Бактериальная малая РНК - Bacterial small RNA

Бактериальные малые РНК (мРНК) находятся малые РНК произведено бактерии; они от 50 до 500 летнуклеотид некодирующая РНК молекулы, высокоструктурированные и содержащие несколько стебель-петли.[1][2] Многочисленные мРНК были идентифицированы с использованием как компьютерного анализа, так и лабораторных методов, таких как Нозерн-блоттинг, микрочипы и РНК-Seq[3] у ряда видов бактерий, включая кишечная палочка,[4][5][6] модельный возбудитель Сальмонелла,[7] то азотфиксирующий альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti,[8] морской цианобактерии,[9] Францизелла туларенская (возбудитель туляремия ),[10] Streptococcus pyogenes[11], возбудитель Золотистый стафилококк[12], и возбудитель растений Xanthomonas oryzae Pathovar oryzae.[13] Бактериальные мРНК влияют на то, как гены экспрессируются в бактериальных клетках через взаимодействие с мРНК или белком, и, таким образом, могут влиять на различные бактериальные функции, такие как метаболизм, вирулентность, реакция на стресс окружающей среды и структура.[7][12]

Источник

В 1960-х годах аббревиатура мРНК использовалась для обозначения «растворимой РНК», которая сейчас известна как переносить РНК или же тРНК (пример сокращения, используемого в этом смысле, см.[14]). В настоящее время известно, что большинство бактериальных мРНК кодируется автономными генами, расположенными в межгенные регионы (IGR) между двумя известными генами.[3][6] Однако показано, что класс мРНК происходит от 3'-UTR мРНК путем независимой транскрипции или нуклеолитического расщепления.[15]

Первая бактериальная мРНК была открыта и охарактеризована в 1984 году. MicF в Кишечная палочка было обнаружено, что он регулирует экспрессию ключевого структурного гена, который составляет внешнюю мембрану Кишечная палочка клетка.[16] Вскоре после этого Золотистый стафилококк мРНК РНКIII было установлено, что он действует как глобальный регулятор S. aureus вирулентность и секреция токсинов.[16] С момента этих первых открытий было идентифицировано более шести тысяч бактериальных мРНК, в основном с помощью РНК-секвенирование эксперименты.[17]

Методы

Для идентификации и характеристики транскриптов мРНК можно использовать несколько лабораторных и биоинформатических методов.[3]

  • РНК-секвенирование, или RNA-seq, используется для анализа уровней экспрессии всех транскриптов в геноме, включая мРНК.[18]
  • Микрочипы использовать комплементарные ДНК-зонды для связывания с возможными локусами мРНК в межгенных областях.[3]
  • Нозерн-блоттинг может выявить возможный размер транскрипта мРНК и уровни экспрессии путем обработки образца смешанной РНК на агарозном геле и зондирования на предмет желаемой мРНК.[3]
  • Программное обеспечение для прогнозирования целей может предсказывать возможные взаимодействия между мРНК и мРНК, обнаруживая области комплементарности в последовательностях мРНК и мРНК-мишени.[19]
  • РНКаза сшивание может экспериментально подтвердить взаимодействия мРНК и мРНК путем сшивания мРНК и ее мишени УФ-светом, а также РНКаза ферменты, которые также обычно участвуют во взаимодействии. Затем гибрид мРНК: мРНК можно выделить и проанализировать.[20]

Функция

Четыре общих механизма взаимодействия бактериальной мРНК с мРНК или белками-мишенями.

