Рибонуклеаза V1 - Ribonuclease V1

Не путать с рибонуклеаза V.
А Каспийская кобра

Рибонуклеаза V1 (РНКаза V1) является рибонуклеаза фермент найдено в яд из Каспийская кобра (Naja Oxiana).[1] Он раскалывает двухцепочечный РНК в не-последовательность - специфическим образом, обычно требующим субстрат не менее шести сложены нуклеотиды.[2] Как и многие рибонуклеазы, фермент требует наличия магний ионы для активности.[3]

Лабораторное использование

Очищенная РНКаза V1 обычно используется реагент в молекулярная биология эксперименты. В сочетании с другими рибонуклеазами, которые расщепляют одноцепочечную РНК после определенных нуклеотидов или последовательностей, таких как РНКаза Т1 и РНКаза I - его можно использовать для картирования внутренних взаимодействий в больших молекулах РНК со сложными вторичная структура или выполнить след эксперименты на макромолекулярные комплексы содержащие РНК.[3]

РНКаза V1 является единственной широко используемой лабораторной РНКазой, которая дает положительные доказательства наличия двухцепочечных спиральных конформаций в РНК-мишени.[4] Поскольку РНКаза V1 имеет некоторую активность против РНК, которая базовая пара но одноцепочечный,[5] двойная восприимчивость как к РНКазе V1, так и к РНКазе I в одном сайте в молекуле РНК-мишени свидетельствует об этой относительно необычной конформации, обнаруженной в петлях РНК.[6]

Отличительная вторичная структура переносить РНК, содержащий серию двойные спирали разделены гибкими петлями

Структурные открытия

РНКаза V1 сыграла особенно важную роль в выяснении отличительных особенностей стебель-петля структура переносить РНК.[1][7] Он также широко использовался для изучения высокоструктурированной РНК. геномы из ретровирусы, Такие как гепатит С,[8] вирус денге,[9] и ВИЧ.[10] Вместе с Нуклеаза S1, который специфически расщепляет одноцепочечную РНК, его можно использовать для профилирования склонностей вторичной структуры информационная РНК молекулы, процедура, которая может применяться ко всему транскриптомы в паре с глубокое секвенирование.[11][12]

Рекомендации

  1. ^ а б Фаворова О.О., Фазиоло Ф., Кейт Г., Василенко С.К., Эбель Дж. П. (февраль 1981 г.). «Частичное переваривание комплексов тРНК - аминоацил-тРНК синтетаза рибонуклеазой яда кобры». Биохимия. 20 (4): 1006–11. Дои:10.1021 / bi00507a055. PMID  7011369.
  2. ^ Инь, Шао Яо, изд. (01.01.2006). Протоколы микроРНК. Humana Press. п.23. ISBN  9781597451239.
  3. ^ а б Нильсен Т.В. (апрель 2013 г.). «Определение структуры РНК с помощью расщепления нуклеазами». Протоколы Колд-Спринг-Харбор. 2013 (4): 379–82. Дои:10.1101 / pdb.prot072330. PMID  23547152.
  4. ^ Дюваль, Мелоди; Ромилли, Седрик; Хелфер, Энн-Катрин; Фуксбауэр, Оливье; Ромби, Паскаль; Марци, Стефано (2013). Клостермайер, Дагмар; Хамманн, Кристиан (ред.). Структура и сворачивание РНК: биофизические методы и методы прогнозирования. Вальтер де Грюйтер. п. 32. ISBN  9783110284959.
  5. ^ Lowman HB, Draper DE (апрель 1986). «О распознавании спиральной РНК нуклеазой V1 яда кобры». Журнал биологической химии. 261 (12): 5396–403. PMID  2420800.
  6. ^ Чаулк С.Г., Сюй З., Гловер М.Дж., Фальман Р.П. (апрель 2014 г.). «Биогенез микроРНК miR-92a-1 и нацеливание мРНК модулируется третичным контактом внутри кластера микроРНК miR-17 ~ 92». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (8): 5234–44. Дои:10.1093 / нар / gku133. ЧВК  4005684. PMID  24520115.
  7. ^ Lockard RE, Kumar A (октябрь 1981 г.). «Картирование структуры тРНК в растворе с использованием двухцепочечной рибонуклеазы V1 из яда кобры». Исследования нуклеиновых кислот. 9 (19): 5125–40. Дои:10.1093 / nar / 9.19.5125. ЧВК  327503. PMID  7031604.
  8. ^ Blight KJ, Rice CM (октябрь 1997 г.). «Определение вторичной структуры консервативной последовательности из 98 оснований на 3'-конце РНК генома вируса гепатита С». Журнал вирусологии. 71 (10): 7345–52. ЧВК  192079. PMID  9311812.
  9. ^ Полачек К., Фоли Дж. Э., Харрис Э. (январь 2009 г.). «Конформационные изменения в структуре раствора 5 'конца вируса денге в присутствии и отсутствии 3' нетранслируемой области». Журнал вирусологии. 83 (2): 1161–6. Дои:10.1128 / JVI.01362-08. ЧВК  2612390. PMID  19004957.
  10. ^ Харрисон Г.П., Левер AM (июль 1992 г.). «Сигнал упаковки вируса иммунодефицита человека типа 1 и основная донорная область сплайсинга имеют консервативную стабильную вторичную структуру». Журнал вирусологии. 66 (7): 4144–53. ЧВК  241217. PMID  1602537..
  11. ^ Кертес М., Ван И, Мазор Э, Ринн Дж.Л., Наттер Р.С., Чанг ХЙ, Сегал Э. (сентябрь 2010 г.). «Полногеномное измерение вторичной структуры РНК у дрожжей». Природа. 467 (7311): 103–7. Дои:10.1038 / природа09322. ЧВК  3847670. PMID  20811459.
  12. ^ Сильверман, Ян М .; Берковиц, Натан Д .; Gosai, Sager J .; Грегори, Брайан Д. (2016). «Общегеномные подходы к исследованию структуры РНК». Ин Йео, Джин В. (ред.). Обработка РНК. Springer. С. 29–59. ISBN  978-3-319-29071-3.