TARBP2 - TARBP2

TARBP2
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2CPN, 3ADL, 3LLH, 4WYQ
Идентификаторы
Псевдонимы	TARBP2, LOQS, TRBP, TRBP1, TRBP2, RISC-загрузочный комплекс РНК-связывающая субъединица, TARBP2-субъединица загрузочного RISC-комплекса
Внешние идентификаторы	OMIM: 605053 MGI: 103027 ГомолоГен: 7562 Генные карты: TARBP2
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 12 (человек)
Конец	53,506,431 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 15 (мышь)
Конец	102,523,676 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание с N-концом белка; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание миРНК; • Связывание РНК; • связывание ферментов; • связывание пре-мРНК; • связывание двухцепочечной РНК; • идентичное связывание с белками; • активность гомодимеризации белков; • связывание пре-миРНК; • связывание miRNA;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • цитозоль; • перинуклеарная область цитоплазмы; • ядро клетки; • нуклеоплазма; • ядерное тело; • RISC-погрузочный комплекс; • RISC комплекс;
Биологический процесс	• регуляция вирусной транскрипции; • отрицательная регуляция активности протеинкиназы; • рост многоклеточного организма; • положительное регулирование перевода; • однократное оплодотворение; • Загрузка миРНК на RISC, участвующая в интерференции РНК; • отрицательная регуляция защитного ответа на вирус со стороны хозяина; • развитие сперматид; • положительная регуляция репликации вирусного генома; • регулирование перевода; • производство miRNA, участвующих в подавлении генов с помощью miRNA; • нацеливание мРНК на разрушение, участвующее в интерференции РНК; • miRNA метаболический процесс; • подавление гена с помощью РНК; • производство миРНК, участвующей в РНК-интерференции; • пре-miRNA процессинг; • загрузка miRNA на RISC, участвующая в подавлении генов с помощью miRNA; • регуляция продукции siRNA, участвующей в РНК-интерференции; • регуляция продукции miRNAs, участвующих в подавлении генов с помощью miRNA; • регенерация ткани скелетных мышц; • положительное регулирование дифференцировки мышечных клеток; • пролиферация нервных клеток-предшественников;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	6895
	21357
	ENSG00000139546
	ENSMUSG00000023051
	Q15633
	P97473
	NM_004178; NM_134323; NM_134324
	NM_001253795; NM_009319
	NP_004169; NP_599150; NP_599151
	NP_001240724; NP_033345
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

RISC-загрузочный комплекс субъединица TARBP2 это белок что у людей кодируется TARBP2 ген.^[5]^[6]

Функция

ВИЧ-1, возбудитель синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД), содержит геном РНК, который производит интегрированную в хромосому ДНК во время репликативного цикла. Активация экспрессии гена ВИЧ-1 трансактиватором Tat зависит от регуляторного элемента РНК (TAR), расположенного ниже сайта инициации транскрипции. Белок, кодируемый этим геном, связывается между выпуклостью и петлей регуляторного элемента TAR РНК ВИЧ-1 и активирует экспрессию гена ВИЧ-1 в синергии с вирусным белком Tat. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы. Этот ген также имеет псевдоген.^[6]

Взаимодействия

TARBP2 был показан взаимодействовать с участием Протеинкиназа R^[7]^[8] и RBM14.^[9]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000139546 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023051 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Gatignol A, Buckler-White A, Berkhout B, Jeang KT (март 1991 г.). «Характеристика человеческого TAR РНК-связывающего белка, который активирует LTR ВИЧ-1». Наука. 251 (5001): 1597–600. Дои:10.1126 / наука.2011739. PMID 2011739.
^ ^а ^б «Ген Entrez: TARBP2 Tar (HIV-1) РНК-связывающий белок 2».
^ Cosentino GP, Venkatesan S, Serluca FC, Green SR, Mathews MB, Sonenberg N (октябрь 1995 г.). «Двухцепочечная РНК-зависимая протеинкиназа и РНК-связывающий белок TAR образуют гомо- и гетеродимеры in vivo». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (21): 9445–9. Дои:10.1073 / пнас.92.21.9445. ЧВК 40818. PMID 7568151.
^ Дахер А., Лонге М., Дорин Д., Буа Ф., Сегерал Е., Баннварт С., Баттисти П.Л., Перселл Д.Ф., Бенароус Р., Вакеро С., Мерс Е.Ф., Гатиньол А. (сентябрь 2001 г.) «Два домена димеризации в РНК-связывающем белке (TRBP) ответа на трансактивацию по отдельности обращают вспять ингибирование протеинкиназой R экспрессии длинных концевых повторов ВИЧ-1». Журнал биологической химии. 276 (36): 33899–905. Дои:10.1074 / jbc.M103584200. PMID 11438532.
^ Ивасаки Т., Чин В.В., Ко Л. (сентябрь 2001 г.). «Идентификация и характеристика RRM-содержащего активатора коактиватора (CoAA) в качестве белка, взаимодействующего с TRBP, и его варианта сплайсинга в качестве модулятора коактиватора (CoAM)». Журнал биологической химии. 276 (36): 33375–83. Дои:10.1074 / jbc.M101517200. PMID 11443112.