Бактериальные мРНК обладают множеством регуляторных механизмов. Как правило, мРНК могут связываться с белок направляет и изменяет функцию связанного белка.[21] С другой стороны, мРНК могут взаимодействовать с мРНК цели и регулировать экспрессия гена путем связывания с комплементарной мРНК и блокирования трансляции, или путем разоблачения или блокирования сайт связывания рибосомы.[21]

мРНК, которые взаимодействуют с мРНК, также можно отнести к категории цис- или же транс-игра актеров. Cявляется-действующие мРНК взаимодействуют с генами, кодируемыми на том же генетический локус как мРНК.[22] Немного СНГ-действующие мРНК действуют как рибопереключатели, которые имеют рецепторы для определенных экологических или метаболических сигналов и активируют или репрессируют гены на основе этих сигналов.[16] Наоборот, транс-кодированные мРНК взаимодействуют с генами в отдельных локусах.[1]

Ведение домашнего хозяйства

Среди мишеней мРНК есть несколько генов домашнего хозяйства. 6S РНК связывается с РНК-полимераза и регулирует транскрипция, тмРНК выполняет функции в синтезе белка, включая переработку застрявших рибосомы, 4.5S РНК регулирует сигнальная частица распознавания (SRP), который необходим для секреции белков и РНКаза P участвует в созревании тРНК.[23][24]

Реакция на стресс

Многие мРНК участвуют в регуляции стрессового ответа.[25] Они проявляются в стрессовых условиях, таких как холодный шок, утюг истощение, начало SOS ответ и сахарный стресс.[24] РНК 1, индуцированная азотным стрессом малой РНК (NsiR1), продуцируется Цианобактерии в условиях азот лишение.[26] Цианобактерии NisR8 и NsiR9 мРНК могут быть связаны с дифференцировкой азотфиксирующих клеток (гетероцисты ).[27]

Регулирование RpoS

Ген RpoS в Кишечная палочка кодирует сигма 38, а фактор сигма который регулирует стрессовую реакцию и действует как регулятор транскрипции для многих генов, участвующих в адаптации клетки. По меньшей мере три мРНК, DsrA, RprA и OxyS, регулируют трансляцию RpoS. DsrA и RprA активируют трансляцию RpoS с помощью базовая пара в область в лидерной последовательности RpoS мРНК и нарушение образования шпильки, которая освобождает место загрузки рибосом. OxyS подавляет трансляцию RpoS. Уровни DsrA повышаются в ответ на низкие температуры и осмотический стресс, и уровни RprA повышаются в ответ на осмотический стресс и стресс клеточной поверхности, следовательно, повышаются уровни RpoS в ответ на эти условия. Уровни OxyS повышаются в ответ на окислительный стресс, следовательно, ингибирование RpoS в этих условиях.[24][28][29]

Регулирование белков внешней мембраны

В внешняя мембрана из грамм отрицательный бактерии действуют как барьер для предотвращения проникновения токсины в бактериальную клетку и играет роль в выживании бактериальных клеток в различных средах. Белки внешней мембраны (OMP) включают: порины и адгезины. Многочисленные мРНК регулируют экспрессию OMP. Порины OmpC и OmpF отвечают за транспортировку метаболиты и токсины. Экспрессия OmpC и OmpF регулируется мРНК. MicC и MicF в ответ на стрессовые условия.[30][31][32] Белок внешней мембраны OmpA прикрепляет внешнюю мембрану к Murein слой периплазматическое пространство. Его экспрессия подавляется в стационарная фаза роста клеток. В Кишечная палочка мРНК MicA истощает уровни OmpA, в Холерный вибрион мРНК VrrA подавляет синтез OmpA в ответ на стресс.[30][33]

Вирулентность

У некоторых бактерий мРНК регулируют гены вирулентности. В Сальмонелла, то остров патогенности кодируемая InvR РНК подавляет синтез основных белок внешней мембраны OmpD; другая коактивированная мРНК DapZ из 3'-UTR репрессирует обильные мембранные переносчики Opp / Dpp олигопептидов;[15] и SgrS sRNA регулирует экспрессию секретируемого эффекторного белка SopD.[7] В Золотистый стафилококк, RNAIII регулирует ряд генов, участвующих в токсин и фермент продукции и белков клеточной поверхности.[24] В FasX мРНК - единственная хорошо охарактеризованная регуляторная РНК, контролирующая регуляцию нескольких факторов вирулентности в Streptococcus pyogenes, включая как адгезионные белки, связанные с клеточной поверхностью, так и секретируемые факторы.[34][35][36][37]

