ZC3H12B - ZC3H12B
| ZC3H12B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ZC3H12B, CXorf32, MCPIP2, цинковый палец CCCH-типа, содержащий 12B | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | OMIM: 300889 MGI: 2442133 ГомолоГен: 19395 Генные карты: ZC3H12B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr X: 65,37 - 65,51 Мб | Chr X: 95.71 - 95.93 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
ZC3H12B, также известный как CXorf32 или же MCPIP2, это белок закодировано ген ZC3H12B расположен на хромосоме Xq12 у человека.
Ген
Ген ZC3H12B состоит из 19 709 пар оснований (п.н.) и содержит 5 экзоны. Он расположен на Х хромосома на q12 на плюсовой нити.
ZC3H12B Локус.
ZC3H12B содержит рибонуклеаза домен, а также домен цинковых пальцев типа CCCH. Рибонуклеазы (РНКазы) разрушают РНК и участвуют в процессе созревания РНК. Они также являются линией защиты от вирусной РНК (D'Alessio and Riordan 1997). Цинковые пальцы CCCH-типа связаны с дестабилизацией мРНК. Цинковые пальцы CCCH-типа, как было показано, превращают мРНК без удаления хвоста PolyA (Lai and Blackshear 2001). ZC3H12B и его паралоги ZC3H12A, ZC3H12C и ZC3H12D все содержат домены цинковых пальцев типа CCCH, которые были связаны с клеточный цикл и фазовые переходы роста у эукариот (InterPro).
Промоутер
Программа Genomatix ElDorado предсказала промотор длиной 601 п.н. выше гена ZC3H12B с несколькими сайтами связывания факторов транскрипции, включая ядерный фактор активированных Т-клеток и связанный с рибонуклеопротеином белок цинкового пальца MOK-2 (также известный как ZNF239 ).
Прогнозирование сайта связывания фактора транскрипции в промоторе ZC3H12B.
мРНК
ZC3H12B содержит мРНК 7273 п.н. Существует только одна предсказанная расшифровка стенограммы Aceview. Не было предсказано никаких схем складывания (Mfold). Это для интронов, вырезанных из ZC3H12B.
Вариант мРНК, предсказанный Aceview в ZC3H12B.
Протеин
ZC3H12B - вероятная рибонуклеаза, содержащая домен цинковых пальцев типа CCCH и домены рибонуклеазы. Расчетный молекулярный вес белка из 836 аминокислот составляет 94,2 кДал. Он не содержит сигнального пептида или трансмембранного участка. PSORTII предсказал 65,2% вероятность обнаружения ядерной бомбы. Цинковые пальцы CCCH-типа и рибонуклеазы предположительно локализуются в ядре для расщепления РНК и, в частности, расщепления шпилькой РНК (Boysen and Hearn 2008).
Структурные характеристики
В вторичная структура белка представляет собой смесь альфа спирали и бета-цепи. Два домена, идентифицированные до сих пор, - это домены рибонуклеазы и цинковые пальцы CCCH-типа.
Ниже показан консервативный домен паралога ZC3H12B, Mcpip1 (или ZC3H12A). При сравнении структуры BLAST было выявлено 82% совпадения идентичности при 24% охвате запроса, с прогнозируемым значением e 2e-118,82% совпадения идентичности достаточно для сравнения консервативного домена цинковых пальцев ZC3H12B и Mcpip1 (ZC3H12A), который оба предположительно состоят из бета-цепей и альфа-спиралей.
Cn3D-рендеринг консервативного домена Mcpip1 с мотивом цинкового пальца.
Посттрансляционная модификация
Программа Phobius предсказала нецитоплазматическое расположение белка. NetPhos 2.0. предсказал 63 сайта фосфорилирования в ZC3H12B, которые отмечены на концептуальной трансляции. YinOYang1.2. предсказал три сайта прикрепления 0-Beta-GlcNAc, которые конкурируют с сайтами фосфорилирования. 0-Beta-GlcNAc предположительно является единственным типом гликозилирования, происходящим в ядре и / или цитоплазме клеток. Существует заметная связь между активацией антигена лимфоцитами и динамическим 0-B-гликозилированием ядерных белков (Харт и Акимото). NetNGlyc предсказал сайты гликозилирования; однако эти сайты были исключены, потому что белок, вероятно, является ядерным и не будет подвергаться этой форме гликозилирования. На N-конце белка не было предсказанных сайтов ацетилирования. Это необычно, потому что примерно 85% белков человека ацетилированы на N-конце для синтеза, стабилизации и локализации белков (Van Damm et al.). Нет кластеров положительного, отрицательного или смешанного заряда. Не обнаружено гидрофобных сегментов (SAPS SDSC Biology Workbench). MitoProtII не обнаружил сигналов экспорта митохондрий. Эти посттрансляционные тесты предполагают, что белок расположен в ядре и подвергается динамическому фосфорилированию и модификациям 0-Beta-GlcNAc.
Эволюция
Избранные домены ZC3H12B законсервированы у большинства позвоночных, членистоногих и кольчатых червей. В доменах бактерий или архей нет консервативных доменов. У дрожжей, растений или простейших не было значимо консервативных доменов.