дальнейшее чтение

Cosentino GP, Venkatesan S, Serluca FC, Green SR, Mathews MB, Sonenberg N (октябрь 1995 г.). «Двухцепочечная РНК-зависимая протеинкиназа и РНК-связывающий белок TAR образуют гомо- и гетеродимеры in vivo». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (21): 9445–9. Дои:10.1073 / пнас.92.21.9445. ЧВК 40818. PMID 7568151.
Kozak CA, Gatignol A, Graham K, Jeang KT, McBride OW (январь 1995 г.). «Генетическое картирование у человека и мыши локуса, кодирующего TRBP, белок, который связывает область TAR вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1)». Геномика. 25 (1): 66–72. Дои:10.1016/0888-7543(95)80110-8. PMID 7774957.
Gatignol A, Buckler C, Jeang KT (апрель 1993 г.). «Родство РНК-связывающего мотива в TAR РНК-связывающем белке TRBP вируса иммунодефицита человека типа 1 с киназой P1 / dsI человека и Drosophila staufen». Молекулярная и клеточная биология. 13 (4): 2193–202. Дои:10.1128 / mcb.13.4.2193. ЧВК 359540. PMID 8455607.
Гатиньол А, Дуарте М., Давиет Л., Чанг Ю.Н., Джанг К.Т. (1996). «Последовательные шаги в Tat-трансактивации ВИЧ-1, опосредованной клеточной ДНК, РНК и факторами связывания белков». Экспрессия гена. 5 (4–5): 217–28. ЧВК 6138028. PMID 8723388.
Kasof GM, Goyal L, White E (июнь 1999 г.). «Btf, новый способствующий смерти репрессор транскрипции, который взаимодействует с белками, родственными Bcl-2». Молекулярная и клеточная биология. 19 (6): 4390–404. Дои:10.1128 / mcb.19.6.4390. ЧВК 104398. PMID 10330179.
Давиет Л., Эрард М., Дорин Д., Дуарте М., Вакеро С., Гатиньол А. (апрель 2000 г.). «Анализ различия связывания между двумя dsRNA-связывающими доменами в TRBP показывает модульную функцию мотива KR-спирали». Европейский журнал биохимии / FEBS. 267 (8): 2419–31. Дои:10.1046 / j.1432-1327.2000.01256.x. PMID 10759868.
Duarte M, Graham K, Daher A, Battisti PL, Bannwarth S, Segeral E, Jeang KT, Gatignol A (2001). «Характеристика TRBP1 и TRBP2. Стабильная структура« стержень-петля »на 5'-конце мРНК TRBP2 напоминает TAR ВИЧ-1 и не обнаруживается в его процессируемом псевдогене». Журнал биомедицинских наук. 7 (6): 494–506. Дои:10.1007 / bf02253365. PMID 11060498.
Siffroi JP, Pawlak A, Alfonsi MF, Troalen F, Guellaen G, Dadoune JP (март 2001 г.). «Экспрессия белка, связывающего РНК TAR в семенниках человека». Молекулярная репродукция человека. 7 (3): 219–25. Дои:10.1093 / моль · ч / 7.3.219. PMID 11228241.
Дахер А., Лонге М., Дорин Д., Буа Ф., Сегерал Е., Баннварт С., Баттисти П.Л., Перселл Д.Ф., Бенароус Р., Вакеро С., Мерс Е.Ф., Гатиньол А. (сентябрь 2001 г.) «Два домена димеризации в РНК-связывающем белке (TRBP) ответа на трансактивацию по отдельности обращают вспять ингибирование протеинкиназой R экспрессии длинных концевых повторов ВИЧ-1». Журнал биологической химии. 276 (36): 33899–905. Дои:10.1074 / jbc.M103584200. PMID 11438532.
Ивасаки Т., Чин В.В., Ко Л. (сентябрь 2001 г.). «Идентификация и характеристика RRM-содержащего активатора коактиватора (CoAA) в качестве белка, взаимодействующего с TRBP, и его варианта сплайсинга в качестве модулятора коактиватора (CoAM)». Журнал биологической химии. 276 (36): 33375–83. Дои:10.1074 / jbc.M101517200. PMID 11443112.
Bannwarth S, Talakoub L, Letourneur F, Duarte M, Purcell DF, Hiscott J, Gatignol A (декабрь 2001 г.). «Организация человеческого гена tarbp2 выявляет два промотора, которые репрессированы в астроцитарной клеточной линии». Журнал биологической химии. 276 (52): 48803–13. Дои:10.1074 / jbc.M104645200. PMID 11641396.
Xu YC, Wu RF, Gu Y, Yang YS, Yang MC, Nwariaku FE, Terada LS (август 2002 г.). «Участие TRAF4 в окислительной активации N-концевой киназы c-Jun». Журнал биологической химии. 277 (31): 28051–7. Дои:10.1074 / jbc.M202665200. PMID 12023963.
Battisti PL, Daher A, Bannwarth S, Voortman J, Peden KW, Hiscott J, Mouland AJ, Benarous R, Gatignol A (сентябрь 2003 г.). «Аддитивная активность между РНК-связывающим белком TRBP2 и циклином Т1 ответа на трансактивацию в отношении экспрессии ВИЧ типа 1 и вирусной продукции в клетках мыши». Исследования СПИДа и ретровирусы человека. 19 (9): 767–78. Дои:10.1089/088922203769232566. PMID 14585207.
Lee JY, Kim H, Ryu CH, Kim JY, Choi BH, Lim Y, Huh PW, Kim YH, Lee KH, Jun TY, Rha HK, Kang JK, Choi CR (июль 2004 г.). «Мерлин, супрессор опухолей, взаимодействует с чувствительным к трансактивации РНК-связывающим белком и ингибирует его онкогенную активность». Журнал биологической химии. 279 (29): 30265–73. Дои:10.1074 / jbc.M312083200. PMID 15123692.
Хаасе А.Д., Яскевич Л., Чжан Х., Лайне С., Сак Р., Гатиньол А., Филипович В. (октябрь 2005 г.). «TRBP, регулятор клеточной экспрессии PKR и вируса ВИЧ-1, взаимодействует с Dicer и участвует в подавлении РНК». EMBO отчеты. 6 (10): 961–7. Дои:10.1038 / sj.embor.7400509. ЧВК 1369185. PMID 16142218.
Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Bannwarth S, Lainé S, Daher A, Grandvaux N, Clerzius G, Leblanc AC, Hiscott J, Gatignol A (февраль 2006 г.). «Клеточно-специфическая регуляция промотора TRBP1 фактором транскрипции NF-Y в лимфоцитах и астроцитах». Журнал молекулярной биологии. 355 (5): 898–910. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.11.026. PMID 16343534.
Christensen HS, Daher A, Soye KJ, Frankel LB, Alexander MR, Lainé S, Bannwarth S, Ong CL, Chung SW, Campbell SM, Purcell DF, Gatignol A (май 2007 г.). «Малые интерферирующие РНК против белка, связывающего РНК TAR, TRBP, кофактора Dicer, ингибируют экспрессию длинных концевых повторов вируса иммунодефицита человека типа 1 и продукцию вируса». Журнал вирусологии. 81 (10): 5121–31. Дои:10.1128 / JVI.01511-06. ЧВК 1900231. PMID 17360756.

Эта статья о ген на хромосома человека 12 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000139546 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023051 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid2011739-5] Gatignol A, Buckler-White A, Berkhout B, Jeang KT (март 1991 г.). «Характеристика человеческого TAR РНК-связывающего белка, который активирует LTR ВИЧ-1». Наука. 251 (5001): 1597–600. Дои:10.1126 / наука.2011739. PMID 2011739.

[entrez-6] а ^б «Ген Entrez: TARBP2 Tar (HIV-1) РНК-связывающий белок 2».

[pmid7568151-7] Cosentino GP, Venkatesan S, Serluca FC, Green SR, Mathews MB, Sonenberg N (октябрь 1995 г.). «Двухцепочечная РНК-зависимая протеинкиназа и РНК-связывающий белок TAR образуют гомо- и гетеродимеры in vivo». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (21): 9445–9. Дои:10.1073 / пнас.92.21.9445. ЧВК 40818. PMID 7568151.

[pmid11438532-8] Дахер А., Лонге М., Дорин Д., Буа Ф., Сегерал Е., Баннварт С., Баттисти П.Л., Перселл Д.Ф., Бенароус Р., Вакеро С., Мерс Е.Ф., Гатиньол А. (сентябрь 2001 г.) «Два домена димеризации в РНК-связывающем белке (TRBP) ответа на трансактивацию по отдельности обращают вспять ингибирование протеинкиназой R экспрессии длинных концевых повторов ВИЧ-1». Журнал биологической химии. 276 (36): 33899–905. Дои:10.1074 / jbc.M103584200. PMID 11438532.

[pmid11443112-9] Ивасаки Т., Чин В.В., Ко Л. (сентябрь 2001 г.). «Идентификация и характеристика RRM-содержащего активатора коактиватора (CoAA) в качестве белка, взаимодействующего с TRBP, и его варианта сплайсинга в качестве модулятора коактиватора (CoAM)». Журнал биологической химии. 276 (36): 33375–83. Дои:10.1074 / jbc.M101517200. PMID 11443112.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]