Проверка кворума

В Вибрион виды, Qrr мРНК и сопровождающий белок Hfq участвуют в регулировании проверка кворума. Qrr sRNAs регулируют экспрессию нескольких мРНК, включая главные регуляторы LuxR и HapR, воспринимающие кворум.[38][39]

Смотрите также: VqmR мРНК

Формирование биопленки

Биопленка представляет собой тип паттерна роста бактерий, при котором несколько слоев бактериальных клеток прикрепляются к поверхности хозяина. Этот способ роста часто встречается у патогенных бактерий, в том числе у Синегнойная палочка, которые могут образовывать стойкую биопленку в дыхательных путях и вызывать хроническую инфекцию.[40] В P. aeruginosa Было обнаружено, что мРНК SbrA необходима для полного образования биопленок и патогенности.[40] Мутант P. aeruginosa штамм с удаленным SbrA сформировал биопленку на 66% меньше, и его способность инфицировать нематода модель была уменьшена почти вдвое по сравнению с дикого типа P. aeruginosa.[40]

Устойчивость к антибиотикам

Некоторые бактериальные мРНК участвуют в регуляции генов, которые обеспечивают устойчивость к антибиотикам.[41] Например, мРНК DsrA регулирует лекарственное средство. откачивающий насос в Кишечная палочка, которая представляет собой систему, которая механически выкачивает антибиотик из бактериальных клеток.[41] Кишечная палочка MicF также способствует устойчивости к антибиотикам. цефалоспорины, так как он регулирует мембранные белки, участвующие в поглощении этого класса антибиотиков.[41]

Прогнозирование цели

Чтобы понять функцию мРНК, в первую очередь необходимо описать ее мишени. Здесь предсказания целей представляют собой быстрый и бесплатный метод первоначальной характеристики предполагаемых целей, учитывая, что мРНК фактически выполняет свою функцию посредством прямого спаривания оснований с целевой РНК. Примеры: CopraRNA,[42][43] IntaRNA,[43][44][45] TargetRNA[19] и RNApredator.[46] Было показано, что прогнозирование целевых показателей для энтеробактериальных мРНК может быть выгодным при использовании широкого транскриптома. Hfq переплет карты.[47]

