Малая РНК - Small RNA

Смотрите также: Бактериальная малая РНК

Маленький РНК <200 нт (нуклеотид ) в длину, и обычно некодирующая РНК молекулы.[1] Подавление РНК часто является функцией этих молекул, наиболее распространенным и хорошо изученным примером является РНК-интерференция (РНКи), в которых эндогенно экспрессируется микроРНК (miRNA) или полученная экзогенно малая интерферирующая РНК (миРНК) вызывает деградацию дополнительный информационная РНК. Были идентифицированы другие классы малых РНК, в том числе piwi-взаимодействующая РНК (пиРНК) и ее подвиды Повторить ассоциированную малую интерферирующую РНК (расиРНК).[2] Малая РНК «неспособна индуцировать только РНКи, и для выполнения поставленной задачи она должна формировать ядро ​​РНК-белкового комплекса, называемого РНК-индуцированным комплексом подавления (RISC), особенно с белком аргонавта».[3] Также мРНК используется при транскрипции.

Малую РНК можно выбрать Секвенирование микроРНК, метод, который выбирает маленькие молекулы РНК, а затем секвенирует молекулы размером 21-25 п.н. Первый анализ малых РНК с использованием методов miRNA-seq исследовал примерно 1,4 миллиона малых РНК из модельного растения. Arabidopsis thaliana с помощью Массивно-параллельное сигнатурное секвенирование (MPSS) Lynx Therapeutics платформа для секвенирования. Это исследование продемонстрировало потенциал новых высокопроизводительных технологий секвенирования для изучения малых РНК и показало, что геномы генерируют большое количество малых РНК, причем растения являются особенно богатыми источниками малых РНК.[4] В более поздних исследованиях использовались другие технологии секвенирования, такие как исследование в C. elegans который идентифицировал 18 новых генов miRNA, а также новый класс малых РНК нематод, названных 21U-РНК.[5] В другом исследовании, сравнивающем профили малых РНК опухолей шейки матки человека и нормальной ткани, использовали Иллюмина (компания) Genome Analyzer для идентификации 64 новых генов miRNA человека, а также 67 дифференциально экспрессируемых miRNA.[6] Прикладные биосистемы Платформа для секвенирования SOLiD также использовалась для изучения прогностической ценности miRNA в обнаружении рака груди человека.[7] Малая РНК полезна для определенных видов исследований, потому что ее молекулы «не нужно фрагментировать перед приготовлением библиотеки».[8]

Виды малых РНК включают:

Рекомендации

  1. ^ Сторц, Г. (17 мая 2002 г.). «Расширяющаяся вселенная некодирующих РНК». Наука. 296 (5571): 1260–3. Дои:10.1126 / science.1072249. PMID  12016301.
  2. ^ Gunawardane LS, Saito K, Nishida KM, Miyoshi K, Kawamura Y, Nagami T., Siomi H, Siomi MC (март 2007 г.). «Опосредованный срезом механизм образования 5 'конца siRNA, связанного с повтором, у дрозофилы». Наука. 315 (5818): 1587–90. Дои:10.1126 / наука.1140494. PMID  17322028.
  3. ^ Роберт А. Мейерс, Эпигенетическая регуляция и эпигеномика (2012), стр. 366.
  4. ^ Лу, С; Тедж, СС; Луо, S; Haudenschild, CD; Мейерс, Британская Колумбия; Грин, Пи Джей (2 сентября 2005 г.). «Выяснение малой РНК-компонента транскриптома». Наука. 309 (5740): 1567–9. Дои:10.1126 / science.1114112. PMID  16141074.
  5. ^ Руби, Дж. Грэм; Ян, Кальвин; Игрок, Кристофер; Axtell, Майкл Дж .; Ли, Уильям; Нусбаум, Чад; Ге, Хуэй; Бартель, Дэвид П. (2006). «Крупномасштабное секвенирование выявляет 21U-РНК, дополнительные микроРНК и эндогенные миРНК у C. elegans». Клетка. 127 (6): 1193–1207. Дои:10.1016 / j.cell.2006.10.040. ISSN  0092-8674. PMID  17174894.
  6. ^ Виттен, Даниэла; Тибширани, Роберт; Гу, Сэм; Огонь, Андрей; Луи, Вен-Онн (2010). «Сверхвысокопроизводительное секвенирование на основе обнаружения малых РНК и дискретный статистический анализ биомаркеров в коллекции опухолей шейки матки и подобранных контрольных группах». BMC Биология. 8 (1): 58. Дои:10.1186/1741-7007-8-58. ISSN  1741-7007. ЧВК  2880020. PMID  20459774.
  7. ^ У Цянь; Лу, Цзухун; Ли, приветствую; Лу, Цзяфэн; Го, Ли; Гэ, Qinyu (2011). «Секвенирование нового поколения микроРНК для обнаружения рака груди». Журнал биомедицины и биотехнологии. 2011: 1–7. Дои:10.1155/2011/597145. ISSN  1110-7243. ЧВК  3118289. PMID  21716661.
  8. ^ Роберт А. Мейерс, Эпигенетическая регуляция и эпигеномика (2012), стр. 162.
  9. ^ Зеленый, D; Фрейзер, WD; Далмай, Т. (20 апреля 2016 г.). "Перенос малых РНК-производных малых РНК в раковый транскриптом". Арка Пфлюгерса. 468 (6): 1041–1047. Дои:10.1007 / s00424-016-1822-9. ЧВК  4893054. PMID  27095039.
  10. ^ Чен, Q; Ян, М; Cao, Z; Ли, Х; Zhang, Y; Ши, Дж; Feng, GH; Пэн, H; Чжан, X; Zhang, Y; Цянь, Дж; Дуань, Э; Чжай, Q; Чжоу, Q (22 января 2016 г.). «ЦРНК сперматозоидов способствуют наследованию приобретенных метаболических нарушений из поколения в поколение» (PDF). Наука. 351 (6271): 397–400. Дои:10.1126 / science.aad7977. PMID  26721680.
  11. ^ Wei, H; Чжоу, B; Чжан, Ф; Вт, Й; Ху, Y; Чжан, Б; Чжай, Q (2013). «Профилирование и идентификация малых РНК, полученных из рДНК, и их потенциальных биологических функций». PLOS One. 8 (2): e56842. Дои:10.1371 / journal.pone.0056842. ЧВК  3572043. PMID  23418607.