Сема домен - Sema domain

Белок PBB SEMA3A image.jpg
Сема-домен, иммуноглобулиновый домен (Ig), короткий основной домен
Идентификаторы
СимволСема
PfamPF01403
ИнтерПроIPR001627
PROSITEPDOC51004
SCOP21olz / Объем / СУПФАМ
Мембранома71

Домен Sema это структурная область из семафорины, которые являются большим семья секретируемых и трансмембранных белков, некоторые из которых действуют как репеллентные сигналы во время управление аксоном. Сема домены также встречаются в рецепторе фактора роста гепатоцитов (Uniprot: P08581), Плексин-А3 [1] (Uniprot: P51805) и в вирусных белках.

CD100 (также называется SEMA4D) связан с PTPase и серинкиназа Мероприятия. CD100 увеличивает индуцированную PMA, CD3 и CD2 пролиферацию Т-клеток, увеличивает индуцированную CD45 адгезию Т-клеток, индуцирует гомотипическую адгезию В-клеток и подавляет В клетка выражение CD23.

Домен Sema характеризуется консервативным набором остатков цистеина, которые образуют четыре дисульфидные связи для стабилизации структуры. Сгибание домена Sema - это вариант топологии бета-винта с семью лопастями, расположенными радиально вокруг центральной оси. Каждое лезвие содержит четырехнитевой (от A до D) антипараллельный бета-лист. Внутренняя нить каждой лопасти (A) выстилает канал в центре гребного винта, при этом нити B и C одного и того же повтора расходятся наружу, а нить D следующего повтора образует внешний край лопасти. Большой размер домена Sema возникает не из-за одного вставленного домена, а из-за наличия дополнительных элементов вторичной структуры, вставленных в большинство лезвий. Домен Sema использует систему «петля и крючок», чтобы замкнуть круг между первым и последним лезвиями. Лезвия построены последовательно с N-концевой бета-цепью, замыкающей круг, обеспечивая самую внешнюю ветвь (D) седьмой (C-концевой) пластины. Бета-винт дополнительно стабилизируется за счет удлинения N-конца, обеспечивая дополнительную пятую бета-прядь на внешнем крае лопасти 6.[2][3][4]

Белки человека, содержащие этот домен

ВСТРЕТИЛ; MST1R; PLXNA1; PLXNA2; PLXNA3; PLXNA4; PLXNB1; PLXNB2;PLXNB3; PLXND1; SEMA3A; SEMA3B; SEMA3C; SEMA3D; SEMA3E; SEMA3F;SEMA3G; SEMA4A; SEMA4B; SEMA4C; SEMA4D; SEMA4F; SEMA4G; SEMA5A;SEMA5B; SEMA6A; SEMA6B; SEMA6C; SEMA6D; SEMA7A;

использованная литература

  1. ^ Winberg ML, Noordermeer JN, Tamagnone L, Comoglio PM, Spriggs MK, Tessier-Lavigne M, Goodman CS (декабрь 1998 г.). «Плексин А - нейрональный рецептор семафорина, который контролирует ведение аксонов». Ячейка. 95 (7): 903–16. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81715-8. PMID  9875845. S2CID  14703056.
  2. ^ Антипенко А., Химанен Дж. П., ван Лайен К., Нарди-Дей В., Лесняк Дж., Бартон В. А., Раджашанкар К. Р., Лу М., Хемме С., Пушель А. В., Николов Д. Б. (август 2003 г.). «Структура модуля связывания рецептора семафорина-3А». Нейрон. 39 (4): 589–98. Дои:10.1016 / S0896-6273 (03) 00502-6. PMID  12925274. S2CID  9782923.
  3. ^ Love CA, Харлос К., Маваддат Н., Дэвис С.Дж., Стюарт Д.И., Джонс Е.Ю., Эсноуф Р.М. (октябрь 2003 г.). «Связывающая лиганд сторона семафоринов, выявленная кристаллической структурой SEMA4D с высоким разрешением». Структурная биология природы. 10 (10): 843–8. Дои:10.1038 / nsb977. PMID  12958590. S2CID  24468463.
  4. ^ Стамос Дж., Лазарус Р.А., Яо Х, Кирххофер Д., Висманн С. (июнь 2004 г.). «Кристаллическая структура бета-цепи HGF в комплексе с доменом Sema рецептора Met». Журнал EMBO. 23 (12): 2325–35. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600243. ЧВК  423285. PMID  15167892.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR001627