Базы данных

  • БСРД (kwanlab.bio.cuhk.edu.hk/BSRD ) представляет собой репозиторий для опубликованных последовательностей мРНК с множеством аннотаций и профилей экспрессии.[17]
  • SRD (srd.genouest.org/ ) - это база данных Золотистый стафилококк мРНК с последовательностями, предсказанными структурами и сайтами начала и конца генома.[48]
  • мРНКdb (http://srnadb.fb11.uni-giessen.de/sRNAdb ) представляет собой базу данных мРНК от грамположительных видов бактерий с аннотацией последовательностей.[49]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Фогель Дж, Вагнер Э.Г. (июнь 2007 г.). «Идентификация мишени малых некодирующих РНК в бактериях». Curr. Мнение. Микробиол. 10 (3): 262–270. Дои:10.1016 / j.mib.2007.06.001. PMID  17574901.
  2. ^ Вьегас SC, Аррайано CM (2008). «Регулирование регуляторов: как рибонуклеазы диктуют правила контроля малых некодирующих РНК». РНК Биол. 5 (4): 230–243. Дои:10.4161 / rna.6915. PMID  18981732.
  3. ^ а б c d е Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (июль 2001 г.). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов». Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. Дои:10.1101 / gad.901001. ЧВК  312727. PMID  11445539.
  4. ^ Hershberg R, Altuvia S, Margalit H (апрель 2003 г.). «Обзор генов, кодирующих малые РНК, у Escherichia coli». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (7): 1813–1820. Дои:10.1093 / nar / gkg297. ЧВК  152812. PMID  12654996.
  5. ^ Ривас Э., Кляйн Р.Дж., Джонс Т.А., Эдди С.Р. (сентябрь 2001 г.). «Вычислительная идентификация некодирующих РНК в E. coli с помощью сравнительной геномики». Curr. Биол. 11 (17): 1369–1373. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00401-8. PMID  11553332.
  6. ^ а б Аргаман Л., Хершберг Р., Фогель Дж. И др. (Июнь 2001 г.). «Новые гены, кодирующие малую РНК, в межгенных областях Escherichia coli». Curr. Биол. 11 (12): 941–950. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  7. ^ а б c Фогель Дж (январь 2009 г.). «Примерное руководство по миру некодирующих РНК Salmonella». Мол. Микробиол. 71 (1): 1–11. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2008.06505.x. PMID  19007416.
  8. ^ Schlüter JP, Reinkensmeier J, Daschkey S, et al. (2010). «Полногеномный обзор мРНК в симбиотической азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti». BMC Genomics. 11: 245. Дои:10.1186/1471-2164-11-245. ЧВК  2873474. PMID  20398411.
  9. ^ Axmann IM, Kensche P, Vogel J, Kohl S, Herzel H, Hess WR (2005). «Идентификация цианобактериальных некодирующих РНК с помощью сравнительного анализа генома». Геном Биол. 6 (9): R73. Дои:10.1186 / gb-2005-6-9-r73. ЧВК  1242208. PMID  16168080.
  10. ^ Postic G, Frapy E, Dupuis M, et al. (2010). «Идентификация малых РНК у Francisella tularensis». BMC Genomics. 11: 625. Дои:10.1186/1471-2164-11-625. ЧВК  3091763. PMID  21067590.
  11. ^ Tesorero, Rafael A .; Ю, Нин; Райт, Джордан О .; Svencionis, Juan P .; Ченг, Цян; Ким, Чон Хо; Чо, Кю Хонг (01.01.2013). «Новые регуляторные малые РНК в Streptococcus pyogenes». PLOS One. 8 (6): e64021. Дои:10.1371 / journal.pone.0064021. ISSN  1932-6203. ЧВК  3675131. PMID  23762235.
  12. ^ а б Фельден, Брайс; Ванденеш, Франсуа; Булок, Филипп; Ромби, Паскаль (10 марта 2011 г.). "Staphylococcus aureus RNome и его приверженность вирулентности". PLoS Патогены. 7 (3): e1002006. Дои:10.1371 / journal.ppat.1002006. ISSN  1553-7366. ЧВК  3053349. PMID  21423670.
  13. ^ Лян Х, Чжао Ю.Т., Чжан Дж.К., Ван XJ, Фанг RX, Цзя Ю.Т. (2011). «Идентификация и функциональная характеристика малых некодирующих РНК в Xanthomonas oryzae pathovar oryzae». BMC Genomics. 12: 87. Дои:10.1186/1471-2164-12-87. ЧВК  3039613. PMID  21276262.
  14. ^ Крик Ф (1966). «Спаривание кодонов и антикодонов: гипотеза колебания» (PDF). Дж Мол Биол. 19 (2): 548–555. Дои:10.1016 / S0022-2836 (66) 80022-0. PMID  5969078.
  15. ^ а б Чао Ю., Папенфорт К., Рейнхардт Р., Шарма С.М., Фогель Дж. (Октябрь 2012 г.). «Атлас транскриптов, связанных с Hfq, раскрывает 3 'НТО как геномный резервуар регуляторных малых РНК». EMBO J. 31 (20): 4005–4019. Дои:10.1038 / emboj.2012.229. ЧВК  3474919. PMID  22922465.
  16. ^ а б c Свенссон, Сара Л .; Шарма, Синтия М. (июнь 2016 г.). «Малые РНК в бактериальной вирулентности и коммуникации». Микробиологический спектр. 4 (3): 169–212. Дои:10.1128 / microbiolspec.VMBF-0028-2015. ISSN  2165-0497. PMID  27337442.
  17. ^ а б Ли, Л; Кван, HS (январь 2013 г.). «BSRD: хранилище малых регуляторных РНК бактерий». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D233-8. Дои:10.1093 / нар / gks1264. ЧВК  3531160. PMID  23203879.
  18. ^ Канниаппан, Приятарисни; Ахмед, Сити Амина; Раджасекарам, Гейнсври; Маримуту, Читартан; Чанг, Эве Сенг; Ли, Ли Пин; Raabe, Carsten A .; Рождественский, Тимофей С .; Тан, Тин Хок (октябрь 2017 г.). «Рномическая идентификация и оценка npcTB_6715, небелкового гена РНК в качестве потенциального биомаркера для обнаружения Mycobacterium tuberculosis». Журнал клеточной и молекулярной медицины. 21 (10): 2276–2283. Дои:10.1111 / jcmm.13148. ISSN  1582-4934. ЧВК  5618688. PMID  28756649.
  19. ^ а б Тьяден Б., Гудвин С.С., Опдайк Дж. А. и др. (2006). «Целевое предсказание малых некодирующих РНК в бактериях». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (9): 2791–2802. Дои:10.1093 / нар / gkl356. ЧВК  1464411. PMID  16717284.
  20. ^ Waters, Shafagh A .; McAteer, Sean P .; Кудла, Гжегож; Панг, Игнатий; Deshpande, Nandan P .; Амос, Тимоти Дж .; Леонг, Кай Вэнь; Wilkins, Marc R .; Стругнелл, Ричард (01.02.2017). «Малый РНК-интерактом патогенной E. coli, выявленный посредством сшивания РНКазы Е». Журнал EMBO. 36 (3): 374–387. Дои:10.15252 / embj.201694639. ISSN  1460-2075. ЧВК  5286369. PMID  27836995.
  21. ^ а б Waters, Lauren S .; Сторц, Гизела (20 февраля 2009 г.). «Регуляторные РНК в бактериях». Клетка. 136 (4): 615–628. Дои:10.1016 / j.cell.2009.01.043. ISSN  1097-4172. ЧВК  3132550. PMID  19239884.
  22. ^ Гийе, Жюльен; Халлье, Марк; Фельден, Брайс (2013). «Новые функции Staphylococcus aureus RNome». PLoS Патогены. 9 (12): e1003767. Дои:10.1371 / journal.ppat.1003767. ISSN  1553-7374. ЧВК  3861533. PMID  24348246.
  23. ^ Вассарман К.М. (апрель 2007 г.). «6S РНК: малый регулятор транскрипции РНК». Curr. Мнение. Микробиол. 10 (2): 164–168. Дои:10.1016 / j.mib.2007.03.008. PMID  17383220.
  24. ^ а б c d Кристиан Хамманн; Неллен, Вольфганг (2005). Малые РНК :: анализ и регуляторные функции (нуклеиновые кислоты и молекулярная биология). Берлин: Springer. ISBN  978-3-540-28129-0.
  25. ^ Caswell CC, Oglesby-Sherrouse AG, Murphy ER (октябрь 2014 г.). «Соперничество братьев и сестер: родственные бактериальные малые РНК и их повторяющиеся и неизбыточные роли». Микробиол фронтальной клеточной инфекции. 4: 151. Дои:10.3389 / fcimb.2014.00151. ЧВК  4211561. PMID  25389522.
