Убиквитин B - Ubiquitin B

UBB
Доступные конструкции
PDB	Human UniProt search: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2кВт, 2 МБ, 2MRO, 2MSG, 4UEL, 4UF6, 4WLR, 4WUR, 4ЗПЗ, 5CAW, 3OJ3, 5DK8, 5CRA, 4ZFR, 5CVO, 3ZLZ, 4WHV, 4ZFT, 3ZNH, 5D0M, 2Y5B, 2кВт, 5D0K, 5ДФЛ, 5CVM, 4WZP, 5ЭДВ, 5CVN, 2KWU, 4XOF, 5BNB, 2N13, 4ZUX, 5IFR, 5IBK, 5кгф, 5JG6, 5К9П, 5E6J
Идентификаторы
Псевдонимы	UBB, HEL-S-50, Убиквитин B
Внешние идентификаторы	OMIM: 191339 ГомолоГен: 75104 Генные карты: UBB
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 17 (человек)
Конец	16,382,745 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• GO: 0001948 связывание с белками; • белковая метка; • связывание убиквитин-протеин-лигазы;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • мембрана эндоцитарных везикул; • цитозоль; • митохондрия; • проекция нейрона; • ядро клетки; • внеклеточная экзосома; • клеточная мембрана; • нуклеоплазма; • тело нейрональной клетки; • эндосомная мембрана; • внеклеточный; • митохондриальная наружная мембрана; • отделение контроля качества эндоплазматического ретикулума; • везикул; • мембрана эндоплазматического ретикулума; • клетка-хозяин;
Биологический процесс	• Ответ на повреждение ДНК, передача сигнала медиатором класса p53, приводящая к остановке клеточного цикла; • отрицательная регуляция сигнального пути рецептора эпидермального фактора роста; • ремонт межнитевых сшивок; • эксцизионная репарация нуклеотидов, распознавание повреждений ДНК; • положительная регуляция канонического сигнального пути Wnt; • сигнальный путь, опосредованный фактором некроза опухоли; • регулирование выработки интерферона I типа; • положительная регуляция моноубиквитинирования белков; • TRIF-зависимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов; • Сигнальный путь рецептора Fc-эпсилон; • эндосомный транспорт; • глобальная эксцизионная репарация нуклеотидов генома; • Сигнализация NIK / NF-kappaB; • G2 / M переход митотического клеточного цикла; • стресс-активируемый каскад MAPK; • трансформирующий сигнальный путь бета-рецептора фактора роста; • макроавтофагия; • отрицательная регуляция канонического сигнального пути Wnt; • Ответ на повреждение ДНК, обнаружение повреждения ДНК; • эксцизионная репарация нуклеотидов, заполнение пробелов в ДНК; • безошибочный транслезионный синтез; • регуляция сигнального пути, опосредованного фактором некроза опухоли; • стимулирующий сигнальный путь рецептора лектина С-типа; • отрицательная регуляция сигнального пути бета-рецептора трансформирующего фактора роста; • Каскад JNK; • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II в ответ на гипоксию; • нуклеотидно-эксцизионная репарация, разрез ДНК; • I-kappaB киназа / передача сигналов NF-kappaB; • врожденная иммунная система; • Notch сигнальный путь; • морфогенез проекции нейронов; • регуляция стабильности мРНК; • полиубиквитинирование белков; • отрицательная регуляция апоптотического процесса; • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • сборка вириона; • положительная регуляция внутреннего апоптотического сигнального пути медиатором класса p53; • активация активности MAPK; • положительная регуляция активности фактора транскрипции NF-kappaB; • комплексно-зависимый катаболический процесс, стимулирующий анафазу; • отрицательная регуляция выработки интерферона I типа; • нуклеотид-связывающий домен олигомеризации, содержащий сигнальный путь; • положительная регуляция убиквитинирования белков; • GO: 0046795 внутриклеточный транспорт вируса; • регуляция катаболического процесса протеасомных белков; • GO: 0019067 жизненный цикл вируса; • MyD88-зависимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов; • склонный к ошибкам транслезионный синтез; • Каскад MAPK; • регуляция митохондриального мембранного потенциала; • сигнальный путь рецептора фактора роста фибробластов; • трансмембранный перенос ионов; • процесс биосинтеза гликогена; • регуляция гибели нейронов; • положительная регуляция апоптотического процесса; • положительная регуляция передачи сигналов I-kappaB киназы / NF-kappaB; • транслезионный синтез; • транскрипционно-связанная эксцизионная репарация нуклеотидов; • транспорт митохондрий по микротрубочкам; • Путь передачи сигналов рецептора Т-клеток; • MyD88-независимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • регуляция передачи сигнала медиатором класса p53; • положительная регуляция сигнального пути рецептора эпидермального фактора роста; • Сигнальный путь Wnt; • эксцизионная репарация нуклеотидов, раскручивание дуплекса ДНК; • эксцизионная репарация нуклеотидов, разрез ДНК, 5'-очаг поражения; • Путь передачи сигналов ERBB2; • Путь передачи сигналов Wnt, путь планарной полярности клеток; • нуклеотидно-эксцизионная репарация, сборка комплекса до разреза; • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс; • метаболический процесс клеточного белка; • сворачивание белка; • отрицательная регуляция перехода G2 / M митотического клеточного цикла; • убиквитинирование белков; • деубиквитинирование белков; • SCF-зависимый протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс; • проникновение бактерии в клетку-хозяин; • трансмембранный транспорт; • регуляция некроптозного процесса; • мембранная организация; • тримминг маннозы эндоплазматического ретикулума; • гомеостаз ионов клеточного железа; • регуляция дифференцировки гемопоэтических стволовых клеток; • белок нацелен на пероксисому; • мужской мейоз I; • женский мейоз I; • развитие мужских гонад; • развитие женских гонад; • цитокин-опосредованный сигнальный путь; • зависимый от модификации белковый катаболический процесс; • развитие нейронов гонадотропин-рилизинг-гормона гипоталамуса; • развитие жировой ткани; • развитие жировой подушечки; • сигнальный путь, опосредованный интерлейкином-1; • развитие семенных канальцев; • энергетический гомеостаз;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	7314
	н / д
	ENSG00000170315
	н / д
	P0CG47
	н / д
NM_018955; NM_001281716; NM_001281717; NM_001281718; NM_001281719;
	NM_001281720
	н / д
NP_001268645; NP_001268646; NP_001268647; NP_001268648; NP_001268649;
	NP_061828
	н / д
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Убиквитин это белок что у людей кодируется UBB ген.^[3]