Паралоги
Есть три паралоги ZC3H12B, которые принадлежат к тому же семейству цинковых пальцев типа CCCH, все из которых поддерживают более 50% идентичности с ZC3H12B на основе анализа BLAST (NCBI).
| Имя | Разновидность | Регистрационный номер NCBI | Длина (AA) | Идентичность белков |
|---|---|---|---|---|
| ZC3H12B | Homo sapiens | NM_001010888.3 | 836aa | 100% |
| ZC3H12A | Homo sapiens | NM_025079.2 | 599aa | 68% |
| ZC3H12C | Homo sapiens | NM_033390.1 | 883aa | 53% |
| ZC3H12D | Homo sapiens | NM_207360.2 | 527aa | 61% |
Ортологи
ZC3H12B сохраняется у млекопитающих, птиц, насекомых и нематод (BLAST). См. Таблицу ниже для краткого обзора ортологи ZC3H12B у человека.
| Разновидность | Общее название вида | Дивергенция (MYA) | Регистрационный номер NCBI (белок) | Длина (аминокислоты) | Идентичность белков | Сходство | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Человек | н / д | NP_001010888.3 | 836aa | 100% | 100% | |
| Пан панискус | Шимпанзе | 6.3 | XP_003816967.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Pongo abelii | Орангутанг | 15.7 | XP_002831786.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Macaca mulatta | Обезьяна-резус | 29 | XP_002806307.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Каллитрикс Яхус | Мартышка | 42.6 | XP_002762992.2 | 836aa | 98% | 98% | |
| Mus musculus | Мышь | 92.3 | NP_001030079.2 | 835aa | 91% | 94% | |
| Sus scrofa | Свинья | 94.2 | XP_003360389.1 | 836aa | 93% | 96% | |
| Gallus gallus | Курица | 296 | XP_003641177.1 | 837aa | 77% | 85% | |
| Chrysemys picta bellii | Нарисованная черепаха | 296 | XP_005279572.1 | 838aa | 78% | 86% | |
| Oryzias latipes | Медака | 400.1 | XP_004076599.1 | 845aa | 67% | 77% | |
| Гадус Морхуа | Атлантическая треска | 400.1 | AFK76491.1 | 842aa | 29% | 44% | |
| Данио Рерио | Данио | 400.1 | XP_001342172.3 | 982aa | 68% | 77% | |
| Петромизон маринус | Минога | 535.7 | ABO21295.1 | 222aa | 44% | 58% | |
| Branchiostoma floridae | Ланцетник | 713.2 | XP_002598834.1 | 492aa | 66% | 79% | |
| Циона кишечника | Ваза-оболочка | 722.5 | XP_002125834.1 | 863aa | 54% | 66% | |
| Стронгилоцентротус пурпуратус | Фиолетовый морской еж | 742.9 | XP_787030.3 | 974aa | 58% | 72% | |
| Аплисиоморфа калифорнийская | Морской заяц | 782.7 | XP_005113312.1 | 1269aa | 51% | 69% | |
| Дрозофила гримшави | Гавайская плодовая муха | 782.7 | XP_001994140.1 | 548aa | 51% | 69% | |
| Anopheles gambiae | Комар | 782.7 | XP_321880 | 637aa | 59% | 75% | |
| Apis mellifera | Пчела | 782.7 | XP_397264 | 652aa | 58% | 73% | |
| Caenorhabditis elegans | Круглый червь (нематода) | 937.5 | NP_491985.4 | 634aa | 46% | 64% |
Выражение и функция
Микрочипы профиль экспрессии нормальной ткани показал повышенную экспрессию гена в поджелудочной железе, простате, головном, спинном мозге и тимусе (GEO). В отличие от своего паралоги, он не экспрессируется в тканях, активируемых макрофагами, что указывает на паралогическую связь с воспалительным ответом (Liang et al. 2008). ZC3H12B временно экспрессируется в тканях мозга, тимуса и семенников (EST).
Взаимодействие
Предполагаемые взаимодействия с помощью Ingenuity Systems не показали, что молекулы, нацеленные на лекарство, находятся в пути, и нет известных мишеней для лекарства. Перечисленные основные функции и заболевания включали рак, травмы и аномалии организма, заболевания репродуктивной системы. Несколько miRNA взаимодействия были предсказаны. Предсказанные мишени miRNA еще предстоит сопоставить с последовательностью ZC3H12B, и неясно, существует ли взаимодействие между ними. Такие тесты, как резонансная передача энергии Форстера (FRET), коиммуноопреципитация, двухгибридный скрининг, гидропатическая комплементарность, кластерный микрочип и ChiP, могут быть использованы в будущем для тестирования новых взаимодействий белок / хроматин с ZC3H12B.
Клиническое значение
Делеции локуса Xq12 привели к нескольким нарушениям, таким как нечувствительность к андрогенам, восприимчивость к рак простаты, спинальная и бульбарная мышечная атрофия Кеннеди иумственная отсталость; однако никакой связи между этими заболеваниями и ZC3H12B (NCBI) обнаружено не было.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000102053 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035045 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
дальнейшее чтение
- Лян Дж., Ван Дж., Азфер А., Сонг В., Тромп Дж., Колаттукуди П. Е., Фу М. (март 2008 г.). «Новое семейство белков CCCH-цинковые пальцы регулирует провоспалительную активацию макрофагов». Журнал биологической химии. 283 (10): 6337–46. Дои:10.1074 / jbc.m707861200. PMID 18178554.
- Ван Дамм П., Отверстие К, Пимента-Маркес А., Хелсенс К., Вандекеркхове Дж., Мартиньо Р.Г., Геваерт К., Арнесен Т. (июль 2011 г.). «NatF способствует эволюционному сдвигу в ацетилировании N-конца белка и важен для нормальной сегрегации хромосом». PLoS Genetics. 7 (7): e1002169. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002169. ЧВК 3131286. PMID 21750686.