  26. ^ Ионеску, Д; Восс, Б; Орен, А; Hess, WR; Муро-Пастор, AM (30 апреля 2010 г.). «Гетероцист-специфическая транскрипция NsiR1, некодирующей РНК, кодируемой тандемным массивом прямых повторов у цианобактерий». Журнал молекулярной биологии. 398 (2): 177–188. Дои:10.1016 / j.jmb.2010.03.010. HDL:10261/112252. PMID  20227418.
  27. ^ Бренес-Альварес, Мануэль; Ольмедо-Верд, Эльвира; Виоке, Агустин; Муро-Пастор, Алисия М. (01.01.2016). «Идентификация консервативных и потенциально регулирующих малых РНК в гетероцистных цианобактериях». Границы микробиологии. 7: 48. Дои:10.3389 / fmicb.2016.00048. ISSN  1664-302X. ЧВК  4734099. PMID  26870012.
  28. ^ Репоила Ф, Майдалани Н, Готтесман С (май 2003 г.). «Малые некодирующие РНК, координаторы адаптационных процессов у Escherichia coli: парадигма RpoS». Мол. Микробиол. 48 (4): 855–861. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2003.03454.x. PMID  12753181.
  29. ^ Бенджамин Дж. А., Деснуайер Дж., Мориссетт А., Сальвей Х., Массе Е. (март 2010 г.). «Работа с окислительным стрессом и недостатком железа у микроорганизмов: обзор». Может. J. Physiol. Pharmacol. 88 (3): 264–272. Дои:10.1139 / y10-014. PMID  20393591.
  30. ^ а б Фогель Дж, Папенфорт К. (декабрь 2006 г.). «Малые некодирующие РНК и наружная мембрана бактерий». Curr. Мнение. Микробиол. 9 (6): 605–611. Дои:10.1016 / j.mib.2006.10.006. PMID  17055775.
  31. ^ Делихас Н., Форст С. (октябрь 2001 г.). «MicF: ген антисмысловой РНК, участвующий в ответе Escherichia coli на глобальные стрессовые факторы». J. Mol. Биол. 313 (1): 1–12. Дои:10.1006 / jmbi.2001.5029. PMID  11601842.
  32. ^ Чен С., Чжан А., Блин Л. Б., Сторц Г. (октябрь 2004 г.). «MicC, второй регулятор малой РНК экспрессии белка Omp в Escherichia coli». J. Bacteriol. 186 (20): 6689–6697. Дои:10.1128 / JB.186.20.6689-6697.2004. ЧВК  522180. PMID  15466019.
  33. ^ Сонг Т., Вай С.Н. (июль 2009 г.). «Новая мРНК, которая модулирует вирулентность и экологическую пригодность холерного вибриона». РНК Биол. 6 (3): 254–258. Дои:10.4161 / rna.6.3.8371. PMID  19411843.
  34. ^ Рамирес-Пенья, Э; Treviño, J; Лю, Z; Perez, N; Сумби, П. (декабрь 2010 г.). «Малая регуляторная РНК FasX Streptococcus группы А усиливает активность стрептокиназы за счет повышения стабильности транскрипта мРНК ska». Молекулярная микробиология. 78 (6): 1332–1347. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2010.07427.x. ЧВК  3071709. PMID  21143309.
  35. ^ Лю, Z; Treviño, J; Рамирес-Пенья, Э; Сумби, П. (октябрь 2012 г.). «Малая регуляторная РНК FasX контролирует экспрессию пилуса и прилипание к человеческому бактериальному патогену группы A Streptococcus». Молекулярная микробиология. 86 (1): 140–154. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2012.08178.x. ЧВК  3456998. PMID  22882718.
  36. ^ Опасность, JL; Цао, штат Теннесси; Цао, TH; Саркар, П; Treviño, J; Pflughoeft, KJ; Сумби, П. (апрель 2015 г.). «Малая регуляторная РНК FasX усиливает вирулентность стрептококков группы А и подавляет экспрессию ворсинок через серотип-специфические мишени». Молекулярная микробиология. 96 (2): 249–262. Дои:10,1111 / ммi,12935. ЧВК  4390479. PMID  25586884.
  37. ^ Опасность, JL; Махтал, Н; Кумарасвами, М; Сумби, П. (1 декабря 2015 г.). «Малая регуляторная РНК FasX отрицательно регулирует экспрессию двух фибронектин-связывающих белков в стрептококках группы А». Журнал бактериологии. 197 (23): 3720–3730. Дои:10.1128 / jb.00530-15. ЧВК  4626899. PMID  26391206.
