (5): 177–82. PMID 14680291.
- ^ Стэнселл Э., Титлер Э., Уолтер М.Р., Хантер Э. (май 2004 г.). «Ранняя стадия почкования вируса обезьян Mason-Pfizer регулируется гидрофобностью ядра матричного домена Gag». Дж. Вирол. 78 (10): 5023–31. Дои:10.1128 / jvi.78.10.5023-5031.2004. ЧВК 400380. PMID 15113883.
- ^ Пун Д.Т., Ли Дж., Альдовини А. (март 1998 г.). «Вклад нуклеокапсида и матричного белка в селективную упаковку геномной РНК вируса иммунодефицита человека типа 1». Дж. Вирол. 72 (3): 1983–93. Дои:10.1128 / JVI.72.3.1983-1993.1998. ЧВК 109491. PMID 9499052.