Функция

Убиквитин является одним из наиболее консервативных белков, известных в эукариотических организмах. Убиквитин необходим для АТФ -зависимый, не-лизосомный внутриклеточная деградация аномальных белков и нормальных белков с быстрым обменом. Убиквитин ковалентно связан с белками, подлежащими деградации, и, предположительно, маркирует эти белки для разложения. Убиквитин также связывается с гистон H2A в активно транскрибируемых областях, но не вызывает деградацию гистона H2A, что позволяет предположить, что убиквитин также участвует в регуляции экспрессии генов. Этот ген состоит из трех прямых повторов кодирующей последовательности убиквитина без спейсерной последовательности. Следовательно, белок экспрессируется как предшественник полиубиквитина с конечной аминокислотой после последнего повтора. Аберрантная форма этого белка (УББ + 1 ) был замечен у пациентов с Болезнь Альцгеймера, Синдром Дауна, Другой таупатии (например. Болезнь Пика ) и полиглутаминовая болезнь (например. болезнь Хантингтона ).^[4]^[5]

дальнейшее чтение

Conaway RC, Brower CS, Conaway JW (2002). «Новые роли убиквитина в регуляции транскрипции». Наука. 296 (5571): 1254–1258. Дои:10.1126 / science.1067466. PMID 12016299. S2CID 38822700.
Мерфи Р.К., Годеншвеге Т.А. (2002). «Новые роли убиквитина в сборке и функции нейронных цепей». Нейрон. 36 (1): 5–8. Дои:10.1016 / S0896-6273 (02) 00943-1. PMID 12367500. S2CID 15764136.
Mazzé FM, Degrève L (2006). «Роль вирусных и клеточных белков в зарождении вируса иммунодефицита человека». Acta Virol. 50 (2): 75–85. PMID 16808324.
Шлезингер DH, Гольдштейн G (1975). «Молекулярная консервация 74 аминокислотной последовательности убиквитина крупного рогатого скота и человека». Природа. 255 (5507): 423–4. Дои:10.1038 / 255423a0. PMID 1128706. S2CID 4159096.
Адамс С.М., Шарп М.Г., Уокер Р.А. и др. (1992). «Дифференциальная экспрессия генов, связанных с трансляцией, в доброкачественных и злокачественных опухолях груди человека». Br. J. Рак. 65 (1): 65–71. Дои:10.1038 / bjc.1992.12. ЧВК 1977345. PMID 1370760.
Pancré V, Pierce RJ, Fournier F, et al. (1991). «Влияние убиквитина на функции тромбоцитов: возможная идентичность с лимфокином, подавляющим активность тромбоцитов (PASL)». Евро. J. Immunol. 21 (11): 2735–41. Дои:10.1002 / eji.1830211113. PMID 1657614.
Бейкер RT, Совет PG (1991). «Ген слитого белка убиквитин-52 аминокислоты человека имеет несколько общих структурных особенностей с генами рибосомных белков млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Res. 19 (5): 1035–1040. Дои:10.1093 / nar / 19.5.1035. ЧВК 333777. PMID 1850507.
Форнас А.Дж., Аламо И., Холландер М.С., Ламоро Э. (1989). «МРНК убиквитина является основным индуцированным стрессом транскриптом в клетках млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Res. 17 (3): 1215–1230. Дои:10.1093 / nar / 17.3.1215. ЧВК 331738. PMID 2537950.