  38. ^ Ленц Д.Х., Мок К.С., Лилли Б.Н., Кулкарни Р.В., Вингрин Н.С., Басслер Б.Л. (июль 2004 г.). «Шаперон малых РНК Hfq и множественные малые РНК контролируют кворум зондирования у Vibrio harveyi и Vibrio cholerae». Клетка. 118 (1): 69–82. Дои:10.1016 / j.cell.2004.06.009. PMID  15242645.
  39. ^ Bardill JP, Zhao X, Hammer BK (апрель 2011 г.). «Реакция кворума Vibrio cholerae опосредуется Hfq-зависимыми взаимодействиями спаривания оснований мРНК / мРНК». Мол Микробиол. 80 (5): 1381–1394. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2011.07655.x. PMID  21453446.
  40. ^ а б c Тейлор, Патрик К .; Ван Кессель, Антониус Т. М .; Колавита, Антонио; Хэнкок, Роберт Э. У .; Ма, Тхиен-Фа (2017). «Новая малая РНК важна для образования биопленок и патогенности Pseudomonas aeruginosa». PLOS One. 12 (8): e0182582. Дои:10.1371 / journal.pone.0182582. ISSN  1932-6203. ЧВК  5542712. PMID  28771593.
  41. ^ а б c Дерш, Петра; Хан, Муна А .; Мюлен, Сабрина; Гёрке, Борис (2017). «Роль регуляторных РНК для устойчивости бактерий к антибиотикам и их потенциальное значение в качестве мишеней для новых лекарственных средств». Границы микробиологии. 8: 803. Дои:10.3389 / fmicb.2017.00803. ISSN  1664-302X. ЧВК  5418344. PMID  28529506.
  42. ^ Райт PR, Рихтер А.С., Папенфорт К., Манн М., Фогель Дж., Хесс В.Р., Бэкофен Р., Георг Дж. (2013). «Сравнительная геномика улучшает предсказание целей для бактериальных малых РНК». Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (37): E3487 – E3496. Дои:10.1073 / pnas.1303248110. ЧВК  3773804. PMID  23980183.
  43. ^ а б Райт PR, Георг Дж., Манн М., Сореску Д.А., Рихтер А.С., Лотт С., Кляйнкауф Р., Хесс В. Р., Бэкофен Р. (2014). «CopraRNA и IntaRNA: прогнозирование малых РНК-мишеней, сетей и доменов взаимодействия». Нуклеиновые кислоты Res. 42 (Веб-сервер): W119–23. CiteSeerX  10.1.1.641.51. Дои:10.1093 / нар / gku359. ЧВК  4086077. PMID  24838564.
  44. ^ Буш А., Рихтер А.С., Бакофен Р. (2008). «IntaRNA: эффективное предсказание бактериальных мишеней мРНК, включая доступность сайта-мишени и области семян». Биоинформатика. 24 (24): 2849–2856. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn544. ЧВК  2639303. PMID  18940824.
  45. ^ Манн М., Райт PR, Backofen R (2017). «IntaRNA 2.0: улучшенное и настраиваемое предсказание взаимодействий РНК-РНК». Нуклеиновые кислоты Res. 45 (Веб-сервер): W435–439. Дои:10.1093 / нар / gkx279. ЧВК  5570192. PMID  28472523.
  46. ^ Eggenhofer F, Tafer H, Stadler PF, Hofacker IL (2011). «RNApredator: быстрое предсказание целей мРНК на основе доступности». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Веб-сервер): W149–154. Дои:10.1093 / nar / gkr467. ЧВК  3125805. PMID  21672960.
  47. ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бекофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J. 35: 991–1011. Дои:10.15252 / embj.201593360. ЧВК  5207318. PMID  27044921.
  48. ^ Сасси, Мохамед; Августин, Йоанн; Мауро, Тони; Ивейн, Лоррейн; Чабельская, Светлана; Халлье, Марк; Саллу, Оливье; Фельден, Брайс (май 2015 г.). «SRD: база данных регуляторных РНК стафилококков». РНК. 21 (5): 1005–1017. Дои:10.1261 / rna.049346.114. ISSN  1469-9001. ЧВК  4408781. PMID  25805861.
  49. ^ Пищимаров, Иордания; Куенне, Карстен; Миллиард, Андре; Хембергер, Юрген; Семич, Франц; Чакраборти, Тринад; Хайн, Торстен (10 августа 2012 г.). «sRNAdb: небольшая база данных некодирующих РНК для грамположительных бактерий». BMC Genomics. 13: 384. Дои:10.1186/1471-2164-13-384. ISSN  1471-2164. ЧВК  3439263. PMID  22883983.