МРНК Bacillus subtilis BSR - Bacillus subtilis BSR sRNAs

На экране Bacillus subtilis геном для кодирования генов нкРНК, Сайто и др. сосредоточены на 123 межгенных регионах (МГР) более 500 пар оснований по длине авторы проанализировали экспрессию из этих регионов. Семь IGR, названные bsrC, bsrD, bsrE, bsrF, bsrG, bsrH и bsrI, экспрессировали РНК размером менее 380 нуклеотидов. Все малые РНК кроме БсрД РНК были выражены в преобразованных кишечная палочка клетки, несущие плазмида с ПЦР-амплифицированными IGR Б. subtilis, что указывает на то, что их собственные промоторы независимо экспрессируют малые РНК. В ненапряженном состоянии истощение гены для малых РНК не влияет на рост. Хотя их функции неизвестны, экспрессия гена профили в несколько временных точек показали, что большинство генов, за исключением bsrD, экспрессировались во время вегетативной фазы (4-6 часов), но не определялись во время стационарной фазы (8 часов). Картирование 5'-концов 6 малых РНК показало, что генам РНК BsrE, BsrF, BsrG, BsrH и BsrI предшествует сайт узнавания для РНК-полимераза сигма-фактор σА.[1]

Система токсинов / антитоксинов типа I

Было показано, что бсрэ, БСРГ и bsrH спариваться посредством межмолекулярных взаимодействий с недавно идентифицированными антисмысловыми мРНК. Было высказано предположение, что они образуют тип I система токсин / антитоксин который включает мРНК, кодирующую короткий токсичный пептид (бсрэ, БСРГ и bsrH ) и антитоксин, состоящий из антисмысловой РНК.[2]

Дальнейшие исследования установили, что 294-нуклеотидный БСРГ кодирует токсин из 39 аминокислот, а антисмысловая мРНК из 180 нуклеотидов, называемая SR4, действует как антитоксин (они перекрываются на 123 нуклеотида). Взаимодействие SR4 с 3'UTR БСРГ РНК способствует БСРГ деградации и тормозит его перевод.[3][4] BsrG вмешивается в биосинтез клеточной оболочки, вызывает инвагинации мембран и делокализацию синтеза клеточной стенки и инициирует автолиз.[5]

256 нуклеотидов бсрэ РНК кодирует пептид токсина из 30 аминокислот. Его ген антитоксина, SR5, перекрывается на 112 нуклеотидов на 3'-конце bsrE. Антитоксин SR5 способствует деградации bsrE, но, в отличие от SR4, он не ингибирует напрямую трансляцию мРНК токсина.[6][7]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Сайто С., Какешита Х, Накамура К. (январь 2009 г.). «Новые гены, кодирующие малую РНК, в межгенных областях Bacillus subtilis». Ген. 428 (1–2): 2–8. Дои:10.1016 / j.gene.2008.09.024. PMID  18948176.
  2. ^ Ирнов I, Шарма CM, Vogel J, Winkler WC (октябрь 2010 г.). «Идентификация регуляторных РНК в Bacillus subtilis». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (19): 6637–51. Дои:10.1093 / nar / gkq454. ЧВК  2965217. PMID  20525796.
  3. ^ Ян Н., Прейс Х, Видеманн С., Брантл С. (февраль 2012 г.). «BsrG / SR4 из Bacillus subtilis - первая термозависимая токсин-антитоксиновая система I типа». Молекулярная микробиология. 83 (3): 579–98. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2011.07952.x. PMID  22229825.
  4. ^ Ян Н., Брантл С. (ноябрь 2013 г.). «Один антитоксин - две функции: SR4 контролирует распад и трансляцию мРНК токсина». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (21): 9870–80. Дои:10.1093 / nar / gkt735. ЧВК  3834814. PMID  23969414.
  5. ^ Ян Н., Брантл С., Страл Х (ноябрь 2015 г.). «Против основного течения: ассоциированный с мембраной токсин типа I BsrG из Bacillus subtilis препятствует биосинтезу клеточной оболочки без увеличения проницаемости мембраны». Молекулярная микробиология. 98 (4): 651–66. Дои:10.1111 / мм. 13146. PMID  26234942.
  6. ^ Мюллер П., Ян Н., Ринг С, Майвальд С., Нойберт Р., Мейснер С., Брантл С. (май 2016 г.). «Мультистресс-чувствительная система токсин-антитоксин типа I: bsrE / SR5 из хромосомы B. subtilis». РНК Биология. 13 (5): 511–23. Дои:10.1080/15476286.2016.1156288. ЧВК  4962801. PMID  26940229.
  7. ^ Мейснер С., Ян Н., Брантл С. (январь 2016 г.). «Исследование in vitro системы токсин-антитоксин типа I bsrE / SR5 из Bacillus subtilis». Журнал биологической химии. 291 (2): 560–71. Дои:10.1074 / jbc.M115.697524. ЧВК  4705377. PMID  26565032.