Лунд П.К., Моатс-Статс Б.М., Симмонс Дж. Г. и др. (1985). «Анализ нуклеотидной последовательности кДНК, кодирующей человеческий убиквитин, показывает, что убиквитин синтезируется в качестве предшественника». J. Biol. Chem. 260 (12): 7609–13. PMID 2581967.
Einspanier R, Sharma HS, Scheit KH (1987). «Клонирование и анализ последовательности кДНК, кодирующей полиубиквитин в клетках гранулезы яичников человека». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 147 (2): 581–587. Дои:10.1016 / 0006-291X (87) 90970-3. PMID 2820408.
Выборг О., Педерсен М.С., Винд А. и др. (1985). «Мультигенное семейство убиквитина человека: некоторые гены содержат несколько непосредственно повторяющихся кодирующих последовательностей убиквитина». EMBO J. 4 (3): 755–9. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1985.tb03693.x. ЧВК 554252. PMID 2988935.
Бейкер RT, Совет PG (1987). «Семейство генов убиквитина человека: структура гена и псевдогены из подсемейства Ub B». Нуклеиновые кислоты Res. 15 (2): 443–463. Дои:10.1093 / nar / 15.2.443. ЧВК 340445. PMID 3029682.
Виджай-Кумар С., Багг С.Э., Кук В.Дж. (1987). «Структура убиквитина уточнена при разрешении 1,8 А». J. Mol. Биол. 194 (3): 531–544. Дои:10.1016/0022-2836(87)90679-6. PMID 3041007.
Буш Х (1984). «[23] Убиквитинирование белков». Убиквитинирование белков. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 106. С. 238–262. Дои:10.1016/0076-6879(84)06025-0. ISBN 978-0-12-182006-0. PMID 6092831.
Андерсен М.В., Баллал Н.Р., Голдкнопф И.Л., Буш Х. (1981). «Активность лиазы протеина A24 в ядрышках печени крыс, обработанных тиоацетамидом, высвобождает гистон 2A и убиквитин из конъюгированного протеина A24». Биохимия. 20 (5): 1100–1104. Дои:10.1021 / bi00508a009. PMID 6261785.
Буш Х., Голдкнопф ИЛ (1982). «Убиквитин - белковые конъюгаты». Мол. Клетка. Биохим. 40 (3): 173–87. Дои:10.1007 / bf00224611. PMID 6275256. S2CID 21101636.
Treier M, Staszewski LM, Bohmann D (1994). «Убиквитин-зависимая деградация c-Jun in vivo опосредована дельта-доменом». Клетка. 78 (5): 787–798. Дои:10.1016 / S0092-8674 (94) 90502-9. PMID 8087846. S2CID 33344164.
Кук В.Дж., Джеффри Л.К., Касперек Э., Пикарт С.М. (1994). «Структура тетраубиквитина показывает, как могут образовываться мультиубиквитиновые цепи». J. Mol. Биол. 236 (2): 601–609. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1169. PMID 8107144.
Рэймидж Р., Грин Дж., Мьюир Т.В. и др. (1994). «Синтетические, структурные и биологические исследования убиквитиновой системы: общий химический синтез убиквитина». Biochem. J. 299 (1): 151–8. Дои:10.1042 / bj2990151. ЧВК 1138034. PMID 8166633.