MicA РНК - MicA RNA
SraD РНК | |
---|---|
Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности SraD | |
Идентификаторы | |
Символ | SraD |
Альт. Символы | sraD |
Рфам | RF00078 |
Прочие данные | |
РНК тип | Ген; мРНК |
Домен (ы) | Бактерии |
ТАК | ТАК: 0000655 |
PDB структуры | PDBe |
В MicA РНК (также известен как SraD) - небольшой некодирующая РНК что было обнаружено в Кишечная палочка на большом экране.[1] Экспрессия SraD очень распространена в стационарная фаза, но низкие уровни могут быть обнаружены в экспоненциально растущий ячеек тоже.
Функция
Эта РНК связывает Белок Hfq и регулирует уровни экспрессия гена по антисмысловой механизм. Известно, что он нацелен на ген OmpA в Кишечная палочка и закрывает сайт связывания рибосомы.[2] В условиях стресса оболочки индуцируется транскрипция micA. MicA, RybB РНК и MicL РНК транскрипция находится под контролем фактор сигма сигма (E).[3][4][5] В Кишечная палочка, SraD также взаимодействует в СНГ и транс с видами мРНК, люкс, ompA and PhoP, соответственно. Это наблюдение описывает MicA как первую известную мРНК, осуществляющую антисмысловую регуляцию в обеих структурных конфигурациях. Известно, что MicA взаимодействует с мРНК, кодирующей гомолог синтазы, воспринимающей кворум, LuxS в E.coli, и обе РНК процессируются эндонуклеазой двухцепочечной РНК, РНКазой III. [6] Основываясь на его сохранении, это, вероятно, имеет место у близких родственников и может служить долгой неуловимой связью между стрессом оболочки и восприятием кворума.
PhoPQ двухкомпонентная система репрессируется MicA. РНК предположительно спаривается с сайт связывания рибосом мРНК phoP, тем самым подавляя трансляцию. Это связывает micA с клеточными процессами, такими как Mg (2+) транспорт, вирулентность, Модификации ЛПС и устойчивость к антимикробным пептидам.[7][8]
В S. typhimurium Было показано, что MicA участвует в биопленка формирование. Замечено, что люкс Установлено, что процесс образования мутантной биопленки зависит от MicA в случаях, когда кодирующая область гена удалена, однако до сих пор не известно, в какой степени MicA участвует в этом механизме. [9]
Сайт-направленный мутагенез был использован для конструирования мутировавших форм форм MicA с целью исследования детерминант РНК, важных для ее стабильности и функции.[10] Каждый исследуемый «домен» (5'-линейный домен, структурированная область с двумя стержневыми петлями, A / U-богатая последовательность и 3'-поли (U) хвост) был изменен без влияния на общую вторичную структуру MicA, однако каждый Было обнаружено, что «домен» по-разному влияет на стабильность и способность MicA регулировать свои многочисленные мишени.[10]
Рекомендации
- ^ Аргаман Л., Хершберг Р., Фогель Дж., Бежерано Г., Вагнер Э.Г., Маргалит Х., Алтувия С. (июнь 2001 г.). «Новые гены, кодирующие малую РНК, в межгенных областях Escherichia coli». Текущая биология. 11 (12): 941–50. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID 11448770.
- ^ Удекву К.И., Дарфей Ф., Фогель Дж., Реймегард Дж., Холмквист Э., Вагнер Э.Г. (октябрь 2005 г.). «Hfq-зависимая регуляция синтеза OmpA опосредована антисмысловой РНК». Гены и развитие. 19 (19): 2355–66. Дои:10.1101 / gad.354405. ЧВК 1240044. PMID 16204185.
- ^ Удекву К.И., Вагнер Э.Г. (2007). «Sigma E контролирует биогенез антисмысловой РНК MicA». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (4): 1279–88. Дои:10.1093 / нар / gkl1154. ЧВК 1851643. PMID 17267407.
- ^ Йохансен Дж., Расмуссен А.А., Овергаард М., Валентин-Хансен П. (ноябрь 2006 г.). «Консервированные малые некодирующие РНК, которые принадлежат регулону sigmaE: роль в подавлении белков внешней мембраны». Журнал молекулярной биологии. 364 (1): 1–8. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.09.004. PMID 17007876.
- ^ Гуо М.С., Updegrove TB, Гоголь Е.Б., Шабалина С.А., Gross CA, Storz G (июль 2014 г.). «MicL, новая σE-зависимая мРНК, борется со стрессом оболочки путем подавления синтеза Lpp, основного липопротеина внешней мембраны». Гены и развитие. 28 (14): 1620–34. Дои:10.1101 / gad.243485.114. ЧВК 4102768. PMID 25030700.
- ^ Удекву К.И. (октябрь 2010 г.). «Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция мРНК luxS Escherichia coli; участие мРНК MicA». PLOS ONE. 5 (10): e13449. Bibcode:2010PLoSO ... 513449U. Дои:10.1371 / journal.pone.0013449. ЧВК 2956633. PMID 20976191.
- ^ Coornaert A, Lu A, Mandin P, Springer M, Gottesman S, Guillier M (апрель 2010 г.). «MicA sRNA связывает регулон PhoP со стрессом клеточной оболочки». Молекулярная микробиология. 76 (2): 467–79. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2010.07115.x. ЧВК 2925231. PMID 20345657.
- ^ Coornaert A, Chiaruttini C, Springer M, Guillier M (январь 2013 г.). «Посттранскрипционный контроль двухкомпонентной системы Escherichia coli PhoQ-PhoP с помощью множества мРНК включает новую область спаривания GcvB». PLoS Genetics. 9 (1): e1003156. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003156. ЧВК 3536696. PMID 23300478.
- ^ Кинт Дж., Де Костер Д., Маршал К., Вандерлейден Дж., Де Кеерсмэкер СК (ноябрь 2010 г.). «Малая регуляторная молекула РНК MicA участвует в формировании биопленки серовара Typhimurium Salmonella enterica». BMC Microbiology. 10: 276. Дои:10.1186/1471-2180-10-276. ЧВК 2987988. PMID 21044338.
- ^ а б Андраде Дж. М., Побре В., Аррайано К. М. (2013). Сумби П. (ред.). «Малые модули РНК придают разную стабильность и по-разному взаимодействуют с множеством целей». PLOS ONE. 8 (1): e52866. Bibcode:2013ПРИЛОЖЕНИЕ ... 852866A. Дои:10.1371 / journal.pone.0052866. ЧВК 3551931. PMID 23349691.
дальнейшее чтение
- Караволос М.Х., Балмер Д.М., Спенсер Х., Рампиони Дж., Шмален И., Бейкер С. и др. (Март 2011 г.). «Salmonella Typhi улавливает гормоны нейроэндокринного стресса и выделяет токсин гемолизин E». Отчеты EMBO. 12 (3): 252–8. Дои:10.1038 / embor.2011.4. ЧВК 3059909. PMID 21331094.
- Мурс А., Чиппер-Китинг С., Сан Л., Маквикер Г., Уэльс Л., Гаши К., Бломфилд И.К. (январь 2014 г.). «RfaH подавляет ингибирование MicA малой РНК экспрессии fimB в Escherichia coli K-12». Журнал бактериологии. 196 (1): 148–56. Дои:10.1128 / JB.00912-13. ЧВК 3911127. PMID 24163336.
внешняя ссылка
Этот молекулярный или же клеточная биология статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |